一种评估中国荷斯坦奶牛乳品质性状的方法

本发明涉及分子育种，更具体地，涉及一种评估中国荷斯坦奶牛乳品质性状的方法。

背景技术：

1、中国荷斯坦奶牛是由中国黄牛与国外引进的各种荷斯坦奶牛多年杂交培育而成，其呈现黑白花纹，产奶量稳定。作为我国唯一的奶牛品种，它具有高产乳量和丰富营养的特点。随着生活水平的提高，消费者对牛奶的品质要求也越来越高，希望其在营养、风味和口感方面都能达到最佳状态。

2、单核苷酸多态性是dna多态性的一种，指某个单独核苷酸发生改变导致dna序列不同。这种差异在转录和翻译过程中表现为功能上的差异，从而使得不同群体和个体具有各自特定的个性。snp与罕见的变异不同，它要求等位基因最少具有1％或更高的频率，因此，snp不包括单个碱基的插入和缺失。从理论上讲，snp可能表现为双等位基因、三等位基因或四等位基因的多态性。测序法是snp的经典检测方法，也是最直接、最准确的方法。该方法对于未知的snp具有高度有效性，其检出率可达100％。此外，该方法还能够区分snp突变碱基类型和突变位置。

3、3'-磷酸腺苷5'-磷酸硫酸合酶2(3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfatesynthase 2,papss2)是一种paps合成酶，位于人类的第10条染色体的q22-23上，paps是由无机硫酸盐(so42-)和atp合成的。papss2基因的总长度约为37kb，mrna长度约为4.2kb，在人体的肝脏、肾上腺、小肠、卵巢中表达较高，在人脑中表达较低，在21bp处有tata序列，有12个外显子。papss2是体内硫酸盐修饰酶之一，广泛参与蛋白多糖的形成，是关键的细胞外基质成分。papss2基因水平的变化会干扰整个蛋白聚糖硫酸化过程，对软骨细胞生长发育和转录后修饰具有至关重要的作用。papss2是硫酸化过程的关键酶，而硫酸化反应是许多药物、激素、神经递质等生物转化的重要方式，是生物转化的第二相反应。硫酸化对多个不同的生理过程产生影响，包括：外源物质的失活和生物活化；激素和儿茶酚胺的失活；大分子的结构和功能调控；分解代谢终产物的降解。硫酸化反应提高了这些化合物的水溶性，因此它们往往通过尿液排泄，但同时硫酸盐偶联也可能导致“代谢激活”。例如，抗高血压药物米诺地尔必须经过硫酸化处理才能发挥降压作用。所有这些反应均由磺基转移酶(sult)催化的，该酶利用3′-磷酸腺苷-5′-磷酰硫酸(paps)作为硫酸盐供体。

技术实现思路

1、本发明的目的是为了克服现有技术的不足，提供一种评估中国荷斯坦奶牛乳品质性状的方法。

2、本发明的第一个目的是提供一种评估中国荷斯坦奶牛乳品质性状的方法。

3、本发明的第二个目的是提供检测所述的snp位点的基因型的产品在制备评估中国荷斯坦奶牛乳品质性状的产品中的应用。

4、本发明的第三个目的是提供一种中国荷斯坦奶牛乳品质性状的试剂盒。

5、本发明的第四个目的是提供所述方法或所述产品在中国荷斯坦奶牛乳品性状分子育种中的应用。

6、为了实现上述目的，本发明是通过以下技术方案予以实现的：

7、对牛的3’-磷酸腺苷5’-磷酸硫酸盐合酶2(3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate synthase 2,papss2)为进行基因遗传多态性分析，提供了一种简单有效的筛选与牛乳品质性状密切相关的分子标记的方法，为构建遗传稳定的高品质奶牛群提供了基础。

8、本发明要求保护一种评估中国荷斯坦奶牛乳品质性状的方法，检测以下snp位点的基因型：

9、snp位点1，位于nc_037353.1：9332956，即ars-ucd 1.3版牛基因组的第26染色体的第9332956位，rs109662663位点；存在aa、ag和gg三种基因型；

10、snp位点2，位于nc_037353.1：9333124，即ars-ucd1.3版牛基因组的第26染色体的第9333124位，rs137300628位点；存在gg、gc和cc三种基因型。

11、优选地，snp位点1，基因型为ag的个体，脂肪含量高于基因型为gg的个体。

12、优选地，snp位点1，基因型为ag的个体，干物质含量高于基因型为gg的个体。

13、优选地，snp位点2，基因型为gg的个体，尿毒氮的含量高于基因型为gc或cc的个体。

14、优选地，所述snp位点还包括snp位点3，其位于nc_037353.1：9333187，即ars-ucd1.3版牛基因组的第26染色体的第9333187位，rs136433913位点；存在aa、ag和gg三种基因型。

15、更优选地，snp位点1基因型为gg、snp位点2基因型为gg且snp位点3基因型为aa的个体的脂肪含量显著低于snp位点1基因型为ag、snp位点2基因型为gg且snp位点3基因型为ag的个体。

16、更优选地，snp位点1基因型为gg、snp位点2基因型为gg且snp位点3基因型为aa的个体，

17、或snp位点1基因型为aa、snp位点2基因型为gg且snp位点3基因型为gg的个体，

18、或snp位点1基因型为aa、snp位点2基因型为gc且snp位点3基因型为gg的个体，

19、或snp位点1基因型为ag、snp位点2基因型为gg且snp位点3基因型为ag的个体，

20、其尿氮素含量显著高于单snp位点1基因型为ag、snp位点2基因型为gc且snp位点3基因型为ag的个体，

21、或snp位点1基因型为aa、snp位点2基因型为cc且snp位点3基因型为gg的个体。

22、优选地，使用核苷酸序列如seq id no：1到2所示的引物扩增中国荷斯坦奶牛dna。

23、作为一个具体的实施例，pcr体系(25μl)：taq pcr master mix(2×red dye)12.5.0μl，引物(上下游)各0.7μl，dna模板1.0μl，去离子水10.1μl。

