基质金属蛋白酶底物和其它可切割部分及其使用方法与流程

文档序号:38277903发布日期:2024-06-12 23:26阅读:13来源:国知局
基质金属蛋白酶底物和其它可切割部分及其使用方法与流程

发明领域总的来讲,本发明涉及包括是至少一种基质金属蛋白酶(mmp)的底物的可切割部分的多肽、包括是至少一种mmp蛋白酶的底物的可切割部分的可激活抗体和其它较大分子,及制备包括是至少一种mmp蛋白酶的底物的可切割部分的这些多肽的方法和在各种治疗、诊断和预防适应症中使用所述多肽的方法。


背景技术:

1、蛋白酶是通过切割氨基酸残基间的肽键而使蛋白质降解的酶。蛋白酶天然存在于所有生物中,并参与从简单降解到高度调节的途径的各种生理反应。已知一些蛋白酶根据蛋白质内存在的特殊氨基酸序列使特定的肽键断裂。

2、因此,存在鉴定蛋白酶的新的底物和在各种治疗、诊断和预防适应症中使用这些底物的需要。


技术实现思路

1、本公开内容提供包括是至少一种基质金属蛋白酶(mmp)的底物的可切割部分(cm)的氨基酸序列。这些cm可用于各种治疗、诊断和预防适应症中。

2、在一些实施方案中,cm是至少一种基质金属蛋白酶(mmp)的底物。mmp的实例包括mmp1、mmp2、mmp3、mmp7、mmp8、mmp9、mmp10、mmp11、mmp12、mmp13、mmp14、mmp15、mmp16、mmp17、mmp19、mmp20、mmp23、mmp24、mmp26和mmp27。在一些实施方案中,cm是mmp9、mmp14、mmp1、mmp3、mmp13、mmp17、mmp11和mmp19的底物。在一些实施方案中,cm是mmp9的底物。在一些实施方案中,cm是mmp14的底物。在一些实施方案中,cm是两种或更多种mmp的底物。在一些实施方案中,cm是至少mmp9和mmp14的底物。在一些实施方案中,cm包含相同mmp的两种或更多种底物。在一些实施方案中,cm包含至少两种或更多种mmp9底物。在一些实施方案中,cm包含至少两种或更多种mmp14底物。

3、在一些实施方案中,cm是mmp的底物并包括序列issgllss(seq id no:14)、qnqalrma(seq id no:15)、aqnllgmv(seq id no:16)、stfpfgmf(seq id no:17)、pvgytssl(seq id no:18)、dwlywpgi(seq id no:19)、miapvayr(seq id no:20)、rpspmway(seq idno:21)、watprpmr(seq id no:22)、frlldwqw(seq id no:23)、lkaaprwa(seq id no:24)、gpshlvlt(seq id no:25)、lpgglspw(seq id no:26)、mglfseag(seq id no:27)、splplrvp(seq id no:28)、rmhlrslg(seq id no:29)、laaplgll(seq id no:30)、avgllapp(seq idno:31)、llapshra(seq id no:32)、paglwldp(seq id no:33)和/或issglss(seq id no:159)。

4、在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列issgllss(seq id no:14)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列qnqalrma(seq id no:15)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列aqnllgmv(seq id no:16)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列stfpfgmf(seq id no:17)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列pvgytssl(seq id no:18)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列dwlywpgi(seq id no:19)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列miapvayr(seq id no:20)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列rpspmway(seq id no:21)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列watprpmr(seq id no:22)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列frlldwqw(seq id no:23)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列lkaaprwa(seq id no:24)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列gpshlvlt(seq id no:25)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列lpgglspw(seq id no:26)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列mglfseag(seq id no:27)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列splplrvp(seq id no:28)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列rmhlrslg(seq id no:29)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列laaplgll(seq id no:30)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列avgllapp(seq id no:31)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列llapshra(seq id no:32)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列paglwldp(seq id no:33)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列issglss(seq id no:159)。

5、在一些实施方案中,使cm与抗体连接或以别的方式相连。例如,使用cm将一种或多种作用剂与结合指定靶标的抗体或其抗原结合片段(ab)连接,使得当暴露于mmp时cm被切割,作用剂从ab中释放。示例性靶标包括但不限于表1所示靶标。示例性ab包括但不限于表2所示靶标。在一些实施方案中,未切割状态下的抗体具有如下从n端到c端的结构排列:作用剂-cm-ab或ab-cm-作用剂。在一些实施方案中,抗体包含ab和cm之间的连接肽。在一些实施方案中,抗体包含cm和缀合的作用剂之间的连接肽。

6、在一些实施方案中,抗体包含第一连接肽(lp1)和第二连接肽(lp2),且未切割状态下的抗体具有如下从n端到c端的结构排列:作用剂-lp1-cm-lp2-ab或ab-lp2-cm-lp1-作用剂。在一些实施方案中,lp1和lp2各自为长度为约1-20个氨基酸的肽。在一些实施方案中,两个连接肽彼此不必相同。

7、在一些实施方案中,lp1或lp2的至少一个包含选自以下的氨基酸序列:(gs)n、(ggs)n、(gsggs)n(seq id no:1)和(gggs)n(seq id no:2),其中n为至少1的整数。

8、在一些实施方案中,lp1或lp2的至少一个包含选自以下的氨基酸序列:ggsg(seqid no:3)、ggsgg(seq id no:4)、gsgsg(seq id no:5)、gsggg(seq id no:6)、gggsg(seqid no:7)和gsssg(seq id no:8)。

9、在一些实施方案中,lp1包含氨基酸序列gssggsggsggsg(seq id no:9)、gssggsggsgg(seq id no:10)、gssggsggsggs(seq id no:11)、gssggsggsggsgggs(seq idno:155)、gssggsggsg(seq id no:156)或gssggsggsgs(seq id no:157)。

10、在一些实施方案中,lp2包含氨基酸序列gss、ggs、gggs(seq id no:158)、gssgt(seq id no:12)或gssg(seq id no:13)。

11、在一些实施方案中,对于与靶标结合,ab具有约100nm或更小的平衡解离常数。

12、在一些实施方案中,抗体包括特异性结合靶标的抗体或其抗原结合片段。在一些实施方案中,结合靶标的抗体或其免疫活性片段是单克隆抗体、结构域抗体、单链、fab片段、f(ab')2片段、scfv、scab、dab、单结构域重链抗体或单结构域轻链抗体。在一些实施方案中,结合靶标的所述抗体或其免疫活性片段是小鼠、其它啮齿动物、嵌合、人源化或完全人单克隆抗体。

13、在一些实施方案中,mmp蛋白酶与靶标共定位于组织中,当抗体暴露于蛋白酶时,mmp蛋白酶切割抗体中的cm。

14、在一些实施方案中,cm是长度至多15个氨基酸的多肽。

15、在一些实施方案中,cm是至少一种基质金属蛋白酶(mmp)的底物。mmp的实例包括mmp1、mmp2、mmp3、mmp7、mmp8、mmp9、mmp10、mmp11、mmp12、mmp13、mmp14、mmp15、mmp16、mmp17、mmp19、mmp20、mmp23、mmp24、mmp26和mmp27。在一些实施方案中,cm是mmp9、mmp14、mmp1、mmp3、mmp13、mmp17、mmp11和mmp19的底物。在一些实施方案中,cm是mmp9的底物。在一些实施方案中,cm是mmp14的底物。在一些实施方案中,cm是两种或更多种mmp的底物。在一些实施方案中,cm是至少mmp9和mmp14的底物。在一些实施方案中,cm包含相同mmp的两种或更多种底物。在一些实施方案中,cm包含至少两种或更多种mmp9底物。在一些实施方案中,cm包含至少两种或更多种mmp14底物。

16、在一些实施方案中,cm是mmp的底物并包括序列issgllss(seq id no:14)、qnqalrma(seq id no:15)、aqnllgmv(seq id no:16)、stfpfgmf(seq id no:17)、pvgytssl(seq id no:18)、dwlywpgi(seq id no:19)、miapvayr(seq id no:20)、rpspmway(seq idno:21)、watprpmr(seq id no:22)、frlldwqw(seq id no:23)、lkaaprwa(seq id no:24)、gpshlvlt(seq id no:25)、lpgglspw(seq id no:26)、mglfseag(seq id no:27)、splplrvp(seq id no:28)、rmhlrslg(seq id no:29)、laaplgll(seq id no:30)、avgllapp(seq idno:31)、llapshra(seq id no:32)、paglwldp(seq id no:33)和/或issglss(seq id no:159)。

17、在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列issgllss(seq id no:14)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列qnqalrma(seq id no:15)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列aqnllgmv(seq id no:16)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列stfpfgmf(seq id no:17)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列pvgytssl(seq id no:18)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列dwlywpgi(seq id no:19)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列miapvayr(seq id no:20)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列rpspmway(seq id no:21)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列watprpmr(seq id no:22)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列frlldwqw(seq id no:23)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列lkaaprwa(seq id no:24)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列gpshlvlt(seq id no:25)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列lpgglspw(seq id no:26)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列mglfseag(seq id no:27)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列splplrvp(seq id no:28)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列rmhlrslg(seq id no:29)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列laaplgll(seq id no:30)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列avgllapp(seq id no:31)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列llapshra(seq id no:32)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列paglwldp(seq id no:33)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列issglss(seq id no:159)。

18、在一些实施方案中,cm是至少一种基质金属蛋白酶(mmp)的底物,并包括被mmp9识别的基序序列。在一些实施方案中,cm是至少一种mmp的底物,并包括被mmp14识别的基序序列。

19、在一些实施方案中,cm是至少一种mmp的底物,且cm多肽和/或包含cm的任何多肽的cm部分包含长度为以下的多肽:小于50个氨基酸、小于40个氨基酸、小于30个氨基酸、小于25个氨基酸、小于20个氨基酸、小于19个氨基酸、小于18个氨基酸、小于17个氨基酸、小于16个氨基酸、小于15个氨基酸长、小于14个氨基酸、小于13个氨基酸、小于12个氨基酸、小于11个氨基酸或小于10个氨基酸长。

20、在一些实施方案中,cm是至少一种mmp的底物,并包含与被同一mmp蛋白酶天然切割的任何人多肽序列基本上不同的多肽序列。在一些实施方案中,cm是至少一种mmp的底物,并包含与被同一mmp蛋白酶天然切割的任何人多肽序列有不超过90%或更多的同一性的多肽序列。

21、在一些实施方案中,基序序列是至少mmp的底物,并包括下表8a-8m所示核心cm共有序列。在一些实施方案中,基序序列包括下表8a-8m所示核心cm共有序列的亚属(subgenus),即亚类。

22、在一些实施方案中,基序序列是至少mmp9的底物,并包括表8a-8d所示核心cm共有序列。在一些实施方案中,基序序列是至少mmp9的底物,并包括下表8a-8d所示核心cm共有序列的亚属,即亚类。

23、在一些实施方案中,基序序列是至少mmp14的底物,并包括表8e-8m所示核心cm共有序列。在一些实施方案中,基序序列是至少mmp14的底物,并包括下表8e-8m所示核心cm共有序列的亚属,即亚类。

24、表8a.mmp9可切割核心cm共有序列1

25、

26、表8b.mmp9可切割核心cm共有序列2

27、

28、表8c.mmp9可切割核心cm共有序列3

29、

30、表8d.mmp9可切割核心cm共有序列4

31、

32、

33、表8e.mmp14可切割核心cm共有序列5

34、

35、

36、

37、表8f-1.mmp14可切割核心cm共有序列6

38、

39、

40、表8f-2.mmp14可切割核心cm共有序列6a

41、

42、表8g.mmp14可切割核心cm共有序列7

43、

44、

45、表8h-1.mmp14可切割核心cm共有序列8

46、

47、

48、表8h-2.mmp14可切割延长的核心cm共有序列8

49、

50、

51、表8i.mmp14可切割核心cm共有序列9

52、

53、

54、表8j.mmp14可切割核心cm共有序列10

55、

56、

57、

58、表8k.mmp14可切割核心cm共有序列11

59、

60、表8l.mmp14可切割核心cm共有序列12

61、

62、

63、

64、表8m.mmp14可切割核心cm共有序列13

65、

66、

67、在一些实施方案中,cm包含选自seq id no:352、371、394、410、425、436、453、458、473、485和486的氨基酸序列。在一些实施方案中,cm包含选自seq id no:353-363、372-375、376-378、395-401、411-419、426-433、437-449、454-456、459-469、475-482和487-495的氨基酸序列。在一些实施方案中,cm包含选自seq id no:353-363的氨基酸序列。在一些实施方案中,cm包含选自372-375的氨基酸序列。在一些实施方案中,cm包含选自376-378的氨基酸序列。在一些实施方案中,cm包含选自395-401的氨基酸序列。在一些实施方案中,cm包含选自411-419的氨基酸序列。在一些实施方案中,cm包含选自426-433的氨基酸序列。在一些实施方案中,cm包含选自437-449的氨基酸序列。在一些实施方案中,cm包含选自454-456的氨基酸序列。在一些实施方案中,cm包含选459-469的氨基酸序列。在一些实施方案中,cm包含选自475-482的氨基酸序列。在一些实施方案中,cm包含选自487-495的氨基酸序列。

68、在一些实施方案中,cm包含选自seq id no:317、324、329和340的氨基酸序列。在一些实施方案中,cm包含选自seq id no:318-323、325-327、330-335和341-347的氨基酸序列。在一些实施方案中,cm包含选自seq id no:318-323的氨基酸序列。在一些实施方案中,cm包含选自seq id no:325-327的氨基酸序列。在一些实施方案中,cm包含选自seq id no:330-335的氨基酸序列。在一些实施方案中,cm包含选自seq id no:341-347的氨基酸序列。

69、在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列rpspmway(seq id no:21)的核心cm共有序列1序列。

70、在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列wdhpisll(seq id no:328)的核心cm共有序列2序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列watprpmr(seq id no:22)的核心cm共有序列2序列。

71、在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列ltfptyif(seq id no:336)的核心cm共有序列3序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列mtfptyif(seq id no:337)的核心cm共有序列3序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列ltfptywf(seq id no:338)的核心cm共有序列3序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列mtfptywf(seqid no:339)的核心cm共有序列3序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列stfpfgmf(seq id no:17)的核心cm共有序列3序列。

