与水牛乳蛋白含量性状相关的SNP分子标记及其应用的制作方法

本发明涉及分子生物学，具体涉及一种与水牛乳蛋白含量性状相关的snp分子标记及其应用。

背景技术：

1、我国水牛种质资源丰富，据fao公布的数据显示，我国水牛存栏总量位居世界第三，分布在我国南方18个省(市、区)。水牛的泌乳性状是重要的经济性状，为典型的数量性状。由于遗传力低和影响因素多，通过传统方法选育高泌乳性能的水牛进展缓慢。目前，全基因组关联分析(gwas)为数量性状的研究提供了新的方向，通过gwas测序，可以在全基因组范围内筛选出与动植物经济性状相关的遗传变异，即单核苷酸多态性(singlenucleotide polymorphism，snp)。

2、泌乳相关的性状是水牛选育过程中重要的表型性状。水牛奶营养价值丰富，与常规牛奶相比，乳脂和乳蛋白含量较高，其综合营养价值是普通牛奶1.85倍，水牛奶制品在世界范围内广受消费者喜爱。我国虽然是水牛饲养大国，但长久以来水牛多为役用，其乳用性能尚未受到足够关注。乳蛋白是牛乳中主要成分，具有多种重要的作用和功能，水牛乳蛋白含量是普通牛乳的2倍，提升了水牛乳的整体营养价值。因此通过gbs得到的水牛全基因组测序数据、水牛基因组高质量组装(uoa_wb_1)和水牛泌乳性状(乳蛋白含量)三者进行结合分析，可以挖掘出大量之前从未发现的与水牛乳品质(乳蛋白含量)相关联的snp位点。以此增加对复杂性状分子遗传机制的理解，并筛选出影响乳蛋白含量的snp位点对水牛进行基因育种，从而选育高产蛋白奶水牛，可以提高水牛的乳蛋白含量，提高水牛乳制品的质量，最终促进水牛奶产业发展。

3、公开于该背景技术部分的信息仅仅旨在增加对本发明的总体背景的理解，而不应当被视为承认或以任何形式暗示该信息构成已为本领域一般技术人员所公知的现有技术。

技术实现思路

1、本发明的目的在于提供一种与水牛乳蛋白含量性状相关的snp分子标记及其应用，旨在克服选育泌乳功能水牛时间长和育种效率低的缺陷。

2、为实现上述目的，本发明提供了一种与水牛乳蛋白含量性状相关的snp分子标记及其应用，所述snp分子标记的编号分别为chr2_6821446、chr5_92870919、chr6_9048097、chr6_9048127、chr12_3449810、chr12_65190218、chr12_65190261、chr16_23260177，上述8个snp分子标记相应的核苷酸序列如seq id no.1-8任一所示，具体seq id no.1-8如说明书中表4所示。

