用于鉴定钢鹅品种的SNP位点组合及其鉴定方法与流程

本发明涉及生物，特别是涉及用于鉴定钢鹅品种的snp位点组合及其鉴定方法。

背景技术：

1、钢鹅是四川省地方品种，属中型鹅种，耐粗饲、易肥、肉嫩味鲜、适应性强等特点，其开发利用前景较大。目前市场上有较多的假冒钢鹅以及钢鹅与其他品种的杂交个体冒充销售，对钢鹅纯种个体市场造成了一定的冲击，严重影响了钢鹅品牌。因此提供一种能有效准确鉴定钢鹅品种的产品及方法是十分必要的。

2、目前市场上鉴别钢鹅的方法主要依靠外观观察。这种观察主观性较强，鉴定错误率较高，尤其在鉴定钢鹅与其他品种鹅杂种后代时，容易导致不正确的分类与鉴定。而且地方品种鹅刚出雏时较为相似，鉴定错误率也较高。

3、单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，snp)主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的dna序列多态性，具有位点丰富、分布广泛、遗传稳定性高、具有代表性、检测便捷快速等特点。snp标记，利用个体基因组dna中特有的品种差异性较大的snp位点，通过不同位点组合的基因型进行品种鉴定，鉴定结果更加客观、准确。鉴于此，科研和实践中均急需开发一种能有效准确鉴定钢鹅品种的产品及方法，应用于钢鹅品种鉴定工作中。

技术实现思路

1、本发明的目的是提供用于鉴定钢鹅品种的snp位点组合及其鉴定方法，以解决上述现有技术存在的问题，通过检测提供的钢鹅15个snp位点的基因型来联合判断待测个体是否属于钢鹅，这种方法操作简便，准确性高，可以有效打击市场假冒钢鹅的泛滥程度。

2、为实现上述目的，本发明提供了如下方案：

3、本发明提供一种用于鉴定钢鹅品种的引物组合，所述引物组合为用于扩增ge1p-ge15p所示snp位点组合的引物组合，所述ge1p-ge15p所示snp位点组合为：

4、ge1p位于nw_025927662.1染色体上第13858336位，其多态性为c或a；

5、ge2p位于nw_025927662.1染色体上第13871111位，其多态性为t或c；

6、ge3p位于nw_025927662.1染色体上第13877045位，其多态性为a或c；

7、ge4p位于nw_025927662.1染色体上第13913067位，其多态性为c或t；

8、ge5p位于nw_025927662.1染色体上第13913660位，其多态性为a或c；

9、ge6p位于nw_025927702.1染色体上第2733521位，其多态性为g或a；

10、ge7p位于nw_025927702.1染色体上第2786509位，其多态性为t或c；ge8p位于nw_025927805.1染色体上第1359142位，其多态性为t或c；ge9p位于nw_025927846.1染色体上第569545位，其多态性为a或g；ge10p位于nw_025927846.1染色体上第570245位，其多态性为t或g；ge11p位于nw_025927846.1染色体上第575545位，其多态性为a或g；ge12p位于nw_025927846.1染色体上第580601位，其多态性为t或c；ge13p位于nw_025927846.1染色体上第581196位，其多态性为a或g；ge14p位于nw_025927846.1染色体上第582351位，其多态性为t或c；ge15p位于nw_025927846.1染色体上第1023753位，其多态性为c或g。优选的是，所述ge1p-ge15p所示snp位点组合的扩增引物组合为：ge1f：5’-ggggctgctctgcttagaaa-3’(seq id no:1)；

11、ge1r：5’-agaccataaagtgcccctgc-3’(seq id no:2)；ge2f：5’-aaggtgtagggattgactcgc-3’(seq id no:3)；ge2r：5’-tacacaaatagagtcagcccagt-3’(seqid no:4)；

12、ge3f：5’-ggagcaatcacatccccgaa-3’(seq id no:5)；ge3r：5’-tgcagaagcgagaaggttga-3’(seq id no:6)；ge4f：5’-ccggttctttcaggactcaca-3’(seq idno:7)；

13、ge4r：5’-ccactctgacccagacgaga-3’(seq id no:8)；

14、ge5f：5’-gcaggtcaccgcaagaaata-3’(seq id no:9)；ge5r：5’-tttaatcccacgtcggggaac-3’(seq id no:10)；

