用于胃癌预后的分子标记物及其应用的制作方法

本发明属于生物医学领域，更具体地，本发明涉及用于胃癌预后的分子标记物及其应用。

背景技术：

1、胃癌是全球最常见的癌症，也是癌症相关死亡的第三大病因，导致全球近80万人死亡。最新数据显示，东亚、中欧和东欧的胃癌发病率最高，共占全球所有新登记病例的87％。即使在发病率低的地区，一般也是在晚期才被诊断出来，这大大限制了患者的治疗选择，是导致患者预后不好的主要原因。目前，这种疾病的5年生存率仅在30％至35％之间。胃癌是一种通过组织病理学变异进行分层的异质性疾病。目前，被广泛认可的组织病理学分类方法是lauren提出的“肠型”和“弥漫型”。虽然这些组织病理学差异与胃癌预后相关，但并不被常规用作确定胃癌治疗和管理的基础。

2、随着二代测序技术的发展，癌症基因组分析揭示了各种恶性肿瘤与基因组信息之间的关系。2014年，一些研究使用全外显子组测序和全基因组测序揭示了胃癌基因组学的整个结构。这些研究将有助于确定胃癌的新治疗靶点。tcga研究组对胃癌进行了整合基因组分析，提出了四种分子亚型：ebv型、微卫星不稳定(msi)型、染色体不稳定型(cin)和基因组稳定(gs)型胃癌。这些研究将不同的分子亚型与一些组织学表型联系起来，为新的治疗策略和精准医疗奠定了基础。

3、最近，免疫检查点抑制剂(icis)已被用于胃癌治疗。然而，患者对该治疗的反应率有限，还有相当比例的患者遭受长期免疫相关副作用的影响。因此，深入理解肿瘤的生物学发生机制对于开发新型胃癌疗法非常关键。随着肿瘤的发展，它积累了越来越多的遗传和表观遗传改变，这些表观遗传学因素虽然无法直接影响基因序列，但其能够调节细胞中特定基因的转录效率，有助于提高肿瘤细胞的免疫原性和免疫细胞的浸润，对胃癌的形成和扩散中起到重要作用。

4、人体内的大部分细胞都有纤毛，其是脊椎动物细胞表面突起的一种细胞器，是多种信号通路的连接点，特别是sonic hedgehog(shh)和wingless(wnt)信号通路。纤毛是从许多类型的细胞表面突出的细小毛发状结构，包括胃壁细胞。这些结构有几个重要的功能，包括促进细胞表面的运动和运输物质。研究表明，胃中纤毛的丢失可能与胃癌的发展有关。这是因为纤毛在调节胃酸和其他可能导致癌症发展的因素的分泌中发挥作用。发表在《临床研究杂志》上的一项研究发现，胃中纤毛的丢失会导致一种叫做il-1β的蛋白质的产生增加，这种蛋白质可以促进癌细胞的生长和存活。该研究还发现，恢复胃细胞中的纤毛会减少il-1β的产生并抑制癌细胞的生长。另一项发表在oncogene杂志上的研究发现，胃中纤毛的缺失会导致一种叫做yap的蛋白质被激活，这种蛋白质已知会促进细胞增殖和癌症发展。研究发现，恢复胃细胞中的纤毛会抑制yap的激活并减少癌细胞的生长。总的来说，这些研究表明，纤毛可能通过调节有助于癌症生长和存活的关键信号通路，对胃癌的发展产生保护作用。由于纤毛和癌症发生之间存在非常紧密的联系，科学家们发现，在耐药癌细胞系中阻断纤毛的生长或能恢复癌细胞对疗法的敏感性。

5、因此，需要基于纤毛相关基因的表达值来寻找能够识别具有高复发或高进展风险人群的预后和预测性的生物标志物，进而研究是否靶向作用纤毛结构的疗法能够用作癌症疗法。

技术实现思路

1、本发明的目的在于提供本发明提供了一种与胃癌的检测或预后，化疗或免疫治疗适用性预后相关的生物标志物及其应用。所述生物标志物包括ift52、osmr、snx10、vcan，其可以用于胃癌预后，化疗或免疫治疗适用性风险的诊断和/或预测。本发明也提供了适用于胃癌预后，化疗或免疫治疗适用性诊断和/或预测的试剂盒。

2、在本发明的第一方面，提供分子标记物在制备用于胃癌的检测或预后，化疗或免疫治疗适用性预后的检测系统中的应用；所述分子标记物选自ift52、osmr、snx10、vcan或其组合。