72、在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列dwlywmgi(seq id no:348)的核心cm共有序列4序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列dwlywpgi(seq id no:19)的核心cm共有序列4序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列dwlywmsi(seq id no:349)的核心cm共有序列4序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列dwlywpsi(seqid no:350)的核心cm共有序列4序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列hwhlgppt(seq id no:351)的核心cm共有序列4序列。

73、在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列issgllss(seq id no:14)的核心cm共有序列5序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列svsgllsh(seq id no:364)的核心cm共有序列5序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列svsgllss(seq id no:365)的核心cm共有序列5序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列svsglrsh(seqid no:366)的核心cm共有序列5序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列svsglrss(seq id no:367)的核心cm共有序列5序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列tlsglrsp(seq id no:368)的核心cm共有序列5序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列tssglrsp(seq id no:369)的核心cm共有序列5序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列tvsglrsp(seq id no:370)的核心cm共有序列5序列。

74、在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列afqalrm(seq id no:379)的核心cm共有序列6序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列ahqalrm(seq id no:380)的核心cm共有序列6序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列anqalrm(seq id no:381)的核心cm共有序列6序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列anqalrma(seq id no:382)的核心cm共有序列6序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列llealral(seqid no:383)的核心cm共有序列6序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列llnalral(seq id no:384)的核心cm共有序列6序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列llqalral(seq id no:385)的核心cm共有序列6序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列llsalral(seq id no:386)的核心cm共有序列6序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列lleslral(seq id no:387)的核心cm共有序列6序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列llnslral(seq id no:388)的核心cm共有序列6序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列llqslral(seq id no:389)的核心cm共有序列6序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列llsslral(seq id no:390)的核心cm共有序列6序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列qfqalrm(seq id no:391)的核心cm共有序列6序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列qhqalrm(seq id no:392)的核心cm共有序列6序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列qnqalrm(seq id no:393)的核心cm共有序列6序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列qnqalrma(seq id no:15)的核心cm共有序列6序列。

75、在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列lkaaprwa(seq id no:24)的核心cm共有序列7序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列lkaapvwa(seq id no:403)的核心cm共有序列7序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列lkaaprwf(seq id no:404)的核心cm共有序列7序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列lkaapvwf(seqid no:405)的核心cm共有序列7序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列lyaaprwa(seq id no:406)的核心cm共有序列7序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列lyaapvwa(seq id no:407)的核心cm共有序列7序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列lyaaprwf(seq id no:408)的核心cm共有序列7序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列lyaapvwf(seq id no:409)的核心cm共有序列7序列。

76、在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列gpshlvlt(seq id no:25)的核心cm共有序列8序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列lpaglll(seq id no:402)的核心cm共有序列8序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列lpaglllr(seq id no:420)的核心cm共有序列8序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列lpahlvll(seq idno:421)的核心cm共有序列8序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列lpshlvll(seq id no:422)的核心cm共有序列8序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列lpahlvlv(seq id no:423)的核心cm共有序列8序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列lpshlvlv(seq id no:424)的核心cm共有序列8序列。

77、在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列rmhlrslg(seq id no:29)的核心cm共有序列9序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列rrhdglra(seq id no:434)的核心cm共有序列9序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列rrhdglrs(seq id no:435)的核心cm共有序列9序列。

78、在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列aqnllgmv(seq id no:16)的核心cm共有序列10序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列ianllsmv(seq id no:450)的核心cm共有序列10序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列ilnllsmv(seq id no:451)的核心cm共有序列10序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列iqnllsmv(seqid no:452)的核心cm共有序列10序列。

79、在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列paglwldp(seq id no:33)的核心cm共有序列11序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列paslwytq(seq id no:457)的核心cm共有序列11序列。

80、在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列algllrlp(seq id no:470)的核心cm共有序列12序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列algllslp(seq id no:471)的核心cm共有序列12序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列asgllrfp(seq id no:472)的核心cm共有序列12序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列avgllapp(seqid no:31)的核心cm共有序列12序列。

81、在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列laaplgll(seq id no:30)的核心cm共有序列13序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列llapshra(seq id no:32)的核心cm共有序列13序列。

82、在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列lllpahgg(seq id no:474)的核心cm共有序列13序列。在一些实施方案中,cm含有包含氨基酸序列lllpllgs(seq id no:483)的核心cm共有序列13序列。

83、在一些实施方案中,cm是至少2种蛋白酶的底物。在一些实施方案中,至少一种蛋白酶是mmp,且至少一种蛋白酶选自表7所示蛋白酶。

84、表7:示例性蛋白酶和/或酶

85、

86、

87、在一些实施方案中,抗体包括至少第一cm和第二cm。在一些实施方案中,第一cm和第二cm各自为不超过15个氨基酸长的多肽。在一些实施方案中,未切割状态下的抗体的第一cm和第二cm具有如下从n端到c端的结构排列:作用剂-cm1-cm2-ab、ab-cm2-cm1-作用剂、作用剂-cm2-cm1-ab或ab-cm1-cm2-作用剂。在一些实施方案中,可激活抗体包括在作用剂和cm1之间的连接肽。在一些实施方案中,可激活抗体包括在cm1和cm2之间的连接肽。在一些实施方案中,可激活抗体包括在cm2和ab之间的连接肽。在一些实施方案中,可激活抗体包括在作用剂和cm1之间的连接肽和在cm2和ab之间的连接肽。在一些实施方案中,可激活抗体包括在作用剂和cm1之间的连接肽和在cm1和cm2之间的连接肽。在一些实施方案中,可激活抗体包括在cm1和cm2之间的连接肽和在cm2和ab之间的连接肽。在一些实施方案中,可激活抗体包括在作用剂和cm1之间的连接肽、在cm1和cm2之间的连接肽和在cm2和ab之间的连接肽。

88、在一些实施方案中,可激活抗体包括包括至少一种基质金属蛋白酶(mmp)的底物的至少第一cm和包括底物序列的第二cm。第二cm(cm2)的示例性底物包括但不限于可被下表7所列的酶或蛋白酶的一种或多种切割的底物。

89、在一些实施方案中,选择cm2与特定蛋白酶一起使用。在一些实施方案中,cm2是选自以下至少一种蛋白酶的底物:基质金属蛋白酶(mmp)、嗜中性粒细胞弹性蛋白酶、u型纤溶酶原激活物(upa、亦称为尿激酶)、legumain、基质蛋白酶(本文亦称为mt-sp1或mtsp1)、凝血酶、半胱氨酸蛋白酶例如组织蛋白酶、adam17、bmp-1、htra1和tmprss例如tmprss3或tmprss4。

90、在一些实施方案中,cm2是嗜中性粒细胞弹性蛋白酶的底物。在一些实施方案中,cm2是upa的底物。在一些实施方案中,cm2是legumain的底物。在一些实施方案中,cm2是基质蛋白酶的底物。在一些实施方案中,cm2是凝血酶的底物。在一些实施方案中,cm2是半胱氨酸蛋白酶的底物。在一些实施方案中,cm2是组织蛋白酶的底物。在一些实施方案中,cm2是adam17的底物。在一些实施方案中,cm2是bmp-1的底物。在一些实施方案中,cm2是htra1的底物。在一些实施方案中,cm2是tmprss的底物。在一些实施方案中,cm2是tmprss3的底物。在一些实施方案中,cm2是tmprss4的底物。

91、例如,合适的cm2被至少一种蛋白酶切割并包括序列tgrgpswv(seq id no:34)、sargpsrw(seq id no:35)、targpsfk(seq id no:36)、lsgrsdnh(seq id no:37)、ggwhtgrn(seq id no:38)、htgrsgal(seq id no:39)、pltgrsgg(seq id no:40)、aargpaih(seq idno:41)、rgpafnpm(seq id no:42)、ssrgpayl(seq id no:43)、rgpatpim(seq id no:44)、rgpa(seq id no:45)、ggqpsgmwgw(seq id no:46)、fprplgitgl(seq id no:47)、vhmplgflgp(seq id no:48)、spltgrsg(seq id no:49)、sagfslpa(seq id no:126)、laplglqrr(seq id no:50)、sggplgvr(seq id no:51)、plgl(seq id no:52)、gprsfgl(seqid no:315)和/或gprsfg(seq id no:316)。

92、在一些实施方案中,cm2包含氨基酸序列tgrgpswv(seq id no:34)。在一些实施方案中,cm2包含氨基酸序列sargpsrw(seq id no:35)。在一些实施方案中,cm2包含氨基酸序列targpsfk(seq id no:36)。在一些实施方案中,cm2包含氨基酸序列lsgrsdnh(seq idno:37)。在一些实施方案中,cm2包含氨基酸序列ggwhtgrn(seq id no:38)。在一些实施方案中,cm2包含氨基酸序列htgrsgal(seq id no:39)。在一些实施方案中,cm2包含氨基酸序列pltgrsgg(seq id no:40)。在一些实施方案中,cm2包含氨基酸序列aargpaih(seq idno:41)。在一些实施方案中,cm2包含氨基酸序列rgpafnpm(seq id no:42)。在一些实施方案中,cm2包含氨基酸序列ssrgpayl(seq id no:43)。在一些实施方案中,cm2包含氨基酸序列rgpatpim(seq id no:44)。在一些实施方案中,cm2包含氨基酸序列rgpa(seq id no:45)。在一些实施方案中,cm2包含氨基酸序列ggqpsgmwgw(seq id no:46)。在一些实施方案中,cm2包含氨基酸序列fprplgitgl(seq id no:47)。在一些实施方案中,cm2包含氨基酸序列vhmplgflgp(seq id no:48)。在一些实施方案中,cm2包含氨基酸序列spltgrsg(seq idno:49)。在一些实施方案中,cm2包含氨基酸序列laplglqrr(seq id no:50)。在一些实施方案中,cm2包含氨基酸序列sggplgvr(seq id no:51)。在一些实施方案中,cm2包含氨基酸序列plgl(seq id no:52)。在一些实施方案中,cm2包含氨基酸序列gprsfgl(seq id no:315)。在一些实施方案中,cm2包含氨基酸序列gprsfg(seq id no:316)。

93、在一些实施方案中,cm2是至少一种mmp的底物。在一些实施方案中,cm2是表7所列的至少一种mmp的底物。在一些实施方案中,cm2是mmp9的底物。在一些实施方案中,cm2是mmp14的底物。在一些实施方案中,cm1是第一mmp的底物,cm2是第二mmp的底物,其中第一mmp和第二mmp是不同的mmp。在一些实施方案中,cm1是mmp的第一底物序列,cm2是相同mmp的第二底物序列,其中cm1和cm2具有不同的底物序列。在一些实施方案中,cm2是两种或更多种mmp的底物。在一些实施方案中,cm2是至少mmp9或mmp14的底物。在一些实施方案中,cm2是两种或更多种mmp的底物。在一些实施方案中,cm2是至少mmp9和mmp14的底物。在一些实施方案中,cm1和cm2是mmp9的两种底物。在一些实施方案中,cm1和cm2是mmp14的两种底物。在一些实施方案中,cm1是mmp9的底物,cm2是mmp14的底物。在一些实施方案中,cm1是mmp14的底物,cm2是mmp9的底物。

94、在一些实施方案中,cm1和/或cm2的至少一种是mmp的底物并包括序列issgllss(seq id no:14)、qnqalrma(seq id no:15)、aqnllgmv(seq id no:16)、stfpfgmf(seq idno:17)、pvgytssl(seq id no:18)、dwlywpgi(seq id no:19)、miapvayr(seq id no:20)、rpspmway(seq id no:21)、watprpmr(seq id no:22)、frlldwqw(seq id no:23)、lkaaprwa(seq id no:24)、gpshlvlt(seq id no:25)、lpgglspw(seq id no:26)、mglfseag(seq idno:27)、splplrvp(seq id no:28)、rmhlrslg(seq id no:29)、laaplgll(seq id no:30)、avgllapp(seq id no:31)、llapshra(seq id no:32)、paglwldp(seq id no:33)和/或issglss(seq id no:159)。

95、在一些实施方案中,第一切割剂(cleaving agent)和第二切割剂是相同的蛋白酶,第一cm和第二cm是该酶的不同底物。在一些实施方案中,第一切割剂和第二切割剂是不同的蛋白酶。在一些实施方案中,第一切割剂和第二切割剂共定位于靶组织中。在一些实施方案中,第一cm和第二cm被靶组织中的至少一种切割剂切割。

96、在一些实施方案中,与ab缀合的作用剂是治疗剂。在一些实施方案中,作用剂是抗肿瘤剂。在一些实施方案中,作用剂是毒素或其片段。如本文所用,毒素的片段是保持毒素活性的片段。在一些实施方案中,作用剂通过可切割接头与ab缀合。在一些实施方案中,作用剂通过包括至少一种mmp可切割底物序列的接头与ab缀合。在一些实施方案中,作用剂通过不可切割接头与ab缀合。在一些实施方案中,作用剂是微管抑制剂。在一些实施方案中,作用剂是核酸损伤剂,例如dna烷基化剂或dna嵌入剂或其它dna损伤剂。在一些实施方案中,作用剂是选自表3所列的作用剂。在一些实施方案中,作用剂是多拉司他汀。在一些实施方案中,作用剂是阿里他汀或其衍生物。在一些实施方案中,作用剂是阿里他汀e或其衍生物。在一些实施方案中,作用剂是单甲基阿里他汀e(mmae)。在一些实施方案中,作用剂是单甲基阿里他汀d(mmad)。在一些实施方案中,作用剂是类美登素或类美登素衍生物。在一些实施方案中,作用剂是dm1或dm4。在一些实施方案中,作用剂是倍癌霉素或其衍生物。在一些实施方案中,作用剂是卡奇霉素或其衍生物。在一些实施方案中,作用剂是吡咯并苯并二氮杂(pyrrolobenzodiazepine)。

