一种检测与雷州黑鸭产蛋性状具有相关性的SNP位点的基因型的试剂

本发明涉及分子育种，具体地，涉及一种检测与雷州黑鸭产蛋性状具有相关性的snp位点的基因型的试剂。

背景技术：

1、我国是家禽养殖大国，每年家禽产品的产量居世界前列，现统计得到，2018年禽蛋产量和禽肉产量分别位居世界第一和第二。而且我国家禽地方品种资源丰富，但地方品种的繁殖力较低下，农民投入增加，产出减少，这造成了地方品种资源流失问题。广东省粤西地区具有多种家禽地方品种，其中雷州黑鸭就是主要分布在雷州半岛的地方品种，其属于蛋肉兼用型黑羽鸭，体格小，肉质鲜美，具有高产蛋率，耐粗饲、抗病力强和环境适应力强等优点，广受当地人民的喜欢，但目前其相关研究较少。有研究使用产蛋曲线拟合的方法得出雷州黑鸭产蛋高峰期为27周龄至41周龄，而且高峰期产蛋率在90％以上；雷州黑鸭蛋重高于其他地方品种，如缙云麻鸭、淮南麻鸭、连成白鸭、攸县麻鸭等；雷州黑鸭肉用和蛋用价值丰富，富含多种微量元素，尤其是人体所需的fe元素，营养含量高。

2、中国专利201810410892.0一种与蛋鸭产蛋性能相关的分子标记及其在育种中的应用，公开了一个与鸭开产日龄、34周龄产蛋量及72周龄产蛋量存在显著相关分子标记。但是由于产蛋性状是数量性状，数量性状通常受多个基因控常受多基因控制，更多影响相关性状的分子标记的发现能更准确的对产蛋性状进行判断。

3、组氨酸解氨酶(histidine ammonia-lyase,hal)也称组氨酸酶(histidase)或组氨酸脱氨酶，是属于碳氮裂解酶家族的一员，催化组氨酸分解代谢的第一反应，即催化组氨酸脱氨生成尿刊酸。先前的研究表明hal基因的突变与组氨酸血症、非黑色素瘤皮肤癌的风险以及冠心病发病率有关。hal基因在产蛋性能方面的作用尚未报道。

技术实现思路

1、本发明的目的是为了克服现有技术的上述不足，提供一种检测与雷州黑鸭产蛋性状具有相关性的snp位点的基因型的试剂。

2、本发明的第一个目的是提供一种检测与雷州黑鸭产蛋性状具有相关性的snp位点的基因型的试剂。

3、本发明的第二个目的是提供所述试剂在制备评价雷州黑鸭产蛋性能试剂盒中的应用。

4、本发明的第三个目的是提供所述试剂在评价雷州黑鸭产蛋性能中的应用。

5、本发明的第四个目的是提供一种评价雷州黑鸭产蛋性能的试剂盒。

6、本发明的第五个目的是提供所述试剂、或所述的试剂盒中的一种或两种在评价雷州黑鸭产蛋性能中的应用。

7、为了实现上述目的，本发明是通过以下方案予以实现的：

8、本发明发现雷州鸭hal基因内含子1和2中的7个snp位点，分别是snp位点1、snp位点2、snp位点3、snp位点4、snp位点5、snp位点6和/或snp位点7：

9、其中，snp位点1位于第一内含子的第288个碱基处c突变成t(i1-288c>t)，cc基因型的样本的开产体重显著高于tt基因型的样本，而cc基因型的样本的300d产蛋数则显著低于tt基因型的样本；

10、snp位点2位于第一内含子的第373个碱基处t突变成g(i1-373t>g)，tt基因型的样本的300d产蛋数显著高于gg型基因型的样本；

11、snp位点3位于第一内含子的第438个碱基处a突变成g(i1-438a>g)，aa基因型的样本的开产日龄极显著低于ag基因型的样本；

12、snp位点4位于第二内含子的第16个碱基处c突变成a(i2-16c>a)，aa基因型的样本的开产日龄显著低于ac基因型的样本；

13、snp位点5位于第二内含子的第123个碱基处a突变成t(i2-123a>t)，tt基因型的样本的开产日龄显著低于at基因型的样本，tt基因型的样本的300d产蛋数则显著高于at基因型的样本；

14、snp位点6位于第二内含子的第141个碱基处g突变成a(i2-141g>a)，aa基因型的样本的开产日龄显著低于gg基因型的样本，ag基因型的样本的开产体重则极显著高于gg型基因型的样本，ag基因型的样本的300d产蛋数显著低于gg基因型的样本；

15、snp位点7位于第二内含子的第168个碱基处a突变成g(i2-168a>g)，gg基因型的样本的开产日龄极显著低于aa型，ag基因型的样本的开产体重则显著高于gg型，ag基因型的样本的300d产蛋数显著低于gg型。

