1.用于分析细胞中时空基因表达的方法，所述方法包括：
2.权利要求1的方法，其进一步包括至少一次重复步骤(a)-(h)达不同的时间量t2，以分析标记的感兴趣的核酸的时空表达。
3.权利要求1或2的方法，其中步骤(a)-(h)任选地被重复达第三时间量t3，任选地被重复达第四时间量t4，任选地被重复达第五时间量t5，任选地被重复达第六时间量t6，任选地被重复达第七时间量t7，任选地被重复达第八时间量t8，任选地被重复达第九时间量t9，并且任选地被重复达第十时间量t10。
4.权利要求1-3中任一项的方法，其中时空基因表达在多个细胞中同时被分析。
5.权利要求4的方法，其中时空基因表达在多于10个细胞、多于20个细胞、多于50个细胞、多于100个细胞、多于200个细胞、多于300个细胞、多于400个细胞、多于500个细胞、或多于1000个细胞中同时被分析。
6.权利要求4或5的方法，其中所述细胞包含多种细胞类型。
7.权利要求6的方法，其中所述细胞类型选自干细胞、祖细胞、神经元细胞、星形胶质细胞、树突细胞、内皮细胞、小胶质细胞、少突胶质细胞、肌肉细胞、心肌细胞、间充质细胞、上皮细胞、免疫细胞、肝细胞、平滑肌和骨骼肌细胞、造血细胞、淋巴细胞、单核细胞、中性粒细胞、巨噬细胞、自然杀伤细胞、肥大细胞、脂肪细胞、和神经元。
8.权利要求1-7中任一项的方法，其中所述细胞是透化细胞。
9.权利要求1-8中任一项的方法，其中所述细胞存在于完整组织内。
10.权利要求9的方法，其中所述组织是上皮组织、结缔组织、肌肉组织或神经组织。
11.权利要求9或10的方法，其中所述组织在步骤(a)的所述孵育期间和步骤(b)的所述接触之前处于体内。
12.权利要求11的方法，其中所述组织在步骤(a)的所述孵育之后和步骤(b)的所述接触之前被收获。
13.权利要求11或12的方法，其中所述组织在非人实验动物中。
14.权利要求13的方法，其中所述非人实验动物是小鼠、大鼠、狗、猪或非人灵长类动物。
15.权利要求1-14中任一项的方法，其中所述代谢性标记的核酸是5-乙炔基尿苷标记的核酸。
16.权利要求1-15中任一项的方法，其中同时对最多100个、最多200个、最多500个、最多1000个、最多2000个、最多3000个或多于3000个代谢性标记的感兴趣的核酸进行时空基因表达分析。
17.权利要求1-16中任一项的方法，其中同时对最多1000个代谢性标记的感兴趣的核酸进行时空基因表达分析。
18.权利要求1-17中任一项的方法，其中所述代谢性标记的感兴趣的核酸是新生rna、信使rna(mrna)、转运rna(trna)或核糖体rna(rrna)。
19.权利要求1-18中任一项的方法，其中所述代谢性标记的感兴趣的核酸是新生rna。
20.权利要求1-19中任一项的方法，其中所述代谢性标记的感兴趣的核酸是mrna。
21.权利要求1-20中任一项的方法，其中所述核苷类似物库中的每个核苷类似物的所述反应性化学部分是反应性生物正交官能团。
22.权利要求1-21中任一项的方法，其中所述核苷类似物库中的每个核苷类似物的所述反应性化学部分包含叠氮化物、炔、硝酮、烯、四嗪或四唑。
23.权利要求1-22中任一项的方法，其中所述核苷类似物库中的每个核苷类似物的所述反应性化学部分包含炔。
24.权利要求1-23中任一项的方法，其中所述核苷类似物库中的每个核苷类似物是5-乙炔基尿苷、3'-叠氮基-3'-脱氧胸苷、c8-炔-脱氧尿苷、(2's)-2'-脱氧-2'-氟-5-乙炔尿苷、或5-乙炔基-2'-脱氧胞苷。
25.权利要求1-24中任一项的方法，其中所述第一寡核苷酸探针群体中的每个第一寡核苷酸探针的所述化学部分是反应性生物正交官能团。
26.权利要求1-25中任一项的方法，其中所述第一寡核苷酸探针群体中的每个第一寡核苷酸探针的所述反应性化学部分包含叠氮化物、炔、硝酮、烯、四嗪或四唑。
