一种抑制番茄果实成熟的基因SlWRKY71及其调控方法

文档序号:32531617发布日期:2022-12-13 22:22阅读:来源:国知局

技术特征:
1.一种抑制番茄果实成熟的基因slwrky71,其特征在于:所述基因的核苷酸序列如seq no.1所示。2.一种抑制番茄果实成熟的调控方法,其特征在于:包括下列步骤:步骤1:将靶点一正向引物-f1、靶点一反向引物-r1、靶点二正向引物-f2和靶点二反向引物-r2用无菌ddh2o混合稀释至浓度为1μm,然后置于pcr仪中,88-92℃条件下处理25-35 s,然后移至室温冷却,完成靶点引物退火,得到靶点接头引物混合物;靶点一正向引物-f1:5
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gtcacaatggcagcagccaagaaa-3’;靶点一反向引物-r1:5
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aaactttcttggctgctgccattg-3’;靶点二正向引物-f2:5
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gtcaggatgcactactccctctct-3’;靶点二反向引物-r2:5
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aaacagagagggagtagtgcatcc-3’;步骤2:配制包含步骤1中靶点接头引物混合物的酶切连接反应液,利用边切边连法,使靶点接头与grna表达盒连接,扩增grna表达盒;步骤3:以步骤2得到的产物为模板,进行第一轮pcr扩增;步骤4:以步骤3得到的第一轮pcr扩增产物为模板,进行第二轮pcr扩增,扩增完成后估测产物浓度;步骤5:把步骤4得到的2个二轮pcr产物等量混合,用dna产物纯化试剂盒纯化后取2 μl纯化产物进行琼脂糖凝胶电泳,检查产物纯化效果,浓度不低于5ng/μl即可进行下一步;步骤6:利用边切边连法进行grna表达盒与cas9质粒的连接;步骤7:连接完成后取步骤6连接产物通过化学热激法转化大肠杆菌dh5α,提取质粒,测序检测;步骤8:将crispr/cas9-slwrky71质粒转化eha105农杆菌感受态细胞;步骤9:将含有crispr/cas9-slwrky71质粒的eha105农杆菌侵染番茄子叶并获得转基因阳性苗wrky71;步骤10:以番茄cdna为模板,根据mrna的序列分别设计两轮引物;第一轮引物无酶切位点,第二轮的上游引物需从起始密码子或起始密码子前面几个碱基开始,下游引物必须从终止密码子开始,二轮引物需引入酶切位点;以上游引物-f和下游引物-r进行pcr扩增,pcr扩增产物纯化后,得到目的基因片段;第一轮正向引物-f1:5
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atgggtgatgaactaagagatttg-3’;第一轮反向引物-r1:5
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tcatggttcttgtttaagattaaa-3’;第二轮正向引物-f2:5
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gagaacacgggggactctagaatgggtgatgaactaagagatttgtact-3’;第二轮反向引物-r2:5
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cttgtaatcggtaccctcgagtggttcttgtttaagattaaacatagaagg-3’;步骤11:用限制性内切酶bamhi和限制性内切酶xhoi对载体pbi121进行双酶切,酶切产物纯化后,得到线性pbi121载体;步骤12:目的基因片段和线性pbi121载体进行重组,得到wrky71-pbi121质粒;步骤13:将wrky71-pbi121质粒转化eha105农杆菌感受态细胞;步骤14:含有wrky71-pbi121质粒的eha105农杆菌侵染番茄子叶并获得转基因阳性苗slwrky71-oe。
3.根据权利要求2所述的抑制番茄果实成熟的调控方法,其特征在于:步骤2中,所述酶切连接反应液为:1μl的10
×
cutsmart buffer,20ng的pylgrna-atu#质粒,0.5μl的接头引物混合物,0.4 μl的bsai,0.1 μl的t4 dna ligase,0.4 μl的t4 dna ligase buffer,ddh2o补足至10 μl;pcr扩增参数为:37℃,5 min;20℃,5 min;5个循环。4.根据权利要求2所述的抑制番茄果实成熟的调控方法,其特征在于:步骤3包括2个pcr扩增反应,第一个第一轮pcr扩增为50 μl反应体系:1 μl的边切边连产物,4 μl的引物对u-f/rn,1μl的dntps,1 μl的super-fidelity dna polymerase,10 μl的5