16、进一步发现，snp位点3的基因型为ag、snp位点4的基因型为ca、snp位点5的基因型为ta，且snp位点6的基因型为ag的个体开产日龄显著高于snp位点3的基因型为aa、snp位点4的基因型为cc、snp位点5的基因型为tt，且snp位点6的基因型为aa的个体，和snp位点3的基因型为aa、snp位点4的基因型为cc、snp位点5的基因型为ta，且snp位点6的基因型为ag的个体；

17、snp位点3的基因型为ag、snp位点4的基因型为ca、snp位点5的基因型为ta，且snp位点6的基因型为ag的个体和所述snp位点3的基因型为aa、snp位点4的基因型为cc、snp位点5的基因型为tt，且snp位点6的基因型为ag的个体开产体重显著高于所述snp位点3的基因型为aa、snp位点4的基因型为cc、snp位点5的基因型为tt，且snp位点6的基因型为aa的个体；

18、snp位点3的基因型为aa、snp位点4的基因型为cc、snp位点5的基因型为tt，且snp位点6的基因型为aa的个体的300d产蛋数显著高于所述snp位点3的基因型为aa、snp位点4的基因型为cc、snp位点5的基因型为ta，且snp位点6的基因型为ag的个体。

19、因此，snp位点3的基因型为aa、snp位点4的基因型为cc、snp位点5的基因型为tt，且snp位点6的基因型为aa的个体可作为雷州黑鸭群体筛选低开产日龄、低开产体重、高产蛋量个体的最优选择。

20、因此，本发明要求保护一种检测与雷州黑鸭产蛋性状具有相关性的snp位点的基因型的试剂，所述试剂用于检测snp位点1、snp位点2、snp位点3、snp位点4、snp位点5、snp位点6和/或snp位点7的基因型；

21、所述snp位点1位于hal基因第一内含子的第288个碱基处，cc基因型的样本的开产体重显著高于tt基因型的样本，而cc基因型的样本的300d产蛋数则显著低于tt基因型的样本；

22、所述snp位点2位于hal基因第一内含子的第438个碱基处，tt基因型的样本的300d产蛋数显著高于gg型基因型的样本；

23、所述snp位点3位于hal基因第一内含子的第438个碱基处，aa基因型的样本的开产日龄极显著低于ag基因型的样本；

24、所述snp位点4位于hal基因第二内含子的第16个碱基处，aa基因型的样本的开产日龄显著低于ac基因型的样本；

25、所述snp位点5位于hal基因第二内含子的第123个碱基处，tt基因型的样本的开产日龄显著低于at基因型的样本，tt基因型的样本的300d产蛋数则显著高于at基因型的样本；

26、所述snp位点6位于hal基因第二内含子的第141个碱基处，aa基因型的样本的开产日龄显著低于gg基因型的样本，ag基因型的样本的开产体重则极显著高于gg型基因型的样本，ag基因型的样本的300d产蛋数显著低于gg基因型的样本；

27、所述snp位点7位于hal基因第二内含子的第168个碱基处，gg基因型的样本的开产日龄极显著低于aa型，ag基因型的样本的开产体重则显著高于gg型，ag基因型的样本的300d产蛋数显著低于gg型。

28、优选地，检测snp位点3、snp位点4、snp位点5和snp位点6。

29、所述snp位点3的基因型为ag、snp位点4的基因型为ca、snp位点5的基因型为ta，且snp位点6的基因型为ag的个体开产日龄显著高于snp位点3的基因型为aa、snp位点4的基因型为cc、snp位点5的基因型为tt，且snp位点6的基因型为aa的个体，和snp位点3的基因型为aa、snp位点4的基因型为cc、snp位点5的基因型为ta，且snp位点6的基因型为ag的个体；

30、所述snp位点3的基因型为ag、snp位点4的基因型为ca、snp位点5的基因型为ta，且snp位点6的基因型为ag的个体和所述snp位点3的基因型为aa、snp位点4的基因型为cc、snp位点5的基因型为tt，且snp位点6的基因型为ag的个体开产体重显著高于所述snp位点3的基因型为aa、snp位点4的基因型为cc、snp位点5的基因型为tt，且snp位点6的基因型为aa的个体；

31、所述snp位点3的基因型为aa、snp位点4的基因型为cc、snp位点5的基因型为tt，且snp位点6的基因型为aa的个体的300d产蛋数显著高于所述snp位点3的基因型为aa、snp位点4的基因型为cc、snp位点5的基因型为ta，且snp位点6的基因型为ag的个体。

