与甘蓝型油菜角果长性状的主效QTL位点紧密连锁的分子标记及应用

本发明涉及分子生物学及油菜育种，特别涉及与甘蓝型油菜角果长性状的主效qtl位点紧密连锁的分子标记及应用。

背景技术：

1、油菜是世界上重要的植物油来源之一，油菜角果大小，尤其是角果长度是影响油菜产量的主要因素之一。油菜产量性状主要由三个主要组成性状共同决定的：单株角果数、每角果粒数和种子粒重。这些组成部分中的每一个都与油菜角果发育密切相关。角果长度与每角果粒数和粒重呈正相关，但与单株角果数无关，表明籽粒大小是油菜籽产量的主要决定因素之一。鉴于较长的角果比较短的角果产生更多更大的种子，且角果长度具有高度遗传性，因此角果长度已成为油菜育种的目标性状之一。育种实践表明，在不同品种中导入长角果基因可提高每个角果的种子重量，而单株角果数很少或没有减少。

2、油菜的角果长度是一个典型的由多基因控制的数量性状，目前大部分研究集中在解析其遗传基础以及进行角果长qtl定位上。chen et al(2007)的一项早期油菜角果长qtl定位结果发现了13个qtl位点，分别位于a01，a03，a10，c02，c05，c07连锁群，单个qtl解释了5.5％～17.1％的表型变异。其中c02和c07连锁群为主效位点。zhang等(2011)确定了两个分别位于a03和a08连锁群sl的角果长主效qtlcqsl.a8和cqsl.a3。这两个主效位点在不同年份分别能够解释10.70％～11.16％及8.93％～18.80％的表型变异。yang等(2012)利用一个ril群体定位到一个能够解释表型变异高达53.4％的主效qtl，cqsla9，该位点同时调控粒重。cai等(2014)利用来源广泛的192份油菜栽培品种和自交系为群体，发现了6个标记与角果长显著相关，其中标记ea05mc08_1和brgms1039与yang等(2012)发现的主效位点cqsla9一致。qi等(2014)基于一个dh群体检测到4个调控角果长的qtl位点，其中qsla9位点与yang等(2012)发现的主效位点cqsla9一致。fu等(2015)利用一个dh群体和该群体衍生的rc-f2群体检测角果长qtl，同样发现了位于a09连锁群的主效qtl位点，在dh群体中该位点可以解释角果长表型变异17.9％～37.4％。wang等(2016)基于一个包含348个家系的dh群体，成功定位一个角果长主效位点，qsl-a6-2，该位点能够解释表型变异的14.36％。yang等(2017)基于dh群体鉴定出7个角果长qtl，其中位于c09连锁群的cqsl-c09为主效qtl，解释了26.54％的表型变异。dong等(2018)基于一个包含157份自交系材料构成的自然群体，鉴定到位于a09连锁群的是一个主效位点，单倍型分析发现该区间包含甘蓝型油菜中第一个被报道调控角果长的基因bnaa.arf18.a(liu et al 2015)。deng等(2019)基于dh群体在a09连锁群定位到两个调控角果长的主效qtlcqsl-a9-a和cqsl-a9-b，分别可以解释表型变异48.65％和52.13％。shen等(2019)利用近等基因系材料图位克隆了一个位于a09连锁群正向调控角果长的基因bnaa.cyp78a9.a。wang等(2019)利用两个dh群体，鉴定到两个主效位点，qtl qsl_zr_a09及qsl_rr_a09b，分别可以解释表型变异是15.00％～20.36％及14.99％～39.07％。综上所述，鉴于甘蓝型油菜角果长性状的遗传复杂性，还需要进一步鉴定其他的主效qtl位点，并针对qtl位点设计分子标记，可有针对性地筛选甘蓝型油菜长角果品种、预测甘蓝型油菜角果长度、甘蓝型油菜的分子标记辅助育种等。

技术实现思路

1、有鉴于此，本发明目的在于提供与甘蓝型油菜角果长性状的主效qtl位点紧密连锁的分子标记及应用，本发明提供的分子标记可有针对性地筛选甘蓝型油菜长角果品种、预测甘蓝型油菜角果长度、甘蓝型油菜的分子标记辅助育种等。

2、为了实现上述目的，本发明提供以下技术方案：

3、与甘蓝型油菜角果长性状的主效qtl位点紧密连锁的分子标记，所述分子标记为indel分子标记，命名为sla02-9、sla02-14；其中，所述sla02-9的核苷酸序列如seq idno.5所示，所述sla02-14的核苷酸序列如seq id no.6所示。