3、在一种或多种实施方案中，所述分子标记物组合选自：

4、(1)ift52、osmr、snx10和vcan；

5、(2)osmr、snx10和vcan。

6、在一种或多种实施方案中，所述检测或预后包括：根据分子标记物的表达：

7、(a)分析胃癌患者的对于辅助化疗、新辅助化疗或免疫治疗的敏感性；较佳地还包括：制定治疗/用药方案；

8、(b)分析胃癌患者的主要病理缓解情况，和/或生存期；或

9、(c)进行胃癌患者的胃癌发展的风险分析或评分。

10、在一种或多种实施方案中，所述分子标记物是与胃癌相关的基因。

11、在一种或多种实施方案中，所述胃癌相关的基因是与纤毛的生长、和/或纤毛结构相关的基因。

12、在一种或多种实施方式中，进行胃癌的预后，化疗或免疫治疗适用性预后的方法包括：辅助性的疾病分析方法，其不以获得疾病的诊断结果为直接目的、而仅提供辅助性分析/评估/评分。

13、在一种或多种实施方案中，所述化疗包括：辅助(术后)化疗、新辅助(术前)化疗。

14、在一种或多种实施方案中，所述免疫治疗为免疫检查点抑制剂治疗。

15、在一种或多种实施方案中，所述免疫治疗为pd-1免疫治疗。

16、在一种或多种实施方案中，所述pd-1免疫治疗为使用pd-1抗体或抗pd-l1抗体进行免疫治疗。

17、在一种或多种实施方案中，所述抗pd-1抗体例如但不限于：纳武利尤单抗、帕博利珠单抗(派姆单抗)、西米普利单抗、特瑞普利单抗、信迪利单抗、卡瑞丽珠单抗、替雷利珠单抗、派安普利单抗、赛帕利单抗。

18、在一种或多种实施方案中，所述抗pd-l1抗体例如但不限于：度伐利尤单抗、阿替利珠单抗、恩沃利单抗、舒格利单抗。

19、在一种或多种实施方案中，所述检测系统包括：检测试剂、试剂盒或检测装置；较佳地，所述检测试剂包括：pcr检测试剂、测序试剂。

20、在一种或多种实施方案中，所述检测试剂包括：特异性扩增所述分子标记物基因的引物、特异性识别分子标记物基因的探针。

21、在一种或多种实施方案中，所述试剂盒中包括所述的检测试剂。

22、在一种或多种实施方案中，所述检测装置包括：基因测序仪器、芯片、探针组、引物探针组或电泳装置。

23、在一种或多种实施方案中，所述检测的方法包括：

24、(a)对于待测样本，测定其ift52、osmr、snx10和/或vcan的表达，利用选自如下任一风险评分公式进行风险分析或评分：

25、风险评分1＝(coefift52×ift52表达)+(coefosmr×osmr表达)+(coefsnx10×snx10表达)+(coefvcan×vcan表达)；

26、风险评分2＝(coefosmr×osmr表达)+(coefsnx10×snx10表达)+(coefvcan×vcan表达)；

27、(b)确定阈值(cut-off值)；

28、(c)将(a)的结果与(b)的阈值进行比较，获得检测结果。

29、在一种或多种实施方案中，(a)中，所述基因的风险系数为：

30、coefift52：0～1，较佳地0.496±0.05，更佳地0.496±0.02；

31、coefosmr：0～1，较佳地0.398±0.05，更佳地0.398±0.02；

32、coefsnx10：-1～0，较佳地-0.653±0.05，更佳地-0.653±0.02；

33、coefvcan：0～1，较佳地0.668±0.05，更佳地0.668±0.02。

34、在一种或多种实施方式中，所述0～1或-1～0中，所述coef包括0、1或-1。

35、在一种或多种实施方案中，(c)中，若评分值>所述阈值，评价为：预后差、复发高风险、对化疗不敏感，或对免疫检查点抑制剂治疗不敏感；若评分值≤所述阈值，评价为：预后好、复发低风险、对化疗敏感，或对免疫检查点抑制剂治疗敏感。

36、在一种或多种实施方案中，所述风险评分1的阈值为6.92；风险评分2的阈值为3.43。

37、在本发明的第二方面，提供一种用于胃癌预测预后，化疗或免疫治疗适用性的试剂盒或检测装置，其特征在于，其中包括用于胃癌预测预后，化疗或免疫治疗适用性的检测试剂，包括：针对分子标记物的检测试剂，所述分子标记物选自ift52、osmr、snx10、vcan或其组合。