15、ge6f：5’-cggcagcttcttagagcgat-3’(seq id no:11)；ge6r：5’-gctcacacacagcaatcagc-3’(seq id no:12)；

16、ge7f：5’-tcgatgtgccgtgtactgag-3’(seq id no:13)；ge7r：5’-ttggctgtttccaccccaaa-3’(seq id no:14)；

17、ge8f：5’-cactggctgttgttttggca-3’(seq id no:15)；ge8r：5’-tggacacgtgtgatgtgagg-3’(seq id no:16)；

18、ge9f：5’-ttggctggaagcacgtttct-3’(seq id no:17)；ge9r：5’-aaagcgacccaaaagcaagc-3’(seq id no:18)；

19、ge10f：5’-ccgggagcttaattcttggtga-3’(seq id no:19)；

20、ge10r：5’-gtggggtctcggacctatg-3’(seq id no:20)；ge11f：5’-ggctttggggtgtctccatt-3’(seq id no:21)；ge11r：5’-ccaaaagcctgtggtgcaaa-3’(seq idno:22)；

21、ge12f：5’-acctgatgatcaagcccgtg-3’(seq id no:23)；

22、ge12r：5’-ttgttgatcctctcggccac-3’(seq id no:24)；

23、ge13f：5’-tgaactaggttgggccactt-3’(seq id no:25)；

24、ge13r：5’-cactgctccatttcgtgcttag-3’(seq id no:26)；

25、ge14f：5’-aggggttatcccacctcctc-3’(seq id no:27)；

26、ge14r：5’-ggtctccgacagtttgctga-3’(seq id no:28)；

27、ge15f：5’-gccactctgtagatacgccc-3’(seq id no:29)；

28、ge15r：5’-ctgggcctggggaagagaag-3’(seq id no:30)。

29、本发明还提供一种鉴定钢鹅品种的方法，包括如下步骤：

30、提取待测鹅基因组总dna；

31、以所述总dna为模板，利用所述的引物组合进行pcr扩增，获取扩增产物；

32、对所述扩增产物测序，判定ge1p到ge15p所示位点的基因型；

33、根据基因型测定结果，判断所述待测鹅是否属于钢鹅。

34、优选的是，根据贝叶斯定理判定所述待测鹅属于钢鹅的概率，计算公式如下：

35、

36、所述待测鹅属于非钢鹅的概率为

37、其中，pi表示snp位点组合中第i个snp中钢鹅品种对应基因型的频率；qi表示snp位点组合中第i个snp中其他品种对应基因型的平均频率。

38、优选的是，根据计算结果，为保证准确率，以0.95为阈值，属于钢鹅的概率大于等于0.95则判定为钢鹅；属于非钢鹅的概率大于等于0.95则判定为非钢鹅；如果小于0.95，则只能判定为一种可能性，比如属于钢鹅的概率为0.85，则认为只有85％的可能性属于钢鹅。

39、优选的是，所述snp位点在钢鹅及其他品种中的基因型、基因型平均频率如下所示：

40、ge1p位点：当基因型为cc时，钢鹅的基因型频率为0.77，其他品种的基因型频率为0.00；当基因型为ca时，钢鹅的基因型频率为0.22，其他品种的基因型频率为0.00；当基因型为aa时，钢鹅的基因型频率为0.01，其他品种的基因型频率为1.00；

41、ge2p位点：当基因型为tt时，钢鹅的基因型频率为0.79，其他品种的基因型频率为0.00；当基因型为tc时，钢鹅的基因型频率为0.20，其他品种的基因型频率为0.00；当基因型为cc时，钢鹅的基因型频率为0.01，其他品种的基因型频率为1.00；

42、ge3p位点：当基因型为aa时，钢鹅的基因型频率为0.77，其他品种的基因型频率为0.00；当基因型为ac时，钢鹅的基因型频率为0.22，其他品种的基因型频率为0.00；当基因型为cc时，钢鹅的基因型频率为0.01，其他品种的基因型频率为1.00；

43、ge4p位点：当基因型为cc时，钢鹅的基因型频率为0.79，其他品种的基因型频率为0.00；当基因型为ct时，钢鹅的基因型频率为0.20，其他品种的基因型频率为0.00；当基因型为tt时，钢鹅的基因型频率为0.01，其他品种的基因型频率为1.00；

44、ge5p位点：当基因型为aa时，钢鹅的基因型频率为0.88，其他品种的基因型频率为0.00；当基因型为ac时，钢鹅的基因型频率为0.12，其他品种的基因型频率为0.01；当基因型为cc时，钢鹅的基因型频率为0.00，其他品种的基因型频率为0.99；

