一种榴莲资源的SSR分子标记引物及其应用

本发明属于ssr分子标记，具体涉及一种榴莲资源的ssr分子标记引物及其应用。

背景技术：

1、榴莲是一种主要种植于东南亚的热带果树，果实味道浓烈，滋味特别，素有“万果之王”的美誉，除鲜食外，榴莲的加工食品种类丰富，深受全球消费者欢迎，目前，中国已成为世界上最大的榴莲进口和消费国，海关总署数据显示，2022年，中国进口榴莲82.45万吨，进口额40.32亿美元，占全球比重进口比重的87.08％。

2、2019年以来，随着海南引种榴莲成功挂果，掀起榴莲商业化栽培浪潮，目前种植面积超过3万亩，但是当前海南引进的榴莲种植品种繁多，依靠外观区分榴莲品种难度极大，榴莲种苗市场存在以劣充优、苗木与品种无法对应等问题，不利于榴莲产业的健康发展，植物种质资源鉴定与评价是资源有效保护与创新利用的前提，由于海南引种榴莲资源繁多、榴莲苗木市场混乱，对该资源的系统评价尚未开展，关于海南榴莲资源的分类问题仍无定论，这对海南引种榴莲资源的保护与创新利用、海南榴莲产业发展极为不利。

3、随着分子生物技术的发展，基于分子标记的遗传学分析能够解决表型和生理生化指标受环境和显隐性基因影响这一难题，可更好地评估群体的遗传多样性，ssr(simplesequence repeats)即为简单重复序列，又称为微卫星dna(microsatellite dna)，通常是由1～6个碱基为基元经过多次重复串联构成的dna序列，因在基因组中具有共显性、多等位基因、多态性等优点，已被普遍应用于果树遗传学研究，但针对榴莲遗传多样性的研究较少，近年来，东南亚研究人员利用ssr分子标记技术来进行榴莲种质资源的群体遗传和结构的研究，评估不同榴莲品种之间和同种榴莲内部的遗传关系(siew gy,ng wl,tan sw,alitheennb,tan sg,yeap sk.genetic variation and dna fingerprinting ofduriantypes in malaysia using simple sequence repeat(ssr)markers.peerj,2018,6:e4266)，目前，尚未有开展海南榴莲种质资源群体多样性研究的报道。

技术实现思路

1、本发明的目的在于提供一种榴莲资源的ssr分子标记引物，用于榴莲的遗传结构分析，为榴莲种质资源引种收集、精准鉴定和分子育种提供理论依据。

2、为达到上述目的，本发明提供如下技术方案：

3、本发明提供了一种榴莲资源的ssr分子标记引物，具体如下：

4、dzm094上游引物：aagtgtaaggctcttaccagga；

5、下游引物：cagctacagccaacgattca；

6、dzm129上游引物：acacccatttttgtttggga；

7、下游引物：ttcaaatatccttgattttgttcttg；

8、dzm131上游引物：caccgaataagccatgttcc；

9、下游引物：ttgagtttcgtgacggattg；

10、dzm138上游引物：taacatgcagaagcagacgg；

11、下游引物：ctccgctccaattgtgaaat；

12、dzm161上游引物：agccctacctgttaatgcgt；

13、下游引物：gatgggtttatcccacaagg；

14、dzm172上游引物：tcttgaactgccccaaaaac；

15、下游引物：gccttctacagtggatggga；

16、dzm173上游引物：gacctcacgtgattttaggca；

17、下游引物：agtgagctgcccctatgatg；

18、dzm176上游引物：gaaggatgaatttggaggca；

19、下游引物：gttggaaagcgactaaccca；

20、dzm179上游引物：cagctgccccaagtgataat；

21、下游引物：cttttaccgatttcggggat；

22、dzm001上游引物：tccaaacaatcaattgcagc；

23、下游引物：tgattgatttcaagttttctgga；

24、dzm003上游引物：gcatttcatgcaagtgactct；

25、下游引物：caattgaccatcccattcaa；

26、dzm006上游引物：cggttttataagccaacgttattc；

27、下游引物：atgagaaaaggcagtgtggc；

28、dzm039上游引物：gggtattcatagacaccctcaaa；

29、下游引物：ggacacgagccaggatttt；

30、dzm042上游引物：tatggaaaaacagcaagggg；

31、下游引物：gtgttagtgcgctcctgtga；

32、dzm049上游引物：tcaaacatttccaacaaaatatgc；

33、下游引物：acaggttttcttttggcaga；

34、dzm060上游引物：gccacatggattaggagctt；

35、下游引物：ggcctgctattttccttcct；

36、dzm072上游引物：atttgaccgctctatccacg；

37、下游引物：cgcaaacaaaccgttatcaa；

38、dzm077上游引物：tcccttcacattttcttgcc；

39、下游引物：gcggcgctaatgttcactat；

40、dzm081上游引物：atcccgagcaatctccttct；

41、下游引物：cgaggtatgtattgctaccacc。

42、本发明提供了榴莲资源的ssr分子标记引物在榴莲种质资源遗传分析中的应用。

43、进一步地，榴莲资源的ssr分子标记引物在榴莲种质资源遗传分析中的应用，包括以下步骤：

44、(1)提取待分析样品dna：采集榴莲树幼嫩叶片，提取基因组dna；

45、(2)合成特异性荧光引物：筛选并合成所述的19对ssr引物；

46、(3)pcr扩增：采用荧光pcr反应分别利用所述的19对ssr引物对步骤(1)中的基因组dna进行pcr扩增；

47、(4)遗传分析：统计观测等位基因数、有效等位基因数、香农指数、多态性信息指数、观测杂合度、期望杂合度和近交系数，并采用基于nei遗传距离的非加权组平均法进行聚类分析，构建遗传距离聚类分析树状图。

48、本发明提供了榴莲资源的ssr分子标记引物在构建榴莲种质资源dna数字指纹图谱中的应用。

49、进一步地，榴莲资源的ssr分子标记引物在构建榴莲种质资源dna数字指纹图谱中的应用，包括以下步骤：

50、(1)提取待分析样品dna：采集榴莲树幼嫩叶片，提取基因组dna；

51、(2)合成特异性荧光引物：筛选并合成所述的19对ssr引物；

52、(3)pcr扩增：采用荧光pcr反应分别利用所述的19对ssr引物对步骤(1)中的基因组dna进行pcr扩增，制得pcr扩增产物；

53、(4)电泳检测：取步骤(3)制得的pcr扩增产物进行电泳检测；

54、(5)根据步骤(4)的检测结果，形成榴莲种质资源dna数字指纹图谱。

55、与现有技术相比，本发明具有以下优点：

56、本发明利用19对荧光ssr引物并构建指纹图谱，不仅能从分子水平上快速、高效鉴定榴莲，还能够用来进行遗传多样性评价，揭示引种种植榴莲种质资源遗传多样性特征和群体遗传分化结构，进而达到对未知种质资源的品种所属进行明确，为榴莲种质资源引种收集、精准鉴定和分子育种提供理论依据。