×
super-fidelity dna polymerase buffer,33μl的ddh2o;pcr条件:95℃,1 min;95℃,10s;60℃,15s;72℃,15s;25个循环;72℃,10 min;4℃,∞;第二个第一轮pcr扩增为50μl反应体系:1 μl的边切边连产物,4 μl的引物对fn/grna-r,1μl的dntps,1 μl的super-fidelity dna polymerase,10μl的5
×
super-fidelity dna polymerase buffer,33μl的ddh2o;pcr条件:95℃,1 min;95℃,10s;60℃,15s;72℃,15s;25个循环;72℃,10 min;4℃,∞;u-f:5
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ctccgttttacctgtggaatcg-3’;grna-r:5
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cggaggaaaattccatccac-3’;rn代表第一轮反向引物-r1和第二轮反向引物-r2;fn代表第一轮正向引物-f1和第二轮正向引物-f2。5.根据权利要求2所述的抑制番茄果实成熟的调控方法,其特征在于:预先将位置特异引物对混合成10
×
工作液,每种1.5 μm:pt1=1.5 μlb1’+1.5 μlb2+7 μlddh2o,pt2l=1.5 μlb2’+1.5 μlbl+7 μlddh2o;靶点一反应体系为:一轮pcr扩增的2个靶点一pcr反应产物各1 μl,3 μl引物组合工作液pt1,0.6 μl的dntps,0.6 μl的super-fidelity dna polymerase,6μl的5
×
super-fidelity dna polymerase buffer,17.8 μl的ddh2o;靶点二反应体系为:一轮pcr扩增的2个靶点二pcr反应产物各1 μl,3 μl引物组合工作液pt2l,0.6 μl的dntps,0.6 μl的super-fidelity dna polymerase,6 μl的5
×
super-fidelity dna polymerase buffer,17.8 μl的ddh2o混匀后置于pcr仪中;pcr反应条件为:95℃,1min;95℃,10s,60℃, 15s,72℃,15 s,18个循环;72℃,10min;4℃,∞;b1’:5
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ttcagaggtctctctcgactagtggaatcggcagcaaagg-3’;b2:agcgtgggtctcgtcagggtccatccactccaagctc;b2’:ttcagaggtctctctgacactggaatcggcagcaaagg;bl:agcgtgggtctcgaccgacgcgtccatccactccaagctc。6.根据权利要求2所述的抑制番茄果实成熟的调控方法,其特征在于:步骤6中,取二轮纯化产物20-70 ng,加入80-100ng未切割的pylcrispr/cas9-dn质粒,10
×
cutsmart buffer 1.5μl,bsai内切酶0.5 μl,用ddh2o补足体积至15 μl;混匀后置于pcr仪中37℃反应10 min进行pylcrispr/cas9-dn质粒酶切;向酶切后的反应体系中补加0.4 μl 10
×
t4dna ligase buffer和0.1 μl t4 dna ligase;再次混匀后置于pcr仪中,反应条件为37℃ 2 min,10℃ 3 min,20℃ 5 min,13个循环;37℃ 2 min;4℃ ∞。7.根据权利要求2所述的抑制番茄果实成熟的调控方法,其特征在于:步骤7中,取步骤7得到的1 μl连接产物加入到100
µ
l大肠杆菌dh5α感受态细胞中,冰上静置30 min,42℃热
激45 s,冰浴2-3 min;在离心管中加入700
ꢀµ
l的lb液体培养基,置于37℃,200 rpm摇床中振荡培养60 min;培养得到的菌液5000 rpm离心2 min,弃上清600
ꢀµ
l,吸取剩余菌液均匀涂布于含有卡那霉素的lb固体培养基(每100 ml lb固体培养基加500ul 10 mg/ml卡那霉素)上,37℃倒置培养16 h;挑取单克隆菌落,于10
ꢀµ