24、pcr扩增程序：95℃预变性5min；95℃，30s；56℃，30s；72℃，1min，经过35个循环后；72℃延伸5min。

25、其中，根据测序结果，

26、snp位点1，位于扩增产物的148bp处，位于nc_037353.1：9332956，即ars-ucd 1.3版牛基因组的第26染色体的第9332956位，rs109662663位点；存在aa、ag和gg三种基因型；

27、snp位点2，位于扩增产物的316bp处，位于nc_037353.1：9333124，即ars-ucd1.3版牛基因组的第26染色体的第9333124位，rs137300628位点；存在gg、gc和cc三种基因型；

28、snp位点3，位于扩增产物的379bp处，位于nc_037353.1:9333187，即ars-ucd1.3版牛基因组的第26染色体的第9333187位，rs136433913位点；存在aa、ag和gg三种基因型；

29、snp位点1，基因型为ag的个体，脂肪含量高于基因型为gg的个体；

30、snp位点1，基因型为ag的个体，干物质含量高于基因型为gg的个体；

31、snp位点2，基因型为gg的个体，尿毒氮的含量高于基因型为gc或cc的个体。

32、snp位点1基因型为gg、snp位点2基因型为gg且snp位点3基因型为aa的个体的脂肪含量显著低于snp位点1基因型为ag、snp位点2基因型为gg且snp位点3基因型为ag的个体；

33、snp位点1基因型为gg、snp位点2基因型为gg且snp位点3基因型为aa的个体单倍，

34、或snp位点1基因型为aa、snp位点2基因型为gg且snp位点3基因型为gg的个体。

35、或snp位点1基因型为aa、snp位点2基因型为gc且snp位点3基因型为gg的个体，

36、或snp位点1基因型为ag、snp位点2基因型为gg且snp位点3基因型为ag的个体，

37、其尿氮素含量显著高于单snp位点1基因型为ag、snp位点2基因型为gc且snp位点3基因型为ag的个体，

38、或snp位点1基因型为aa、snp位点2基因型为cc且snp位点3基因型为gg的个体。

39、本发明还要求保护检测所述的snp位点的基因型的产品在制备评估中国荷斯坦奶牛乳品质性状的产品中的应用。

40、以及，一种中国荷斯坦奶牛乳品质性状的试剂盒，含有检测所述的snp位点的基因型的试剂。

41、优选地，所述试剂为核苷酸序列如seq id no：1到2所示的引物。

42、还含有taq pcr master mix。

43、作为一个具体的实施例，含有核苷酸序列如seq id no：1到2所示的引物、taq pcrmaster mix和去离子水，

44、其使用方法为：使用核苷酸序列如seq id no：1到2所示的引物扩增中国荷斯坦奶牛dna，扩增产物进行测序，

45、其中，pcr体系(25μl)：taq pcr master mix(2×red dye)12.5.0μl，引物(上下游)各0.7μl，dna模板1.0μl，去离子水10.1μl；

46、pcr扩增程序：95℃预变性5min；95℃，30s；56℃，30s；72℃，1min，经过35个循环后；72℃延伸5min。

47、测序结果，

48、snp位点1，位于扩增产物的148bp处，位于nc_037353.1：9332956，即ars-ucd 1.3版牛基因组的第26染色体的第9332956位，rs109662663位点；存在aa、ag和gg三种基因型；

49、snp位点2，位于扩增产物的316bp处，位于nc_037353.1：9333124，即ars-ucd1.3版牛基因组的第26染色体的第9333124位，rs137300628位点；存在gg、gc和cc三种基因型；

50、snp位点3，位于扩增产物的379bp处，位于nc_037353.1:9333187，即ars-ucd1.3版牛基因组的第26染色体的第9333187位，rs136433913位点；存在aa、ag和gg三种基因型；

51、snp位点1，基因型为ag的个体，脂肪含量高于基因型为gg的个体；

52、snp位点1，基因型为ag的个体，干物质含量高于基因型为gg的个体；

53、snp位点2，基因型为gg的个体，尿毒氮的含量高于基因型为gc或cc的个体。

54、snp位点1基因型为gg、snp位点2基因型为gg且snp位点3基因型为aa的个体的脂肪含量显著低于snp位点1基因型为ag、snp位点2基因型为gg且snp位点3基因型为ag的个体；

55、snp位点1基因型为gg、snp位点2基因型为gg且snp位点3基因型为aa的个体单倍，

56、或snp位点1基因型为aa、snp位点2基因型为gg且snp位点3基因型为gg的个体。

57、或snp位点1基因型为aa、snp位点2基因型为gc且snp位点3基因型为gg的个体，

58、或snp位点1基因型为ag、snp位点2基因型为gg且snp位点3基因型为ag的个体，

59、其尿氮素含量显著高于单snp位点1基因型为ag、snp位点2基因型为gc且snp位点3基因型为ag的个体，

60、或snp位点1基因型为aa、snp位点2基因型为cc且snp位点3基因型为gg的个体。

61、本发明还要求保护检测中所述的snp位点的基因型的产品。

62、所述方法或所述产品在中国荷斯坦奶牛乳品性状分子育种中的应用，也属于本发明的保护范围。

63、与现有技术相比，本发明具有如下有益效果：

64、本发明提供了新的用于评估中国荷斯坦奶牛乳品性状的snp分子标记，分别，利用其可以进行中国荷斯坦奶牛乳品性状的分子育种，为构建遗传稳定的高品质奶牛群提供了基础。