一种用于构建荔枝SNP指纹图谱的SNP位点组合、应用及鉴定方法

本发明涉及分子生物学，特别涉及一种用于构建荔枝snp指纹图谱的snp位点组合、应用及鉴定方法。

背景技术：

1、荔枝(litchi chinensis sonn)，是无患子科、荔枝属常绿乔木，喜光向阳，广泛种植于广东、福建、海南等地区，品种繁多，具有极高的经济价值。荔枝开花因品种而异，早熟种早，迟熟种迟，有雌雄蕊异属性，但不同品种开花顺序、次数不同。荔枝原产于我国，历史悠久，其在我国的栽培和食用历史可以追溯到两千多年前的汉代。我国重视对种质资源的收集和保存，曾多次对荔枝种质资源进行详细记录和复查。近年来也发现了许多地方优质品种与国外品种。但同时繁多的品种和复杂的遗传背景，给荔枝品种鉴定带来了巨大的挑战。

2、dna指纹图谱技术是基于dna分子标记建立的能够用于种质资源分类鉴定的一种现代手段。构建植物品种dna指纹图谱，可以克服单纯依据形态特征鉴定品种的局限性，这对于开展种质资源精准鉴定与基因发掘工作十分重要。dna指纹图谱技术在品种资源多样性和品种鉴定研究中被广泛应用，但在荔枝上鲜有相关报道。且目前已有的品种鉴定标准大多是基于ssr、rapd、rflp标记，罕见基于snp分子标记构建指纹图谱实现荔枝品种鉴定的方法。

技术实现思路

1、鉴于现有技术的不足，本发明的目的是提供一种用于构建荔枝dna指纹图谱的snp位点组合及其应用。以多个荔枝样本为研究对象，分析得到100个核心snp位点信息，利用这些snp位点信息构建出属于每个荔枝样本的指纹图谱。所构建的指纹图谱可用于荔枝种质资源分类鉴定以及育种等方面。

