用于鉴定定安鹅品种的SNP位点组合及其鉴定方法与流程

本发明涉及生物，特别是涉及用于鉴定定安鹅品种的snp位点组合及其鉴定方法。

背景技术：

1、定安鹅是海南省地方品种，属中型鹅种，具有耐粗饲、抗病力强、四季产蛋、肉质鲜美等特点，其开发利用前景较大。目前市场上有较多的假冒定安鹅以及定安鹅与其他品种的杂交个体冒充销售，对定安鹅纯种个体市场造成了一定的冲击，严重影响了定安鹅品牌。因此提供一种能有效准确鉴定定安鹅品种的产品及方法是十分必要的。

2、目前市场上鉴别定安鹅的方法主要依靠外观观察。这种观察主观性较强，鉴定错误率较高，尤其在鉴定定安鹅与其他品种鹅杂种后代时，容易导致不正确的分类与鉴定。而且地方品种鹅刚出雏时较为相似，鉴定错误率也较高。

3、单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，snp)主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的dna序列多态性，具有位点丰富、分布广泛、遗传稳定性高、具有代表性、检测便捷快速等特点。snp标记，利用个体基因组dna中特有的品种差异性较大的snp位点，通过不同位点组合的基因型进行品种鉴定，鉴定结果更加客观、准确。鉴于此，科研和实践中均急需开发一种能有效准确鉴定定安鹅品种的产品及方法，应用于定安鹅品种鉴定工作。

技术实现思路

1、本发明的目的是提供用于鉴定定安鹅品种的snp位点组合及其鉴定方法，以解决上述现有技术存在的问题，通过检测提供的定安鹅15个snp位点的基因型来联合判断待测个体是否属于定安鹅，这种方法操作简便，准确性高，可以有效打击市场假冒定安鹅的泛滥程度。

2、为实现上述目的，本发明提供了如下方案：

3、本发明提供一种用于鉴定定安鹅品种的引物组合，所述引物组合为用于扩增da1p-da15p所示snp位点组合的引物组合，所述da1p-da15p所示snp位点组合为：

4、da1p位于nw_025927668.1染色体上第8129687位，其多态性为a或c；

5、da2p位于nw_025927673.1染色体上第926886位，其多态性为c或g；

6、da3p位于nw_025927673.1染色体上第936602位，其多态性为g或c；

7、da4p位于nw_025927673.1染色体上第945751位，其多态性为c或a；

8、da5p位于nw_025927673.1染色体上第946693位，其多态性为t或c；

9、da6p位于nw_025927673.1染色体上第951840位，其多态性为a或g；da7p位于nw_025927673.1染色体上第963963位，其多态性为g或c；da8p位于nw_025927673.1染色体上第970250位，其多态性为g或a；da9p位于nw_025927673.1染色体上第971259位，其多态性为t或a；da10p位于nw_025927673.1染色体上第983590位，其多态性为t或a；da11p位于nw_025927673.1染色体上第985387位，其多态性为c或t；da12p位于nw_025927679.1染色体上第4763516位，其多态性为t或c；da13p位于nw_025927866.1染色体上第1202481位，其多态性为a或c；da14p位于nw_025927879.1染色体上第469618位，其多态性为t或c；da15p位于nw_025927879.1染色体上第471621位，其多态性为c或t。优选的是，所述da1p-da15p所示snp位点组合的扩增引物组合为：da1f：5’-ttaattgcgtgcatcgagcc-3’(seq id no：1)；

10、da1r：5’-gtgatggaaaaggccagtgc-3’(seq id no：2)；da2f：5’-cagttggctaagctgagggtg-3’(seq id no：3)；

11、da2r：5’-gtttggattctgggtctcccc-3’(seq id no：4)；

12、da3f：5’-ctgacctatctgcacagggc-3’(seq id no：5)；

13、da3r：5’-tctggggcagacaagtgaac-3’(seq id no：6)；

14、da4f：5’-tacttcgttgttggtgaccct-3’(seq id no：7)；da4r：5’-ttggcccaacccataaaacac-3’(seq id no：8)；da5f：5’-gcatgagccatgcagagtttc-3’(seq idno：9)；da5r：5’-aaagtgccagaagagtatagccaa-3’(seq id no：10)；

