鉴定蒙古羊与非蒙古羊的SNP位点组合及其应用

本发明涉及动物品种鉴定，尤其涉及一种鉴定蒙古羊与非蒙古羊snp位点组合及其应用。

背景技术：

1、蒙古羊(mongolia sheep)(ovis aries)是我国三大粗毛羊品种之一，主要分布在内蒙古、东北、华北和西北等地，蒙古羊是包括苏尼特羊、乌珠穆沁羊、呼伦贝尔羊、滩羊、巴音布鲁克羊、小尾寒羊、多浪羊和湖羊等中国短尾、肥尾羊品种的共同祖先。蒙古羊具有生活力强、适于游牧、耐寒、耐旱等特点，并有较好的产肉、脂性能，是我国宝贵的绵羊遗传资源。在内蒙古自治区，蒙古羊主要分为苏尼特羊、乌珠穆沁羊和呼伦贝尔羊三大群体，总存栏约2000万只。近年来，内蒙古牧区以蒙古羊为主的羊肉作为一种天然绿色食品受到国内市场的广泛认可。然而，最近出现的蒙古羊和其他羊类品种的杂交后代，以及大量区外的育肥羊进入内蒙古自治区屠宰加工产业链，冒充“内蒙羊”返销内地市场的情况，严重破坏了内蒙古自治区“草原绿色生态”羊肉制品的金字招牌。为稳定蒙古羊品质，重树蒙古羊品牌形象，将蒙古羊打造成为全国乃至全球驰名品牌，我们通过对蒙古羊与非蒙古羊的鉴定，为今后蒙古羊的鉴定保种以及遗传育种奠定基础。

2、近年来随着分子生物学的发展，基因检测技术在生物物种鉴定中也取得了长足的进展。基因检测技术以其几乎可以对所有的生物类材料进行鉴定而被广泛应用于动植物物种鉴定。基因检测技术鉴定动植物物种是物种识别中发展最快、准确率最高的技术手段。

3、全基因组重测序是对基因组序列已知的个体进行全基因组范围的测序，随着测序成本降低和已知基因组序列的物种增多，重测序已经成为动植物育种研究中最为有效的方法之一。sequenom snp分型技术通过引物延伸反应原理进行，将灵敏的pcr扩增和可靠的maldi-tof质谱技术相结合，实现基因分型检测，此技术特别适合对全基因组研究发现的结果进行验证。

技术实现思路

1、本发明的目的在于提供一种用于鉴定蒙古羊与非蒙古羊的snp位点组合。

2、本发明的目的在于检测待测羊基因组中的snp位点组合的基因型的物质的用途。

3、根据本发明具体实施方式的鉴定蒙古羊与非蒙古羊的snp位点组合，其包括：chr1_173513588、chr3_121675363、chr4_76823333、chr4_113093619、chr6_106334764、chr7_89308288、chr10_29752387、chr14_14157542、chr14_57000150、chr16_55975168、chr21_33513100、chr23_23278786和/或chr23_60100530。

4、本发明的提供的上述snp位点中任意一个snp位点即可用于鉴定蒙古羊与非蒙古羊，或者，将上述snp位点进行组合后进行鉴定蒙古羊与非蒙古羊，例如，组合任意两个snp位点，组合任意三个或多个snp位点，均可用于蒙古羊与非蒙古羊的鉴定。

5、其中，本发明的优选方式为将上述13个snp组合一起，共同用于鉴定蒙古羊与非蒙古羊。

6、本发明提供了检测待测羊基因组中的如下snp位点组合的基因型的物质在鉴定待测羊是否为蒙古羊或非蒙古羊中的应用；所述snp位点组合包括13个位点，各位点的位置及多态性如下：

7、chr1_173513588位于1号染色体第173513588位，其脱氧核苷酸为t或c；

8、chr3_121675363位于3号染色体第121675363位，其脱氧核苷酸为t或c；

9、chr4_76823333位于4号染色体第76823333位，其脱氧核苷酸为a或g；

10、chr4_113093619位于4号染色体第113093619位，其脱氧核苷酸为t或c；

11、chr6_106334764位于6号染色体第106334764位，其脱氧核苷酸为a或g；

12、chr7_89308288位于7号染色体第89308288位，其脱氧核苷酸为t或c；

13、chr10_29752387位于10号染色体第29752387位，其脱氧核苷酸为t或c；

14、chr14_14157542位于14号染色体第14157542位，其脱氧核苷酸为t或c；

15、chr14_57000150位于14号染色体第57000150位，其脱氧核苷酸为a或g；

16、chr16_55975168位于16号染色体第55975168位，其脱氧核苷酸为a或g；

17、chr21_33513100位于21号染色体第33513100位，其脱氧核苷酸为a或t；

18、chr23_23278786位于23号染色体第23278786位，其脱氧核苷酸为t或c；

19、chr23_60100530位于23号染色体第60100530位，其脱氧核苷酸为t或g；

20、所述羊基因组序列为羊基因组oar_v4.0（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/gcf_000298735.2/）版本参考序列。

21、本发明提供上述snp位点的应用，其具体应用可以为用于检测上述snp位点的试剂盒、检测方法或者检测平台，此处不一一列举。

22、根据本发明具体实施方式的鉴定蒙古羊与非蒙古羊的方法，所述方法包括检测蒙古羊基因组中snp位点基因型的步骤。

23、在上述应用中，所述检测待测羊基因组中的如下snp位点组合基因型的物质包括如下生物材料：

24、1）成套引物，所述成套引物包括扩增snp位点的多重引物；

25、2）含有1）的试剂；

26、3）含有1）或2）的试剂盒。

27、上述应用中，所述成套引物还包括单碱基延伸引物，扩增snp位点的多重引物由以下序列所示的单链dna分子组成：

28、

29、根据本发明具体实施方式的鉴定蒙古羊与非蒙古羊的方法，所述方法包括以下步骤：

30、（1）提取待测羊的基因组dna：

31、（2）检测基因组dna中所述snp位点的基因型；

32、（3）根据snp位点的基因型的分型结果，计算出每个snp位点的分型结果所对应的“是”和“非”的概率值，其中，“是”表示“是蒙古羊”，“非”表示“非蒙古羊”；

33、将13个snp位点的概率值求和，获得“是”和“非”的总和鉴定概率值；

34、若“是”的总和鉴定概率值大于“非”的总和鉴定概率值，则该待测羊鉴定为蒙古羊；

35、若“是”的总和鉴定概率值小于“非”的总和鉴定概率值，则该待测羊鉴定为非蒙古羊。

36、其中，所述13个位点的各分型在不同品种间出现的概率值如下：

37、

38、对于位点概率的计算，获取盲测样本各位点的分型结果，统计各分型在蒙古羊和非蒙古羊中出现的后验概率值，具体结果见上表。

39、根据计算得出的后验概率，使用贝叶斯公式进行建模，关联分型与品种信息，公式如下：

40、

41、其中，p代表概率、a、b分别代表snp的2种分型。

42、依据建模结果，后续可以根据未知样本的分型结果，使用上述公式反推获取该样本是蒙古羊及非蒙古羊的概率。在最终品种判定阶段，选择概率最大的品种作为样本的品种信息。

43、本发明的有益效果：

44、本发明首次提出了用于鉴定蒙古羊及非蒙古羊13个差异位点，首次提出了用于鉴定蒙古羊及非蒙古羊参考群数据模型，本发明为今后蒙古羊与非蒙古羊的鉴定、保种、以及遗传育种提供了有力的技术支持。