27.权利要求1-26中任一项的方法，其中所述第一寡核苷酸探针群体中的每个第一寡核苷酸探针的所述化学部分包含叠氮化物。
28.权利要求1-27中任一项的方法，其中所述核苷类似物的所述化学部分与所述第一寡核苷酸探针群体中的每个第一寡核苷酸探针的所述化学部分的反应包括点击化学反应。
29.权利要求28的方法，其中所述点击化学反应是铜(i)催化的叠氮化物-炔环加成(cuaac)反应。
30.权利要求1-29中任一项的方法，其中所述第一寡核苷酸探针群体中的每个第一寡核苷酸探针还包含聚合阻断剂。
31.权利要求30的方法，其中所述聚合阻断剂位于所述第一寡核苷酸探针群体中的每个第一寡核苷酸探针的3'末端。
32.权利要求30或31的方法，其中所述聚合阻断剂包含反向核酸残基。
33.权利要求32的方法，其中所述聚合阻断剂是反向胸腺嘧啶残基。
34.权利要求1-33中任一项的方法，其中所述第一寡核苷酸探针群体中的每个第一寡核苷酸探针包含聚a接头序列。
35.权利要求34的方法，其中所述聚a接头序列为约2-100、约10-90、约20-80、约30-70或约40-60个核苷酸长。
36.权利要求34或35的方法，其中所述聚a接头序列为约50个核苷酸长。
37.权利要求1-36中任一项的方法，其中所述第一寡核苷酸探针群体中的每个第一寡核苷酸探针包含以下结构：
38.权利要求37的方法，其中所述任选的核苷酸接头的每个实例独立地为1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个核苷酸长。
39.权利要求37或38的方法，其中所述第一寡核苷酸探针上与所述第三寡核苷酸探针互补的部分的长度为约3-20、约4-19、约5-18、约6-17、约7-16、约8-15、约9-14、约10-13或约11-12个核苷酸。
40.权利要求37-39中任一项的方法，其中所述第一寡核苷酸探针上与所述第三寡核苷酸探针互补的部分的长度为约3、约4、约5、约6、约7、约8、约9、约10、约11、约12、约13、约14、约15、约16、约17、约18、约19或约20个核苷酸。
41.权利要求1-40中任一项的方法，其中所述第二寡核苷酸探针上与所述代谢性标记的感兴趣的核酸互补的部分的长度为约10-30、约11-29、约12-28、约13-27、约14-26、约15-25、约16-24、约17-23、约18-22或约19-21个核苷酸。
42.权利要求1-41中任一项的方法，其中所述第二寡核苷酸探针上与所述代谢性标记的感兴趣的核酸互补的部分的长度为约10、约11、约12、约13、约14、约15、约16、约17、约18、约19、约20、约21、约22、约23、约24、约25、约26、约27、约28、约29、约30个或超过30个核苷酸。
43.权利要求1-42中任一项的方法，其中所述第二寡核苷酸探针的所述条形码序列为约1-10个核苷酸长。
44.权利要求1-43中任一项的方法，其中所述第二寡核苷酸探针的所述条形码序列为约5-10个核苷酸长。
45.权利要求1-44中任一项的方法，其中所述第二寡核苷酸探针的所述条形码序列为约5个核苷酸长。
46.权利要求1-45中任一项的方法，其中所述第二寡核苷酸探针包含以下结构：
47.权利要求46的方法，其中所述任选的核苷酸接头的每个实例独立地为1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个核苷酸长。
48.权利要求1-47中任一项的方法，其中所述第三寡核苷酸探针的所述第一条形码序列为约1-10个核苷酸长。
49.权利要求1-48中任一项的方法，其中所述第三寡核苷酸探针的所述第一条形码序列为约5-10个核苷酸长。
50.权利要求1-49中任一项的方法，其中所述第三寡核苷酸探针的所述第一条形码序列为约5个核苷酸长。
