用于鉴定易结香沉香的核心SNP标记及应用的制作方法

本发明属于生物，具体涉及沉香染色体上与易结香性状相关的snp位点及其应用。

背景技术：

1、沉香药用价值较高，被广泛应用于消化、呼 吸、心脑血管、风湿等疾病的治疗。沉香还是一种香料，在中东国家，沉香精油、香水备受推崇。此外，沉香的文化收藏价值也较高。世界沉香及产品每年的贸易额达 200 亿元以上，且呈逐年增加之势。

2、土沉香［aquilaria sinensis （lour.）spreng.］，俗名沉香、白木香是中国生产沉香的唯一基源植物，人工规模栽培已有40年 历史，但对其遗传资源的系统评价和选育尚未开展，种苗培育所用种子大多来自栽培或野生成龄植株，种质参差不齐。因此，研究沉香优良品种的选育技术具有重要的意义。

3、易结香性是衡量沉香品种是否优良的重要指标。目前，虽然有研究人员开发了用于沉香属物种鉴定的snp标记，但是还未见报道对针对沉香易结香性开发的具有实用性的snp标记。因此，开发可用于易结香沉香品种鉴定的分子标记，用于市场所销售的种苗的商业鉴定具有重要的经济价值。将其应用于分子标记辅助选择(marker assistedselection,mas)、基因组选择(genomic selection，gs)中则能加沉香品种的遗传改良进展。

技术实现思路

1、针对现有技术存在的问题，本发明提供通过全基因组重测序技术鉴定到了可用于鉴定易结香沉香品种的snp分子标记，可用于市场所销售的种苗的商业鉴定。同时将其应用于分子标记辅助选择(marker assisted selection,mas)、基因组选择(genomicselection，gs)中则能加沉香品种的遗传改良进展。

2、首要目的在于确定用于易结香沉香品种鉴定的snp分子标记。所述分子标记位于沉香基因组（http://gigadb.org/dataset/100702）上。

3、所述snp标记为包含表1中所示任一snp分子标记：

4、表1. snp分子标记

5、

6、本发明还提供了用于易结香沉香品种鉴定的snp分子标记组合，所述snp分子标记组合包含表1所示snp分子标记的任意组合。

7、优选方案中，本发明所述snp分子标记组合为表1中全部snp分子标记的组合。

8、本发明的另一目的在于提供上述的分子标记或分子标记组合在鉴定或辅助鉴定易结香沉香中的应用。

9、本发明的另一目的在于提供用于鉴定或辅助鉴定易结香沉香的snp组合模型，所述snp位点如表1所示，所诉snp组合模型的碱基序列经多序列比对后如表2所示。

10、本发明的另一目的在于提供上述snp组合模型在鉴定或辅助鉴定易结香沉香中的应用。

11、上述应用中，当待鉴定样品与表2中所有易结香模型组样品snp位点的基因型的平均一致性高于或等于64.335％，且与非易结香模型组样品snp位点的参考基因型的平均一致性低于或等于66.782％，可判定待鉴定样品为易结香沉香；或者当待鉴定样品与表2中所有易结香模型组样品snp位点的基因型的一致性均高于或等于64.335％，且与非易结香模型组样品snp位点的参考基因型的一致性均低于或等于66.782％，可判定待鉴定样品为易结香沉香；或者当待鉴定样品与表2中所有易结香模型组样品snp位点的基因型的平均一致性高于或等于76.507％，可判定待鉴定样品为易结香沉香；或者当待鉴定样品与表2中所有易结香模型组样品snp位点的基因型的一致性均高于或等于76.507％，可判定待鉴定样品为易结香沉香。

12、表2. 模型组样品snp位点的碱基按照snp编号顺序从小到大排列进行多序列比对结果

13、；

14、；

15、；

16、。

17、本发明的另一目的在于提供用于鉴定上述snp分子标记的引物对，所述引物对为能够扩增出上述snp位点的引物对。

18、本发明还提供了上述的引物对在鉴定易结香沉香中的应用。

19、本发明还提供了上述的引物对在沉香基因组选择育种中的应用。

20、本发明的另一目的在于提供用于鉴定上述snp分子标记的探针。

21、本发明发提供了用于检测上述snp分子标记的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包前述引物对和/或探针。