45、ge6p位点：当基因型为gg时，钢鹅的基因型频率为0.88，其他品种的基因型频率为0.00；当基因型为ga时，钢鹅的基因型频率为0.12，其他品种的基因型频率为0.03；当基因型为aa时，钢鹅的基因型频率为0.00，其他品种的基因型频率为0.97；

46、ge7p位点：当基因型为tt时，钢鹅的基因型频率为0.89，其他品种的基因型频率为0.00；当基因型为tc时，钢鹅的基因型频率为0.11，其他品种的基因型频率为0.01；当基因型为cc时，钢鹅的基因型频率为0.00，其他品种的基因型频率为0.99；

47、ge8p位点：当基因型为tt时，钢鹅的基因型频率为0.73，其他品种的基因型频率为0.00；当基因型为tc时，钢鹅的基因型频率为0.24，其他品种的基因型频率为0.00；当基因型为cc时，钢鹅的基因型频率为0.03，其他品种的基因型频率为1.00；

48、ge9p位点：当基因型为cc时，钢鹅的基因型频率为0.89，其他品种的基因型频率为0.00；当基因型为cg时，钢鹅的基因型频率为0.11，其他品种的基因型频率为0.00；当基因型为gg时，钢鹅的基因型频率为0.00，其他品种的基因型频率为1.00；

49、ge10p位点：当基因型为aa时，钢鹅的基因型频率为0.73，其他品种的基因型频率为0.00；当基因型为ag时，钢鹅的基因型频率为0.24，其他品种的基因型频率为0.00；当基因型为gg时，钢鹅的基因型频率为0.03，其他品种的基因型频率为1.00；

50、ge11p位点：当基因型为tt时，钢鹅的基因型频率为0.79，其他品种的基因型频率为0.00；当基因型为tg时，钢鹅的基因型频率为0.20，其他品种的基因型频率为0.00；当基因型为gg时，钢鹅的基因型频率为0.01，其他品种的基因型频率为1.00；

51、ge12p位点：当基因型为aa时，钢鹅的基因型频率为0.79，其他品种的基因型频率为0.00；当基因型为ag时，钢鹅的基因型频率为0.20，其他品种的基因型频率为0.00；当基因型为gg时，钢鹅的基因型频率为0.01，其他品种的基因型频率为1.00；

52、ge13p位点：当基因型为tt时，钢鹅的基因型频率为0.79，其他品种的基因型频率为0.00；当基因型为tc时，钢鹅的基因型频率为0.20，其他品种的基因型频率为0.00；当基因型为cc时，钢鹅的基因型频率为0.01，其他品种的基因型频率为1.00；

53、ge14p位点：当基因型为aa时，钢鹅的基因型频率为0.79，其他品种的基因型频率为0.00；当基因型为ag时，钢鹅的基因型频率为0.20，其他品种的基因型频率为0.00；当基因型为gg时，钢鹅的基因型频率为0.01，其他品种的基因型频率为1.00；

54、ge15p位点：当基因型为tt时，钢鹅的基因型频率为0.79，其他品种的基因型频率为0.00；当基因型为tc时，钢鹅的基因型频率为0.20，其他品种的基因型频率为0.00；当基因型为cc时，钢鹅的基因型频率为0.01，其他品种的基因型频率为1.00。

55、优选的是，ge1p到ge15p位点所示snp位点联合使用判断钢鹅的概率时，所述概率大于0.95，则判定为钢鹅。

56、优选的是，所述其他品种包括长乐鹅、豁眼鹅、道州灰鹅、定安鹅、酃县白鹅、狮头鹅、乌鬃鹅、永康灰鹅和籽鹅。

57、本发明还提供一种鉴定钢鹅品种的试剂盒，包括所述的引物组合。

58、本发明还提供所述的引物组合或所述的试剂盒在鉴定钢鹅品种的应用。

59、本发明公开了以下技术效果：

60、本发明根据贝叶斯定理，可以通过15个snp联合基因型判断该个体属于钢鹅的概率，根据计算公式得到属于钢鹅的概率大于95％即判断为钢鹅。本发明联合15个snp位点判断钢鹅的概率可达到100％，这种方法操作简便，准确性高，可以有效打击市场假冒钢鹅的泛滥程度。