51.权利要求1-50中任一项的方法，其中所述第三寡核苷酸探针的所述第二条形码序列为约1-10个核苷酸长。
52.权利要求1-51中任一项的方法，其中所述第三寡核苷酸探针的所述第二条形码序列为约5-10个核苷酸长。
53.权利要求1-52中任一项的方法，其中所述第三寡核苷酸探针的所述第二条形码序列为约5个核苷酸长。
54.权利要求1-53中任一项的方法，其中所述第三寡核苷酸探针上与所述第一寡核苷酸探针互补的部分的长度为约3-20、约4-19、约5-18、约6-17、约7-16、约8-15、约9-14、约10-13或约11-12个核苷酸。
55.权利要求1-54中任一项的方法，其中所述第三寡核苷酸探针上与所述第一寡核苷酸探针互补的部分的长度为约3、约4、约5、约6、约7、约8、约9、约10、约11、约12、约13、约14、约15、约16、约17、约18、约19或约20个核苷酸。
56.权利要求1-55中任一项的方法，其中所述第三寡核苷酸探针上与所述代谢性标记的感兴趣的核酸互补的部分的长度为约10-30、约11-29、约12-28、约13-27、约14-26、约15-25、约16-24、约17-23、约18-22或约19-21个核苷酸。
57.权利要求1-56中任一项的方法，其中所述第三寡核苷酸探针上与所述代谢性标记的感兴趣的核酸互补的部分的长度为约10、约11、约12、约13、约14、约15、约16、约17、约18、约19、约20、约21、约22、约23、约24、约25、约26、约27、约28、约29、约30个或超过30个核苷酸。
58.权利要求1-57中任一项的方法，其中所述第三寡核苷酸探针上与所述第一寡核苷酸探针群体中的第一寡核苷酸探针互补的部分在所述第三寡核苷酸探针的5’末端和3’末端之间分裂。
59.权利要求1-58中任一项的方法，其中所述第三寡核苷酸探针包含以下结构：
60.权利要求59的方法，其中所述任选的核苷酸接头的每个实例独立地为1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个核苷酸长。
61.权利要求1-60中任一项的方法，其中所述第四寡核苷酸探针包含荧光团。
62.权利要求1-61中任一项的方法，其中进行滚环扩增的步骤进一步包括提供胺修饰的核苷酸，其中所述胺修饰的核苷酸被掺入到所述一个或多个串联的扩增子中。
63.权利要求62所述的方法，其中将所述一个或多个串联的扩增子嵌入聚合物基质中的步骤包括使所述一个或多个串联的扩增子的所述胺修饰的核苷酸与甲基丙烯酸n-羟基琥珀酰亚胺反应并使所述一个或多个串联的扩增子和所述聚合物基质共聚。
64.权利要求1-63中任一项的方法，其中所述聚合物基质是水凝胶。
65.权利要求64的方法，其中所述水凝胶是聚乙烯醇水凝胶、聚乙二醇水凝胶、聚丙烯酸钠水凝胶、丙烯酸盐/酯聚合物水凝胶或聚丙烯酰胺水凝胶。
66.权利要求1-65中任一项的方法，其中所述第三寡核苷酸探针的所述第二条形码序列是用于鉴定所述代谢性标记的感兴趣的核酸的基因特异性序列。
67.权利要求1-66中任一项的方法，其中进行使嵌入所述聚合物基质中的所述一个或多个串联的扩增子与所述第四寡核苷酸探针接触的步骤以鉴定所述代谢性标记的感兴趣的核酸。
68.权利要求67的方法，其中鉴定所述代谢性标记的感兴趣的核酸包括进行sedal测序。
69.权利要求68的方法，其中sedal测序进行两次、三次、四次、五次或多于五次。
70.权利要求1-69中任一项的方法，其中成像步骤包括荧光成像。
71.权利要求1-70中任一项的方法，其中所述成像步骤包括共焦显微镜检查或落射荧光显微镜检查。
72.权利要求1-71中任一项的方法，其进一步包括分析所述细胞内的另外的分子。
73.权利要求72的方法，其中所述另外的分子是rna、dna、蛋白质、碳水化合物、小分子、代谢物和/或脂质。
