一种调控肥胖患者脂肪功能自噬溶酶体基因C10ORF10的筛选方法

本发明涉及基因筛选，具体而言，涉及一种调控肥胖患者脂肪功能自噬溶酶体基因c10orf10的筛选方法。

背景技术：

1、肥胖发病率逐年增加，它与高血糖、高血压、高甘油三酯血症、低hdl血症和高尿酸血症的发病密切相关。脂肪组织功能障碍已被认为是肥胖相关并发症发展的关键因素，大量研究发现自噬溶酶体在脂肪功能调控中发挥重要作用。因此，寻找一种可行的能够筛选调控肥胖患者脂肪功能的自噬-溶酶体基因的方法对于肥胖的脂肪至关重要，因此我们提出一种调控肥胖患者脂肪功能自噬溶酶体基因c10orf10的筛选方法。

技术实现思路

1、本发明的目的在于：针对目前存在的背景技术提出的问题。为了实现上述发明目的，本发明提供了以下技术方案：一种调控肥胖患者脂肪功能自噬溶酶体基因c10orf10的筛选方法，包括以下步骤：步骤一：首先确定自噬溶酶体基因，并收集不同代谢状态、不同bmi人群的皮下脂肪及内脏脂肪组织，然后进行转录组测序分析；

2、步骤二：将代谢正常的人群标本分为bmi＜25(kg/m2)和bmi＞30(kg/m2)两组，比较自噬溶酶体相关基因在两组皮下和内脏脂肪组织中的表达差异，筛选出差异基因，并在genecards、the human proteinatlas、national center for biotechnologyinformation系统中比较筛选出的差异基因在脂肪组织的表达情况，选取表达高的差异基因进行下一步分析；

3、步骤三：分析发现皮下和内脏脂肪组织中，bmi＜25(kg/m2)和bmi＞30(kg/m2)两组比较多个自噬溶酶体相关基因存在表达差异；其中表达差异最大的基因是c10orf10。

4、作为本发明优选的技术方案，步骤四：将筛选到的差异基因c10orf10在不同bmi人群皮下脂肪和内脏脂肪组织中进行与bmi的相关性分析；首先观察了c10orf10 mrna在不同bmi患者脂肪组织的表达差异及与bmi的相关性，根据收集分析的人脂肪组织rna-seq结果发现c10orf10 mrna在bmi＞30(kg/m2)患者的皮下脂肪组织中高表达，与bmi呈现明显的相关性。

5、作为本发明优选的技术方案，步骤五：在不同代谢状态,高尿酸、高血脂、高血糖、高血压肥胖患者中，进行差异基因与血糖、血脂、血压、血尿酸的相关性分析；我们在减重手术患者中观察了基线c10orf10 mrna与基线及随访后血糖、hba1c降幅的相关性；c10orf10mrna水平不但与基线的餐后血糖及hba1c呈正相关，而且与随访后餐后血糖及hba1c的降幅均呈正相关；提示c10orf10mrna可能也参与了肥胖患者减重手术前后葡萄糖的调节。

6、作为本发明优选的技术方案，步骤六：构建c10orf10差异基因脂肪组织条件敲除或过表达小鼠，进行相关研究：整体表型观察、小鼠脂肪含量及形态观察、脂肪成脂分化及组织发育、脂肪分解情况、脂肪组织炎症及整体炎症、皮下脂肪棕色化、肝脏和骨骼肌的脂质异位沉积。

7、作为本发明优选的技术方案，步骤一：确定自噬溶酶体基因，具体步骤包括：s1.确定自噬溶酶体基因：通过文献研究和数据库查询，确定与自噬溶酶体相关的基因列表；

8、s2.收集样本：选择不同代谢状态、不同bmi人群的肥胖患者作为研究对象，从他们的皮下脂肪和内脏脂肪组织中采集样本；收集过程需要遵守伦理规定，并获得相关的研究伦理批准；