97、在一些实施方案中,作用剂是抗炎药。

98、在一些实施方案中,抗体还包括可检测部分。在一些实施方案中,可检测部分是诊断剂。

99、在一些实施方案中,缀合抗体和/或缀合的可激活抗体包括可检测标记。在一些实施方案中,可检测标记包括成像剂、造影剂、酶、荧光标记、生色团、染料、一种或多种金属离子或基于配体的标记。在一些实施方案中,成像剂包含放射性同位素。在一些实施方案中,放射性同位素是铟或锝。在一些实施方案中,造影剂包含碘、钆或氧化铁。在一些实施方案中,酶包含辣根过氧化物酶、碱性磷酸酶或β-半乳糖苷酶。在一些实施方案中,荧光标记包含黄色荧光蛋白(yfp)、青色荧光蛋白(cfp)、绿色荧光蛋白(gfp)、改进的红色荧光蛋白(mrfp)、红色荧光蛋白tdimer2(rfptdimer2)、hcred或铕衍生物。在一些实施方案中,发光标记包含n-methylacrydium衍生物。在一些实施方案中,标记包含alexa标记,例如alex680或alexa750。在一些实施方案中,基于配体的标记包含生物素、抗生物素蛋白、链霉抗生物素或一种或多种半抗原。

100、在一些实施方案中,抗体的ab天然含有一个或多个二硫键。在一些实施方案中,可对ab进行改造以包括一个或多个二硫键。

101、在一些实施方案中,抗体和/或缀合抗体是单特异性的。在一些实施方案中,抗体和/或缀合抗体是多特异性的,在本文称为多特异性抗体和/或缀合的多特异性抗体。在一些实施方案中,多特异性抗体和/或缀合的多特异性抗体是二特异性的或三官能性的。在一些实施方案中,将抗体和/或缀合抗体配制成双特异性t细胞衔接器前体(pro-bispecifict cell engager,pro-bite)分子的一部分。在一些实施方案中,将抗体和/或缀合抗体配制成嵌合抗原受体前体(pro-chimeric antigen receptor,pro-car)修饰的t细胞或其它改造的受体的一部分。

102、在一些实施方案中,可激活抗体和/或缀合的可激活抗体是单特异性的。在一些实施方案中,可激活抗体和/或缀合的可激活抗体是多特异性的,在本文称为多特异性可激活抗体和/或缀合的多特异性可激活抗体。本文所用术语例如“可激活抗体”及其所有语法变化,除非另有说明,否则欲包括但不限于其中可激活抗体是本公开内容的多特异性可激活抗体的实施方案。本文所用术语例如“缀合的可激活抗体”及其所有语法变化,除非另有说明,否则欲包括但不限于其中缀合的可激活抗体是本公开内容的缀合的多特异性可激活抗体的实施方案。在一些实施方案中,多特异性可激活抗体和/或缀合的多特异性可激活抗体是二特异性的或三官能性的。在一些实施方案中,将可激活抗体和/或缀合的可激活抗体配制成双特异性t细胞衔接器前体(pro-bite)分子的一部分。在一些实施方案中,将可激活抗体和/或缀合的可激活抗体配制成嵌合抗原受体前体(pro-car)修饰的t细胞或其它改造的受体的一部分。

103、在一些实施方案中,本文所述可激活抗体、缀合的可激活抗体、多特异性可激活抗体和/或缀合的多特异性可激活抗体与一种或多种其它作用剂或其它作用剂的组合联用。合适的其它作用剂包括用于既定应用(例如癌症)的现有药物和/或手术疗法。例如,可激活抗体、缀合的可激活抗体、多特异性可激活抗体和/或缀合的多特异性可激活抗体可与其它化疗剂或抗抗肿瘤剂联用。

104、在活化状态下的本文所述可激活抗体结合指定靶标并包括(i)与靶标特异性结合的抗体或其抗原结合片段(ab);(ii)未切割状态下的抑制ab与靶标结合的掩蔽部分(mm);和(c)与ab偶联的可切割部分(cm),其中cm是用作基质金属蛋白酶的底物的多肽。

105、在一些实施方案中,未切割状态下的可激活抗体具有如下从n端到c端的结构排列:mm-cm-ab或ab-cm-mm。

106、在一些实施方案中,可激活抗体包含在mm和cm之间的连接肽。

107、在一些实施方案中,可激活抗体包含在cm和ab之间的连接肽。

108、在一些实施方案中,可激活抗体包含第一连接肽(lp1)和第二连接肽(lp2),且未切割状态下的可激活抗体具有如下从n端到c端的结构排列:mm-lp1-cm-lp2-ab或ab-lp2-cm-lp1-mm。

109、在一些实施方案中,lp1和lp2各自为长度为约1-20个氨基酸的肽。

110、在一些实施方案中,两个连接肽彼此不必相同。

111、在一些实施方案中,lp1或lp2的至少一个包含选自以下的氨基酸序列:(gs)n、(ggs)n、(gsggs)n(seq id no:1)和(gggs)n(seq id no:2),其中n为至少1的整数。

112、在一些实施方案中,lp1或lp2的至少一个包含选自以下的氨基酸序列:ggsg(seqid no:3)、ggsgg(seq id no:4)、gsgsg(seq id no:5)、gsggg(seq id no:6)、gggsg(seqid no:7)和gsssg(seq id no:8)。

113、在一些实施方案中,lp1包含氨基酸序列gssggsggsggsg(seq id no:9)、gssggsggsgg(seq id no:10)、gssggsggsggs(seq id no:11)、gssggsggsggsgggs(seq idno:155)、gssggsggsg(seq id no:156)或gssggsggsgs(seq id no:157)。

114、在一些实施方案中,lp2包含氨基酸序列gss、ggs、gggs(seq id no:158)、gssgt(seq id no:12)或gssg(seq id no:13)。

115、在一些实施方案中,对于与靶标结合,ab具有约100nm或更小的平衡解离常数。

116、在一些实施方案中,可激活抗体包括特异性结合靶标的抗体或其抗原结合片段。在一些实施方案中,结合靶标的抗体或其免疫活性片段是单克隆抗体、结构域抗体、单链、fab片段、f(ab')2片段、scfv、scab、dab、单结构域重链抗体或单结构域轻链抗体。在一些实施方案中,结合靶标的所述抗体或其免疫活性片段是小鼠、其它啮齿动物、嵌合、人源化或完全人单克隆抗体。

117、在一些实施方案中,可激活抗体是多特异性可激活抗体。本文提供的多特异性可激活抗体是这样的多特异性抗体,其识别两种或更多种不同的抗原或表位,并包括与多特异性抗体的至少一个抗原结合结构域或表位结合结构域连接的至少一个掩蔽部分(mm),使得mm的偶联降低抗原结合结构域或表位结合结构域结合其靶标的能力。在一些实施方案中,mm通过用作至少一种mmp蛋白酶的底物的可切割部分(cm)与多特异性抗体的抗原结合结构域或表位结合结构域偶联。本文提供的可激活多特异性抗体在循环中是稳定的,在既定治疗和/或诊断部位被激活,但不在正常(即健康)组织中被激活,且当被激活时,显示至少与相应的未修饰的多特异性抗体相当的靶标结合。

118、在一些实施方案中,本文提供的可激活抗体和/或缀合的可激活抗体,包括但不限于本公开内容的多特异性可激活抗体和/或缀合的多特异性可激活抗体,包括特异性地结合jagged靶标(例如jagged 1和/或jagged 2),并且含有vh cdr1序列、vh cdr2序列和vhcdr3序列的组合的至少第一抗体或其抗原结合片段(ab1),其中vhcdr1序列、vhcdr2序列和vh cdr3序列的至少一个选自至少包括氨基酸序列syams(seq id no:498)的vh cdr1序列;包括至少氨基酸序列sidpegrqtyyadsvkg(seq id no:499)的vh cd2序列;包括至少氨基酸序列diggrsafdy(seq id no:500)的vh cdr3序列及其组合。

119、在一些实施方案中,本文提供的可激活抗体和/或缀合的可激活抗体,包括但不限于本公开内容的多特异性可激活抗体和/或缀合的多特异性可激活抗体,包括特异性地结合jagged靶标(例如jagged 1和/或jagged 2),并且含有vl cdr1序列、vl cdr2序列和vlcdr3序列的组合的至少第一抗体或其抗原结合片段(ab1),其中vl cdr1序列、vl cdr2序列和vl cdr3序列的至少一个选自至少包括氨基酸序列rasqsissy(seq id no:501)的vlcdr1序列;至少包括氨基酸序列aasslqs(seq id no:502)的vl cdr2序列;至少包括氨基酸序列qqtvvappl(seq id no:503)的vl cdr3序列及其组合。

120、在一些实施方案中,本文提供的可激活抗体和/或缀合的可激活抗体,包括但不限于本公开内容的多特异性可激活抗体和/或缀合的多特异性可激活抗体,包括特异性地结合jagged靶标(例如jagged 1和/或jagged 2),并且含有vh cdr1序列、vh cdr2序列和vhcdr3序列的组合的至少第一抗体或其抗原结合片段(ab1),其中vhcdr1序列、vhcdr2序列和vh cdr3序列的至少一个选自包括与氨基酸序列syams(seq id no:498)有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更高同一性的序列的vh cdr1序列;包括与氨基酸序列sidpegrqtyyadsvkg(seq id no:499)有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更高同一性的序列的vh cd2序列;包括与氨基酸序列diggrsafdy(seq id no:500)有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更高同一性的序列的vh cdr3序列及其组合。

121、在一些实施方案中,本文提供的可激活抗体和/或缀合的可激活抗体,包括但不限于本公开内容的多特异性可激活抗体和/或缀合的多特异性可激活抗体,包括特异性地结合jagged靶标(例如jagged 1和/或jagged 2),并且含有vl cdr1序列、vl cdr2序列和vlcdr3序列的组合的至少第一抗体或其抗原结合片段(ab1),其中vl cdr1序列、vl cdr2序列和vl cdr3序列的至少一个选自包括与氨基酸序列rasqsissy(seq id no:501)有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更高同一性的序列的vl cdr1序列;包括与氨基酸序列aasslqs(seq id no:502)有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更高同一性的序列的vl cdr2序列;和包括与氨基酸序列qqtvvappl(seq id no:503)有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更高同一性的序列的vl cdr3序列及其组合。

122、在一些实施方案中,本文提供的可激活抗体和/或缀合的可激活抗体,包括但不限于本公开内容的多特异性可激活抗体和/或缀合的多特异性可激活抗体,包括特异性地结合jagged靶标(例如jagged 1和/或jagged 2),并且含有vh cdr1序列、vh cdr2序列、vhcdr3序列、vl cdr1序列、vl cdr2序列和vl cdr3序列的组合的至少第一抗体或其抗原结合片段(ab1),其中vh cdr1序列至少包括氨基酸序列syams(seq id no:498);vh cd2序列至少包括氨基酸序列sidpegrqtyyadsvkg(seq id no:499);vh cdr3序列至少包括氨基酸序列diggrsafdy(seq id no:500);vl cdr1序列至少包括氨基酸序列rasqsissy(seq id no:501);vl cdr2序列至少包括氨基酸序列aasslqs(seq id no:502);且vlcdr3序列至少包括氨基酸序列qqtvvappl(seq id no:503)。

123、在一些实施方案中,本文提供的可激活抗体和/或缀合的可激活抗体,包括但不限于本公开内容的多特异性可激活抗体和/或缀合的多特异性可激活抗体,包括特异性地结合jagged靶标(例如jagged 1和/或jagged 2),并且含有vh cdr1序列、vh cdr2序列、vhcdr3序列、vl cdr1序列、vl cdr2序列和vl cdr3序列的组合的至少第一抗体或其抗原结合片段(ab1),其中vh cdr1序列包括与氨基酸序列syams(seq id no:498)有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更高同一性的序列;vh cd2序列包括与氨基酸序列sidpegrqtyyadsvkg(seq id no:499)有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更高同一性的序列;vh cdr3序列包括与氨基酸序列diggrsafdy(seq id no:500)有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更高同一性的序列;vlcdr1序列包括与氨基酸序列rasqsissy(seq id no:501)有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更高同一性的序列;vl cdr2序列包括与氨基酸序列aasslqs(seq id no:502)有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更高同一性的序列;和vl cdr3序列包括与氨基酸序列qqtvvappl(seqid no:503)有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更高同一性的序列。

124、在一些实施方案中,本文提供的可激活抗体和/或缀合的可激活抗体,包括但不限于本公开内容的多特异性可激活抗体和/或缀合的多特异性可激活抗体,包括特异性结合表皮生长因子受体(egfr)且含有vh cdr1序列、vh cdr2序列和vh cdr3序列的组合的至少第一抗体或其抗原结合片段(ab1),其中vh cdr1序列、vh cdr2序列和vh cdr3序列的至少一个选自至少包括氨基酸序列nygvh(seq id no:504)的vh cdr1序列;至少包括氨基酸序列viwsggntdyntpfts(seq id no:505)的vh cd2序列;至少包括氨基酸序列altyydyefay(seq id no:506)的vh cdr3序列;及其组合。

125、在一些实施方案中,本文提供的可激活抗体和/或缀合的可激活抗体,包括但不限于本公开内容的多特异性可激活抗体和/或缀合的多特异性可激活抗体,包括特异性结合egfr且含有vl cdr1序列、vl cdr2序列和vl cdr3序列的组合的至少第一抗体或其抗原结合片段(ab1),其中vl cdr1序列、vl cdr2序列和vl cdr3序列的至少一个选自至少包括氨基酸序列rasqsigtnih(seq id no:507)的vl cdr1序列;至少包括氨基酸序列kyasesis(seq id no:508)的vlcdr2序列;和至少包括氨基酸序列qqnnnwptt(seq id no:509)的vlcdr3序列及其组合。

126、在一些实施方案中,本文提供的可激活抗体和/或缀合的可激活抗体,包括但不限于本公开内容的多特异性可激活抗体和/或缀合的多特异性可激活抗体,包括特异性结合egfr且含有vh cdr1序列、vh cdr2序列和vh cdr3序列的组合的至少第一抗体或其抗原结合片段(ab1),其中vh cdr1序列、vh cdr2序列和vh cdr3序列的至少一个选自包括与氨基酸序列nygvh(seq id no:504)有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更高同一性的序列的vh cdr1序列;包括与氨基酸序列viwsggntdyntpfts(seq idno:505)有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更高同一性的序列的vh cd2序列;包括与氨基酸序列altyydyefay(seq id no:506)有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更高同一性的序列的vh cdr3序列;及其组合。