74.权利要求1-73中任一项的方法，其进一步包括通过将所述细胞的所述时空基因表达谱与包含各种细胞类型的时空基因表达谱的参考数据进行比较来确定所分析的细胞的细胞类型。
75.权利要求1-74中任一项的方法，其进一步包括过表达或敲除所述细胞中的一种或多种基因以确定所述一种或多种基因是否参与所述代谢性标记的感兴趣的核酸的时空表达。
76.用于分析转录后修饰在细胞中时空基因表达中的作用的方法，所述方法包括：
77.权利要求76的方法，其进一步包括至少一次重复步骤(a)-(h)达不同的时间量t2，以分析所述标记的感兴趣的核酸的时空表达。
78.权利要求76或77的方法，其中所述转录后修饰是7-甲基鸟苷、n6-甲基腺苷(m6a)、聚(a)尾、内含子剪接或组蛋白mrna加工。
79.权利要求76-78中任一项的方法，其中所述转录后修饰包含腺苷的甲基化。
80.权利要求76-79中任一项的方法，其中所述转录后修饰是m6a。
81.权利要求80的方法，其中所述参与转录后修饰的基因选自yth结构域家族(ythdf)1、ythdf2、ythdf 3、含yth结构域(ythdc)1、ythdc2、甲基转移酶样(mettl)3和mettl14。
82.权利要求76-81中任一项的方法，其中同时对最多100、最多200、最多500、最多1000、最多2000、最多3000或多于3000个代谢性标记的感兴趣的核酸分析转录后修饰在时空基因表达中的作用。
83.权利要求76-82中任一项的方法，其中同时对最多1000个代谢性标记的感兴趣的核酸分析转录后修饰在时空基因表达中的作用。
84.权利要求76-83中任一项的方法，其中所述细胞在步骤(a)的所述孵育期间和步骤(b)的所述接触之前处于体内的组织中。
85.权利要求84的方法，其中所述组织在步骤(a)的所述孵育之后和步骤(b)的所述接触之前被收获。
86.权利要求84或85的方法，其中所述组织在非人实验动物中。
87.权利要求86的方法，其中所述非人实验动物是小鼠、大鼠、狗、猪或非人灵长类动物。
88.用于研究时空基因表达在疾病或病症的发展或进展中的作用的方法，所述方法包括：
89.权利要求88的方法，其进一步包括至少一次重复步骤(a)-(h)达不同的时间量t2，以分析所述标记的感兴趣的核酸的时空表达。
90.权利要求88或89的方法，其中所述疾病或病症是遗传性疾病、增殖性疾病、炎性疾病、自身免疫性疾病、肝病、脾病、肺病、血液病、神经病、胃肠(gi)道疾病、泌尿生殖系统疾病、感染性疾病、肌肉骨骼疾病、内分泌疾病、代谢紊乱、免疫紊乱、中枢神经系统(cns)紊乱、神经紊乱、眼科疾病或心血管疾病。
91.权利要求88-90中任一项的方法，其中所述患病组织取自受试者。
92.权利要求91的方法，其中所述受试者是非人实验动物。
93.权利要求91或92的方法，其中所述受试者是小鼠、大鼠、狗、猪或非人灵长类动物。
94.权利要求91的方法，其中所述受试者是人。
95.权利要求90的方法，其中所述患病组织在步骤(a)的所述孵育期间和步骤(b)的所述接触之前处于体内。
96.权利要求95的方法，其中所述患病组织在步骤(a)的所述孵育之后和步骤(b)的所述接触之前被收获。
97.权利要求95或96的方法，其中所述患病组织在非人实验动物中。
98.权利要求97的方法，其中所述非人实验动物是小鼠、大鼠、狗、猪或非人灵长类动物。
99.用于筛选能够调节时空基因表达的药剂的方法，所述方法包括：
100.权利要求99的方法，其进一步包括至少一次重复步骤(a)-(h)达不同的时间量t2，以分析所述标记的感兴趣的核酸的时空表达。
101.权利要求99或权利100的方法，其中所述一种或多种候选药剂包括候选药剂文库。
102.权利要求101的方法，其中所述候选药剂文库包括数百种候选药剂。
103.权利要求101的方法，其中所述候选药剂文库包括数千种候选药剂。