32、更优选地，所述试剂为引物。

33、进一步更优选地，所述引物核苷酸序列如seq id no.1～2所示。

34、seq id no.1：5’-gaatggcacctgagttagca-3’；

35、seq id no.2：5’-cctgttctggttctcggtatttgct-3’。

36、本发明还要求保护任一所述试剂在制备评价雷州黑鸭产蛋性能试剂盒中的应用。

37、本发明还要求保护任一所述试剂在评价雷州黑鸭产蛋性能中的应用。

38、进一步，本发明还要求保护一种评价雷州黑鸭产蛋性能，包括所述的试剂。

39、优选地，所述试剂为核苷酸序列如seq id no.1～2所示引物。

40、最优选地，一种评价雷州黑鸭产蛋性能的试剂盒，含有核苷酸序列如seq id no.1～2所示引物、2×green taq mix；

41、使用方法如下：

42、1、提取样本dna；

43、2、pcr扩增

44、pcr反应体系20μl：2×green taq mix 10μl，上/下游引物(核苷酸序列如seq inno.1～2所示)各0.4μl，模板1μl，ddh2o 8.2μl；

45、pcr反应程序：95℃热变性5min，95℃变形30s，56℃退火30s，72℃延伸1min，35个循环，72℃延伸5min，4℃保存。

46、3、pcr产物测序

47、1％琼脂糖凝胶进行电泳、回收、送测序公司测序；

48、结果判读：

49、snp位点1位于hal基因第一内含子的第288个碱基处，即扩增产物5’端的250个碱基处，存在c/t单核苷酸多态；

50、snp位点2位于hal基因第一内含子的第438个碱基处，即扩增产物5’端的335个碱基处，存在t/g单核苷酸多态；

51、snp位点3位于hal基因第一内含子的第438个碱基处，即扩增产物5’端的410个碱基处，存在a/g单核苷酸多态；

52、snp位点4位于hal基因第二内含子的第16个碱基处，即扩增产物5’端的489个碱基处，存在c/a单核苷酸多态；

53、snp位点5位于hal基因第二内含子的第123个碱基处，即扩增产物5’端的596个碱基处，存在a/t单核苷酸多态；

54、snp位点6位于hal基因第二内含子的第141个碱基处，即扩增产物5’端的614个碱基处，存在g/a单核苷酸多态；

55、snp位点7位于hal基因第二内含子的第168个碱基处，即扩增产物5’端的641个碱基处，存在a/g单核苷酸多态。

56、所述snp位点1，cc基因型的样本的开产体重显著高于tt基因型的样本，而cc基因型的样本的300d产蛋数则显著低于tt基因型的样本；

57、所述snp位点2，tt基因型的样本的300d产蛋数显著高于gg型基因型的样本；

58、所述snp位点3，aa基因型的样本的开产日龄极显著低于ag基因型的样本；

59、所述snp位点4，aa基因型的样本的开产日龄显著低于ac基因型的样本；

60、所述snp位点5，tt基因型的样本的开产日龄显著低于at基因型的样本，tt基因型的样本的300d产蛋数则显著高于at基因型的样本；

61、所述snp位点6，aa基因型的样本的开产日龄显著低于gg基因型的样本，ag基因型的样本的开产体重则极显著高于gg型基因型的样本，ag基因型的样本的300d产蛋数显著低于gg基因型的样本；

62、所述snp位点7，gg基因型的样本的开产日龄极显著低于aa型，ag基因型的样本的开产体重则显著高于gg型，ag基因型的样本的300d产蛋数显著低于gg型。

63、所述snp位点3的基因型为ag、snp位点4的基因型为ca、snp位点5的基因型为ta，且snp位点6的基因型为ag的个体开产日龄显著高于snp位点3的基因型为aa、snp位点4的基因型为cc、snp位点5的基因型为tt，且snp位点6的基因型为aa的个体，和snp位点3的基因型为aa、snp位点4的基因型为cc、snp位点5的基因型为ta，且snp位点6的基因型为ag的个体；

64、所述snp位点3的基因型为ag、snp位点4的基因型为ca、snp位点5的基因型为ta，且snp位点6的基因型为ag的个体和所述snp位点3的基因型为aa、snp位点4的基因型为cc、snp位点5的基因型为tt，且snp位点6的基因型为ag的个体开产体重显著高于所述snp位点3的基因型为aa、snp位点4的基因型为cc、snp位点5的基因型为tt，且snp位点6的基因型为aa的个体；

65、所述snp位点3的基因型为aa、snp位点4的基因型为cc、snp位点5的基因型为tt，且snp位点6的基因型为aa的个体的300d产蛋数显著高于所述snp位点3的基因型为aa、snp位点4的基因型为cc、snp位点5的基因型为ta，且snp位点6的基因型为ag的个体。

66、所述试剂、或所述评价雷州黑鸭产蛋性能中的一种或两种在评价雷州黑鸭产蛋性能中的应用，也属于本发明的保护范围。

67、与现有技术相比，本发明具有以下有益效果：

68、本发明发现雷州鸭hal基因的7个snp位点，其基因型与产蛋性状均显著相关，尤其是snp位点3的基因型为aa、snp位点4的基因型为cc、snp位点5的基因型为tt，且snp位点6的基因型为aa的个体可作为雷州黑鸭群体筛选低开产日龄、低开产体重、高产蛋量个体的最优选择。这为雷州黑鸭分子标记辅助育种及建立优势高产群体提供了理论基础。