芦花鸡的鉴定方法

本发明涉及基因检测，尤其涉及一种芦花鸡的鉴定方法。

背景技术：

1、芦花鸡以黑白相间的横斑羽而闻名，该性状是由位于性染色体z的伴性基因调控，该基因为不完全显性基因，具有剂量效应。芦花鸡具有较强的活动能力，善飞行，耐粗饲，抗病性强。此外，芦花鸡认巢性强，食物种类多样，适合在多种生态环境下进行散养。芦花鸡我国典型的优质肉蛋兼用型地方鸡，年产蛋可达150枚左右，蛋黄大、蛋品质较好。成年鸡体重在3斤左右，肉质细密，风味独特，而且皮下脂肪较少，具备一定滋补保健作用。目前，芦花鸡在全国各地均有养殖，但养殖规模普遍较小，生产效率较低，选育工作处于起步阶段。而现有小规模的养殖模式，管理方式较落后，增加了芦花鸡繁种时掺入混杂血缘的可能，导致后代血缘不纯。

2、血缘纯正是选育工作的前提，保证芦花鸡血缘纯正是开展地方鸡选育的先决条件。传统通过外貌形态、生活习性等方式鉴定鸡种的方法难以判断血缘纯合度，误差较大。基于高通量测序技术鉴定特异性分子标签，有利于更精准、高效的对大规模群体进行准确的品种鉴定，操作简单，效率更高。

3、基于不同选育方向，现有技术中已鉴定到大量现代肉鸡、蛋鸡的特异性snp标记，但多数位点呈中性状态，并未在特定品种中固定，难以形成有效的分子标签。有鉴于此，特提出本发明。

技术实现思路

1、为解决上述技术问题，本发明提供了一种芦花鸡的鉴定方法，采用特异性snp位点进行鉴定，所述特异性snp位点均具有较高的芦花鸡鉴定准确率，基于其中一种或几种特异性snp位点进行鉴定，结果稳定、可靠。

2、具体的，本发明的技术方案如下：

3、第一方面，本发明提供了一种芦花鸡的鉴定方法，采用特异性snp位点进行鉴定，所述特异性snp位点选自位点1、位点2、位点3、位点4、位点5、位点6、位点7、位点8、位点9、位点10、位点11和位点12中的一种或者多种；

4、各snp位点基于鸡参考基因组crcg7b确定：

5、所述位点1为rs738049531，位于鸡1号染色体34050505处；

6、所述位点2为rs14878794，位于鸡1号染色体118293887处；

7、所述位点3为rs314555169，位于鸡1号染色体118558853处；

8、所述位点4为rs317860687，位于鸡2号染色体96511615处；

9、所述位点5为rs314441248，位于鸡2号染色体101442885处；

10、所述位点6为rs739519797，位于鸡3号染色体30697396处；

11、所述位点7为rs740160833，位于鸡4号染色体73672660处；

12、所述位点8为novel_lh1，位于鸡4号染色体74147515处；

13、所述位点9为novel_lh2，位于鸡5号染色体11241824处；

14、所述位点10为rs316657736，位于鸡11号染色体17337980处；

15、所述位点11为novel_lh3，位于鸡12号染色体9313841处；

16、所述位点12为rs740249350，位于鸡12号染色体9386853处。

17、本发明提供的12个特异性snp位点可各自独立地用于芦花鸡的鉴定，且鉴定率均在92.5％以上。基于其中一种或几种特异性snp位点对芦花鸡进行品种鉴定，特异性和准确率高，鉴定结果稳定、可靠。

18、本发明提供的12个特异性snp位点在芦花鸡的基因组dna中基本固定，且在芦花鸡品种中表现为单一的基因型，具体的：

19、芦花鸡在位点1的基因型为tt；

20、芦花鸡在位点2的基因型为aa；

21、芦花鸡在位点3的基因型为aa；

22、芦花鸡在位点4的基因型为cc；

23、芦花鸡在位点5的基因型为tt；

24、芦花鸡在位点6的基因型为gg；

25、芦花鸡在位点7的基因型为tt；

26、芦花鸡在位点8的基因型为aa；

27、芦花鸡在位点9的基因型为gg；

28、芦花鸡在位点10的基因型为tt；

29、芦花鸡在位点11的基因型为cc；

30、芦花鸡在位点12的基因型为aa。

31、本发明在对芦花鸡进行鉴定时，优选直接利用上述特定基因型对芦花鸡进行鉴定，可省略针对芦花鸡品种的全基因组测序及snp位点的多态性分析，进而简化鉴定流程。

32、在本发明中，所述特异性snp位点优选包括位点7和/或位点11。这些优选的snp位点具有更高的特异性和准确率，在芦花鸡样品中的鉴定率为92.5％；且在以非芦花鸡的其他鸡种(包括北京油鸡、龙游麻鸡、白耳黄鸡、东乡黑鸡、温岭草鸡等)作为待测样品时，平均鉴定率不超过1.10％。