104.权利要求99-103中任一项的方法，其中所述一种或多种候选药剂选自小分子、蛋白质、肽、核酸、脂质和碳水化合物。
105.权利要求99-104中任一项的方法，其中所述一种或多种候选药剂包括一种或多种已知药物或一种或多种fda批准的药物。
106.权利要求104的方法，其中所述小分子是抗癌治疗剂。
107.权利要求104的方法，其中所述蛋白质是抗体或其片段、受体或细胞因子。
108.权利要求104的方法，其中所述核酸是mrna、反义rna、mirna、sirna、rna适体、dsrna、短发夹rna(shrna)或反义寡核苷酸(aso)。
109.权利要求99-108中任一项的方法，其中所述代谢性标记的感兴趣的核酸的时空基因表达的调节与减少、缓解或消除疾病或病症的症状或预防所述疾病或病症的发展或进展相关。
110.权利要求109的方法，其中所述疾病或病症是遗传性疾病、增殖性疾病、炎性疾病、自身免疫性疾病、肝病、脾病、肺病、血液病、神经病、胃肠(gi)道疾病、泌尿生殖系统疾病、感染性疾病、肌肉骨骼疾病、内分泌疾病、代谢紊乱、免疫紊乱、中枢神经系统(cns)紊乱、神经紊乱、眼科疾病或心血管疾病。
111.用于诊断受试者的疾病或病症的方法，所述方法包括：
112.权利要求111的方法，其中同时对所述代谢性标记的感兴趣的核酸在非患病细胞中的时空表达进行分析作为对照实验。
113.权利要求111的方法，其中所述代谢性标记的感兴趣的核酸在非患病细胞中的时空表达谱包含参考数据。
114.权利要求111-113中任一项的方法，其进一步包括至少一次重复步骤(a)-(h)达不同的时间量t2，以分析所述标记的感兴趣的核酸的时空表达。
115.权利要求111-114中任一项的方法，其中所述疾病或病症是遗传性疾病、增殖性疾病、炎性疾病、自身免疫性疾病、肝病、脾病、肺病、血液病、神经病、胃肠(gi)道疾病、泌尿生殖系统疾病、感染性疾病、肌肉骨骼疾病、内分泌疾病、代谢紊乱、免疫紊乱、中枢神经系统(cns)紊乱、神经紊乱、眼科疾病或心血管疾病。
116.权利要求111-115中任一项的方法，其中所述受试者是人。
117.权利要求111-116中任一项的方法，其中所述样品包含组织样品。
118.权利要求111-117中任一项的方法，其中所述样品是活检。
119.权利要求118的方法，其中所述活检包含骨、骨髓、乳腺、胃肠道、肺、肝、胰腺、前列腺、脑、神经、肾、子宫内膜、宫颈、淋巴结、肌肉或皮肤活检。
120.权利要求118或119的方法，其中所述活检包含肿瘤活检。
121.用于治疗受试者的疾病或病症的方法，所述方法包括：
122.权利要求121的方法，其中同时对所述代谢性标记的感兴趣的核酸在非患病细胞中的时空表达进行分析作为对照实验。
123.权利要求121的方法，其中所述代谢性标记的感兴趣的核酸在非患病细胞中的时空表达谱包含参考数据。
124.权利要求121-123中任一项的方法，其进一步包括至少一次重复步骤(a)-(h)达不同的时间量t2，以在施用所述治疗之前对所述标记的感兴趣的核酸的时空表达进行分析。
125.权利要求121-124中任一项的方法，其中所述治疗包括施用治疗剂、手术或放射疗法。
126.权利要求125的方法，其中所述治疗剂是小分子、蛋白质、肽、核酸、脂质或碳水化合物。
127.权利要求125或126的方法，其中所述治疗剂是已知药物或fda批准的药物。
128.权利要求126的方法，其中所述小分子是抗癌治疗剂。
129.权利要求126的方法，其中所述蛋白质是抗体或其片段、或抗体变体。
130.权利要求126的方法，其中所述核酸是mrna、反义rna、mirna、sirna、rna适体、dsrna、shrna或反义寡核苷酸。