15、da6f：5’-tgcctgtgtcccattgaagt-3’(seq id no：11)；da6r：5’-agcaagcgcagagcaaaatc-3’(seq id no：12)；

16、da7f：5’-ctctgccccatgagcgttac-3’(seq id no：13)；da7r：5’-tggagctatgagtgccaaagaa-3’(seq id no：14)；

17、da8f：5’-ggtgtcaggggctcttttca-3’(seq id no：15)；

18、da8r：5’-catcagtacccagctctgcc-3’(seq id no：16)；da9f：5’-aatttggacggcacctcaca-3’(seq id no：17)；da9r：5’-atgggctcccagaaagggaa-3’(seq idno：18)；da10f：5’-aaccatagctcaggtttgcac-3’(seq id no：19)；

19、da10r：5’-gagccatcagagctaaaagcaag-3’(seq id no：20)；

20、da11f：5’-tgcctcttgcagttccatcag-3’(seq id no：21)；

21、da11r：5’-acaaggcaaaaagtggacatgc-3’(seq id no：22)；

22、da12f：5’-cggtattattgcagtgcggg-3’(seq id no：23)；

23、da12r：5’-tcttacacggtggcacgaat-3’(seq id no：24)；

24、da13f：5’-gagtaagagcacctggctgg-3’(seq id no：25)；

25、da13r：5’-atctggaggctcaggagagg-3’(seq id no：26)；

26、da14f：5’-tctgcagagctgtcacttca-3’(seq id no：27)；

27、da14r：5’-ctccccggcttcattgactt-3’(seq id no：28)；

28、da15f：5’-caggggactgtgctatggtg-3’(seq id no：29)；

29、da15r：5’-gttctcacacatgccaggga-3’(seq id no：30)。

30、本发明还提供一种鉴定定安鹅品种的方法，包括如下步骤：

31、提取待测鹅基因组总dna；

32、以所述总dna为模板，利用所述的引物组合进行pcr扩增，获取扩增产物；

33、对所述扩增产物测序，判定da1p到da15p所示位点的基因型；

34、根据基因型测定结果，判断所述待测鹅是否属于定安鹅。

35、优选的是，根据贝叶斯定理判定所述待测鹅属于定安鹅的概率，计算公式如下：

36、

37、该个体属于非定安鹅的概率为

38、其中，pi表示snp位点中针对第i个snp，定安鹅品种对应基因型的频率；qi表示snp位点中第i个snp，其他品种对应基因型的平均频率。

39、优选的是，根据计算结果，为保证准确率，以0.95为阈值，属于定安鹅的概率大于等于0.95则判定为定安鹅；属于非定安鹅的概率大于等于0.95则判定为非定安鹅；如果小于0.95，则只能判定为一种可能性，比如属于定安鹅的概率为0.85，则认为只有85％的可能性属于定安鹅。

40、优选的是，所述da1p到da15p所示位点在定安鹅及其他品种中的基因型、基因型平均频率如下所示：

41、da1p位点：当基因型为aa时，定安鹅的基因型频率为0.72，其他品种的基因型频率为0.02；当基因型为ac时，定安鹅的基因型频率为0.26，其他品种的基因型频率为0.21；当基因型为cc时，定安鹅的基因型频率为0.02，其他品种的基因型频率为0.77；

42、da2p位点：当基因型为cc时，定安鹅的基因型频率为0.49，其他品种的基因型频率为0.00；当基因型为cg时，定安鹅的基因型频率为0.42，其他品种的基因型频率为0.06；当基因型为gg时，定安鹅的基因型频率为0.09，其他品种的基因型频率为0.94；

43、da3p位点：当基因型为gg时，定安鹅的基因型频率为0.56，其他品种的基因型频率为0.00；当基因型为gc时，定安鹅的基因型频率为0.38，其他品种的基因型频率为0.07；当基因型为cc时，定安鹅的基因型频率为0.06，其他品种的基因型频率为0.93；

44、da4p位点：当基因型为cc时，定安鹅的基因型频率为0.49，其他品种的基因型频率为0.00；当基因型为ca时，定安鹅的基因型频率为0.42，其他品种的基因型频率为0.08；当基因型为aa时，定安鹅的基因型频率为0.09，其他品种的基因型频率为0.92；

