一种影响猪骨骼肌肌纤维密度的SNP分子标记及其应用

本发明属于动物分子生物及动物遗传育种，具体涉及一种影响猪骨骼肌肌纤维密度的snp分子标记及其应用。

背景技术：

1、肌纤维是肌肉最基本的组成单位，是影响肉产量和肉品质高低的内在因素。由肌纤维衍生得到的测定指标主要有肌纤维比例、肌纤维的面积和直径以及肌纤维的总数目和密度等。其中肌纤维密度即单位面积内肌纤维数量间接反映肌纤维平均直径，与肌纤维的肥大程度有关。大量研究表明肌纤维的横截面积以及肌纤维的密度与风味、嫩度等肉质指标密切相关(nam et al,meat science,2009；jeong et al.,meat science,2010)。一般来说，肌纤维密度越大，直径越细，肌肉就越细嫩。这提示肌纤维密度可作为改善肉品嫩度和风味的重要指标进行选育。

2、目前关于肌纤维密度的qtls数目仅有9个(pig qtls database,https://www.animalgenome.org/cgi-bin/qtldb/ss/)，利用微卫星标记进行qtl定位的研究较多。zhang等利用猪60k芯片在421头大白×民猪的f2群体开展了肌纤维密度的gwas分析，在6和14号染色体鉴别到两个新的qtls位点的碱基处(zhang,et al.,animal,2019)。此外，guo等人利用120头白色杜洛克×二花脸猪的f2资源家系群体基于60k芯片填充的基因组全序列变异针对肌纤维密度开展了gwas分析，在14号染色体上鉴别到一个影响肌纤维密度的qtl(guo et al.,asian-australasian journal of animal sciences,2020)。未见其他关于肌纤维密度的大样本遗传学分析和候选因果突变位点的碱基处的报道。

技术实现思路

1、本发明目的在于一种影响猪骨骼肌肌纤维密度的snp分子标记及其应用。

2、为达到上述目的，本发明采用的技术方案如下：

3、一种影响猪骨骼肌肌纤维密度的snp分子标记，至少包括如下(i)～(xiv)中的一种：

4、(i)含有所述snp分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第2号染色体上，所述snp分子标记位于国际猪基因组11.1版本第2号染色体上自5’端起的第123725355位点的碱基处，为c或a；

5、(ii)含有所述snp分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第6号染色体上，所述snp分子标记位于国际猪基因组11.1版本第6号染色体上自5’端起的第105184815位点的碱基处，为c或ca；

6、(iii)含有所述snp分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第9号染色体上，所述snp分子标记位于国际猪基因组11.1版本第9号染色体上自5’端起的第11607366位点的碱基处，为g或c；

7、(iv)含有所述snp分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第10号染色体上，所述snp分子标记位于国际猪基因组11.1版本第10号染色体上自5’端起的第51270590位点的碱基处，为cctggacaccg或tctggacacca；

8、(v)含有所述snp分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第3号染色体上，所述snp分子标记位于国际猪基因组11.1版本第3号染色体上自5’端起的第188299位点的碱基处，为gtggggag或ttggggaa；

9、(vi)含有所述snp分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第9号染色体上，所述snp分子标记位于国际猪基因组11.1版本第9号染色体上自5’端起的第7084588位点的碱基处，为ca或c；

10、(vii)含有所述snp分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第9号染色体上，所述snp分子标记位于国际猪基因组11.1版本第9号染色体上自5’端起的第12177780位点的碱基处，为tgtggcc或cgtggct；

11、(viii)含有所述snp分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第13号染色体上，所述snp分子标记位于国际猪基因组11.1版本第13号染色体上自5’端起的第16511438位点的碱基处，为g或ga；

12、(ix)含有所述snp分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第x号染色体上，所述snp分子标记位于国际猪基因组11.1版本第x号染色体上自5’端起的第121455516位点的碱基处，为a或t；

13、(x)含有所述snp分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第1号染色体上，所述snp分子标记位于国际猪基因组11.1版本第1号染色体上自5’端起的第242511869位点的碱基处，为a或c；

14、(xi)含有所述snp分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第1号染色体上，所述snp分子标记位于国际猪基因组11.1版本第1号染色体上自5’端起的第247344438位点的碱基处，为t或c；

15、(xii)含有所述snp分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第7号染色体上，所述snp分子标记位于国际猪基因组11.1版本第7号染色体上自5’端起的第42682472位点的碱基处，为a或g；

16、(xiii)含有所述snp分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第10号染色体上，所述snp分子标记位于国际猪基因组11.1版本第10号染色体上自5’端起的第24846165位点的碱基处，为t或c；