127、在一些实施方案中,本文提供的可激活抗体和/或缀合的可激活抗体,包括但不限于本公开内容的多特异性可激活抗体和/或缀合的多特异性可激活抗体,包括特异性结合egfr且含有vl cdr1序列、vl cdr2序列和vl cdr3序列的组合的至少第一抗体或其抗原结合片段(ab1),其中vl cdr1序列、vl cdr2序列和vl cdr3序列的至少一个选自包括与氨基酸序列rasqsigtnih(seq id no:507)有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更高同一性的序列的vl cdr1序列;包括与氨基酸序列kyasesis(seq idno:508)有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更高同一性的序列的vlcdr2序列;和包括与氨基酸序列qqnnnwptt(seq id no:509)有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更高同一性的序列的vl cdr3序列及其组合。

128、在一些实施方案中,本文提供的可激活抗体和/或缀合的可激活抗体,包括但不限于本公开内容的多特异性可激活抗体和/或缀合的多特异性可激活抗体,包括特异性结合egfr且含有vhcdr1序列、vhcdr2序列、vhcdr3序列、vlcdr1序列、vlcdr2序列和vl cdr3序列的组合的第一抗体或其抗原结合片段(ab1),其中vh cdr1序列至少包括氨基酸序列nygvh(seq id no:504);vh cd2序列至少包括氨基酸序列viwsggntdyntpfts(seq id no:505);vh cdr3序列至少包括氨基酸序列altyydyefay(seq id no:506);vlcdr1序列至少包括氨基酸序列rasqsigtnih(seq id no:507);vlcdr2序列至少包括氨基酸序列kyasesis(seqid no:508);和vlcdr3序列至少包括氨基酸序列qqnnnwptt(seq id no:509)。

129、在一些实施方案中,本文提供的可激活抗体和/或缀合的可激活抗体,包括但不限于本公开内容的多特异性可激活抗体和/或缀合的多特异性可激活抗体,包括特异性结合egfr且含有vhcdr1序列、vhcdr2序列、vhcdr3序列、vlcdr1序列、vlcdr2序列和vl cdr3序列的组合的至少第一抗体或其抗原结合片段(ab1),其中vh cdr1序列包括与氨基酸序列nygvh(seq id no:504)有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更高同一性的序列;vh cd2序列包括与氨基酸序列viwsggntdyntpfts(seq id no:505)有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更高同一性的序列;vhcdr3序列包括与氨基酸序列altyydyefay(seq id no:506)有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更高同一性的序列;vl cdr1序列包括与氨基酸序列rasqsigtnih(seq id no:507)有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更高同一性的序列;vl cdr2序列包括与氨基酸序列kyasesis(seq id no:508)有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更高同一性的序列;和vlcdr3序列包括与氨基酸序列qqnnnwptt(seq id no:509)有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更高同一性的序列。

130、在一些实施方案中,本文提供的可激活抗体和/或缀合的可激活抗体,包括但不限于本公开内容的多特异性可激活抗体和/或缀合的多特异性可激活抗体,至少包括选自seqid no:54、56、57、58、61、63、65、68、70、72、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112和114的重链氨基酸序列。在一些实施方案中,本文提供的可激活抗体和/或缀合的可激活抗体,包括但不限于本公开内容的多特异性可激活抗体和/或缀合的多特异性可激活抗体,至少包括选自seq id no:55、59、60、62、64、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111和113的轻链氨基酸序列。在一些实施方案中,本文提供的可激活抗体和/或缀合的可激活抗体,包括但不限于本公开内容的多特异性可激活抗体和/或缀合的多特异性可激活抗体,至少包括选自seqid no:54、56、57、58、61、63、65、68、70、72、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112和114的重链氨基酸序列和选自seq id no:55、59、60、62、64、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111和113的轻链氨基酸序列。

131、在一些实施方案中,本文提供的可激活抗体和/或缀合的可激活抗体,包括但不限于本公开内容的多特异性可激活抗体和/或缀合的多特异性可激活抗体,至少包括与选自以下的氨基酸序列有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更高同一性的重链氨基酸序列:seq id no:54、56、57、58、61、63、65、68、70、72、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112和114。在一些实施方案中,本文提供的可激活抗体和/或缀合的可激活抗体,包括但不限于本公开内容的多特异性可激活抗体和/或缀合的多特异性可激活抗体,至少包括与选自以下的氨基酸序列有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更高同一性的轻链氨基酸序列:seqid no:55、59、60、62、64、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111和113。在一些实施方案中,本文提供的可激活抗体和/或缀合的可激活抗体,包括但不限于本公开内容的多特异性可激活抗体和/或缀合的多特异性可激活抗体,至少包括与选自以下的氨基酸序列有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更高同一性的重链氨基酸序列:seq id no:54、56、57、58、61、63、65、68、70、72、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112和114和与选自以下的氨基酸序列有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更高同一性的轻链氨基酸序列:seq id no:55、59、60、62、64、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111和113。

132、在一些实施方案中,对于与ab结合mm的平衡解离常数大于ab与靶标结合的平衡解离常数。

133、在一些实施方案中,对于与ab结合mm的平衡解离常数不超过ab与靶标结合的平衡解离常数。

134、在一些实施方案中,mm在切割状态下不干扰ab与靶标结合或不与ab竞争与靶标结合。

135、在一些实施方案中,mm是约2-40个氨基酸长的多肽。例如,mm是至多40个氨基酸长的多肽。

136、在一些实施方案中,mm多肽序列不同于ab的任何天然结合配偶体的序列。在一些实施方案中,mm多肽序列与ab的任何天然结合配偶体有不超过50%同一性。在一些实施方案中,mm多肽序列与ab的任何天然结合配偶体有不超过40%、30%、25%、20%、15%或10%同一性。

137、在一些实施方案中,mm与ab的偶联降低ab与其靶标结合的能力,使得当与mm偶联时ab对于靶标的解离常数(kd)是当不与mm偶联时ab对于靶标的kd的至少2倍。

138、在一些实施方案中,mm与ab的偶联降低ab与其靶标结合的能力,使得当与mm偶联时ab对于靶标的解离常数(kd)是当不与mm偶联时ab对于靶标的kd的至少3倍。

139、在一些实施方案中,mm与ab的偶联降低ab与其靶标结合的能力,使得当与mm偶联时ab对于靶标的解离常数(kd)是当不与mm偶联时ab对于靶标的kd的至少5倍。

140、在一些实施方案中,mm与ab的偶联降低ab与其靶标结合的能力,使得当与mm偶联时ab对于靶标的解离常数(kd)是当不与mm偶联时ab对于靶标的kd的至少10倍。

141、在一些实施方案中,mm与ab的偶联降低ab与其靶标结合的能力,使得当与mm偶联时ab对于靶标的解离常数(kd)是当不与mm偶联时ab对于靶标的kd的至少20倍。

142、在一些实施方案中,mm与ab的偶联降低ab与靶标结合的能力,使得当与mm偶联时ab对于靶标的解离常数(kd)是当不与mm偶联时ab对于靶标的kd的至少40倍。

143、在一些实施方案中,mm与ab的偶联降低ab与靶标结合的能力,使得当与mm偶联时ab对于靶标的解离常数(kd)是当不与mm偶联时ab对于靶标的kd的至少100倍。

144、在一些实施方案中,mm与ab的偶联降低ab与靶标结合的能力,使得当与mm偶联时ab对于靶标的解离常数(kd)是当不与mm偶联时ab对于靶标的kd的至少1000倍。

145、在一些实施方案中,mm与ab的偶联降低ab与靶标结合的能力,使得当与mm偶联时ab对于靶标的解离常数(kd)是当不与mm偶联时ab对于靶标的kd的至少10,000倍。

146、在一些实施方案中,mmp蛋白酶与靶标共定位于组织中,且当可激活抗体暴露于mmp中时mmp切割可激活抗体中的cm。

147、在一些实施方案中,在靶标存在下,当采用靶标置换测定法例如描述于pct公布号wo 2009/025846和wo 2010/081173的测定法体外测定时,与当cm被切割时相比,当cm不被切割时mm降低ab与靶标结合的能力达至少90%。

148、在一些实施方案中,cm位于可激活抗体中,使得在未切割状态下,可激活抗体与靶标的结合降低至以是与靶标结合的未修饰ab的平衡解离常数的至少2倍的平衡解离常数发生,而在切割状态下(即,当可激活抗体在切割状态下),ab结合靶标。

149、在一些实施方案中,cm位于可激活抗体中,使得在未切割状态下,可激活抗体与靶标的结合降低至以是与靶标结合的未修饰ab的平衡解离常数的至少5倍的平衡解离常数发生,而在切割状态下(即,当可激活抗体在切割状态下),ab结合靶标。

150、在一些实施方案中,cm位于可激活抗体中,使得在未切割状态下,可激活抗体与靶标的结合降低至以是与靶标结合的未修饰ab的平衡解离常数的至少10倍的平衡解离常数发生,而在切割状态下(即,当可激活抗体在切割状态下),ab结合靶标。

151、在一些实施方案中,cm位于可激活抗体中,使得在未切割状态下,可激活抗体与靶标的结合降低至以是与靶标结合的未修饰ab的平衡解离常数的至少20倍的平衡解离常数发生,而在切割状态下(即,当可激活抗体在切割状态下),ab结合靶标。

152、在一些实施方案中,cm位于可激活抗体中,使得在未切割状态下,可激活抗体与靶标的结合降低至以是与靶标结合的未修饰ab的平衡解离常数的至少40倍的平衡解离常数发生,而在切割状态下,ab结合靶标。

153、在一些实施方案中,cm位于可激活抗体中,使得在未切割状态下,可激活抗体与靶标的结合降低至以是与靶标结合的未修饰ab的平衡解离常数的至少50倍的平衡解离常数发生,而在切割状态下,ab结合靶标。

154、在一些实施方案中,cm位于可激活抗体中,使得在未切割状态下,可激活抗体与靶标的结合降低至以是与靶标结合的未修饰ab的平衡解离常数的至少100倍的平衡解离常数发生,而在切割状态下,ab结合靶标。

155、在一些实施方案中,cm位于可激活抗体中,使得在未切割状态下,可激活抗体与靶标的结合降低至以是与靶标结合的未修饰ab的平衡解离常数的至少200倍的平衡解离常数发生,而在切割状态下,ab结合靶标。

156、在一些实施方案中,cm是长度至多15个氨基酸的多肽。

157、在一些实施方案中,cm是至少一种基质金属蛋白酶(mmp)的底物。mmp的实例包括mmp1、mmp2、mmp3、mmp7、mmp8、mmp9、mmp10、mmp11、mmp12、mmp13、mmp14、mmp15、mmp16、mmp17、mmp19、mmp20、mmp23、mmp24、mmp26和mmp27。在一些实施方案中,cm是mmp9、mmp14、mmp1、mmp3、mmp13、mmp17、mmp11和mmp19的底物。在一些实施方案中,cm是mmp9的底物。在一些实施方案中,cm是mmp14的底物。在一些实施方案中,cm是两种或更多种mmp的底物。在一些实施方案中,cm是至少mmp9和mmp14的底物。在一些实施方案中,cm包含相同mmp的两种或更多种底物。在一些实施方案中,cm包含至少两种或更多种mmp9底物。在一些实施方案中,cm包含至少两种或更多种mmp14底物。

158、在一些实施方案中,cm是mmp的底物并包括序列issgllss(seq id no:14)、qnqalrma(seq id no:15)、aqnllgmv(seq id no:16)、stfpfgmf(seq id no:17)、pvgytssl(seq id no:18)、dwlywpgi(seq id no:19)、miapvayr(seq id no:20)、rpspmway(seq idno:21)、watprpmr(seq id no:22)、frlldwqw(seq id no:23)、lkaaprwa(seq id no:24)、gpshlvlt(seq id no:25)、lpgglspw(seq id no:26)、mglfseag(seq id no:27)、splplrvp(seq id no:28)、rmhlrslg(seq id no:29)、laaplgll(seq id no:30)、avgllapp(seq idno:31)、llapshra(seq id no:32),paglwldp(seq id no:33)和/或issglss(seq id no:159)。

159、在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列issgllss(seq id no:14)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列qnqalrma(seq id no:15)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列aqnllgmv(seq id no:16)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列stfpfgmf(seq id no:17)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列pvgytssl(seq id no:18)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列dwlywpgi(seq id no:19)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列miapvayr(seq id no:20)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列rpspmway(seq id no:21)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列watprpmr(seq id no:22)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列frlldwqw(seq id no:23)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列lkaaprwa(seq id no:24)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列gpshlvlt(seq id no:25)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列lpgglspw(seq id no:26)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列mglfseag(seq id no:27)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列splplrvp(seq id no:28)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列rmhlrslg(seq id no:29)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列laaplgll(seq id no:30)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列avgllapp(seq id no:31)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列llapshra(seq id no:32)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列paglwldp(seq id no:33)。在一些实施方案中,cm包含氨基酸序列issglss(seq id no:159)。

160、在一些实施方案中,cm是至少2种蛋白酶的底物。在一些实施方案中,至少一种蛋白酶是mmp,且至少一种蛋白酶选自表7所示蛋白酶。

161、在一些实施方案中,可激活抗体至少包括第一cm和第二cm。在一些实施方案中,第一cm和第二cm各自为不超过15个氨基酸长的多肽。在一些实施方案中,在未切割状态下可激活抗体中的第一cm和第二cm具有如下从n端到c端的结构排列:mm-cm1-cm2-ab、ab-cm2-cm1-mm、mm-cm2-cm1-ab或ab-cm1-cm2-mm。在一些实施方案中,可激活抗体包括在mm和cm1之间的连接肽。在一些实施方案中,可激活抗体包括在cm1和cm2之间的连接肽。在一些实施方案中,可激活抗体包括在cm2和ab之间的连接肽。在一些实施方案中,可激活抗体包括在mm和cm1之间的连接肽和在cm2和ab之间的连接肽。在一些实施方案中,可激活抗体包括在mm和cm1之间的连接肽和在cm1和cm2之间的连接肽。在一些实施方案中,可激活抗体包括在cm1和cm2之间的连接肽和在cm2和ab之间的连接肽。在一些实施方案中,可激活抗体包括在mm和cm1之间的连接肽,在cm1和cm2之间的连接肽,和在cm2和ab之间的连接肽。

162、在一些实施方案中,可激活抗体包括包括至少一种基质金属蛋白酶(mmp)的底物的至少第一cm和包括底物序列的第二cm。第二cm(cm2)的示例性底物包括但不限于可被表7所列的以下酶或蛋白酶的一种或多种切割的底物。