45、da5p位点：当基因型为tt时，定安鹅的基因型频率为0.56，其他品种的基因型频率为0.00；当基因型为tc时，定安鹅的基因型频率为0.38，其他品种的基因型频率为0.06；当基因型为cc时，定安鹅的基因型频率为0.06，其他品种的基因型频率为0.94；

46、da6p位点：当基因型为aa时，定安鹅的基因型频率为0.45，其他品种的基因型频率为0.00；当基因型为ag时，定安鹅的基因型频率为0.44，其他品种的基因型频率为0.07；当基因型为gg时，定安鹅的基因型频率为0.11，其他品种的基因型频率为0.93；

47、da7p位点：当基因型为gg时，定安鹅的基因型频率为0.52，其他品种的基因型频率为0.00；当基因型为gc时，定安鹅的基因型频率为0.40，其他品种的基因型频率为0.08；当基因型为cc时，定安鹅的基因型频率为0.08，其他品种的基因型频率为0.92；

48、da8p位点：当基因型为gg时，定安鹅的基因型频率为0.56，其他品种的基因型频率为0.00；当基因型为ga时，定安鹅的基因型频率为0.38，其他品种的基因型频率为0.10；当基因型为aa时，定安鹅的基因型频率为0.06，其他品种的基因型频率为0.90；

49、da9p位点：当基因型为tt时，定安鹅的基因型频率为0.52，其他品种的基因型频率为0.00；当基因型为ta时，定安鹅的基因型频率为0.40，其他品种的基因型频率为0.09；当基因型为aa时，定安鹅的基因型频率为0.08，其他品种的基因型频率为0.91；

50、da10p位点：当基因型为tt时，定安鹅的基因型频率为0.56，其他品种的基因型频率为0.00；当基因型为ta时，定安鹅的基因型频率为0.38，其他品种的基因型频率为0.07；当基因型为aa时，定安鹅的基因型频率为0.06，其他品种的基因型频率为0.93；

51、da11p位点：当基因型为cc时，定安鹅的基因型频率为0.52，其他品种的基因型频率为0.00；当基因型为ct时，定安鹅的基因型频率为0.40，其他品种的基因型频率为0.07；当基因型为tt时，定安鹅的基因型频率为0.08，其他品种的基因型频率为0.93；

52、da12p位点：当基因型为tt时，定安鹅的基因型频率为0.81，其他品种的基因型频率为0.01；当基因型为tc时，定安鹅的基因型频率为0.18，其他品种的基因型频率为0.20；当基因型为cc时，定安鹅的基因型频率为0.01，其他品种的基因型频率为0.79；

53、da13p位点：当基因型为aa时，定安鹅的基因型频率为0.60，其他品种的基因型频率为0.00；当基因型为ac时，定安鹅的基因型频率为0.35，其他品种的基因型频率为0.15；当基因型为cc时，定安鹅的基因型频率为0.05，其他品种的基因型频率为0.85；

54、da14p位点：当基因型为tt时，定安鹅的基因型频率为0.72，其他品种的基因型频率为0.02；当基因型为tc时，定安鹅的基因型频率为0.26，其他品种的基因型频率为0.25；当基因型为cc时，定安鹅的基因型频率为0.02，其他品种的基因型频率为0.73；

55、da15p位点：当基因型为cc时，定安鹅的基因型频率为0.77，其他品种的基因型频率为0.02；当基因型为ct时，定安鹅的基因型频率为0.22，其他品种的基因型频率为0.25；当基因型为tt时，定安鹅的基因型频率为0.01，其他品种的基因型频率为0.73。

56、优选的是，所述其他品种包括长乐鹅、豁眼鹅、道州灰鹅、钢鹅、酃县白鹅、狮头鹅、乌鬃鹅、永康灰鹅和籽鹅。

57、本发明还提供一种鉴定定安鹅品种的试剂盒，包括所述的引物组合。

58、本发明还提供所述的引物组合或所述的试剂盒在鉴定定安鹅品种的应用。

59、本发明公开了以下技术效果：

60、本发明公开15个snp位点，根据贝叶斯定理，可以通过15个snp位点联合基因型判断该个体属于定安鹅的概率。本发明联合15个snp位点判断定安鹅的概率可达到100％，这种方法操作简便，准确性高，可以有效打击市场假冒定安鹅的泛滥程度。