17、(xiv)含有所述snp分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第11号染色体上，所述snp分子标记位于国际猪基因组11.1版本第11号染色体上自5’端起的第17193018位点的碱基处，为g或t；

18、(xv)含有所述snp分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第14号染色体上，所述snp分子标记位于国际猪基因组11.1版本第14号染色体上自5’端起的第34667965位点的碱基处，为a或atatatat；

19、(xvi)含有所述snp分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第15号染色体上，所述snp分子标记位于国际猪基因组11.1版本第15号染色体上自5’端起的第120729494位点的碱基处，为t或a；

20、(xvii)含有所述snp分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第17号染色体上，所述snp分子标记位于国际猪基因组11.1版本第17号染色体上自5’端起的第63368817位点的碱基处，为acactacaggc或a；

21、(xviii)含有所述snp分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第1号染色体上，所述snp分子标记位于国际猪基因组11.1版本第1号染色体上自5’端起的第238165925位点的碱基处，为c或t；

22、(xix)含有所述snp分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第10号染色体上，所述snp分子标记位于国际猪基因组11.1版本第10号染色体上自5’端起的第20310858位点的碱基处，为c或t；

23、(xx)含有所述snp分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第17号染色体上，所述snp分子标记位于国际猪基因组11.1版本第17号染色体上自5’端起的第54514024位点的碱基处，为ga或g；

24、(xxi)含有所述snp分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第1号染色体上，所述snp分子标记位于国际猪基因组11.1版本第1号染色体上自5’端起的第73272803位点的碱基处，为t或ta；

25、(xxii)含有所述snp分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第1号染色体上，所述snp分子标记位于国际猪基因组11.1版本第1号染色体上自5’端起的第237826555位点的碱基处，为c或t；

26、(xxiii)含有所述snp分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第5号染色体上，所述snp分子标记位于国际猪基因组11.1版本第5号染色体上自5’端起的第89208148位点的碱基处，为g或a；

27、(xxiv)含有所述snp分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第7号染色体上，所述snp分子标记位于国际猪基因组11.1版本第7号染色体上自5’端起的第96957063位点的碱基处，为c或a；

28、(xxv)含有所述snp分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第7号染色体上，所述snp分子标记位于国际猪基因组11.1版本第7号染色体上自5’端起的第113240126位点的碱基处，为g或c；

29、(xxvi)含有所述snp分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第8号染色体上，所述snp分子标记位于国际猪基因组11.1版本第8号染色体上自5’端起的第122733021位点的碱基处，为cagt或c；

30、(xxvii)含有所述snp分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第10号染色体上，所述snp分子标记位于国际猪基因组11.1版本第10号染色体上自5’端起的第20311798位点的碱基处，为a或g；

31、(xxviii)含有所述snp分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第10号染色体上，所述snp分子标记位于国际猪基因组11.1版本第10号染色体上自5’端起的第23827413位点的碱基处，为g或a；

32、(xxix)含有所述snp分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第11号染色体上，所述snp分子标记位于国际猪基因组11.1版本第11号染色体上自5’端起的第25350947位点的碱基处，为aaa或gat；

33、(xxx)含有所述snp分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第11号染色体上，所述snp分子标记位于国际猪基因组11.1版本第11号染色体上自5’端起的第29712858位点的碱基处，为t或taaac；

34、(xxxi)含有所述snp分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第12号染色体上，所述snp分子标记位于国际猪基因组11.1版本第12号染色体上自5’端起的第39604597位点的碱基处，为a或g；

35、(xxxii)含有所述snp分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第12号染色体上，所述snp分子标记位于国际猪基因组11.1版本第12号染色体上自5’端起的第55096610位点的碱基处，为c或g；

36、(xxxiii)含有所述snp分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第13号染色体上，所述snp分子标记位于国际猪基因组11.1版本第13号染色体上自5’端起的第73758284位点的碱基处，为gcaggagttgcaata或acaggagtttcaatg；

37、(xxxiv)含有所述snp分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第15号染色体上，所述snp分子标记位于国际猪基因组11.1版本第15号染色体上自5’端起的第128723409位点的碱基处，为t或ta；

38、(xxxv)含有所述snp分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第17号染色体上，所述snp分子标记位于国际猪基因组11.1版本第17号染色体上自5’端起的第54514437位点的碱基处，为ac或a。

39、基于一个总的发明构思，本发明的第二个目的在于请求保护上述影响猪骨骼肌肌纤维密度的snp分子标记在检测猪骨骼肌肌纤维密度中的应用。

40、基于一个总的发明构思，本发明的第三个目的在于提供一种猪的遗传改良的方法，确定种猪核心群中的种猪如权利要求1所述的snp分子标记，并根据所述snp分子标记做出相应的选择：