163、在一些实施方案中,选择cm2与特定蛋白酶一起使用。在一些实施方案中,cm2是选自以下至少一种蛋白酶的底物:基质金属蛋白酶(mmp)、嗜中性粒细胞弹性蛋白酶、u型纤溶酶原激活物(upa,亦称为尿激酶)、legumain、基质蛋白酶(mt-sp1)、凝血酶、半胱氨酸蛋白酶例如组织蛋白酶、adam17、bmp-1、htra1和tmprss例如tmprss3或tmprss4。

164、在一些实施方案中,cm2是嗜中性粒细胞弹性蛋白酶的底物。在一些实施方案中,cm2是upa的底物。在一些实施方案中,cm2是legumain的底物。在一些实施方案中,cm2是基质蛋白酶的底物。在一些实施方案中,cm2是凝血酶的底物。在一些实施方案中,cm2是半胱氨酸蛋白酶的底物。在一些实施方案中,cm2是组织蛋白酶的底物。在一些实施方案中,cm2是adam17的底物。在一些实施方案中,cm2是bmp-1的底物。在一些实施方案中,cm2是htra1的底物。在一些实施方案中,cm2是tmprss的底物。在一些实施方案中,cm2是tmprss3的底物。在一些实施方案中,cm2是tmprss4的底物。

165、例如,合适的cm2被至少一种蛋白酶切割并包括序列tgrgpswv(seq id no:34)、sargpsrw(seq id no:35)、targpsfk(seq id no:36)、lsgrsdnh(seq id no:37)、ggwhtgrn(seq id no:38)、htgrsgal(seq id no:39)、pltgrsgg(seq id no:40)、aargpaih(seq idno:41)、rgpafnpm(seq id no:42)、ssrgpayl(seq id no:43)、rgpatpim(seq id no:44)、rgpa(seq id no:45)、ggqpsgmwgw(seq id no:46)、fprplgitgl(seq id no:47)、vhmplgflgp(seq id no:48)、spltgrsg(seq id no:49)、sagfslpa(seq id no:126)、laplglqrr(seq id no:50)、sggplgvr(seq id no:51)、plgl(seq id no:52)、gprsfgl(seqid no:315)和/或gprsfg(seq id no:316)。

166、在一些实施方案中,cm2包含氨基酸序列tgrgpswv(seq id no:34)。在一些实施方案中,cm2包含氨基酸序列sargpsrw(seq id no:35)。在一些实施方案中,cm2包含氨基酸序列targpsfk(seq id no:36)。在一些实施方案中,cm2包含氨基酸序列lsgrsdnh(seq idno:37)。在一些实施方案中,cm2包含氨基酸序列ggwhtgrn(seq id no:38)。在一些实施方案中,cm2包含氨基酸序列htgrsgal(seq id no:39)。在一些实施方案中,cm2包含氨基酸序列pltgrsgg(seq id no:40)。在一些实施方案中,cm2包含氨基酸序列aargpaih(seq idno:41)。在一些实施方案中,cm2包含氨基酸序列rgpafnpm(seq id no:42)。在一些实施方案中,cm2包含氨基酸序列ssrgpayl(seq id no:43)。在一些实施方案中,cm2包含氨基酸序列rgpatpim(seq id no:44)。在一些实施方案中,cm2包含氨基酸序列rgpa(seq id no:45)。在一些实施方案中,cm2包含氨基酸序列ggqpsgmwgw(seq id no:46)。在一些实施方案中,cm2包含氨基酸序列fprplgitgl(seq id no:47)。在一些实施方案中,cm2包含氨基酸序列vhmplgflgp(seq id no:48)。在一些实施方案中,cm2包含氨基酸序列spltgrsg(seq idno:49)。在一些实施方案中,cm2包含氨基酸序列laplglqrr(seq id no:50)。在一些实施方案中,cm2包含氨基酸序列sggplgvr(seq id no:51)。在一些实施方案中,cm2包含氨基酸序列plgl(seq id no:52)。在一些实施方案中,cm2包含氨基酸序列gprsfgl(seq id no:315)。在一些实施方案中,cm2包含氨基酸序列gprsfg(seq id no:316)。

167、在一些实施方案中,cm2是至少一种mmp的底物。在一些实施方案中,cm2是表7所列的至少一种mmp的底物。在一些实施方案中,cm2是mmp9的底物。在一些实施方案中,cm2是mmp14的底物。在一些实施方案中,cm1是第一mmp的底物,且cm2是第二mmp的底物,其中第一mmp和第二mmp是不同的mmp。在一些实施方案中,cm1是mmp的第一底物序列,cm2是相同mmp的第二底物序列,其中cm1和cm2具有不同的底物序列。在一些实施方案中,cm2是两种或更多种mmp的底物。在一些实施方案中,cm2是至少mmp9或mmp14的底物。在一些实施方案中,cm2是两种或更多种mmp的底物。在一些实施方案中,cm2是至少mmp9和mmp14的底物。在一些实施方案中,cm1和cm2是mmp9的两种底物。在一些实施方案中,cm1和cm2是mmp14的两种底物。在一些实施方案中,cm1是mmp9的底物和cm2是mmp14的底物。在一些实施方案中,cm1是mmp14的底物和cm2是mmp9的底物。

168、在一些实施方案中,cm1和/或cm2的至少一种是mmp的底物并包括序列issgllss(seq id no:14)、qnqalrma(seq id no:15)、aqnllgmv(seq id no:16)、stfpfgmf(seq idno:17)、pvgytssl(seq id no:18)、dwlywpgi(seq id no:19)、miapvayr(seq id no:20)、rpspmway(seq id no:21)、watprpmr(seq id no:22)、frlldwqw(seq id no:23)、lkaaprwa(seq id no:24)、gpshlvlt(seq id no:25)、lpgglspw(seq id no:26)、mglfseag(seq idno:27)、splplrvp(seq id no:28)、rmhlrslg(seq id no:29)、laaplgll(seq id no:30)、avgllapp(seq id no:31)、llapshra(seq id no:32)、paglwldp(seq id no:33)和/或issglss(seq id no:159)。

169、在一些实施方案中,第一切割剂和第二切割剂是相同的基质金属蛋白酶,第一cm和第二cm是该酶的不同底物。在一些实施方案中,第一切割剂和第二切割剂是不同的蛋白酶,其中至少一种蛋白酶是mmp。在一些实施方案中,第一切割剂和第二切割剂共定位于靶组织中。在一些实施方案中,第一cm和第二cm被靶组织中的至少一种切割剂切割。

170、在一些实施方案中,可激活抗体被暴露于mmp中并被mmp切割,使得在激活或切割状态下,在mmp切割cm后,激活的抗体包括包括lp2和/或cm序列的至少一部分的轻链氨基酸序列。

171、在一些实施方案中,cm包含蛋白酶切割位点的非主侧(non-prime side);即,cm包含至少p1和p2个氨基酸,而在一些实施方案中,包含p1、p2和p3个氨基酸,而在一些实施方案中,包含p1、p2、p3和p4个氨基酸。在一些实施方案中,cm包含蛋白酶切割位点的非主侧或主侧。在一些实施方案中,cm包含非主侧但缺乏蛋白酶切割位点的主侧的至少部分。在一些实施方案中,cm包含非主侧但缺乏蛋白酶切割位点的主侧。所述cm可直接或通过接头与抗体或本文公开的其它分子(例如但不限于检测部分)连接。

172、在一些实施方案中,可激活抗体是抗egfr可激活抗体,其至少包括是或来源于西妥昔单抗或帕尼单抗的ab;包含选自seq id no:160、167-200和497的氨基酸序列的mm;和包含选自seq id no:14-33和159的氨基酸序列的cm。在一些实施方案中,可激活抗体是抗egfr可激活抗体,其至少包括是或来源于西妥昔单抗或帕尼单抗的ab;包含选自seq idno:160、167-200和497的氨基酸序列的mm;和包含选自表8a-8m提供的序列的氨基酸序列的cm。在一些实施方案中,抗egfr可激活抗体还包括第一连接肽(lp1)和第二连接肽(lp2),且未切割状态下的可激活抗体具有如下从n端到c端的结构排列:mm-lp1-cm-lp2-ab或ab-lp2-cm-lp1-mm。在一些实施方案中,lp1和lp2各自为长度为约1-20个氨基酸的肽。在一些实施方案中,两个连接肽彼此不必相同。在一些实施方案中,lp1或lp2的至少一个包含选自以下的氨基酸序列:(gs)n、(ggs)n、(gsggs)n(seq id no:1)和(gggs)n(seq id no:2),其中n为至少1的整数。在一些实施方案中,lp1或lp2的至少一个包含选自以下的氨基酸序列:ggsg(seq id no:3)、ggsgg(seq id no:4)、gsgsg(seq id no:5)、gsggg(seq id no:6)、gggsg(seq id no:7)和gsssg(seq id no:8)。在一些实施方案中,lp1包含氨基酸序列gssggsggsggsg(seq id no:9)、gssggsggsgg(seq id no:10)、gssggsggsggs(seq id no:11)、gssggsggsggsgggs(seq id no:155)、gssggsggsg(seq id no:156)或gssggsggsgs(seq id no:157)。在一些实施方案中,lp2包含氨基酸序列gss、ggs、gggs(seq id no:158)、gssgt(seq id no:12)或gssg(seq id no:13)。

173、在一些实施方案中,可激活抗体是抗egfr可激活抗体,其至少包括含有包含seqid no:504的vh cdr1序列、seq id no:505的vh cdr2序列、seq id no:506的vh cdr3序列的重链氨基酸序列、seq id no:507的vl cdr1序列、seq id no:508的vl cdr2序列和seqid no:509的vl cdr2序列的ab;包含选自seq id no:160、167-200和497的氨基酸序列的mm;和包含选自seq id no:14-33和159的氨基酸序列的cm。在一些实施方案中,可激活抗体是抗egfr可激活抗体,其至少包括含有包含seq id no:504的vh cdr1序列、seq id no:505的vh cdr2序列、seq id no:506的vh cdr3序列的重链氨基酸序列、seq id no:507的vlcdr1序列、seq id no:508的vl cdr2序列和seq id no:509的vlcdr2序列的ab;包含选自seq id no:160、167-200和497的氨基酸序列的mm;和包含选自表8a-8m提供的序列的氨基酸序列的cm。在一些实施方案中,抗egfr可激活抗体还包括第一连接肽(lp1)和第二连接肽(lp2),且未切割状态下的可激活抗体具有如下从n端到c端的结构排列:mm-lp1-cm-lp2-ab或ab-lp2-cm-lp1-mm。在一些实施方案中,lp1和lp2各自为长度为约1-20个氨基酸的肽。在一些实施方案中,两个连接肽彼此不必相同。在一些实施方案中,lp1或lp2的至少一个包含选自以下的氨基酸序列:(gs)n、(ggs)n、(gsggs)n(seq id no:1)和(gggs)n(seq id no:2),其中n为至少1的整数。在一些实施方案中,lp1或lp2的至少一个包含选自以下的氨基酸序列:ggsg(seq id no:3)、ggsgg(seq id no:4)、gsgsg(seq id no:5)、gsggg(seq id no:6)、gggsg(seq id no:7)和gsssg(seq id no:8)。在一些实施方案中,lp1包含氨基酸序列gssggsggsggsg(seq id no:9)、gssggsggsgg(seq id no:10)、gssggsggsggs(seq id no:11)、gssggsggsggsgggs(seq id no:155)、gssggsggsg(seq id no:156)或gssggsggsgs(seq id no:157)。在一些实施方案中,lp2包含氨基酸序列gss、ggs、gggs(seq id no:158)、gssgt(seq id no:12)或gssg(seq id no:13)。

174、在一些实施方案中,可激活抗体是抗egfr可激活抗体,其至少包括包含seq idno:56、57或58的重链氨基酸序列和seq id no:59的轻链氨基酸序列的ab;包含选自seq idno:160、167-200和497的氨基酸序列的mm;和包含选自seq id no:14-33和159的氨基酸序列的cm。在一些实施方案中,可激活抗体是抗egfr可激活抗体,其至少包括包含seq id no:56、57或58的重链氨基酸序列和seq id no:59的轻链氨基酸序列的ab;包含选自seq idno:160、167-200和497的氨基酸序列的mm;和包含选自表8a-8m提供的序列的氨基酸序列的cm。在一些实施方案中,抗egfr可激活抗体还包括第一连接肽(lp1)和第二连接肽(lp2),且未切割状态下的可激活抗体具有如下从n端到c端的结构排列:mm-lp1-cm-lp2-ab或ab-lp2-cm-lp1-mm。在一些实施方案中,lp1和lp2各自为长度为约1-20个氨基酸的肽。在一些实施方案中,两个连接肽彼此不必相同。在一些实施方案中,lp1或lp2的至少一个包含选自以下的氨基酸序列:(gs)n、(ggs)n、(gsggs)n(seq id no:1)和(gggs)n(seq id no:2),其中n为至少1的整数。在一些实施方案中,lp1或lp2的至少一个包含选自以下的氨基酸序列:ggsg(seq id no:3)、ggsgg(seq id no:4)、gsgsg(seq id no:5)、gsggg(seq id no:6)、gggsg(seq id no:7)和gsssg(seq id no:8)。在一些实施方案中,lp1包含氨基酸序列gssggsggsggsg(seq id no:9)、gssggsggsgg(seq id no:10)、gssggsggsggs(seq id no:11)、gssggsggsggsgggs(seq id no:155)、gssggsggsg(seq id no:156)或gssggsggsgs(seq id no:157)。在一些实施方案中,lp2包含氨基酸序列gss、ggs、gggs(seq id no:158)、gssgt(seq id no:12)或gssg(seq id no:13)。