l无菌水中吹吸混匀,取2
ꢀµ
l菌液进行菌落鉴定,菌落pcr体系为25 μl:2 μl菌液、10 μm双元载体上的引物对sp-dl/sp-r各1μl、2
×
rapid taq master mix 12.5μl、ddh2o 8.5 μl,混匀后置于pcr仪中;pcr条件为:预变性95℃ 3min;变性95℃ 15s,退火55℃ 1min,延伸72℃ 45 s,32个循环;彻底延伸72℃ 5min;4℃ ∞;待反应结束后,在琼脂糖凝胶上检测pcr产物条带大小是否符合理论值,将条带大小正确的剩余菌液转移至4 ml含有卡那霉素的lb液体培养基中,37℃/200 rpm摇床中振荡培养16 h,质粒小提试剂盒提取质粒并跑琼脂糖凝胶验证质粒提取是否成功,将提取出的质粒送往生工公司进一步测序鉴定。8.根据权利要求2所述的抑制番茄果实成熟的调控方法,其特征在于:步骤8中,取100 μl农杆菌感受态细胞eha105,在冰浴中使其融化,加入1μl测序正确的cas9质粒,用手轻轻拨打离心管底部,混匀,依次在冰上静置5 min、液氮5 min、37℃水浴5 min、冰浴5 min;加入700 μl无抗生素的lb液体培养基,于28℃振荡培养2-3 h;6000 rpm 离心1 min收菌,留取100 μl左右上清,吹打混匀重悬菌体,涂布于lb-kana/rif固体培养基上,倒置放于28℃培养箱培养2-3天。9.根据权利要求2所述的抑制番茄果实成熟的调控方法,其特征在于:步骤9中,挑取步骤9中构建好的cas9载体的农杆菌单菌落于3 ml含kana和rif的lb液体培养基中,200 rpm,28℃培养12-16 h后取300
ꢀµ
l于20 ml含kana和rif的lb液体培养基中,200 rpm,28℃震荡培养6-7 h,用分光光度计检测菌液od
600
至0.5-0.6;5000 rpm室温离心10 min收集菌体,菌体用无菌水稀释至od
600
=0.1-0.2,现配现用;将番茄子叶和茎段黑暗预培养2 d后浸泡于稀释好的农杆菌侵染液中,震荡,侵染5 min后倒掉侵染液,用枪头吸掉多余侵染液,将子叶和茎段再经过含不同植物激素的培养基上分别发芽、芽伸长、生根的过程,将生根的外植体转移至营养土中进行后续测序鉴定,进而得到转化的番茄植株;随后通过设计靶点上下游引物,提取转基因番茄植株dna,进行pcr扩增,并进行测序鉴定,分析slcas基因是否发生编辑。10.根据权利要求2所述的抑制番茄果实成熟的调控方法,其特征在于:步骤10中,pcr扩增体系为50 μl:番茄cdna 2μl、上游引物-f和下游引物-r各2μl、5
×
高保真dna聚合酶缓冲液10μl、高保真dna聚合酶1μl、脱氧核糖核苷三磷酸dntp混合物1μl、双蒸水补至50 μl。11.根据权利要求2所述的抑制番茄果实成熟的调控方法,其特征在于:步骤10中,一轮pcr总反应体系为50μl,其中含有4μl 模板(为番茄提取rna后反转录得到的cdna),1μl正向引物f1,1μl反向引物r1,4μl dntp,5μl pcrsit,1μl pfu酶,10μl 5
×
pfu buffer,24μl 无菌ddh2o;二轮pcr与一轮pcr体系相同,只是用一轮pcr产物作为模版,将引物对换成f2与r2;pcr扩增参数为:95℃预变性 5min,95℃变性 20s,55℃退火 20s,72℃ 延伸1min25s,38个循环,72℃延伸5min,4℃保存;
二轮产物使用普通dna纯化试剂盒进行纯化回收。12.根据权利要求2所述的抑制番茄果实成熟的调控方法,其特征在于:步骤11中,酶切总体系为50μl,其中含有20μl pbi121载体质粒/二轮纯化产物,2μl xhoi,2μl bamhi,5μl cut smart buffer,21μl无菌ddh2o;pbi121载体37℃酶切4h,纯化产物37℃酶切过夜;使用dna胶回收试剂盒将得到的酶切产物分别进行切胶纯化。13.根据权利要求2所述的抑制番茄果实成熟的调控方法,其特征在于:步骤12中,目的基因片段和线性pbi121载体用一步克隆试剂盒clonexpress
ⅱꢀ
one step cloning kit进行重组,重组条件为:37℃连接30 min,结束后置于冰上保存;取步骤1得到的pcr扩增产物加入到100
µ
l大肠杆菌dh5α感受态细胞中,冰上静置30 min,42℃热激45s,冰浴2-3 min;在离心管中加入700
µ
l的lb液体培养基,置于37℃,150 rpm摇床中振荡培养45 min;培养得到的菌液4000rpm离心2min,弃上清200
µ
l,吸取剩余菌液均匀涂布于含有卡那霉素的固体培养基(每100 ml固体lb加 500 ul 10 mg/ml 卡那霉素)上,37℃倒置培养16h;挑取单克隆菌落,于10
µ
l无菌水中吹吸混匀,取2
µ