41、对于(i)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第2号染色体上自5’端起的第123725355位点为c/a和a/a基因型的种猪个体，淘汰在该位点为c/c基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因a的频率；

42、对于(ii)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第6号染色体上自5’端起的第105184815位点为c/ca和c/c基因型的种猪个体，淘汰在该位点为ca/ca基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因c的频率；

43、对于(iii)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第9号染色体上自5’端起的第11607366位点为g/c和c/c基因型的种猪个体，淘汰在该位点为g/g基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因c的频率；

44、对于(iv)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第10号染色体上自5’端起的第51270590位点为cctggacaccg/tctggacacca和tctggacacca/tctggacacca基因型的种猪个体，淘汰在该位点为cctggacaccg/cctggacaccg基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因tctggacacca的频率；

45、对于(v)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第3号染色体上自5’端起的第188299位点为gtggggag/ttggggaa和ttggggaa/ttggggaa基因型的种猪个体，淘汰在该位点为gtggggag/gtggggag基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因ttggggaa的频率；

46、对于(vi)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第9号染色体上自5’端起的第7084588位点为ca/c和c/c基因型的种猪个体，淘汰在该位点为ca/ca基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因c的频率；

47、对于(vii)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第9号染色体上自5’端起的第12177780位点为tgtggcc/cgtggct和tgtggcc/tgtggcc基因型的种猪个体，淘汰在该位点为cgtggct/cgtggct基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因tgtggcc的频率；；

48、对于(viii)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第13号染色体上自5’端起的第16511438位点为g/ga和ga/ga基因型的种猪个体，淘汰在该位点为g/g基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因ga的频率；

49、对于(ix)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第x号染色体上自5’端起的第121455516位点为a/t和a/a基因型的种猪个体，淘汰在该位点为t/t基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因a的频率；

50、对于(x)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第1号染色体上自5’端起的第242511869位点为a/c和c/c基因型的种猪个体，淘汰在该位点为a/a基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因c的频率；

51、对于(xi)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第1号染色体上自5’端起的第247344438位点为t/c和c/c基因型的种猪个体，淘汰在该位点为t/t基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因c的频率；

52、对于(xii)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第7号染色体上自5’端起的第42682472位点为a/g和g/g基因型的种猪个体，淘汰在该位点为a/a基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因g的频率；

53、对于(xiii)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第10号染色体上自5’端起的第24846165位点为t/c和c/c基因型的种猪个体，淘汰在该位点为t/t基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因c的频率；

54、对于(xiv)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第11号染色体上自5’端起的第17193018位点为g/t和t/t基因型的种猪个体，淘汰在该位点为g/g基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因t的频率；

55、对于(xv)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第14号染色体上自5’端起的第34667965位点为a/atatatat和a/a基因型的种猪个体，淘汰在该位点为atatatat/atatatat基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因a的频率；

56、对于(xvi)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第15号染色体上自5’端起的第120729494位点为t/a和a/a基因型的种猪个体，淘汰在该位点为t/t基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因a的频率；

57、对于(xvii)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第17号染色体上自5’端起的第63368817位点为acactacaggc/a和a/a基因型的种猪个体，淘汰在该位点为acactacaggc/acactacaggc基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因a的频率；

58、对于(xviii)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第1号染色体上自5’端起的第238165925位点为c/t和t/t基因型的种猪个体，淘汰在该位点为c/c基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因t的频率；

59、对于(xix)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第10号染色体上自5’端起的第20310858位点为c/t和t/t基因型的种猪个体，淘汰在该位点为c/c基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因t的频率；

60、对于(xx)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第17号染色体上自5’端起的第54514024位点为ga/g和g/g基因型的种猪个体，淘汰在该位点为ga/ga基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因g的频率；

61、对于(xxi)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第1号染色体上自5’端起的第73272803位点为t/ta和ta/ta基因型的种猪个体，淘汰在该位点为t/t基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因ta的频率；

62、对于(xxii)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第1号染色体上自5’端起的第237826555位点为c/t和t/t基因型的种猪个体，淘汰在该位点为c/c基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因t的频率；

63、对于(xxiii)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第5号染色体上自5’端起的第89208148位点为g/a和a/a基因型的种猪个体，淘汰在该位点为g/g基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因a的频率；

64、对于(xxiv)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第7号染色体上自5’端起的第96957063位点为c/a和a/a基因型的种猪个体，淘汰在该位点为c/c基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因a的频率；

65、对于(xxv)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第7号染色体上自5’端起的第113240126位点为g/c和c/c基因型的种猪个体，淘汰在该位点为g/g基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因c的频率；

