检测泛癌实体瘤的治疗用药的组合及试剂盒的制作方法

本发明涉及核酸检测领域。具体地说。本发明涉及实体瘤相关基因与微卫星位点的组合，以及利用所述组合检测泛癌实体瘤的治疗用药的方法及试剂盒。

背景技术：

1、肿瘤是一种由多基因发生改变而导致相关基因功能障碍的复杂疾病，多基因改变也是肿瘤发生发展的最根本原因。肿瘤患者对各种药物存在明显个体差异，也与患者个体肿瘤相关基因差异表达和多态性有关。肿瘤相关基因的变异状态在肿瘤的诊断、治疗、预后等个性化治疗过程中起着非常重要的作用，随着越来越多的标志物被鉴定出来，肿瘤的治疗方式将根据患者特异性的生物标志物变得越来越个性化，在实现肿瘤个性化治疗的道路上，下一代测序(ngs)技术发挥着不可取代的作用，它帮助研究人员和病理学家实现了从单基因检测到多基因检测的完美转换。

2、恶性肿瘤是目前最需要个体化药物治疗的一类疾病，通过个体基因多态性检测分析，指导患者精准用药。基因检测指导下的安全药物个体化治疗已经有显著临床应用意义。

3、目前，市场上针对肿瘤的产品分化成大致两种类型。一种是泛癌种大panel，检测范围囊括有明确用药解读的、数据库中的及通路中的重要基因，基因数量则动辄几百起步。这种产品的优点是可以满足于肿瘤手术样本的检测需求，且适用癌种不受限；但由于panel自身基因数量众多，只能用探针捕获法进行检测，导致所需数据量过大，价格昂贵，操作复杂，耗时长，患者受众严重受限。另一种则是针对专一癌种的小panel，检测范围一般是nccn指南中推荐的基因，用于指导已获批的靶向用药。这种产品的优点是制定精准化个性治疗方案，可动态监测用药后结果；缺点是检测基因局限，癌种过于单一，可能因漏检导致患者错失最佳的治疗方案。

4、因此，本领域急需检测泛癌实体瘤的治疗用药的panel。利用这样的panel检测泛癌实体瘤的治疗用药需要满足操作简单、成本低、用时短等要求。

技术实现思路

1、本发明的目的在于一种基于扩增子法检测泛癌实体瘤的靶向、放化疗及免疫治疗用药的panel及试剂盒。

2、为此，本发明提供了一种检测泛癌实体瘤的治疗用药的panel。

3、本发明还提供了利用所述panel检测泛癌实体瘤的治疗用药，特别是检测泛癌实体瘤靶向治疗、放疗、化疗及免疫治疗的用药的方法。

4、本发明还提供了与本所述panel相关的引物、检测试剂以及检测试剂盒。

5、在第一方面，本发明提供一种组合，所述组合包括以下实体瘤相关基因：

6、所述实体瘤相关基因是：egfr、ntrk3、ntrk1、ntrk2、pik3ca、alk、ros1、ret、met、kras、erbb2、ugt1a1、nras、braf、kit、fgfr3、fgfr2、nrg1、hras、tpmt、idh1、gnaq、gna11、akt1、pdgfra、bcl2l11、esr1。

7、在具体的实施方式中，所述组合还包括微卫星位点；优选15种微卫星位点；更优选选自下组的15种或以上的微卫星位点：

8、loci_18、loci_52、loci_54、loci_60、loci_64、loci_70、loci_79、loci_80、loci_87、loci_88、loci_94、loci_109、loci_111、loci_113、loci_135、loci_148、loci_149、loci_180、loci_185、loci_191、loci_200、loci_203、loci_213、loci_220、loci_234、loci_253、loci_272、loci_327、loci_338、loci_486。

9、在具体的实施方式中，所述组合包括以下实体瘤相关基因和微卫星位点；

10、所述实体瘤相关基因是：egfr、ntrk3、ntrk1、ntrk2、pik3ca、alk、ros1、ret、met、kras、erbb2、ugt1a1、nras、braf、kit、fgfr3、fgfr2、nrg1、hras、tpmt、idh1、gnaq、gna11、akt1、pdgfra、bcl2l11、esr1；

11、所述微卫星位点是：loci_18、loci_52、loci_54、loci_60、loci_64、loci_70、loci_79、loci_80、loci_87、loci_88、loci_94、loci_109、loci_111、loci_113、loci_135、loci_148、loci_149、loci_180、loci_185、loci_191、loci_200、loci_203、loci_213、loci_220、loci_234、loci_253、loci_272、loci_327、loci_338、loci_486。

12、在优选的实施方式中，所述组合用于检测泛癌实体瘤治疗用药。

13、在优选的实施方式中，所述组合用于检测泛癌实体瘤靶向治疗、放疗、化疗及免疫治疗的用药。

14、在优选的实施方式中，所述泛癌实体瘤包括但不限于：肺癌，肠癌，胃癌，胆管癌，肝癌，胰腺癌，泌尿肿瘤，妇瘤，乳腺癌，黑色素瘤，甲状腺癌，肾癌；优选肺癌，结直肠癌，胃肠间质瘤，胆管癌。