131.权利要求121-130中任一项的方法，其中所述疾病或病症是遗传性疾病、增殖性疾病、炎性疾病、自身免疫性疾病、肝病、脾病、肺病、血液病、神经病、胃肠(gi)道疾病、泌尿生殖系统疾病、感染性疾病、肌肉骨骼疾病、内分泌疾病、代谢紊乱、免疫紊乱、中枢神经系统(cns)紊乱、神经紊乱、眼科疾病或心血管疾病。
132.权利要求121-131中任一项的方法，其中所述受试者是人。
133.多个寡核苷酸探针，其包含第一寡核苷酸探针、第二寡核苷酸探针和第三寡核苷酸探针，其中
134.权利要求133的多个寡核苷酸探针，其中所述第一寡核苷酸探针的所述反应性化学部分是反应性生物正交官能团。
135.权利要求133或134的多个寡核苷酸探针，其中所述第一寡核苷酸探针的所述反应性化学部分包含叠氮化物、炔、硝酮、烯、四嗪或四唑。
136.权利要求133-135中任一项的多个寡核苷酸探针，其中所述第一寡核苷酸探针的所述反应性化学部分包含叠氮化物。
137.权利要求133-136中任一项的多个寡核苷酸探针，其中所述第一寡核苷酸探针还包含聚合阻断剂。
138.权利要求137的多个寡核苷酸探针，其中所述聚合阻断剂位于所述第一寡核苷酸探针的3'末端。
139.权利要求137或138的多个寡核苷酸探针，其中所述聚合阻断剂包含反向核酸残基。
140.权利要求139的多个寡核苷酸探针，其中所述聚合阻断剂是反向胸腺嘧啶残基。
141.权利要求133-140中任一项的多个寡核苷酸探针，其中所述第一寡核苷酸探针还包含聚a接头序列。
142.权利要求141的多个寡核苷酸探针，其中所述聚a接头序列为约2-100、约10-90、约20-80、约30-70或约40-60个核苷酸长。
143.权利要求141或142的多个寡核苷酸探针，其中所述聚a接头序列为约50个核苷酸长。
144.权利要求141-143中任一项的多个寡核苷酸探针，其中所述第一寡核苷酸探针包含以下结构：
145.权利要求144的多个寡核苷酸探针，其中所述任选的核苷酸接头的每个实例独立地为1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个核苷酸长。
146.权利要求144或145的多个寡核苷酸探针，其中所述第一寡核苷酸探针上与所述第三寡核苷酸探针互补的部分的长度为约3-20、约4-19、约5-18、约6-17、约7-16、约8-15、约9-14、约10-13或约11-12个核苷酸。
147.权利要求144-146中任一项的多个寡核苷酸探针，其中所述第一寡核苷酸探针上与所述第三寡核苷酸探针互补的部分的长度为约3、约4、约5、约6、约7、约8、约9、约10、约11、约12、约13、约14、约15、约16、约17、约18、约19或约20个核苷酸。
148.权利要求133-147中任一项的多个寡核苷酸探针，其中所述第二寡核苷酸探针上与所述代谢性标记的感兴趣的核酸互补的部分的长度为约10-30、约11-29、约12-28、约13-27、约14-26、约15-25、约16-24、约17-23、约18-22或约19-21个核苷酸。
149.权利要求133-148中任一项的多个寡核苷酸探针，其中所述第三寡核苷酸探针上与所述代谢性标记的感兴趣的核酸互补的部分的长度为约10、约11、约12、约13、约14、约15、约16、约17、约18、约19、约20、约21、约22、约23、约24、约25、约26、约27、约28、约29、约30个或超过30个核苷酸。
150.权利要求133-149中任一项的多个寡核苷酸探针，其中所述第二寡核苷酸探针的所述条形码序列为约1-10个核苷酸长。
151.权利要求133-150中任一项的多个寡核苷酸探针，其中所述第二寡核苷酸探针的所述条形码序列为约5-10个核苷酸长。
152.权利要求133-151中任一项的多个寡核苷酸探针，其中所述第二寡核苷酸探针的所述条形码序列为约5个核苷酸长。
153.权利要求133-152中任一项的多个寡核苷酸探针，其中所述第二寡核苷酸探针包含以下结构：