66、对于(xxvi)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第8号染色体上自5’端起的第122733021位点为cagt/c和c/c基因型的种猪个体，淘汰在该位点为cagt/cagt基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因c的频率；

67、对于(xxvii)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第10号染色体上自5’端起的第20311798位点为a/g和g/g基因型的种猪个体，淘汰在该位点为a/a基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因g的频率；

68、对于(xxviii)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第10号染色体上自5’端起的第23827413位点为g/a和a/a基因型的种猪个体，淘汰在该位点为g/g基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因a的频率；

69、对于(xxix)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第11号染色体上自5’端起的第25350947位点为aaa/gat和gat/gat基因型的种猪个体，淘汰在该位点为aaa/aaa基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因gat的频率；

70、对于(xxx)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第11号染色体上自5’端起的第29712858位点为t/taaac和t/t基因型的种猪个体，淘汰在该位点为taaac/taaac基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因t的频率；

71、对于(xxxi)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第12号染色体上自5’端起的第39604597位点为a/g和g/g基因型的种猪个体，淘汰在该位点为a/a基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因g的频率；

72、对于(xxxii)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第12号染色体上自5’端起的第55096610位点为c/g和g/g基因型的种猪个体，淘汰在该位点为c/c基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因g的频率；

73、对于(xxxiii)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第13号染色体上自5’端起的第73758284位点为gcaggagttgcaata/acaggagtttcaatg和gcaggagttgcaata/gcaggagttgcaata基因型的种猪个体，淘汰在该位点为acaggagtttcaat/acaggagtttcaat基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因gcaggagttgcaata的频率；

74、对于(xxxiv)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第15号染色体上自5’端起的第128723409位点为t/ta和ta/ta基因型的种猪个体，淘汰在该位点为t/t基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因ta的频率；

75、对于(xxxv)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第17号染色体上自5’端起的第54514437位点为ac/a和a/a基因型的种猪个体，淘汰在该位点为ac/ac基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因a的频率。

76、优选地，利用分析所述种猪的核酸的序列确定其snp分子标记的位点，并根据所述snp分子标记做出相应的选择：

77、对于(i)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第2号染色体上自5’端起的第123725355位点为a/a基因型的种猪个体，淘汰在该位点为c/a和c/c基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因a的频率；

78、对于(ii)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第6号染色体上自5’端起的第105184815位点为c/c基因型的种猪个体，淘汰在该位点为c/ca和ca/ca基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因c的频率；

79、对于(iii)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第9号染色体上自5’端起的第11607366位点为c/c基因型的种猪个体，淘汰在该位点为g/c和g/g基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因c的频率；

80、对于(iv)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第10号染色体上自5’端起的第51270590位点为tctggacacca/tctggacacca基因型的种猪个体，淘汰在该位点为cctggacaccg/tctggacacca和cctggacaccg/cctggacaccg基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因tctggacacca的频率；

81、对于(v)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第3号染色体上自5’端起的第188299位点为ttggggaa/ttggggaa基因型的种猪个体，淘汰在该位点为gtggggag/ttggggaa和gtggggag/gtggggag基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因ttggggaa的频率；

82、对于(vi)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第9号染色体上自5’端起的第7084588位点为c/c基因型的种猪个体，淘汰在该位点为ca/c和ca/ca基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因c的频率；

83、对于(vii)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第9号染色体上自5’端起的第12177780位点为tgtggcc/tgtggcc基因型的种猪个体，淘汰在该位点为tgtggcc/cgtggc和cgtggct/cgtggct基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因tgtggcc的频率；

84、对于(viii)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第13号染色体上自5’端起的第16511438位点为ga/ga基因型的种猪个体，淘汰在该位点为g/ga和g/g基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因ga的频率；

85、对于(ix)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第x号染色体上自5’端起的第121455516位点为a/a基因型的种猪个体，淘汰在该位点为a/t和t/t基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因a的频率；

86、对于(x)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第1号染色体上自5’端起的第242511869位点为c/c基因型的种猪个体，淘汰在该位点为a/c和a/a基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因c的频率；

87、对于(xi)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第1号染色体上自5’端起的第247344438位点为c/c基因型的种猪个体，淘汰在该位点为t/c和t/t基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因c的频率；

88、对于(xii)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第7号染色体上自5’端起的第42682472位点为g/g基因型的种猪个体，淘汰在该位点为a/g和a/a基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因g的频率；

89、对于(xiii)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第10号染色体上自5’端起的第24846165位点为c/c基因型的种猪个体，淘汰在该位点为t/c和t/t基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因c的频率；

90、对于(xiv)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第11号染色体上自5’端起的第17193018位点为t/t基因型的种猪个体，淘汰在该位点为g/t和g/g基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因t的频率；