2、本发明的技术方案是这样实现的：

3、一种用于构建荔枝snp指纹图谱的snp位点组合，所述snp位点包括：

4、第1位点，其位于1号染色体第545481bp处，变异类型为a/g；

5、第2位点，其位于1号染色体第687612bp处，变异类型为c/t；

6、第3位点，其位于1号染色体第2201119bp处，变异类型为a/t；

7、第4位点，其位于1号染色体第2201311bp处，变异类型为c/t；

8、第5位点，其位于1号染色体第2495548bp处，变异类型为a/g；第6位点，其位于1号染色体第6266484bp处，变异类型为t/c；第7位点，其位于1号染色体第9406000bp处，变异类型为c/t；第8位点，其位于1号染色体第12773035bp处，变异类型为a/g；第9位点，其位于1号染色体第44528637bp处，变异类型为c/t；第10位点，其位于1号染色体第45741119bp处，变异类型为a/g；第11位点，其位于1号染色体第46482639bp处，变异类型为t/g；第12位点，其位于1号染色体第47886198bp处，变异类型为t/c；第13位点，其位于2号染色体第2047845bp处，变异类型为g/a；第14位点，其位于2号染色体第2873495bp处，变异类型为a/g；第15位点，其位于2号染色体第3050057bp处，变异类型为c/t；第16位点，其位于2号染色体第3205244bp处，变异类型为g/a；第17位点，其位于2号染色体第3986010bp处，变异类型为c/t；第18位点，其位于2号染色体第9401342bp处，变异类型为g/c；第19位点，其位于2号染色体第14701915bp处，变异类型为a/t；第20位点，其位于2号染色体第14940219bp处，变异类型为c/a；第21位点，其位于2号染色体第18937247bp处，变异类型为g/c；第22位点，其位于2号染色体第19303257bp处，变异类型为g/a；第23位点，其位于2号染色体第19347507bp处，变异类型为g/a；第24位点，其位于2号染色体第24366194bp处，变异类型为t/c；第25位点，其位于2号染色体第27981666bp处，变异类型为t/c；第26位点，其位于2号染色体第39547698bp处，变异类型为c/a；第27位点，其位于2号染色体第46412613bp处，变异类型为a/g；第28位点，其位于3号染色体第13547391bp处，变异类型为a/g；第29位点，其位于3号染色体第23978208bp处，变异类型为t/c；第30位点，其位于3号染色体第27623748bp处，变异类型为c/t；第31位点，其位于3号染色体第32372734bp处，变异类型为c/t；第32位点，其位于3号染色体第32436153bp处，变异类型为g/c；第33位点，其位于3号染色体第37534278bp处，变异类型为g/a；第34位点，其位于3号染色体第40178822bp处，变异类型为c/t；第35位点，其位于4号染色体第10505266bp处，变异类型为t/a；第36位点，其位于4号染色体第21145172bp处，变异类型为a/g；第37位点，其位于4号染色体第22032464bp处，变异类型为t/c；第38位点，其位于4号染色体第24433528bp处，变异类型为c/t；第39位点，其位于4号染色体第25040719bp处，变异类型为g/c；第40位点，其位于4号染色体第33938135bp处，变异类型为t/g；第41位点，其位于4号染色体第35429916bp处，变异类型为t/c；第42位点，其位于4号染色体第35600405bp处，变异类型为c/t；第43位点，其位于5号染色体第25309407bp处，变异类型为t/c；第44位点，其位于5号染色体第25468956bp处，变异类型为g/a；第45位点，其位于5号染色体第26595920bp处，变异类型为g/a；第46位点，其位于5号染色体第27277565bp处，变异类型为a/g；第47位点，其位于5号染色体第30837768bp处，变异类型为g/a；第48位点，其位于5号染色体第32711351bp处，变异类型为c/t；第49位点，其位于6号染色体第8633342bp处，变异类型为c/t；第50位点，其位于6号染色体第15134822bp处，变异类型为a/g；第51位点，其位于7号染色体第1604239bp处，变异类型为a/c；第52位点，其位于7号染色体第4649920bp处，变异类型为c/t；第53位点，其位于7号染色体第24674969bp处，变异类型为t/c；第54位点，其位于7号染色体第26670200bp处，变异类型为g/a；第55位点，其位于7号染色体第31254686bp处，变异类型为t/c；第56位点，其位于7号染色体第32244592bp处，变异类型为c/t；第57位点，其位于8号染色体第12035697bp处，变异类型为g/a；第58位点，其位于8号染色体第16737377bp处，变异类型为g/a；第59位点，其位于8号染色体第20142748bp处，变异类型为c/a；第60位点，其位于8号染色体第24131867bp处，变异类型为a/g；第61位点，其位于8号染色体第25963400bp处，变异类型为g/a；第62位点，其位于8号染色体第26626811bp处，变异类型为g/a；第63位点，其位于8号染色体第30487362bp处，变异类型为a/g；第64位点，其位于8号染色体第31339022bp处，变异类型为t/c；第65位点，其位于9号染色体第3731164bp处，变异类型为c/g；第66位点，其位于9号染色体第19858161bp处，变异类型为c/t；第67位点，其位于9号染色体第19882512bp处，变异类型为c/g；第68位点，其位于9号染色体第31085651bp处，变异类型为c/t；第69位点，其位于10号染色体第32135357bp处，变异类型为t/c；第70位点，其位于11号染色体第6755607bp处，变异类型为g/a；第71位点，其位于11号染色体第6846610bp处，变异类型为a/t；第72位点，其位于11号染色体第14268737bp处，变异类型为g/a；第73位点，其位于11号染色体第19028655bp处，变异类型为a/c；第74位点，其位于11号染色体第22012737bp处，变异类型为a/g；第75位点，其位于11号染色体第28148373bp处，变异类型为a/g；第76位点，其位于11号染色体第28572323bp处，变异类型为g/c；第77位点，其位于11号染色体第29066153bp处，变异类型为t/c；第78位点，其位于12号染色体第4515625bp处，变异类型为g/a；第79位点，其位于12号染色体第7165484bp处，变异类型为c/t；第80位点，其位于12号染色体第11015330bp处，变异类型为c/g；第81位点，其位于12号染色体第19809428bp处，变异类型为a/g；第82位点，其位于12号染色体第25952010bp处，变异类型为g/a；第83位点，其位于12号染色体第28754729bp处，变异类型为t/c；第84位点，其位于12号染色体第28935367bp处，变异类型为a/g；第85位点，其位于13号染色体第1242043bp处，变异类型为a/g；第86位点，其位于13号染色体第8915121bp处，变异类型为a/t；第87位点，其位于13号染色体第9717661bp处，变异类型为t/c；第88位点，其位于13号染色体第15957404bp处，变异类型为g/c；第89位点，其位于13号染色体第24952068bp处，变异类型为c/t；

9、第90位点，其位于14号染色体第2964985bp处，变异类型为c/g；

10、第91位点，其位于14号染色体第11036295bp处，变异类型为g/a；

11、第92位点，其位于14号染色体第12556155bp处，变异类型为t/c；

12、第93位点，其位于14号染色体第15853622bp处，变异类型为a/c；

13、第94位点，其位于15号染色体第4969146bp处，变异类型为g/a；

14、第95位点，其位于15号染色体第9284099bp处，变异类型为c/g；

15、第96位点，其位于15号染色体第12769037bp处，变异类型为a/c；

16、第97位点，其位于15号染色体第22143654bp处，变异类型为c/t；

17、第98位点，其位于15号染色体第23482593bp处，变异类型为a/c；

18、第99位点，其位于15号染色体第26167572bp处，变异类型为t/c；

19、第100位点，其位于15号染色体第26961651bp处，变异类型为t/c。

20、一种荔枝dna指纹图谱，利用所述的snp位点组合构建而成。

21、本发明还涉及所述的snp位点组合在构建荔枝dna指纹图谱中的应用，以及在荔枝种质资源分类鉴定方面的应用。

22、另一发明，本发明还提供一种利用所述的snp位点组合鉴定荔枝种质的方法，包括如下步骤：

23、(1)提取荔枝样品dna；

24、(2)对荔枝样品dna中的snp位点进行检测；

25、(3)根据snp位点的检查结果，进行基因分型，鉴定荔枝的品种。

26、进一步的，所述荔枝样品为荔枝新鲜叶片。

27、与现有技术相比，本发明的有益效果是：

28、(1)本发明基于荔枝重测序获得的snp位点组合，可用于构建荔枝snp指纹图谱和荔枝品种的快速鉴定。本发明提供专属于该荔枝品种全新的身份信息，可有效辨别个体真实性，追溯个体来源。

29、(2)本发明利用snp位点组合，有效构建荔枝snp指纹图谱，建立荔枝的分子身份证，只需要对待测样本进行相应的检测并与指纹图谱库比对，即可鉴定待测样本的来源分类，判断品种间亲缘关系的远近和测量品种间遗传距离。本发明获得的荔枝snp指纹图谱对荔枝品种鉴定的准确率高。