175、在一些实施方案中,可激活抗体是抗egfr可激活抗体,其至少包括包含seq idno:56的重链氨基酸序列和seq id no:59的轻链氨基酸序列的ab;包含seq id no:160的氨基酸序列的mm;和包含选自seq id no:14-33和159的氨基酸序列的cm。在一些实施方案中,可激活抗体是抗egfr可激活抗体,其至少包括包含seq id no:56的重链氨基酸序列和seqid no:59的轻链氨基酸序列的ab;包含seq id no:160的氨基酸序列的mm;和包含选自表8a-8m提供的序列的氨基酸序列的cm。在一些实施方案中,抗egfr可激活抗体还包括第一连接肽(lp1)和第二连接肽(lp2),且未切割状态下的可激活抗体具有如下从n端到c端的结构排列:mm-lp1-cm-lp2-ab或ab-lp2-cm-lp1-mm。在一些实施方案中,lp1和lp2各自为长度为约1-20个氨基酸的肽。在一些实施方案中,两个连接肽彼此不必相同。在一些实施方案中,lp1或lp2的至少一个包含选自以下的氨基酸序列:(gs)n、(ggs)n、(gsggs)n(seq id no:1)和(gggs)n(seq id no:2),其中n为至少1的整数。在一些实施方案中,lp1或lp2的至少一个包含选自以下的氨基酸序列:ggsg(seq id no:3)、ggsgg(seq id no:4)、gsgsg(seq idno:5)、gsggg(seq id no:6)、gggsg(seq id no:7)和gsssg(seq id no:8)。在一些实施方案中,lp1包含氨基酸序列gssggsggsggsg(seq id no:9)、gssggsggsgg(seq id no:10)、gssggsggsggs(seq id no:11)、gssggsggsggsgggs(seq id no:155)、gssggsggsg(seq idno:156)或gssggsggsgs(seq id no:157)。在一些实施方案中,lp2包含氨基酸序列gss、ggs、gggs(seq id no:158)、gssgt(seq id no:12)或gssg(seq id no:13)。

176、在一些实施方案中,可激活抗体是抗egfr可激活抗体,其至少包括含有包含seqid no:504的vh cdr1序列、seq id no:505的vh cdr2序列、seq id no:506的vh cdr3序列的重链氨基酸序列、seq id no:507的vl cdr1序列、seq id no:508的vl cdr2序列和seqid no:509的vl cdr2序列的ab;包含seq id no:160的氨基酸序列的mm;和包含选自seq idno:14-33和159的氨基酸序列的cm。在一些实施方案中,可激活抗体是抗egfr可激活抗体,其至少包括含有包含seq id no:504的vh cdr1序列、seq id no:505的vh cdr2序列、seqid no:506的vh cdr3序列的重链氨基酸序列、seq id no:507的vl cdr1序列、seq id no:508的vl cdr2序列和seq id no:509的vl cdr2序列的ab;包含seq id no:160的氨基酸序列的mm;和包含选自表8a-8m提供的序列的氨基酸序列的cm。在一些实施方案中,抗egfr可激活抗体还包括第一连接肽(lp1)和第二连接肽(lp2),且未切割状态下的可激活抗体具有如下从n端到c端的结构排列:mm-lp1-cm-lp2-ab或ab-lp2-cm-lp1-mm。在一些实施方案中,lp1和lp2各自为长度为约1-20个氨基酸的肽。在一些实施方案中,两个连接肽彼此不必相同。在一些实施方案中,lp1或lp2的至少一个包含选自以下的氨基酸序列:(gs)n、(ggs)n、(gsggs)n(seq id no:1)和(gggs)n(seq id no:2),其中n为至少1的整数。在一些实施方案中,lp1或lp2的至少一个包含选自以下的氨基酸序列:ggsg(seq id no:3)、ggsgg(seq idno:4)、gsgsg(seq id no:5)、gsggg(seq id no:6)、gggsg(seq id no:7)和gsssg(seq idno:8)。在一些实施方案中,lp1包含氨基酸序列gssggsggsggsg(seq id no:9)、gssggsggsgg(seq id no:10)、gssggsggsggs(seq id no:11)、gssggsggsggsgggs(seq idno:155)、gssggsggsg(seq id no:156)或gssggsggsgs(seq id no:157)。在一些实施方案中,lp2包含氨基酸序列gss、ggs、gggs(seq id no:158)、gssgt(seq id no:12)或gssg(seqid no:13)。

177、在一些实施方案中,可激活抗体是抗jagged可激活抗体,其至少包括包含seqidno:61、63、65、68、70、72、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112或114的重链氨基酸序列和seq id no:60、62、64、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111或113的轻链氨基酸序列的ab;包含选自seq id no:201-263和496的氨基酸序列的mm;和包含选自seq id no:14-33和159的氨基酸序列的cm。在一些实施方案中,可激活抗体是抗jagged可激活抗体,其至少包括包含seq id no:61、63、65、68、70、72、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112或114的重链氨基酸序列和seq id no:60、62、64、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111或113的轻链氨基酸序列的ab;包含选自seq id no:201-263和496的氨基酸序列的mm;和包含选自表8a-8m提供的序列的氨基酸序列的cm。在一些实施方案中,抗jagged可激活抗体还包括第一连接肽(lp1)和第二连接肽(lp2),且未切割状态下的可激活抗体具有如下从n端到c端的结构排列:mm-lp1-cm-lp2-ab或ab-lp2-cm-lp1-mm。在一些实施方案中,lp1和lp2各自为长度为约1-20个氨基酸的肽。在一些实施方案中,两个连接肽彼此不必相同。在一些实施方案中,lp1或lp2的至少一个包含选自以下的氨基酸序列:(gs)n、(ggs)n、(gsggs)n(seq id no:1)和(gggs)n(seq id no:2),其中n为至少1的整数。在一些实施方案中,lp1或lp2的至少一个包含选自以下的氨基酸序列:ggsg(seq id no:3)、ggsgg(seq id no:4)、gsgsg(seq id no:5)、gsggg(seq id no:6)、gggsg(seq id no:7)和gsssg(seq id no:8)。在一些实施方案中,lp1包含氨基酸序列gssggsggsggsg(seq id no:9)、gssggsggsgg(seq id no:10)、gssggsggsggs(seq id no:11)、gssggsggsggsgggs(seq id no:155)、gssggsggsg(seq idno:156)或gssggsggsgs(seq id no:157)。在一些实施方案中,lp2包含氨基酸序列gss、ggs、gggs(seq id no:158)、gssgt(seq id no:12)或gssg(seq id no:13)。

178、在一些实施方案中,可激活抗体是抗jagged可激活抗体,其至少包括包含seq idno:112的重链氨基酸序列和seq id no:111的轻链氨基酸序列的ab;包含选自seq id no:217的氨基酸序列的mm;和包含选自seq id no:14-33和159的氨基酸序列的cm。在一些实施方案中,可激活抗体是抗jagged可激活抗体,其至少包括包含seq id no:112的重链氨基酸序列和seq id no:111的轻链氨基酸序列的ab;包含选自seq id no:217的氨基酸序列的mm;和包含选自表8a-8m提供的序列的氨基酸序列的cm。在一些实施方案中,抗jagged可激活抗体还包括第一连接肽(lp1)和第二连接肽(lp2),且未切割状态下的可激活抗体具有如下从n端到c端的结构排列:mm-lp1-cm-lp2-ab或ab-lp2-cm-lp1-mm。在一些实施方案中,lp1和lp2各自为长度为约1-20个氨基酸的肽。在一些实施方案中,两个连接肽彼此不必相同。在一些实施方案中,lp1或lp2的至少一个包含选自以下的氨基酸序列:(gs)n、(ggs)n、(gsggs)n(seq id no:1)和(gggs)n(seq id no:2),其中n为至少1的整数。在一些实施方案中,lp1或lp2的至少一个包含选自以下的氨基酸序列:ggsg(seq id no:3)、ggsgg(seq idno:4)、gsgsg(seq id no:5)、gsggg(seq id no:6)、gggsg(seq id no:7)和gsssg(seq idno:8)。在一些实施方案中,lp1包含氨基酸序列gssggsggsggsg(seq id no:9)、gssggsggsgg(seq id no:10)、gssggsggsggs(seq id no:11)、gssggsggsggsgggs(seq idno:155)、gssggsggsg(seq id no:156)或gssggsggsgs(seq id no:157)。在一些实施方案中,lp2包含氨基酸序列gss、ggs、gggs(seq id no:158)、gssgt(seq id no:12)或gssg(seqid no:13)。

179、在一些实施方案中,可激活抗体是抗jagged可激活抗体,其至少包括含有包含seqid no:498的vh cdr1序列、seq id no:499的vh cdr2序列、seq id no:500的vh cdr3序列的重链氨基酸序列、seq id no:501的vl cdr1序列、seq id no:502的vl cdr2序列和seqid no:503的vl cdr2序列的ab;包含选自seq id no:217的氨基酸序列的mm;和包含选自seq id no:14-33和159的氨基酸序列的cm。在一些实施方案中,可激活抗体是抗jagged可激活抗体,其至少包括含有包含seq id no:498的vh cdr1序列、seq id no:499的vh cdr2序列、seq id no:500的vh cdr3序列的重链氨基酸序列、seq id no:501的vlcdr1序列、seqid no:502的vlcdr2序列和seq id no:503的vlcdr2序列的ab;包含选自seq id no:217的氨基酸序列的mm;和包含选自表8a-8m提供的序列的氨基酸序列的cm。在一些实施方案中,抗jagged可激活抗体还包括第一连接肽(lp1)和第二连接肽(lp2),且未切割状态下的可激活抗体具有如下从n端到c端的结构排列:mm-lp1-cm-lp2-ab或ab-lp2-cm-lp1-mm。在一些实施方案中,lp1和lp2各自为长度为约1-20个氨基酸的肽。在一些实施方案中,两个连接肽彼此不必相同。在一些实施方案中,lp1或lp2的至少一个包含选自以下的氨基酸序列:(gs)n、(ggs)n、(gsggs)n(seq id no:1)和(gggs)n(seq id no:2),其中n为至少1的整数。在一些实施方案中,lp1或lp2的至少一个包含选自以下的氨基酸序列:ggsg(seq id no:3)、ggsgg(seq id no:4)、gsgsg(seq id no:5)、gsggg(seq id no:6)、gggsg(seq id no:7)和gsssg(seq id no:8)。在一些实施方案中,lp1包含氨基酸序列gssggsggsggsg(seq id no:9)、gssggsggsgg(seq id no:10)、gssggsggsggs(seq id no:11)、gssggsggsggsgggs(seqid no:155)、gssggsggsg(seq id no:156)或gssggsggsgs(seq id no:157)。在一些实施方案中,lp2包含氨基酸序列gss、ggs、gggs(seq id no:158)、gssgt(seq id no:12)或gssg(seq id no:13)。

180、在一些实施方案中,可激活抗体还包括与ab缀合的作用剂。在一些实施方案中,作用剂是治疗剂。在一些实施方案中,作用剂是抗肿瘤剂。在一些实施方案中,作用剂是毒素或其片段。在一些实施方案中,作用剂通过接头与ab缀合。在一些实施方案中,接头是可切割接头。在一些实施方案中,作用剂是微管抑制剂。在一些实施方案中,作用剂是核酸损伤剂,例如dna烷基化剂或dna嵌入剂或其它dna损伤剂。在一些实施方案中,接头是可切割接头。在一些实施方案中,作用剂通过包括至少一种mmp可切割底物序列的接头与ab缀合。在一些实施方案中,作用剂是选自表3所列的作用剂。在一些实施方案中,作用剂是多拉司他汀。在一些实施方案中,作用剂是阿里他汀或其衍生物。在一些实施方案中,作用剂是阿里他汀e或其衍生物。在一些实施方案中,作用剂是单甲基阿里他汀e(mmae)。在一些实施方案中,作用剂是单甲基阿里他汀d(mmad)。在一些实施方案中,作用剂是类美登素或类美登素衍生物。在一些实施方案中,作用剂是dm1或dm4。在一些实施方案中,作用剂是倍癌霉素或其衍生物。在一些实施方案中,作用剂是卡奇霉素或其衍生物。在一些实施方案中,作用剂是吡咯并苯并二氮杂

181、在一些实施方案中,作用剂是抗炎药。

182、在一些实施方案中,可激活抗体还包括可检测部分。在一些实施方案中,可检测部分是诊断剂。

183、在一些实施方案中,缀合抗体包括可检测标记。在一些实施方案中,可检测标记包括成像剂、造影剂、酶、荧光标记、生色团、染料、一种或多种金属离子或基于配体的标记。在一些实施方案中,成像剂包含放射性同位素。在一些实施方案中,放射性同位素是铟或锝。在一些实施方案中,造影剂包含碘、钆或氧化铁。在一些实施方案中,酶包含辣根过氧化物酶、碱性磷酸酶或β-半乳糖苷酶。在一些实施方案中,荧光标记包含黄色荧光蛋白(yfp)、青色荧光蛋白(cfp)、绿色荧光蛋白(gfp)、改进的红色荧光蛋白(mrfp)、红色荧光蛋白tdimer2(rfp tdimer2)、hcred或铕衍生物。在一些实施方案中,发光标记包含n-methylacrydium衍生物。在一些实施方案中,标记包含alexa标记,例如alex680或alexa750。在一些实施方案中,基于配体的标记包含生物素、抗生物素蛋白、链霉抗生物素或一种或多种半抗原。

184、在一些实施方案中,可激活抗体还包括信号肽。在一些实施方案中,信号肽通过间隔物与可激活抗体缀合。在一些实施方案中,间隔物在信号肽不存在时与可激活抗体缀合。在一些实施方案中,间隔物与可激活抗体的mm直接连接。在一些实施方案中,间隔物在间隔物-mm-cm-ab从n端到c端的结构排列中与可激活抗体的mm直接连接。与可激活抗体的mm的n端直接连接的间隔物的实例是qgqsgq(seq id no:53)。在一些实施方案中,间隔物至少包括氨基酸序列qgqsgq(seq id no:53)。