91、对于(xv)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第14号染色体上自5’端起的第34667965位点为a/a基因型的种猪个体，淘汰在该位点为a/atatatat和atatatat/atatatat基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因a的频率；

92、对于(xvi)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第15号染色体上自5’端起的第120729494位点为a/a基因型的种猪个体，淘汰在该位点为t/a和a/a基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因a的频率；

93、对于(xvii)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第17号染色体上自5’端起的第63368817位点为a/a基因型的种猪个体，淘汰在该位点为acactacaggc/a和acactacaggc/acactacaggc基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因a的频率；

94、对于(xviii)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第1号染色体上自5’端起的第238165925位点为t/t基因型的种猪个体，淘汰在该位点为c/t和c/c基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因t的频率；

95、对于(xix)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第10号染色体上自5’端起的第20310858位点为t/t基因型的种猪个体，淘汰在该位点为c/t和c/c基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因t的频率；

96、对于(xx)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第17号染色体上自5’端起的第54514024位点为g/g基因型的种猪个体，淘汰在该位点为ga/g和ga/ga基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因g的频率；

97、对于(xxi)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第1号染色体上自5’端起的第73272803位点为ta/ta基因型的种猪个体，淘汰在该位点为t/t和t/ta基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因ta的频率；

98、对于(xxii)，从所述种猪核心群中在所述国际猪基因组11.1版本第号染色体上自5’端起的第237826555位点为t/t基因型的种猪个体，淘汰在该位点为c/t和c/c基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因t的频率；

99、对于(xxiii)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第11号染色体上自5’端起的第89208148位点为a/a基因型的种猪个体，淘汰在该位点为g/a和g/g基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因a的频率；

100、对于(xxiv)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第7号染色体上自5’端起的第96957063位点为a/a基因型的种猪个体，淘汰在该位点为c/a和c/c基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因a的频率；

101、对于(xxv)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第7号染色体上自5’端起的第113240126位点为c/c基因型的种猪个体，淘汰在该位点为g/c和g/g基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因c的频率；

102、对于(xxvi)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第8号染色体上自5’端起的第122733021位点为c/c基因型的种猪个体，淘汰在该位点为cagt/c和cagt/cagt基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因c的频率；

103、对于(xxvii)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第10号染色体上自5’端起的第20311798位点为g/g基因型的种猪个体，淘汰在该位点为a/g和a/a基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因g的频率；

104、对于(xxviii)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第10号染色体上自5’端起的第23827413位点为a/a基因型的种猪个体，淘汰在该位点为g/a和g/g基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因a的频率；

105、对于(xxix)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第11号染色体上自5’端起的第25350947位点为gat/gat基因型的种猪个体，淘汰在该位点为aaa/gat和aaa/aaa基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因gat的频率；

106、对于(xxx)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第11号染色体上自5’端起的第29712858位点为t/t基因型的种猪个体，淘汰在该位点为t/taaac和taaac/taaac基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因t的频率；

107、对于(xxxi)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第12号染色体上自5’端起的第39604597位点为g/g基因型的种猪个体，淘汰在该位点为a/g和a/a基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因g的频率；

108、对于(xxxii)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第12号染色体上自5’端起的第55096610位点为g/g基因型的种猪个体，淘汰在该位点为c/g和c/c基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因g的频率；

109、对于(xxxiii)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第13号染色体上自5’端起的第73758284位点为gcaggagttgcaata/gcaggagttgcaata基因型的种猪个体，淘汰在该位点为gcaggagttgcaata/acaggagtttcaat和acaggagtttcaat/acaggagtttcaat基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因gcaggagttgcaata的频率；

110、对于(xxxiv)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第15号染色体上自5’端起的第128723409位点为ta/ta基因型的种猪个体，淘汰在该位点为t/ta和t/t基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因ta的频率；

111、对于(xxxv)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第17号染色体上自5’端起的第54514437位点为a/a基因型的种猪个体，淘汰在该位点为ac/a和ac/ac基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因a的频率。

112、基于一个总的发明构思，本发明的第四个目的在于提供一种鉴别猪肉质性状优劣的方法，确定猪如权利要求1所述的snp分子标记，并根据所述snp分子标记确定所述猪肉质性状：

113、对于(i)，所述猪肉质性状从优到劣，以所述国际猪基因组11.1版本第2号染色体上自5’端起的第123725355位点的基因型排序，依次为：a/a基因型、c/a基因型和c/c基因型；

114、对于(ii)，所述猪肉质性状从优到劣，以所述国际猪基因组11.1版本第6号染色体上自5’端起的第105184815位点的基因型排序，依次为：c/c基因型、c/ca基因型和ca/ca基因型；