l菌液进行菌落鉴定;挑取6个阳性克隆测序。14.根据权利要求2所述的抑制番茄果实成熟的调控方法,其特征在于:步骤13中,进行菌落鉴定时,菌落pcr体系为25
µ
l:2
µ
l菌液、1
µ
l正向引物f2、1
µ
l反向引物r2、12.5
µ
l的2
×
taq聚合酶混合体系、8.5
µ
l双蒸水,冰上混匀;pcr参数为:95℃预变性3min;95℃变性15s;55℃退火15s,72℃延伸2min15s,35个循环;72℃延伸5min;4℃保存,待反应结束后,产物经琼脂糖凝胶电泳,检测条带大小是否符合结果,将条带位置正确的单克隆扩大培养,即在菌液中加入lb液体培养基5 ml,并加入25
µ
l 的浓度为10mg/ml卡那霉素后混匀,37℃,200 rpm摇床中振荡培养12-16h,然后提取菌液中的质粒,并将提取的质粒于-20℃保存;在pbi121载体上wrky71基因片段的两端设计引物进行测序。15.根据权利要求2所述的抑制番茄果实成熟的调控方法,其特征在于:步骤13中, 将容纳有冰水混合状态的eha105农杆菌感受态细胞的试管插入冰中,然后加入1μl的wrky71-pbi121质粒,拨打管底混匀,依次于冰上静置5分钟、液氮5分钟、37℃水浴5分钟、冰浴5分钟;然后接种于700ml液体lb培养基,置于37℃,150rpm摇床中振荡培养2-3h;5000rpm离心1min,留取100ul左右上清轻轻吹打重悬菌液涂布于含卡那霉素和利福平的lb平板(每100 ml固体lb加500ul 10 mg/ml 卡那霉素和500ul 10 mg/ml 利福平上,倒置放于28度培养箱培养2~3天;有菌落长出后,用枪头随机挑取若干单克隆菌落,溶于10μl的无菌水中制成菌液,取2
µ
l菌液进行菌落鉴定;向条带位置鉴定正确的菌液中加5ml的lb液体培养基、10
µ
l的浓度为10mg/ml利福平,25μl的浓度为10的mg/ml卡那霉素,置于37℃摇床,200 rpm振荡培养过夜,得到含有wrky71-pbi121质粒的eha105农杆菌。16.根据权利要求2所述的抑制番茄果实成熟的调控方法,其特征在于:步骤14中,将番茄种子用次氯酸钠和酒精清洗消毒以后,播种在生根培养基t0上,暗培养5-7天等待发芽后拿到光照下培养;待芽长成两片子叶时即可准备剪叶子,将番茄子叶剪成小正方形,一片子叶可剪成两半,以及茎剪成小段,将叶和茎摆在预培养基t1上;
将预培养2 d后的外植体浸泡于含有wrky71-pbi121质粒的eha105农杆菌侵染液中,震荡,侵染5min后倒掉侵染液,用枪头吸掉多余侵染液,将外植体重新放回预培养基t1上,暗培养2天后,转至芽诱导培养基t
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上,使用卡那霉素进行筛选,背面朝下,25℃,16h光照培养7 d后,转入新的芽诱导培养基t
21
上继代培养;此后每隔2周更换新的芽诱导培养基t
21
继代培养,待外植体发芽2-3cm时,转入芽伸长培养基t
22
中,培养3-4周,每两周更换新的芽伸长培养基t
22
,当芽伸长至4-5cm时,剪去根部的愈伤组织,转入生根培养基t3中,培养3-4周,得到生根的小苗;将生根的小苗转入土盆内,使幼苗生长3-7 d,结束后,将番茄小苗转移至土培室内,16 h光照正常生长,得到转基因阳性苗。17.根据权利要求2所述的抑制番茄果实成熟的调控方法,其特征在于:步骤14中,侵染液的配置:挑取含有wrky71-pbi121质粒的eha105农杆菌单菌落于3ml的lb液体培养基中(含15ul 10mg/ml的卡那霉素和15ul10mg/ml的利福平),200rpm,28℃过夜;次日取300
µ
l的菌液于20mllb液体培养基中(含100ul10mg/ml的卡那霉素和100ul10mg/ml的利福平),200 rpm,28℃震荡培养6-7 h;用分光光度计检测od
600
至0.5-0.6;5000 rpm室温离心10 min收集菌体,菌体用无菌水稀释至od
600
=0.1-0.2,即得含有wrky71-pbi121质粒的eha105农杆菌侵染液。

技术总结
一种抑制番茄果实成熟的基因SlWRKY71及其调控方法,所述基因的核苷酸序列如Seq No.1所示。本发明通过从番茄中得到SlWRKY71基因完整的编码序列,设计靶点,将靶点连接到载体CRIPSR-Cas9上,利用农杆菌侵染法转化植物,获得基因编辑植株,对基因编辑植株进行了分析。对基因编辑植株进行了分析。对基因编辑植株进行了分析。


技术研发人员:姚改芳 张华 孙忱 胡康棣 孙红叶 苟沙沙 安欣
受保护的技术使用者:合肥工业大学
技术研发日:2022.09.19
技术公布日:2022/12/12
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