38、在一种或多种实施方案中，所述分子标记物组合选自：(1)ift52、osmr、snx10和vcan；(2)osmr、snx10和vcan。

39、在一种或多种实施方案中，所述检测试剂包括：pcr检测试剂、测序试剂。

40、在一种或多种实施方案中，所述检测试剂包括：特异性扩增所述分子标记物基因的引物、特异性识别分子标记物基因的探针。

41、在一种或多种实施方案中，所述检测装置还包括：基因测序仪器、芯片、探针组、引物探针组或电泳装置。

42、在一种或多种实施方案中，所述分子标记物是与胃癌相关的基因。

43、在一种或多种实施方案中，所述胃癌相关的基因是与纤毛的生长、和/或纤毛结构相关的基因。

44、在本发明的第三方面，提供一种用于胃癌预测预后，化疗或免疫治疗适用性的系统，其包括检测单元以及数据分析单元；

45、所述检测单元包括：测定分子标记物的表达水平的检测试剂，或含有所述检测试剂的试剂盒或检测装置；所述分子标记物选自ift52、osmr、snx10、vcan或其组合；

46、所述数据分析单元包括：用于对检测单元的检测结果进行分析处理的处理单元，获得胃癌预后或免疫治疗适用性结果。

47、在一种或多种实施方案中，所述分子标记物是与胃癌相关的基因。

48、在一种或多种实施方案中，所述胃癌相关的基因是与纤毛的生长、和/或纤毛结构相关的基因。

49、在一种或多种实施方案中，所述分子标记物组合选自：(1)ift52、osmr、snx10和vcan；(2)osmr、snx10和vcan。

50、在本发明的第四方面，提供一种胃癌预测预后、或免疫治疗适用性的方法，所述方法包括：利用特异性检测分子标记物的检测系统进行针对分子标记物的检测；所述分子标记物选自ift52、osmr、snx10、vcan或其组合；所述检测系统包括检测试剂、试剂盒或检测装置。

51、在一种或多种实施方案中，所述分子标记物是与胃癌相关的基因。

52、在一种或多种实施方案中，所述胃癌相关的基因是与纤毛的生长、和/或纤毛结构相关的基因。

53、在一种或多种实施方案中，所述分子标记物组合选自：(1)ift52、osmr、snx10和vcan；(2)osmr、snx10和vcan。

54、在一种或多种实施方案中，所述方法包括：根据分子标记物的表达；分析胃癌患者的对于辅助化疗、新辅助化疗或免疫治疗的敏感性；较佳地还包括：制定治疗/用药方案；(b)分析胃癌患者的主要病理缓解情况，和/或生存期；或，(c)进行胃癌患者的胃癌发展的风险分析或评分。

55、在一种或多种实施方案中，所述免疫治疗为抗pd-1/抗ctla-4免疫检查点抑制剂治疗。

56、在一种或多种实施方案中，所述方法包括：

57、(a)对于待测样本，测定其ift52、osmr、snx10和/或vcan的表达，利用选自如下风险评分公式进行风险分析或评分：

58、风险评分1＝(coefift52×ift52表达)+(coefosmr×osmr表达)+(coefsnx10×snx10表达)+(coefvcan×vcan表达)；

59、风险评分2＝(coefosmr×osmr表达)+(coefsnx10×snx10表达)+(coefvcan×vcan表达)；

60、(b)确定阈值(cut-off值)；

61、(c)将(a)的结果与(b)的阈值进行比较，获得检测结果。

62、在一种或多种实施方案中，(a)中，所述基因的风险系数为：

63、coefift52：0～1，更佳地0.496±0.05，最佳地0.496±0.02；

64、coefosmr：0～1，更佳地0.398±0.05，最佳地0.398±0.02；

65、coefsnx10：-1～0，更佳地-0.653±0.05，最佳地-0.653±0.02；

66、coefvcan：0～1，更佳地0.668±0.05，最佳地0.668±0.02。

67、在一种或多种实施方案中，(c)中，若评分值>所述阈值，评价为：预后差、复发高风险、对化疗不敏感，或对免疫检查点抑制剂治疗不敏感；若评分值≤所述阈值，评价为：预后好、复发低风险、对化疗敏感，或对免疫检查点抑制剂治疗敏感。

68、在一种或多种实施方案中，所述风险评分1的阈值为6.92；风险评分2的阈值为3.43。

69、本发明的其它方面由于本文的公开内容，对本领域的技术人员而言是显而易见的。