115、对于(iii)，所述猪肉质性状从优到劣，以所述国际猪基因组11.1版本第9号染色体上自5’端起的第11607366位点的基因型排序，依次为：c/c基因型、g/c基因型和g/g基因型；

116、对于(iv)，所述猪肉质性状从优到劣，以所述国际猪基因组11.1版本第10号染色体上自5’端起的第51270590位点的基因型排序，依次为：tctggacacca/tctggacacca基因型、cctggacaccg/tctggacacca基因型和cctggacaccg/cctggacaccg基因型；

117、对于(v)，所述猪肉质性状从优到劣，以所述国际猪基因组11.1版本第3号染色体上自5’端起的第188299位点的基因型排序，依次为：ttggggaa/ttggggaa基因型、gtggggag/ttggggaa基因型和gtggggag/gtggggag基因型；

118、对于(vi)，所述猪肉质性状从优到劣，以所述国际猪基因组11.1版本第9号染色体上自5’端起的第7084588位点的基因型排序，依次为：c/c基因型、ca/c基因型和ca/ca基因型；

119、对于(vii)，所述猪肉质性状从优到劣，以所述国际猪基因组11.1版本第9号染色体上自5’端起的第12177780位点的基因型排序，依次为：tgtggcc/tgtggcc基因型、tgtggcc/cgtggct基因型和cgtggct/cgtggct基因型；

120、对于(viii)，所述猪肉质性状从优到劣，以所述国际猪基因组11.1版本第13号染色体上自5’端起的第16511438位点的基因型排序，依次为：ga/ga基因型、g/ga基因型和g/g基因型；

121、对于(ix)，所述猪肉质性状从优到劣，以所述国际猪基因组11.1版本第x号染色体上自5’端起的第121455516位点的基因型排序，依次为：a/a基因型、a/t基因型和t/t基因型；

122、对于(x)，所述猪肉质性状从优到劣，以所述国际猪基因组11.1版本第1号染色体上自5’端起的第242511869位点的基因型排序，依次为：c/c基因型、a/c基因型和a/a基因型；

123、对于(xi)，所述猪肉质性状从优到劣，以所述国际猪基因组11.1版本第1号染色体上自5’端起的第247344438位点的基因型排序，依次为：c/c基因型、t/c基因型和t/t基因型；

124、对于(xii)，所述猪肉质性状从优到劣，以所述国际猪基因组11.1版本第7号染色体上自5’端起的第42682472位点的基因型排序，依次为：g/g基因型、a/g基因型和a/a基因型；

125、对于(xiii)，所述猪肉质性状从优到劣，以所述国际猪基因组11.1版本第10号染色体上自5’端起的第24846165位点的基因型排序，依次为：c/c基因型、t/c基因型和t/t基因型；

126、对于(xiv)，所述猪肉质性状从优到劣，以所述国际猪基因组11.1版本第11号染色体上自5’端起的第17193018位点的基因型排序，依次为：t/t基因型、g/t基因型和g/g基因型；

127、对于(xv)，所述猪肉质性状从优到劣，以所述国际猪基因组11.1版本第14号染色体上自5’端起的第34667965位点的基因型排序，依次为：a/a基因型、a/atatatat基因型和atatatat/atatatat基因型；

128、对于(xvi)，所述猪肉质性状从优到劣，以所述国际猪基因组11.1版本第15号染色体上自5’端起的第120729494位点的基因型排序，依次为：a/a基因型、t/a基因型和t/t基因型；

129、对于(xvii)，所述猪肉质性状从优到劣，以所述国际猪基因组11.1版本第17号染色体上自5’端起的第63368817位点的基因型排序，依次为：a/a基因型、acactacaggc/a基因型和acactacaggc/acactacaggc基因型；

130、对于(xviii)，所述猪肉质性状从优到劣，以所述国际猪基因组11.1版本第1号染色体上自5’端起的第238165925位点的基因型排序，依次为：t/t基因型、c/t基因型和c/c基因型；

131、对于(xix)，所述猪肉质性状从优到劣，以所述国际猪基因组11.1版本第10号染色体上自5’端起的第20310858位点的基因型排序，依次为：t/t基因型、c/t基因型和c/c基因型；

132、对于(xx)，所述猪肉质性状从优到劣，以所述国际猪基因组11.1版本第17号染色体上自5’端起的第54514024位点的基因型排序，依次为：g/g基因型、ga/g基因型和ga/ga基因型；

133、对于(xxi)，所述猪肉质性状从优到劣，以所述国际猪基因组11.1版本第1号染色体上自5’端起的第73272803位点的基因型排序，依次为：ta/ta基因型、t/ta基因型和t/t基因型；