22、本发明还提供了上述的探针在鉴定易结香沉香中的应用。

23、本发明还提供了上述的探针在沉香基因组选择育种中的应用。

24、本发明的另一目的在于提供一种鉴定或辅助鉴定易结香沉香的方法，所述方法包含如下步骤：

25、1)采集待鉴定样品的组织样；

26、2)提取待鉴定样品的总dna；

27、3)鉴定待鉴定样品基因组上如表1所示的snp位点的基因型；

28、4)利用模型组样品和待鉴定样品位于前述snp位点的碱基构建个体间进化树或进行pca分析；

29、5)根据进化树和/或pca分析结果判断待鉴定样品是否为易结香沉香，判断标准为：（1）当待鉴定样品与表2中模型组的易结香样品在进化树上或在pca图中聚在一起，且/或待鉴定样品位与表2中模型组的易结香样品内部时可判定待鉴定样品为易结香沉香；（2）待鉴定样品与表2中模型组的非易结香样品在进化树上或在pca图中聚在一起，且/或待鉴定样品位与表2中模型组的非易结香样品内部时可判定待鉴定样品为非易结香沉香；所述模型组样品snp位点的碱基按照snp编号顺序从小到大排列结果如表2所示。

30、本发明的另一目的在于提供另一种鉴定或辅助鉴定易结香沉香的方法，所述方法包括：

31、1)采集待鉴定样品的组织样；

32、2)提取待鉴定样品的总dna；

33、3)鉴定待鉴定样品基因组上如表1所示的snp位点的基因型；

34、4)根据待鉴定样品的snp位点基因型判断样品是否为易结香沉香，判断标准为：当待鉴定样品与表2中所有易结香模型组样品snp位点的基因型的平均一致性高于或等于64.335％，且与非易结香模型组样品snp位点的参考基因型的平均一致性低于或等于66.782％，可判定待鉴定样品为易结香沉香；或者当待鉴定样品与表2中所有易结香模型组样品snp位点的基因型的一致性均高于或等于64.335％，且与非易结香模型组样品snp位点的参考基因型的一致性均低于或等于66.782％，可判定待鉴定样品为易结香沉香；或者当待鉴定样品与表2中所有易结香模型组样品snp位点的基因型的平均一致性高于或等于76.507％，可判定待鉴定样品为易结香沉香；或者当待鉴定样品与表2中所有易结香模型组样品snp位点的基因型的一致性均高于或等于76.507％，可判定待鉴定样品为易结香沉香。

35、上述方法中，步骤3为通过基因组测序或芯片检测鉴定待鉴定样品基因组上如表1所示的snp位点的基因型；

36、进一步地，所述测序为一代测序，和/或二代测序，和/或三代测序。

37、进一步地，所述芯片为dna探针芯片或rna探针芯片。

38、上述方法中，snp位点为表1或者表2中的部分snp位点或全部snp位点。

39、在一些情况下基因型以碱基形式表示，例如在进行序列一致性分析、进化树构建或pca分析是，a、t、c、g是以碱基形式代表纯合位点， r、y、m、k、s、w是以简并碱基形式代表杂合位点，“n”代表该位点未检测到，故在本领域技术人员可理解的范围内本发明所述基因型与碱基在上述情况下具有相同含义。

40、本发明相对于现有技术具有如下的优点及效果：

41、第一，本发明在群体水平确定了可用于鉴定易结香沉香的snp分子标记，并开发了相应鉴定方法。

42、第二，本发明确定的snp分子标记可单独使用也可组合使用，可根据具体使用场景灵活选择选择。

43、第三，本发明确定的snp分子标记以及鉴定方法用于鉴定易结香沉香具有统计严格、准确性高的优点，且使用简便，可使用不同测序方法或使用芯片进行鉴定。

44、第四，本发明确定的snp位点位置合适，容易设计引物。