154.权利要求153的多个寡核苷酸探针，其中所述任选的核苷酸接头的每个实例独立地为1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个核苷酸长。
155.权利要求153或154任一项的多个寡核苷酸探针，其中所述第三寡核苷酸探针的所述第一条形码序列为约1-10个核苷酸长。
156.权利要求133-155任一项的多个寡核苷酸探针，其中所述第三寡核苷酸探针的所述第一条形码序列为约5-10个核苷酸长。
157.权利要求133-156任一项的多个寡核苷酸探针，其中所述第三寡核苷酸探针的所述第一条形码序列为约5个核苷酸长。
158.权利要求133-157任一项的多个寡核苷酸探针，其中所述第三寡核苷酸探针的所述第二条形码序列为约1-10个核苷酸长。
159.权利要求133-158任一项的多个寡核苷酸探针，其中所述第三寡核苷酸探针的所述第二条形码序列为约5-10个核苷酸长。
160.权利要求133-159任一项的多个寡核苷酸探针，其中所述第三寡核苷酸探针的所述第二条形码序列为约5个核苷酸长。
161.权利要求133-160中任一项的多个寡核苷酸探针，其中所述第三寡核苷酸探针与所述第一寡核苷酸探针互补的部分的长度为约3-20、约4-19、约5-18、约6-17、约7-16、约8-15、约9-14、约10-13或约11-12个核苷酸。
162.权利要求133-161中任一项的多个寡核苷酸探针，其中所述第三寡核苷酸探针上与所述第一寡核苷酸探针互补的部分的长度为约3、约4、约5、约6、约7、约8、约9、约10、约11、约12、约13、约14、约15、约16、约17、约18、约19或约20个核苷酸。
163.权利要求133-162中任一项的多个寡核苷酸探针，其中所述第三寡核苷酸探针上与所述代谢性标记的感兴趣的核酸互补的部分的长度为约10-30、约11-29、约12-28、约13-27、约14-26、约15-25、约16-24、约17-23、约18-22或约19-21个核苷酸。
164.权利要求133-163中任一项的多个寡核苷酸探针，其中所述第三寡核苷酸探针上与所述代谢性标记的感兴趣的核酸互补的部分的长度为约10、约11、约12、约13、约14、约15、约16、约17、约18、约19、约20、约21、约22、约23、约24、约25、约26、约27、约28、约29、约30个或超过30个核苷酸。
165.权利要求133-164中任一项的多个寡核苷酸探针，其中所述第三寡核苷酸探针上与所述第一寡核苷酸探针互补的部分在所述第三寡核苷酸探针的5'末端和3'末端之间分裂。
166.权利要求133-165中任一项的多个寡核苷酸探针，其中所述第三寡核苷酸探针包含以下结构：
167.权利要求166的多个寡核苷酸探针，其中所述任选的核苷酸接头的每个实例为1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个核苷酸长。
168.权利要求133-167中任一项的多个寡核苷酸探针，其进一步包含第四寡核苷酸探针。
169.权利要求168的多个寡核苷酸探针，其中所述第四寡核苷酸探针包含与所述第三寡核苷酸探针的所述第二条形码序列互补的序列。
170.权利要求133-169中任一项的多个寡核苷酸探针，其中所述第三寡核苷酸探针的所述第二条形码序列是用于鉴定感兴趣的核酸的基因特异性序列。
171.权利要求169或170的多个寡核苷酸探针，其中所述第四寡核苷酸探针包含荧光团。
172.寡核苷酸探针，其包含与感兴趣的核酸互补的部分、第一条形码序列、与另外的寡核苷酸探针互补的部分、以及第二条形码序列。
173.权利要求172的寡核苷酸探针，其中所述第一条形码序列与所述另外的寡核苷酸探针上的条形码序列互补。
174.权利要求172或173的寡核苷酸探针，其中所述第一条形码序列为5-10个核苷酸长。
