一种致病基因CHD1突变位点的应用及检测试剂的制作方法

本发明属于基因诊断，具体涉及一种致病基因chd1突变位点的应用及检测试剂。

背景技术：

1、pilarowski-bjornsson综合征(mim617682)是一种常染色体显性遗传疾病，pilarowski-bjornsson综合征的主要临床特征为发育迟缓、智力障碍，常伴有自闭症特征、言语失用和轻度畸形特征，有些病人可能会有癫痫发作，表型多变。

2、chd1基因(mim602118)基因突变是导致pilarowski-bjornsson综合征(mim617682)的原因，chd1基因定位于染色体5q15-q21.1，包括37个外显子和36个内含子，基因长75.0kb，编1798个氨基酸序列的蛋白色素域解旋酶dna结合蛋白1chromodomainhelicasednabindingprotein1。人类chd蛋白家族属于swi2/snf2相关的atp酶超家族，该家族因蛋白质从氨基酸开始依次含有染色质调节域(chromdomains)、类swi2/snf2atp酶/解旋酶域(swi2/snf2-likeatpase/helicase)和dna结合域(dna-bindingdomain)而得名。dna结合域最为保守，该域位于chd蛋白的c末端，可以选择性地与富含at的双链dna结合，参与染色质凝集、染色质修饰和基因的表达调控，包括参与染色质的重塑与凝集，重塑复合物的翻译后修饰，参与基因的转录调控，参与细胞的发育和分化等。到目前为止，已经发现6个人类chd蛋白家族成员，包括chd1、chd2、chd3、chd4、chd5和chd6。根据编码蛋白序列的保守性，该家族被划分为三个亚族：chd1和chd2组成了ⅰ亚族，chd3、chd4和chd5为ⅱ亚族，chd6为ⅲ亚族。其中chd1基因仅在脑和神经组织中表达，在神经发育过程中发挥重要作用。chd1基因突变时导致蛋白功能异常，进而导致相应的神经系统表型。

3、因此，基因突变是导致疾病发生发展的重要遗传基础，基因诊断是确诊pilarowski-bjornsson综合征的重要遗传学标准。临床上需要针对不同突变建立相应的检测技术并用于明确病因和疾病诊断。现有技术中对基因突变位点的基因型进行检测，可以采用其他方法限制性酶切片段长度多态性、单链构象多态性、等位基因特异的寡聚核苷酸杂交等等，但这些检测方法均不能同时满足定性、定量及明确突变基因的序列的目的，所以需要针对特异突变位点的特异性扩增引物。

技术实现思路

1、有鉴于此，本发明的目的在于提供一种致病基因chd1突变位点的应用，不仅能丰富基因诊断pilarowski-bjornsson综合征的突变位点，还能作为靶点为药物筛选、药效评价及靶向治疗提供基础。

2、本发明的目的还在于提供一种检测导致pilarowski-bjornsson综合征的致病基因chd1突变位点的试剂，助力pilarowski-bjornsson综合征基因突变的筛查和诊断。

3、本发明提供了一种基因chd1突变位点在制备防治pilarowski-bjornsson综合征诊断试剂或制备防治pilarowski-bjornsson综合征的药物中的应用，所述基因chd1突变位点为chd1:nm_001364113.3:exon37:c.5377t>c:p.w1793r。

4、本发明提供了一种用于检测导致pilarowski-bjornsson综合征的致病基因chd1突变位点的试剂，包括检测致病基因chd1突变位点c.5377t>c:p.w1793r的引物；

5、所述检测致病基因chd1突变位点c.5377t>c:p.w1793r的引物包括核苷酸序列如seq idno:1所示的chd1-f和核苷酸序列如seq id no:2所示的chd1-r。

6、优选的，所述试剂还包括测序引物；

7、所述测序引物包括核苷酸序列如seq id no:3所示的chd1-seqf和核苷酸序列如seq id no:4所示的chd1-seqr。

8、本发明提供了一种pilarowski-bjornsson综合征诊断试剂盒，包括所述试剂和pcr扩增试剂。

9、优选的，所述pcr扩增试剂包括dntp、10×pcr缓冲液、镁离子和tap聚合酶；

10、所述10×pcr缓冲液包含以下组分的水溶液：500mmol/lkcl、ph8.3的100mmol/ltris-cl和15mmol/lmgcl2。

11、本发明提供了所述试剂在制备检测导致pilarowski-bjornsson综合征的致病基因chd1突变位点的试剂盒中的应用。

12、本发明提供了一种检测基因chd1突变位点的引物在制备pilarowski-bjornsson综合征辅助诊断试剂盒中的应用，所述基因chd1突变位点为chd1:nm_001364113.3:exon37:c.5377t>c:p.w1793r。

13、优选的，所述引物为所述试剂。

14、优选的，利用所述试剂盒辅助诊断pilarowski-bjornsson综合征的方法，包括以下步骤：

15、用所述试剂盒检测样本中chd1基因突变位点的基因型来诊断个体是否患有pilarowski-bjornsson综合征：

16、若检测基因型存在单个杂合突变“c.5377t>c:p.w1793r杂合突变”，则个体患pilarowski-bjornsson综合征；

17、若检测基因型是“野生型”，则诊断受试个体为正常人。

18、优选的，所述样本为血液、羊水和活检组织中的至少一种。

19、本发明提供了一种基因chd1突变位点在制备防治pilarowski-bjornsson综合征诊断试剂或制备防治pilarowski-bjornsson综合征的药物中的应用，所述基因chd1突变位点为chd1:nm_001364113.3:exon37:c.5377t>c:p.w1793r。本发明通过外显子组测序技术首次发现了chd1:nm_001364113.3:exon37:c.5377t>c:p.w1793r位点突变导致pilarowski-bjornsson综合征发病。一方面，通过检测受试者是否携带有上述突变，用于筛查或诊断pilarowski-bjornsson综合征致病基因突变患者，以提供优生优育和治疗干预指导。另一方面，本发明为pilarowski-bjornsson综合征的发病机制研究奠定了重要基础，为pilarowski-bjornsson综合征患者的治疗提供全新的理论依据。第三方面，本发明可以为治疗pilarowski-bjornsson综合征提供可能的药物靶点。

20、本发明所提供的诊断试剂盒，通过优化检测致病基因chd1突变位点的引物和反应体系，大大提高检测结果的准确性和可靠性，可用于快速、有效地预测或诊断pilarowski-bjornsson综合征。