134、对于(xxii)，所述猪肉质性状从优到劣，以所述国际猪基因组11.1版本第1号染色体上自5’端起的第237826555位点的基因型排序，依次为：t/t基因型、c/t基因型和c/c基因型；

135、对于(xxiii)，所述猪肉质性状从优到劣，以所述国际猪基因组11.1版本第5号染色体上自5’端起的第89208148位点的基因型排序，依次为：a/a基因型、g/a基因型和g/g基因型；

136、对于(xxiv)，所述猪肉质性状从优到劣，以所述国际猪基因组11.1版本第7号染色体上自5’端起的第96957063位点的基因型排序，依次为：a/a基因型、c/a基因型和c/c基因型；

137、对于(xxv)，所述猪肉质性状从优到劣，以所述国际猪基因组11.1版本第7号染色体上自5’端起的第113240126位点的基因型排序，依次为：c/c基因型、g/c基因型和g/g基因型；

138、对于(xxvi)，所述猪肉质性状从优到劣，以所述国际猪基因组11.1版本第8号染色体上自5’端起的第122733021位点的基因型排序，依次为：c/c基因型、cagt/c基因型和cagt/cagt基因型；

139、对于(xxvii)，所述猪肉质性状从优到劣，以所述国际猪基因组11.1版本第10号染色体上自5’端起的第20311798位点的基因型排序，依次为：g/g基因型、a/g基因型和a/a基因型；

140、对于(xxviii)，所述猪肉质性状从优到劣，以所述国际猪基因组11.1版本第10号染色体上自5’端起的第23827413位点的基因型排序，依次为：a/a基因型、g/a基因型和g/g基因型；

141、对于(xxix)，所述猪肉质性状从优到劣，以所述国际猪基因组11.1版本第11号染色体上自5’端起的第25350947位点的基因型排序，依次为：gat/gat基因型、aaa/gat基因型和aaa/aaa基因型；

142、对于(xxx)，所述猪肉质性状从优到劣，以所述国际猪基因组11.1版本第11号染色体上自5’端起的第29712858位点的基因型排序，依次为：t/t基因型、t/taaac基因型和taaac/taaac基因型；

143、对于(xxxi)，所述猪肉质性状从优到劣，以所述国际猪基因组11.1版本第12号染色体上自5’端起的第39604597位点的基因型排序，依次为：g/g基因型、a/g基因型和a/a基因型；

144、对于(xxxii)，所述猪肉质性状从优到劣，以所述国际猪基因组11.1版本第12号染色体上自5’端起的第55096610位点的基因型排序，依次为：g/g基因型、c/g基因型和c/c基因型；

145、对于(xxxiii)，所述猪肉质性状从优到劣，以所述国际猪基因组11.1版本第13号染色体上自5’端起的第73758284位点的基因型排序，依次为：gcaggagttgcaata/gcaggagttgcaata基因型、gcaggagttgcaata/acaggagtttcaatg基因型和acaggagtttcaatg/acaggagtttcaatg基因型；

146、对于(xxxiv)，所述猪肉质性状从优到劣，以所述国际猪基因组11.1版本第15号染色体上自5’端起的第128723409位点的基因型排序，依次为：ta/ta基因型、t/ta基因型和t/t基因型；

147、对于(xxxv)，所述猪肉质性状从优到劣，以所述国际猪基因组11.1版本第17号染色体上自5’端起的第54514437位点的基因型排序，依次为：a/a基因型、ac/a基因型和ac/ac基因型。

148、基于一个总的发明构思，本发明的第五个目的在于提供一种通过改变肌纤维密度改善猪肉品质的猪新品系和/或猪新品种建立的方法，包括如下步骤：对于权利要求1所述snp分子标记的基因型为：

149、(i)c/a或c/c的猪，通过定点突变的方式将其中的c/a和c/c突变为a/a基因型；

150、(ii)c/ca或ca/ca的猪，通过定点突变的方式将其中的c/ca和ca/ca突变成c/c基因型；

151、(iii)g/c或g/g的猪，通过定点突变的方式将其中的g/c和g/g突变成c/c基因型；

152、(iv)cctggacaccg/tctggacacca或cctggacaccg/cctggacaccg的猪，通过定点突变的方式将其中的cctggacaccg/tctggacacca和cctggacaccg/cctggacaccg突变为tctggacacca/tctggacacca基因型；

153、(v)gtggggag/ttggggaa或gtggggag/gtggggag的猪，通过定点突变的方式将其中的gtggggag/ttggggaa和gtggggag/gtggggag突变为ttggggaa/ttggggaa基因型；