185、在一些实施方案中,可激活抗体的ab天然含有一个或多个二硫键。在一些实施方案中,可对ab进行改造以包括一个或多个二硫键。

186、在一些实施方案中,可激活抗体的血清半寿期长于相应抗体的半寿期;例如,可激活抗体的pk长于相应抗体的pk。在一些实施方案中,可激活抗体的血清半寿期类似于相应抗体的半寿期。在一些实施方案中,当给予生物时,可激活抗体的血清半寿期为至少15天。在一些实施方案中,当给予生物时,可激活抗体的血清半寿期为至少12天。在一些实施方案中,当给予生物时,可激活抗体的血清半寿期为至少11天。在一些实施方案中,当给予生物时,可激活抗体的血清半寿期为至少10天。在一些实施方案中,当给予生物时,可激活抗体的血清半寿期为至少9天。在一些实施方案中,当给予生物时,可激活抗体的血清半寿期为至少8天。在一些实施方案中,当给予生物时,可激活抗体的血清半寿期为至少7天。在一些实施方案中,当给予生物时,可激活抗体的血清半寿期为至少6天。在一些实施方案中,当给予生物时,可激活抗体的血清半寿期为至少5天。在一些实施方案中,当给予生物时,可激活抗体的血清半寿期为至少4天。在一些实施方案中,当给予生物时,可激活抗体的血清半寿期为至少3天。在一些实施方案中,当给予生物时,可激活抗体的血清半寿期为至少2天。在一些实施方案中,当给予生物时,可激活抗体的血清半寿期为至少24小时。在一些实施方案中,当给予生物时,可激活抗体的血清半寿期为至少20小时。在一些实施方案中,当给予生物时,可激活抗体的血清半寿期为至少18小时。在一些实施方案中,当给予生物时,可激活抗体的血清半寿期为至少16小时。在一些实施方案中,当给予生物时,可激活抗体的血清半寿期为至少14小时。在一些实施方案中,当给予生物时,可激活抗体的血清半寿期为至少12小时。在一些实施方案中,当给予生物时,可激活抗体的血清半寿期为至少10小时。在一些实施方案中,当给予生物时,可激活抗体的血清半寿期为至少8小时。在一些实施方案中,当给予生物时,可激活抗体的血清半寿期为至少6小时。在一些实施方案中,当给予生物时,可激活抗体的血清半寿期为至少4小时。在一些实施方案中,当给予生物时,可激活抗体的血清半寿期为至少3小时。

187、在一些实施方案中,可激活抗体和/或缀合的可激活抗体是单特异性的。在一些实施方案中,可激活抗体和/或缀合的可激活抗体是多特异性的,例如以非限制性实例为例为双特性的或三官能性的。在一些实施方案中,将可激活抗体和/或缀合的可激活抗体配制成双特异性t细胞衔接器前体(pro-bite)分子的一部分。在一些实施方案中,将可激活抗体和/或缀合的可激活抗体配制成嵌合抗原受体前体(pro-car)修饰的t细胞或其它改造的受体的一部分。

188、本公开内容还提供包括包括特异性结合指定靶标的抗体或抗体片段(ab)的可激活抗体的组合物和方法,其中ab与降低ab结合其靶标的能力的掩蔽部分(mm)偶联。在一些实施方案中,可激活抗体进一步包括是至少一种mmp的底物的可切割部分(cm)。本文提供的组合物和方法使得一种或多种作用剂能够与ab中的一个或多个半胱氨酸残基连接而又不损害可激活抗体的活性(例如掩蔽、激活或结合活性)。在一些实施方案中,本文提供的组合物和方法使得一种或多种作用剂能够与ab中的一个或多个半胱氨酸残基连接而又不减少或以别的方式妨碍mm内的一个或多个二硫键。本文提供的组合物和方法产生与一种或多种作用剂(例如各种治疗剂、诊断剂和/或预防剂的任一种)缀合的可激活抗体,例如,在一些实施方案中,没有任何作用剂与可激活抗体的mm缀合。本文提供的组合物和方法产生缀合的可激活抗体,其中在未切割状态下mm保持有效且高效掩蔽可激活抗体的ab的能力。本文提供的组合物和方法产生缀合的可激活抗体,其中在可切割cm的mmp的存在下,可激活抗体仍被激活,即被切割。

189、可激活抗体具有用于作用剂的至少一个缀合点,但在本文提供的方法和组合物中,可获得小于与作用剂缀合的所有可能的缀合点。在一些实施方案中,一个或多个缀合点是参与二硫键的硫原子。在一些实施方案中,一个或多个缀合点是参与链间二硫键的硫原子。在一些实施方案中,一个或多个缀合点是参与链间二硫键的硫原子,但非参与链内二硫键的硫原子。在一些实施方案中,一个或多个缀合点是半胱氨酸或含有硫原子的其它氨基酸残基的硫原子。所述残基可在抗体结构中天然存在或可能通过位点定向诱变、化学转化或非天然氨基酸的错误掺入而掺入抗体中。

190、本文还提供制备在ab中具有一个或多个链间二硫键和在mm中具有一个或多个链内二硫键的可激活抗体的缀合物的方法,并提供与游离硫醇基起反应的药物。所述方法一般包括用还原剂(例如tcep)部分还原可激活抗体中的链间二硫键;并使与游离硫醇基反应的药物与部分还原的可激活抗体缀合。本文所用术语部分还原是指其中使可激活抗体与还原剂接触并还原小于所有的二硫键例如小于所有可能的缀合位点的情况。在一些实施方案中,还原小于99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%、80%、75%、70%、65%、60%、55%、50%、45%、40%、35%、30%、25%、20%、15%、10%或小于5%的所有可能的缀合位点。

191、在一些实施方案中,提供还原并使作用剂(例如药物)与可激活抗体缀合在安置作用剂时产生选择性的方法。所述方法一般包括用还原剂部分还原可激活抗体,使得可激活抗体的掩蔽部分或其它非ab部分中的任何缀合位点不被还原,并使作用剂与ab中的链间硫醇基缀合。选择缀合位点使得允许所需的作用剂安置以允许缀合发生在所需位点上。还原剂为例如tcep。通过鉴定产生其中在未切割状态下mm保持有效且高效掩蔽可激活抗体的ab的能力的缀合的可激活抗体的条件,来确定还原反应条件,例如还原剂与可激活抗体的比率、温育长度、温育期间的温度、还原反应溶液的ph等。还原剂与可激活抗体的比率可随可激活抗体而变化。在一些实施方案中,还原剂与可激活抗体的比率的范围可为约20:1-1:1、约10:1-1:1、约9:1-1:1、约8:1-1:1、约7:1-1:1、约6:1-1:1、约5:1-1:1、约4:1-1:1、约3:1-1:1、约2:1-1:1、约20:1-1:1.5、约10:1-1:1.5、约9:1-1:1.5、约8:1-1:1.5、约7:1-1:1.5、约6:1-1:1.5、约5:1-1:1.5、约4:1-1:1.5、约3:1-1:1.5、约2:1-1:1.5、约1.5:1-1:1.5或约1:1-1:1.5。在一些实施方案中,比率的范围为约5:1-1:1。在一些实施方案中,比率的范围为约5:1-1.5:1。在一些实施方案中,比率的范围为约4:1-1:1。在一些实施方案中,比率的范围为约4:1-1.5:1。在一些实施方案中,比率的范围为约8:1-约1:1。在一些实施方案中,比率的范围为约2.5:1-1:1。

192、在一些实施方案中,提供还原可激活抗体的ab中的链间二硫键并使作用剂(例如含硫醇基的作用剂,例如药物)与所得链间硫醇基缀合以选择性地将作用剂安置在ab中的方法。所述方法一般包括用还原剂部分还原ab以形成至少2个链间硫醇基而非在可激活抗体中形成所有可能的链间硫醇基;并使作用剂与部分还原的ab的链间硫醇基缀合。例如,在所需的还原剂:可激活抗体比率下在约37℃下使可激活抗体的ab部分还原约1小时。在一些实施方案中,还原剂与可激活抗体的比率的范围可为约20:1-1:1、约10:1-1:1、约9:1-1:1、约8:1-1:1、约7:1-1:1、约6:1-1:1、约5:1-1:1、约4:1-1:1、约3:1-1:1、约2:1-1:1、约20:1-1:1.5、约10:1-1:1.5、约9:1-1:1.5、约8:1-1:1.5、约7:1-1:1.5、约6:1-1:1.5、约5:1-1:1.5、约4:1-1:1.5、约3:1-1:1.5、约2:1-1:1.5、约1.5:1-1:1.5或约1:1-1:1.5。在一些实施方案中,比率的范围为约5:1-1:1。在一些实施方案中,比率的范围为约5:1-1.5:1。在一些实施方案中,比率的范围为约4:1-1:1。在一些实施方案中,比率的范围为约4:1-1.5:1。在一些实施方案中,比率的范围为约8:1-约1:1。在一些实施方案中,比率的范围为约2.5:1-1:1。

193、含硫醇基的试剂可为例如半胱氨酸或n-乙酰基半胱氨酸。还原剂可为例如tcep。在一些实施方案中,可在缀合前使用例如柱层析法、透析或渗滤,纯化还原的可激活抗体。在一些实施方案中,在部分还原后和在缀合前不纯化还原的抗体。

194、本公开内容还提供部分还原的可激活抗体,其中可激活抗体的至少一个链间二硫键已用还原剂还原而又不妨碍可激活抗体中的任何链内二硫键,其中可激活抗体包括与靶标特异性结合的抗体或其抗原结合片段(ab)、抑制未切割状态下的可激活抗体的ab与靶标结合的掩蔽部分(mm)和与ab偶联的可切割部分(cm),其中cm是用作至少一种mmp的底物的多肽。在一些实施方案中,mm通过cm与ab偶联。在一些实施方案中,还原剂不妨碍可激活抗体的一个或多个链内二硫键。在一些实施方案中,还原剂不妨碍可激活抗体内的mm的一个或多个链内二硫键。在一些实施方案中,未切割状态下的可激活抗体具有如下从n端到c端的结构排列:mm-cm-ab或ab-cm-mm。在一些实施方案中,还原剂为tcep。

195、本公开内容还提供部分还原的可激活抗体,包括但不限于本公开内容的多特异性可激活抗体,其中可激活抗体的至少一个链间二硫键已用还原剂还原而不妨碍或以其它方式损害可激活抗体的活性和/或功效,其中可激活抗体包括与靶标特异性结合的抗体或其抗原结合片段(ab)、抑制未切割状态下的可激活抗体的ab与靶标结合的掩蔽部分(mm)和与ab偶联的可切割部分(cm),且cm是用作蛋白酶的底物的多肽。以非限制性实例为例,可激活抗体的活性和/或功效为掩蔽活性、可激活抗体的活化和/或激活的可激活抗体的结合活性。在一些实施方案中,还原剂不妨碍可激活抗体的一个或多个链内二硫键。在一些实施方案中,还原剂不妨碍可激活抗体内的mm的一个或多个链内二硫键。在一些实施方案中,未切割状态下的可激活抗体具有如下从n端到c端的结构排列:mm-cm-ab或ab-cm-mm。在一些实施方案中,还原剂为tcep。

196、本公开内容还提供包括与单甲基阿里他汀d(mmad)有效负荷(payload)连接的可激活抗体的缀合的可激活抗体,其中可激活抗体包括与靶标特异性结合的抗体或其抗原结合片段(ab)、抑制未切割状态下的可激活抗体的ab与靶标结合的掩蔽部分(mm)和与ab偶联的可切割部分(cm),且cm是用作至少一种mmp蛋白酶的底物的多肽。

197、在一些实施方案中,可使作用剂与ab连接的几种方法的任一种使mmad-缀合的可激活抗体缀合:(a)与ab的糖部分连接,或(b)与ab的巯基连接,或(c)与ab的氨基连接,或(d)与ab的羧酸酯基连接。

198、在一些实施方案中,使mmad有效负荷通过接头与ab缀合。在一些实施方案中,使mmad有效负荷通过接头与ab中的半胱氨酸缀合。在一些实施方案中,使mmad有效负荷通过接头与ab中的赖氨酸连接。在一些实施方案中,使mmad有效负荷通过接头与ab中的其它残基(例如本文公开的那些残基)连接。在一些实施方案中,接头是含硫醇基的接头。在一些实施方案中,接头是可切割接头。在一些实施方案中,接头是非可切割的接头。在一些实施方案中,接头选自表5和6所示接头。在一些实施方案中,可激活抗体和mmad有效负荷通过马来酰亚胺己酰基-缬氨酸-瓜氨酸接头连接。在一些实施方案中,可激活抗体和mmad有效负荷通过马来酰亚胺peg-缬氨酸-瓜氨酸接头连接。在一些实施方案中,可激活抗体和mmad有效负荷通过马来酰亚胺己酰基-缬氨酸-瓜氨酸-对氨基苄氧基羰基接头连接。在一些实施方案中,可激活抗体和mmad有效负荷通过马来酰亚胺peg-缬氨酸-瓜氨酸-对氨基苄氧基羰基接头连接。在一些实施方案中,采用本文公开的部分还原和缀合技术,使mmad有效负荷与ab缀合。

199、在一些实施方案中,靶标选自表1所列靶标。在一些实施方案中,靶标是egfr。在一些实施方案中,靶标是jagged蛋白,例如,jagged 1和/或jagged 2。在一些实施方案中,靶标是白介素6受体(il-6r)。在一些实施方案中,ab是或来源于选自表2所列抗体的抗体。在一些实施方案中,其抗原结合片段选自fab片段、f(ab')2片段、scfv、scab、dab、单结构域重链抗体和单结构域轻链抗体。在一些实施方案中,对于与靶标结合,ab具有约100nm或更小的平衡解离常数。在一些实施方案中,对于与ab结合mm的平衡解离常数大于ab与靶标结合的平衡解离常数。在一些实施方案中,mm不干扰切割状态下的可激活抗体的ab与靶标结合或不与其竞争与靶标结合。在一些实施方案中,mm是长度不超过40个氨基酸的多肽。在一些实施方案中,mm多肽序列不同于靶标的序列,且mm多肽序列与ab的任何天然结合配偶体有不超过50%同一性。在一些实施方案中,mm不包括与靶标超过25%氨基酸序列同一性。在一些实施方案中,mm不包括与靶标超过10%氨基酸序列同一性。在一些实施方案中,cm是长度至多15个氨基酸的多肽。在一些实施方案中,mmp蛋白酶与靶标共定位于组织中,且当可激活抗体暴露于mmp蛋白酶时,mmp蛋白酶切割可激活抗体中的cm。在一些实施方案中,mmp蛋白酶是mmp9蛋白酶。在一些实施方案中,mmp蛋白酶是mmp14蛋白酶。在一些实施方案中,可激活抗体包括在mm和cm之间的连接肽。在一些实施方案中,可激活抗体包括在cm和ab之间的连接肽。在一些实施方案中,可激活抗体包括第一连接肽(lp1)和第二连接肽(lp2),且未切割状态下的可激活抗体具有如下从n端到c端的结构排列:mm-lp1-cm-lp2-ab或ab-lp2-cm-lp1-mm。在一些实施方案中,两个连接肽彼此不必相同。在一些实施方案中,lp1和lp2各自为长度为约1-20个氨基酸的肽。在一些实施方案中,lp1或lp2的至少一个包括选自以下的氨基酸序列:(gs)n、(ggs)n、(gsggs)n(seq id no:1)和(gggs)n(seq id no:2),其中n为至少1的整数。在一些实施方案中,lp1或lp2的至少一个包括选自以下的氨基酸序列:ggsg(seq id no:3)、ggsgg(seq id no:4)、gsgsg(seq id no:5)、gsggg(seq id no:6)、gggsg(seq id no:7)和gsssg(seq id no:8)。在一些实施方案中,可激活抗体包括第二cm;在一些实施方案中,第二cm是选自表7所示酶的酶的底物。