175.权利要求172-174中任一项的寡核苷酸探针，其中所述第一条形码序列为5个核苷酸长。
176.权利要求172-175中任一项的寡核苷酸探针，其中所述第二条形码序列为5-10个核苷酸长。
177.权利要求172-176中任一项的寡核苷酸探针，其中所述第二条形码序列为5个核苷酸长。
178.权利要求172-177中任一项的多个寡核苷酸探针，其中与所述另外的寡核苷酸探针互补的部分在所述寡核苷酸探针的5’末端和3’末端之间分裂。
179.权利要求172-178中任一项的寡核苷酸探针，其包含以下结构：
180.权利要求179的寡核苷酸探针，其中所述任选的核苷酸接头的每个实例独立地为1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个核苷酸长。
181.试剂盒，其包含权利要求133-171中任一项的多个寡核苷酸探针。
182.权利要求181的试剂盒，其中所述试剂盒包含多组根据权利要求121-159中任一项的多个寡核苷酸探针，其中每组多个寡核苷酸探针用于对不同的代谢性标记的感兴趣的核酸的时空基因表达进行分析。
183.权利要求181或182的试剂盒，其中所述试剂盒包含多于1组、多于2组、多于3组、多于4组、多于5组、多于10组、多于20组、多于30组、多于40组、多于50组、多于100组、多于200组、多于500组、或多于1000组的多个寡核苷酸探针。
184.试剂盒，其包含权利要求172-180中任一项的寡核苷酸探针。
185.权利要求184的试剂盒，其中所述试剂盒包含权利要求160-168中任一项的多个寡核苷酸探针，其中每个寡核苷酸探针包含与不同的感兴趣的核酸互补的部分。
186.权利要求184或185的试剂盒，其中所述试剂盒包含多于1个、多于2个、多于3个、多于4个、多于5个、多于10个、多于30个、多于40个、多于50个、多于100个、多于200个、多于500个、或多于1000个寡核苷酸探针。
187.权利要求181-186中任一项的试剂盒，其进一步包含细胞。
188.权利要求181-187中任一项的试剂盒，其进一步包含一种或多种酶。
189.权利要求188的试剂盒，其中所述一种或多种酶包含连接酶。
190.权利要求188或189的试剂盒，其中所述一种或多种酶包含聚合酶。
191.权利要求181-190中任一项的试剂盒，其进一步包含胺修饰的核苷酸。
192.权利要求181-191中任一项的试剂盒，其进一步包含用于制备聚合物基质的试剂和单体。
193.用于分析细胞中的时空基因表达的系统，所述系统包括
194.权利要求193的系统，其进一步包括显微镜。
195.权利要求193或194的系统，其进一步包括计算机。
196.权利要求193-195中任一项的系统，其进一步包括cpu。
197.权利要求193-196中任一项的系统，其进一步包括计算机存储器和/或存储装置。
198.权利要求193-197中任一项的系统，其进一步包括相机。
199.用于分析受试者中时空基因表达的方法，所述方法包括：
200.权利要求199的方法，其中收获的组织是上皮组织、结缔组织、肌肉组织或神经组织。
201.权利要求199或200的方法，其中所述收获的组织是心脏组织。
202.权利要求199-201中任一项的方法，其中所述受试者是非人实验动物。
203.权利要求202的方法，其中所述非人实验动物是小鼠、大鼠、狗、猪或非人灵长类动物。
204.权利要求199-203中任一项的方法，其中所述核苷类似物通过注射施用于所述受试者。
205.权利要求204的方法，其中所述注射包括眼眶后施用。
206.权利要求199-205中任一项的方法，其中从所述受试者收获组织样品包括获取组织活检。
207.权利要求199-205中任一项的方法，其中从所述受试者收获组织样品包括从所述受试者收获一个或多个完整器官。