4、其中，seq id no.5～seq id no.6的具体核苷酸序列如下所示：

5、seq id no.5：

6、tgtctctcggttgatcgtgagtccgaatgggatatcgtacgtcacg ttttatagtaataaaatatgtaaaaaaaattgttactattactgcgacga gagactctgaaagattggacgcagcc；

7、seq id no.6：

8、gatgatcatggtgttgcggctggtgatgatcatgtagcgcttgatg gttctgatgatgatgaggatgctgaggcaaaccatgatgatgacagac gatatctagatgatcgcagcaacgc。

9、在某些实施方案中，所述qtl位点位于甘蓝型油菜的a02染色体的第4857159位碱基～5262658位碱基之间，命名为cqsl.a02-1，对甘蓝型油菜角果长性状的贡献率为11.32％～16.44％；其中，所述甘蓝型油菜的a02染色体的可通过https://yanglab.hzau.edu.cn/bnir/jbrowse检索得到。

10、在某些实施方案中，所述sla02-9位于甘蓝型油菜的a02染色体的第5081412位碱基～5081541位碱基之间，所述sla02-14位于甘蓝型油菜的a02染色体的第5081412位碱基～5081541位碱基之间。

11、本发明还提供一种引物组，用于扩增上述技术方案中所述的indel分子标记。

12、在某些实施方案中，所述引物组包括用于扩增分子标记sla02-9的正向引物和反向引物，或用于扩增分子标记的sla02-14的正向引物和反向引物。

13、在某些实施方案中，所述用于扩增分子标记sla02-9的正向引物和反向引物的核苷酸序列分别如seq id no.1～seq id no.2所示；所述用于扩增分子标记sla02-14的正向引物和反向引物分别如seq id no.3～seq id no.4所示。

14、其中，seq id no.1～seq id no.4的具体核苷酸序列如下所示：

15、seq id no.1(sla02-9f)：5’-tgtctctcggttgatcgtga-3’；

16、seq id no.2(sla02-9r)：5’-ggctgcgtccaatctttcag-3’；

17、seq id no.3(sla02-14f)：5’-gatgatcatggtgttgcggc-3’；

18、seq id no.4(sla02-14r)：5’-gcgttgctgcgatcatctag-3’。

19、本发明还提供一种上述技术方案中所述indel分子标记的应用，所述应用包括但不限于筛选甘蓝型油菜长角果品种、预测甘蓝型油菜角果长度、辅助甘蓝型油菜的育种。

20、本发明还提供一种上述技术方案中所述的引物组的应用，所述应用包括但不限于筛选甘蓝型油菜长角果品种、预测甘蓝型油菜角果长度、甘蓝型油菜的分子标记辅助育种。

21、本发明还提供一种筛选甘蓝型油菜长角果品种的方法，所述方法包括：以待测甘蓝型油菜样品的基因组dna为模板，利用上述技术方案中所述的引物组进行pcr扩增，对扩增产物进行电泳检测，根据电泳结果判断甘蓝型油菜角果品种。

22、在某些实施方案中，所述pcr扩增的体系为：dna模板2μl、2×tap pcr mix 5μl、上下游引物共1μl和ddh2o 2μl；所述pcr扩增的程序为：94℃预变性3min；94℃变性30s，60℃退火30s，72℃延伸45s，35个循环；72℃延伸10min。

23、在某些实施方案中，所述根据电泳结果判断的判定标准为：若sla02-9和sla02-14分别在123bp、119bp均无扩增条带，则待测甘蓝型油菜样品为长角果品种，若sla02-9和sla02-14分别在123bp、119bp均有扩增条带，则待测甘蓝型油菜样品为短角果品种。

24、有益技术效果：本发明提供了一种与甘蓝型油菜角果长性状的主效qtl位点紧密连锁的分子标记，所述分子标记为indel分子标记，命名为sla02-9、sla02-14；其中，所述sla02-9的核苷酸序列如seq id no.5所示，所述sla02-14的核苷酸序列如seq id no.6所示。本发明为甘蓝型油菜角果长育种改良提供了优良的分子标记，通过分子标记辅助选择选育长角果材料进而可培育出高产油菜，具有准确性好、效率高、性价比高的优点。本发明将有助于油菜角果长相关基因的克隆、角果长相关基因功能标记的开发。