33、在本发明优选的实施方式中，可采用特异性snp位点组合对芦花鸡进行鉴定。例如，所述特异性snp位点组合为：

34、位点1、位点5和位点10；

35、或者，位点2、位点4和位点10。

36、本发明还可以同时采用12种特异性snp位点对芦花鸡进行鉴定。12种特异性snp位点联用，能在更大范围、更多品种的样品鉴定中，使检测结果的准确率更高、特异性更好。

37、上各具体snp位点的位置信息及基因型多态性分析结果如表1所示：

38、表1芦花鸡特异性snp位点位置信息及基因型

39、 snp id 染色体 位置 基因型 芦花鸡基因型 rs738049531 1 34050505 g/t tt rs14878794 1 118293887 a/g aa rs314555169 1 118558853 g/a aa rs317860687 2 96511615 t/c cc rs314441248 2 101442885 c/t tt rs739519797 3 30697396 a/g gg rs740160833 4 73672660 c/t tt novel_lh1 4 74147515 c/a aa novel_lh2 5 11241824 c/g gg rs316657736 11 17337980 c/t tt novel_lh3 12 9313841 t/c cc rs740249350 12 9386853 g/a aa

40、进一步的，用于上述各具体snp位点检测的引物信息如表2所示：

41、表2芦花鸡特异性snp位点扩增引物

42、

43、

44、本发明提供的上述各snp位点在芦花鸡品种中基本固定，均为单一基因型，均为首次报道。利用其中一个或多个位点均可鉴定芦花鸡品种，具有较高的芦花鸡鉴定准确率，结果稳定、可靠。有利于芦花鸡的保种与资源利用、开发，为开展相应选育工作、形成优质且高产的芦花鸡配套系提供重要保障。对鉴定芦花鸡血缘、定向选育应用具有重要参考价值。

45、本发明提供的检测方法整体操作简单，效率较高，检测结果准确可靠，适于推广应用。

46、第二方面，本发明提供了一种芦花鸡特异性snp分子标记(或者标记组合)，包括所述位点1、位点2、位点3、位点4、位点5、位点6、位点7、位点8、位点9、位点10、位点11和位点12中的一种或者多种；

47、优选的，所述snp分子标记(或者标记组合)包括位点7和/或位点11。

48、另一种优选的，所述snp分子标记(或者标记组合)包括位点1、位点5和位点10；或者，位点2、位点4和位点10。

49、第三方面，本发明提供了一种用于所述芦花鸡特异性snp分子标记的特异性检测引物；

50、优选的，位点1的特异性检测引物包括lh_1f和lh_1r；

51、位点2的特异性检测引物包括lh_2f和lh_2r；

52、位点3的特异性检测引物包括lh_3f和lh_3r；

53、位点4的特异性检测引物包括lh_4f和lh_4r；

54、位点5的特异性检测引物包括lh_5f和lh_5r；

55、位点6的特异性检测引物包括lh_6f和lh_6r；

56、位点7的特异性检测引物包括lh_7f和lh_7r；

57、位点8的特异性检测引物包括lh_8f和lh_8r；

58、位点9的特异性检测引物包括lh_9f和lh_9r；

59、位点10的特异性检测引物包括lh_10f和lh_10r；

60、位点11的特异性检测引物包括lh_11f和lh_11r；

61、位点12的特异性检测引物包括lh_12f和lh_12r；

62、lh_1f、lh_1r、lh_2f、lh_2r、lh_3f、lh_3r、lh_4f、lh_4r、lh_5f、lh_5r、lh_6f、lh_6r、lh_7f、lh_7r、lh_8f、lh_8r、lh_9f、lh_9r、lh_10f、lh_10r、lh_11f、lh_11r、lh_12f和lh_12r、的核苷酸序列依次如seq id no.1-24所示。

63、第四方面，本发明提供了一种检测试剂盒，所述检测试剂盒包括所述特异性检测引物。

64、优选的，所述检测试剂盒还包括基因组dna提取试剂、pcr反应mix和双蒸水。

65、第五方面，本发明提供了所述芦花鸡特异性snp分子标记、所述特异性检测引物、所述检测试剂盒在鸡品种鉴定中的应用。

66、本发明提供的应用方案对于鉴定芦花鸡血缘、定向选育应用等具有重要参考价值。

67、有益效果：

68、本发明提供的方法采用特异性snp位点对芦花鸡品种进行鉴定，可获得可靠、准确的检测结果。本发明提供了15种可选的特异性snp位点，这些snp位点在芦花鸡品种中基本固定，且均为单一基因型。利用其中一个或多个位点均可鉴定芦花鸡品种，有利于芦花鸡的保种与资源利用、开发，为形成优质、高产芦花鸡配套系提供重要保障。另外，本发明提供的方法整体操作简单，效率较高，鉴定结果准确可靠，适于推广应用。