200、本公开内容还提供包括本文提供的mmp可切割底物序列的一个或多个的多肽和其它较大分子。以非限制性实例为例,本文提供的mmp可切割底物序列可用于前药组合物及其使用方法。这些本文提供的mmp可切割底物序列还可用于探针和其它检测剂及其使用方法。例如,本文提供的mmp可切割底物序列可与荧光素(fluor)和其它猝灭剂联用以产生检测剂,例如成像剂和/或其它诊断剂。本领域普通技术人员应认识到本文提供的mmp可切割底物序列可用于可使用可被一种或多种mmp(例如mmp9和/或mmp14)切割的底物的本领域的任何组合物和/或方法。

201、本公开内容还提供编码本文所述抗体和/或可激活抗体的分离的核酸分子以及包括这些分离的核酸序列的载体。本公开内容提供通过使细胞在引起抗体和/或可激活抗体表达的条件下培养来产生抗体和/或可激活抗体的方法,其中细胞包含所述载体。

202、本公开内容提供如下制备结合指定靶标的本公开内容的缀合抗体的方法:(a)使包含编码抗体的核酸构建体的细胞在引起抗体表达的条件下培养,(i)其中抗体包括可切割部分(cm),和(ii)其中cm是用作基质金属蛋白酶的底物的多肽;(b)回收抗体;和(c)使回收的抗体与一种或多种其它作用剂缀合。

203、本公开内容还提供如下制备在活化状态下结合指定靶标的本公开内容的可激活抗体的方法:(a)使包含编码可激活抗体的核酸构建体的细胞在引起可激活抗体表达的条件下培养,其中可激活抗体包含掩蔽部分(mm)、可切割部分(cm)和特异性结合靶标的抗体或其抗原结合片段(ab),(i)其中cm是用作mmp的底物的多肽;和(ii)其中cm位于可激活抗体中,使得在未切割状态下,mm干扰ab与靶标的特异性结合,且在切割状态下mm不干扰ab与靶标特异性结合或不与ab竞争特异性结合靶标;和(b)回收可激活抗体。

204、本公开内容提供通过将治疗有效量的本文所述缀合的抗体、可激活抗体和/或缀合的可激活抗体给予有需要的受试者以预防受试者的靶标相关疾病、延缓受试者的靶标相关疾病的进程、治疗受试者的靶标相关疾病、减轻受试者的靶标相关疾病的症状或以其它方式改善受试者的靶标相关疾病的方法。

205、本公开内容提供通过将治疗有效量的本文所述缀合的抗体、可激活抗体和/或缀合的可激活抗体给予有需要的受试者以预防受试者的炎症和/或炎性病症、延缓炎症和/或炎性病症的进程、治疗炎症和/或炎性病症的进程、减轻炎症和/或炎性病症的症状和/或以其它方式改善炎症和/或炎性病症的方法。本公开内容还提供通过将治疗有效量的本文所述缀合的抗体、可激活抗体和/或缀合的可激活抗体给予有需要的受试者以预防受试者的癌症、延缓癌症的进程、治疗癌症、减轻癌症的症状或以其它方式改善癌症的方法。本公开内容还提供通过将治疗有效量的本文所述缀合的抗体、可激活抗体和/或缀合的可激活抗体给予有需要的受试者以预防受试者的自身免疫性疾病、延缓自身免疫性疾病的进程、治疗自身免疫性疾病、减轻自身免疫性疾病的症状或以其它方式改善自身免疫性疾病的方法。

206、可在疾病的任何阶段给予用于这些方法和应用的任何实施方案的缀合的抗体、可激活抗体和/或缀合的可激活抗体。例如,可将所述缀合的抗体、可激活抗体和/或缀合的可激活抗体给予患有从早期到转移的任何阶段的癌症的患者。术语受试者和患者在本文可互换作用。

207、在一些实施方案中,受试者是哺乳动物,例如人、非人灵长类动物、陪伴动物(例如猫、狗、马)、农场动物、役用动物或动物园动物。在一些实施方案中,受试者是啮齿动物。在一些实施方案中,受试者是人。在一些实施方案中,受试者是陪伴动物。在一些实施方案中,受试者是在兽医护理下的动物。

208、将缀合的抗体、可激活抗体和/或缀合的可激活抗体及其治疗制剂给予患有或易感与异常靶标表达和/或活性相关的疾病或病症的受试者。采用本领域已知的各种方法的任一种鉴定患有或易感与异常靶标表达和/或活性相关的疾病或病症的受试者。例如,采用各种临床和/或实验室检验的任一种,例如身体检查和血液、尿液和/或粪便分析,鉴定患有癌症或其它瘤性病况的受试者以评价健康状况。例如,采用各种临床和/或实验室检验的任一种,例如身体检查和/或体液分析,例如血液、尿液和/或粪便分析,鉴定患有炎症和/或炎性病症的受试者以评价健康状况。

209、如果达到各种实验室或临床目的任一个,则将缀合的抗体、可激活抗体和/或缀合的可激活抗体给予患有与异常靶标表达和/或活性有关的疾病或病症的患者视为成功。例如,如果与疾病或病症有关的一个或多个症状被缓解、减轻、抑制或不发展到更远的(即恶化)状态,则将缀合的抗体、可激活抗体和/或缀合的可激活抗体给予患有与异常靶标表达和/或活性有关的疾病或病症的患者视为成功。如果疾病或病症进入缓解或不发展到更远(即恶化)状态,则将缀合的抗体、可激活抗体和/或缀合的可激活抗体给予患有与异常靶标表达和/或活性有关的疾病或病症的患者视为成功。

210、在一些实施方案中,在与一种或多种其它作用剂组合治疗期间和/或之后,给予缀合的抗体、可激活抗体和/或缀合的可激活抗体,所述其它作用剂例如以非限制性实例为例为抗炎药、免疫抑制剂、化疗剂例如烷化剂、抗代谢药、抗微管剂、拓扑异构酶抑制剂、细胞毒性抗生素和/或任何其它核酸损伤剂。在一些实施方案中,其它作用剂是紫杉烷类(taxane),例如紫杉醇(例如)。在一些实施方案中,其它作用剂是抗代谢药,例如吉西他滨。在一些实施方案中,其它作用剂是烷化剂,例如基于铂的化学疗法,例如卡铂或顺铂。在一些实施方案中,其它作用剂是靶向剂,例如激酶抑制剂,例如索拉非尼或埃罗替尼。在一些实施方案中,其它作用剂是靶向剂,例如另一种抗体,例如单克隆抗体(例如贝伐单抗)、双特异性抗体或多特异性抗体。在一些实施方案中,其它作用剂是蛋白体抑制剂,例如硼替佐米或carfilzomib。在一些实施方案中,其它作用剂是免疫调节剂,例如lenolidominde或il-2。在一些实施方案中,其它作用剂是放射。在一些实施方案中,其它作用剂是本领域技术人员视为护理标准的作用剂。在一些实施方案中,其它作用剂是本领域技术人员熟知的化疗剂。

211、在一些实施方案中,其它作用剂是抗体、另一种缀合的抗体、另一种可激活抗体和/或另一种缀合的可激活抗体。在一些实施方案中,同时给予缀合的抗体、可激活抗体和/或缀合的可激活抗体和其它作用剂。例如缀合的抗体、可激活抗体和/或缀合的可激活抗体和其它作用剂可配制在单一组合物中或作为两种或更多种不同的组合物给予。在一些实施方案中,序贯给予缀合的抗体、可激活抗体和/或缀合的可激活抗体和其它作用剂,或在治疗方案期间的不同时间给予抗体和/或缀合的抗体和其它作用剂。例如在给予其它作用剂之前给予抗体和/或缀合的抗体、在给予其它作用剂之后给予抗体和/或缀合的抗体,或以交替方式给予抗体和/或缀合的抗体和其它作用剂。如本文所述,以单剂量或以多剂量给予抗体和/或缀合的抗体和其它作用剂。

212、在一些实施方案中,使cm与包括与掩蔽部分(mm)偶联的特异性结合指定靶标的抗体或其抗原结合片段的可激活抗体连接或以别的方式相连,使得mm与ab的偶联降低抗体或其抗原结合片段结合靶标的能力。在一些实施方案中,通过cm使mm偶联。示例性靶标包括但不限于表1所示靶标。示例性ab包括但不限于表2所示靶标。本文提供的可激活抗体在循环中是稳定的,在既定的治疗和/或诊断部位但不在正常(例如健康)组织或非治疗和/或诊断所靶向的其它组织中被激活,且当被激活时,显示与相应的未修饰的抗体至少相当的靶标结合。

213、本公开内容还提供在各种诊断和/或预防适应症中使用缀合的抗体、可激活抗体和/或缀合的可激活抗体的方法和药盒。

214、在一些实施方案中,本公开内容提供如下检测受试者或样品中切割剂和目标靶标存在与否的方法和试剂盒:(i)使受试者或样品与可激活抗体接触,其中可激活抗体包含掩蔽部分(mm)、被切割剂切割的可切割部分(cm)和特异性结合目标靶标的抗原结合结构域或其片段(ab),其中未切割、非激活状态下的可激活抗体包含如下从n端到c端的结构排列:mm-cm-ab或ab-cm-mm;(a)其中mm是抑制ab与靶标结合的肽,其中mm不具有ab的天然存在的结合配偶体的氨基酸序列且不是ab的天然结合配偶体的修饰形式;和(b)其中,在未切割的非激活状态下,mm干扰ab与靶标特异性结合,而在切割的激活状态下mm不干扰ab与靶标特异性结合或不与ab竞争与靶标特异性结合;和(ii)测量受试者或样品中激活的可激活抗体的水平,其中受试者或样品中可检测水平的激活的可激活抗体表明,切割剂和靶标存在于受试者或样品中,而其中受试者或样品中无可检测水平的激活的可激活抗体表明,切割剂、靶标或切割剂和靶标两者不存在于受试者或样品中。

215、在一些实施方案中,可激活抗体是治疗剂与之缀合的可激活抗体。在一些实施方案中,可激活抗体不与作用剂缀合。在一些实施方案中,可激活抗体包含可检测标记。在一些实施方案中,可检测标记位于ab上。在一些实施方案中,测量受试者或样品中可激活抗体的水平使用特异性结合激活的抗体的第二试剂来实现,其中试剂包含可检测标记。在一些实施方案中,第二试剂是包含可检测标记的抗体。

216、在这些方法和试剂盒的一些实施方案中,可激活抗体包括可检测标记。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中,可检测标记包括成像剂、造影剂、酶、荧光标记、生色团、染料、一种或多种金属离子或基于配体的标记。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中,成像剂包含放射性同位素。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中,放射性同位素是铟或锝。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中,造影剂包含碘、钆或氧化铁。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中,酶包含辣根过氧化物酶、碱性磷酸酶或β-半乳糖苷酶。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中,荧光标记包含黄色荧光蛋白(yfp)、青色荧光蛋白(cfp)、绿色荧光蛋白(gfp)、改进的红色荧光蛋白(mrfp)、红色荧光蛋白tdimer2(rfp tdimer2)、hcred或铕衍生物。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中,发光标记包含n-methylacrydium衍生物。在这些方法的一些实施方案中,标记包含alexa标记,例如alex680或alexa750。在这些方法和试剂盒的一些实施方案中,基于配体的标记包含生物素、抗生物素蛋白、链霉抗生物素或一种或多种半抗原。

217、在这些方法和试剂盒的一些实施方案中,受试者是哺乳动物。在这些方法的一些实施方案中,受试者是人。在一些实施方案中,受试者是非人哺乳动物,例如非人灵长类动物、陪伴动物(例如猫、狗、马)、农场动物、役用动物或动物园动物。在一些实施方案中,受试者是啮齿动物。在一些实施方案中,受试者是人。在一些实施方案中,受试者是陪伴动物。在一些实施方案中,受试者是在兽医护理下的动物。

218、在这些方法和试剂盒的一些实施方案中,所述方法是体内方法。在这些方法的一些实施方案中,所述方法是原位方法。在这些方法的一些实施方案中,所述方法是离体方法。在这些方法的一些实施方案中,所述方法是体外方法。

219、在方法和试剂盒的一些实施方案中,采用所述方法以鉴定或以别的方式精修适于用本公开内容的可激活抗体治疗的患者群,接着通过将可激活抗体和/或缀合的可激活抗体给予有需要的受试者进行治疗。例如对靶标和在这些方法测试的可激活抗体的可切割部分(cm)中切割底物的至少一种mmp两者为试验阳性的患者被鉴定为用于用包含所述cm的这类可激活抗体治疗的合适的候选者,然后将治疗有效量的受测试的可激活抗体和/或缀合的可激活抗体给予患者。同样地,对靶标和在采用这些方法测试的切割可激活抗体的cm中切割底物的mmp的任一个或两个为试验阴性的患者可被鉴定为另一种治疗形式的合适候选者。在一些实施方案中,所述患者可用其它可激活抗体测试直到鉴定出合适的可激活抗体用于治疗(例如包含在疾病部位被患者切割的cm的可激活抗体)。在一些实施方案中,然后对于试验阳性的患者,将治疗有效量的可激活抗体和/或缀合的抗体给予患者。

220、本公开内容的药物组合物可包括本公开内容的抗体和载体。这些药物组合物可包括在试剂盒、例如诊断试剂盒中。

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