15、在第二方面，本发明提供一种引物，所述的引物用于检测第一方面所述的组合。

16、在优选的实施方式中，所述引物是表6和表7所示的正向引物和反向引物。

17、在第三方面，本发明提供一种检测试剂，所述检测试剂包含第二方面所述的引物。

18、在第四方面，本发明提供一种检测试剂盒，所述检测试剂盒用于检测第一方面所述的组合。

19、在优选的实施方式中，所述试剂盒装有：

20、1)第二方面所述的引物或第三方面所述的检测试剂；

21、2)使用说明书，所述使用说明书记载了如何利用第二方面所述的引物或第三方面所述的检测试剂检测样品以及对检测结果的解读；

22、3)任选的利用第二方面所述的引物或第三方面所述的检测试剂检测样品的辅助试剂。

23、在优选的实施方式中，所述检测试剂盒用于检测泛癌实体瘤治疗用药。

24、在优选的实施方式中，所述检测泛癌实体瘤治疗用药是指检测泛癌实体瘤靶向治疗、放疗、化疗及免疫治疗的用药。

25、在优选的实施方式中，所述泛癌实体瘤包括但不限于：肺癌，肠癌，胃癌，胆管癌，肝癌，胰腺癌，泌尿肿瘤，妇瘤，乳腺癌，黑色素瘤，甲状腺癌，肾癌；优选肺癌，结直肠癌，胃肠间质瘤，胆管癌。

26、在第五方面，本发明提供第一方面所述的组合或第二方面所述的引物或第三方面所述的检测试剂在制备检测试剂盒中的用途。

27、在优选的实施方式中，所述检测试剂盒用于检测泛癌实体瘤治疗用药。

28、在优选的实施方式中，所述检测泛癌实体瘤治疗用药是指检测泛癌实体瘤靶向治疗、放疗、化疗及免疫治疗的用药。

29、在优选的实施方式中，所述泛癌实体瘤包括但不限于：肺癌，肠癌，胃癌，胆管癌，肝癌，胰腺癌，泌尿肿瘤，妇瘤，乳腺癌，黑色素瘤，甲状腺癌，肾癌；优选肺癌，结直肠癌，胃肠间质瘤，胆管癌。

30、在第六方面，本发明提供一种pcr试剂盒，所述试剂盒中包括容器以及位于所述容器中的第二方面所述的引物。

31、在第七方面，本发明提供一种pcr方法，所述方法包括利用第二方面所述的引物对待测样品实施多重pcr的步骤。

32、在优选的实施方式中，所述pcr方法是体外、非诊断性的。

33、在优选的实施方式中，所述pcr方法是rhampseq多重pcr技术。

34、在第八方面，本发明提供一种dna文库构建方法，所述方法包括以下步骤：

35、1)实施第七方面所述的pcr方法，从而获得第一扩增产物；

36、2)任选对步骤1)中获得的第一扩增产物进行纯化，从而获得第一目标产物；

37、3)对步骤2)中获得的第一目标产物进行扩增，从而获得dna文库；

38、4)任选对步骤3)中获得的dna文库进行纯化；和

39、5)任选对步骤3)中获得的dna文库或步骤4)中纯化的文库进行测序和数据分析。

40、在第九方面，本发明提供一种dna文库，所述dna文库通过第八方面所述的方法构建。

41、在第十方面，本发明提供第二方面所述的引物或第三方面所述的检测试剂或第四方面所述的检测试剂盒的用途，用于检测泛癌实体瘤治疗用药。

42、在优选的实施方式中，所述组合用于检测泛癌实体瘤治疗用药。

43、在优选的实施方式中，所述组合用于检测泛癌实体瘤靶向治疗、放疗、化疗及免疫治疗的用药。

44、在优选的实施方式中，所述泛癌实体瘤包括但不限于：肺癌，肠癌，胃癌，胆管癌，肝癌，胰腺癌，泌尿肿瘤，妇瘤，乳腺癌，黑色素瘤，甲状腺癌，肾癌；优选肺癌，结直肠癌，胃肠间质瘤，胆管癌。

45、在第十一方面，本发明提供一种检测泛癌实体瘤治疗用药的方法，所述方法包括：利用第二方面所述的引物或第三方面所述的检测试剂或第四方面所述的检测试剂盒，对待测样品进行pcr，并检测pcr扩增产物。

46、在优选的实施方式中，所述组合用于检测泛癌实体瘤治疗用药。

47、在优选的实施方式中，所述组合用于检测泛癌实体瘤靶向治疗、放疗、化疗及免疫治疗的用药。

48、在优选的实施方式中，所述泛癌实体瘤包括但不限于：肺癌，肠癌，胃癌，胆管癌，肝癌，胰腺癌，泌尿肿瘤，妇瘤，乳腺癌，黑色素瘤，甲状腺癌，肾癌；优选肺癌，结直肠癌，胃肠间质瘤，胆管癌。

49、应理解，在本发明范围内，本发明的上述各技术特征和在下文(如实施例)中具体描述的各技术特征之间都可以互相组合，从而构成新的或优选的技术方案。限于篇幅，在此不再一一累述。