154、(vi)ca/c或ca/ca的猪，通过定点突变的方式将其中的ca/c和ca/ca突变为c/c基因型；

155、(vii)tgtggcc/cgtggc或cgtggct/cgtggct的猪，通过定点突变的方式将其中的tgtggcc/cgtggc和cgtggct/cgtggct突变为tgtggcc/tgtggcc基因型；

156、(viii)g/ga或g/g的猪，通过定点突变的方式将其中的g/ga和g/g突变为ga/ga基因型；

157、(ix)a/t或t/t的猪，通过定点突变的方式将其中的a/t和t/t突变为a/a基因型；

158、(x)a/c或a/a的猪，通过定点突变的方式将其中的a/c和a/a突变为c/c基因型；

159、(xi)t/c或t/t的猪，通过定点突变的方式将其中的t/c和t/t突变为c/c基因型；

160、(xii)a/g或a/a的猪，通过定点突变的方式将其中的a/g和a/a突变为g/g基因型；

161、(xiii)t/c或t/t的猪，通过定点突变的方式将其中的t/c和t/t突变为c/c基因型；

162、(xiv)g/t或g/g的猪，通过定点突变的方式将其中的g/t和g/g突变为t/t基因型；

163、(xv)a/atatatat或atatatat/atatatat的猪，通过定点突变的方式将其中的a/atatatat和atatatat/atatatat突变为t/t基因型；

164、(xvi)t/a或a/a的猪，通过定点突变的方式将其中的t/a和a/a突变为a/a基因型；

165、(xvii)acactacaggc/a或acactacaggc/acactacaggc的猪，通过定点突变的方式将其中的acactacaggc/a和acactacaggc/acactacaggc突变为a/a基因型；

166、(xviii)c/t或c/c的猪，通过定点突变的方式将其中的c/t和c/c突变为t/t基因型；

167、(xix)c/t或c/c的猪，通过定点突变的方式将其中的c/t和c/c突变为t/t基因型；

168、(xx)ga/g或ga/ga的猪，通过定点突变的方式将其中的ga/g和ga/ga突变为g/g基因型；

169、(xxi)t/t或t/ta的猪，通过定点突变的方式将其中的t/t和t/ta突变为ta/ta基因型；

170、(xxii)c/t或c/c的猪，通过定点突变的方式将其中的c/t和c/c突变为t/t基因型；

171、(xxiii)g/a或g/g的猪，通过定点突变的方式将其中的g/a和g/g突变为a/a基因型；

172、(xxiv)c/a或c/c的猪，通过定点突变的方式将其中的c/a和c/c突变为a/a基因型；

173、(xxv)g/c或g/g的猪，通过定点突变的方式将其中的g/c和g/g突变为c/c基因型；

174、(xxvi)cagt/c或cagt/cagt的猪，通过定点突变的方式将其中的cagt/c和cagt/cagt突变为c/c基因型；

175、(xxvii)a/g或a/a的猪，通过定点突变的方式将其中的a/g和a/a突变为g/g基因型；

176、(xxviii)g/a或g/g的猪，通过定点突变的方式将其中的g/a和g/g突变为a/a基因型；

177、(xxix)aaa/gat或aaa/aaa的猪，通过定点突变的方式将其中的aaa/gat和aaa/aaa突变为gat/gat基因型；

178、(xxx)t/taaac或taaac/taaac的猪，通过定点突变的方式将其中的t/taaac和taaac/taaac突变为t/t基因型；

179、(xxxi)a/g或a/a的猪，通过定点突变的方式将其中的a/g和a/a突变为g/g基因型；

180、(xxxii)c/g或c/c的猪，通过定点突变的方式将其中的c/g和c/c突变为g/g基因型；

181、(xxxiii)gcaggagttgcaata/acaggagtttcaat或acaggagtttcaat/acaggagtttcaat的猪，通过定点突变的方式将其中的gcaggagttgcaata/acaggagtttcaat和acaggagtttcaat/acaggagtttcaat突变为gcaggagttgcaata/gcaggagttgcaata基因型；

182、(xxxiv)t/ta或t/t的猪，通过定点突变的方式将其中的t/ta和t/t突变为ta/ta基因型；

183、(xxxv)ac/a或ac/ac的猪，通过定点突变的方式将其中的ac/a和ac/ac突变为a/a基因型。

184、进一步地，所述定点突变的方式为利用转基因的方法或基因编辑的方法进行突变。

185、较佳地，利用crispr/cas9基因编辑方法进行突变。

186、本发明的snp分子标记与猪骨骼肌纤维密度密切相关，因此可以通过本发明的snp标记中的至少一个来检测猪的相关指标，或者通过这些snp标记中的至少一个来进行遗传改良。