9、s3.提取总rna：使用rna提取试剂盒方法，按照说明书的指导提取皮下脂肪和内脏脂肪组织样本中的总rna；确保提取到高质量的rna。

10、作为本发明优选的技术方案，步骤一：收集不同代谢状态、不同bmi人群的皮下脂肪及内脏脂肪组织，然后进行转录组测序分析的具体步骤为：

11、a.库准备：根据转录组测序的方法，使用rna样本进行库准备；这通常包括rna反转录、cdna合成和建库步骤；

12、b.测序：将库进行高通量测序，可以选择rna-seq方法进行转录组测序；可以使用illumina平台进行测序；

13、c.数据分析：对测序得到的数据进行质控、去除低质量数据和过滤低表达基因预处理步骤；然后使用生物信息学分析工具进行转录组数据的比对、定量和差异表达分析。

14、作为本发明优选的技术方案，步骤三：分析发现皮下和内脏脂肪组织中，bmi＜25(kg/m2)和bmi＞30(kg/m2)两组比较多个自噬溶酶体相关基因存在表达差异的具体步骤：

15、s1.差异基因分析：根据步骤二中的转录组测序分析结果，比较bmi＜25组和bmi＞30组的皮下和内脏脂肪组织中的自噬溶酶体相关基因表达差异；可以使用统计学方法，进行差异基因分析；

16、s2.确定表达差异最大的基因：从差异基因中找出表达差异最大的基因；根据统计学分析的结果，筛选出在两组样本中表达差异最显著的自噬溶酶体相关基因；

17、s3.验证表达差异最大的基因：使用实时定量pcr(qpcr)方法对表达差异最大的基因进行验证；通过基因表达水平的定量分析，进一步确认该基因在两组样本中的表达差异；

18、s4.数据库查询和文献调研：使用genecards、the human proteinatlas、nationalcenter for biotechnology information系统公共数据库，查询c10orf10基因的相关信息,得到基因在自噬溶酶体功能中的作用机制。

19、作为本发明优选的技术方案，步骤四：将筛选到的差异基因c10orf10在不同bmi人群皮下脂肪和内脏脂肪组织中进行与bmi的相关性分析的具体步骤：

20、s1.数据准备：整理所选取的样本中c10orf10基因的表达数据和相应的bmi数据；

21、s2.数据处理：根据样本的bmi数据，将样本分为不同的bmi组别，如低bmi组和高bmi组；同时，将c10orf10基因的表达数据与bmi数据进行匹配。

22、作为本发明优选的技术方案，还包括s3.相关性分析：使用统计学方法，如pearson相关系数、spearman相关系数，对c10orf10基因的表达和bmi进行相关性分析；计算c10orf10基因表达水平与bmi之间的相关系数，相关性强弱以及相关性的方向。

23、作为本发明优选的技术方案，还包括s4.统计学分析：根据相关性分析的结果，进行统计学检验，确定c10orf10基因的表达与bmi之间是否存在显著的相关性；使用t检验、方差分析方法进行统计学检验。

24、与现有技术相比，本发明的有益效果：

25、在本发明的方案中：通过收集不同代谢状态、不同bmi人群的皮下脂肪及内脏脂肪组织，然后进行转录组测序分析。将代谢正常的人群标本分为bmi＜25(kg/m2)和bmi＞30(kg/m2)两组，比较自噬溶酶体相关基因在两组皮下和内脏脂肪组织中的表达差异，筛选出差异基因，并在genecards、the human proteinatlas、national center forbiotechnology information网站比较筛选出的差异基因在脂肪组织的表达情况，选取表达高的差异基因进行分析发现皮下和内脏脂肪组织中，bmi＜25(kg/m2)和bmi＞30(kg/m2)两组比较多个自噬溶酶体相关基因存在表达差异。其中表达差异最大的基因是c10orf10,有效的筛选出了调控肥胖患者脂肪功能自噬溶酶体基因c10orf10。