3、优选地，上述技术方案中，所述chr2_6821446序列中的第51个碱基位点是多态性基因座，所述多态性基因座的脱氧核苷酸为t或c；

4、所述chr5_92870919序列中的第51个碱基位点是多态性基因座，所述多态性基因座的脱氧核苷酸为g或a。

5、所述chr6_9048097序列中的第51个碱基位点是多态性基因座，所述多态性基因座的脱氧核苷酸为g或a；

6、所述chr6_9048127序列中的第51个碱基位点是多态性基因座，所述多态性基因座的脱氧核苷酸为g或t；

7、所述chr12_3449810序列中的第51个碱基位点是多态性基因座，所述多态性基因座的脱氧核苷酸为t或g；

8、所述chr12_65190218序列中的第51个碱基位点是多态性基因座，所述多态性基因座的脱氧核苷酸为g或a；

9、所述chr12_65190261序列中的第51个碱基位点是多态性基因座，所述多态性基因座的脱氧核苷酸为g或a；

10、所述chr16_23260177序列中的第51个碱基位点是多态性基因座，所述多态性基因座的脱氧核苷酸为g或a。

11、优选地，上述技术方案中，所述chr2_6821446序列中的多态基因座在水牛泌乳性状的优势等位基因为c，优势基因型为cc型；

12、所述chr5_92870919序列中的多态基因座在水牛泌乳性状的优势等位基因为a，优势基因型为aa型；

13、所述chr6_9048097序列中的多态基因座在水牛泌乳性状的优势等位基因为a，优势基因型为aa型；

14、所述chr6_9048127序列中的多态基因座在水牛泌乳性状的优势等位基因为t，优势基因型为tt型；

15、所述chr12_3449810序列中的多态基因座在水牛泌乳性状的优势等位基因为g，优势基因型为gg型；

16、所述chr12_65190218序列中的多态基因座在水牛泌乳性状的优势等位基因为g，优势基因型为gg型；

17、所述chr12_65190261序列中的多态基因座在水牛泌乳性状的优势等位基因为a，优势基因型为aa型；

18、所述chr16_23260177序列中的多态基因座在水牛泌乳性状的优势等位基因为g，优势基因型为gg型。

19、一种用于扩增如上述的与水牛乳蛋白含量性状相关的snp分子标记的引物组。

20、优选地，上述技术方案中，5.所述引物组包括第一引物对、第二引物对、第三引物对、第四引物对、第五引物对、第六引物对、第七引物对和第八引物对，具体如下：

21、第一引物对用于扩增chr2_6821446序列，所述第一引物对的核苷酸序列为f5′-ggaggtaaccgcaaccaact-3′和r5′-tactgggtaccagaggg atgg-3′；

22、第二引物对用于扩增chr5_92870919序列，所述第二引物对的核苷酸序列为f5′-ggggtcttaggggttgaagc-3′和r5′-aatcatgggggctcactg tc-3′；

23、第三引物对用于扩增chr6_9048097序列，所述第三引物对的核苷酸序列为f5′-tctgccataagggtggtgtc-3′和r5′-tgggccttaggaagcatc ac-3′；

24、第四引物对用于扩增chr6_9048127序列，所述第四引物对的核苷酸序列为f5′-aagggtggtgtcatctgcat-3′和r5′-gtgggccttaggaagcat ca-3′；

25、第五引物对用于扩增chr12_3449810序列，所述第二引物对的核苷酸序列为f5′-gtgctcagcagcgtataggt-3′和r5′-agtgggccttaggaagtg ct-3′；

26、第六引物对用于扩增chr12_65190218序列，所述第二引物对的核苷酸序列为f5′-ttccaattcaccccatggca-3′和r5′-tcggtaaacttccacag gca-3′；

27、第七引物对用于扩增chr12_65190261序列，所述第二引物对的核苷酸序列为f5′-aagcgtgaacaccagggaaa-3′和r5′-agtggccctacacatg atcc-3′；

28、第八引物对用于扩增chr16_23260177序列，所述第二引物对的核苷酸序列为f5′-acatgtcgccattcttcggt-3′和r5′-gacacgggaaagggac acaa-3′。

29、一种如上述的扩增引物组用于制备与水牛乳蛋白含量性状相关的snp分子标记的试剂盒。

30、一种如上述的扩增引物组用于获得与水牛乳蛋白含量性状相关的水牛基因型优选地，上述技术方案中，

31、一种选育水牛的方法，通过对待选育水牛进行如上所述的snp分子标记的检测，评估待选育水牛的乳蛋白含量性状，选择携带水牛乳蛋白含量性状的优势等位基因和基因型个体开展育种工作。

32、优选地，上述技术方案中，包括以下步骤：

33、(1)选择3-6月龄待选育水牛提取水牛的血液基因组dna，检测所述血液基因组dna的浓度和质量，得到水牛的基因组dna；

34、(2)利用提取的基因组dna，检测染色体上snp分子标记的多态性基因座，选择携带优势等位基因或优势基因型的水牛进行下一步地选种和/或育种，以缩短育种时间。

35、优选地，上述技术方案中，在步骤(2)中，所述多态性基因座具体如下：

36、水牛基因组dna中2号染色体的第6821446位点是多态性基因座，所述多态性基因座的脱氧核苷酸为t或c；

37、水牛基因组dna中5号染色体的第92870919位点是多态性基因座，所述多态性基因座的脱氧核苷酸为a或g；

38、水牛基因组dna中6号染色体的第9048097位点是多态性基因座，所述多态性基因座的脱氧核苷酸为a或g；

39、水牛基因组dna中6号染色体的第9048127位点是多态性基因座，所述多态性基因座的脱氧核苷酸为t或g；

40、水牛基因组dna中12号染色体的第3449810位点是多态性基因座，所述多态性基因座的脱氧核苷酸为t或g；

41、水牛基因组dna中12号染色体的第65190218位点，多态性基因座的脱氧核苷酸为a或g；

42、水牛基因组dna中12号染色体的第65190261位点，多态性基因座的脱氧核苷酸为a或g；

43、水牛基因组dna中16号染色体的第23260177位点，多态性基因座的脱氧核苷酸为a或g。

44、与现有技术相比，本发明具有如下有益效果

45、本发明提供水牛乳蛋白含量性状的8个snp(chr2_6821446、chr5_92870919、chr6_9048097、chr6_9048127、chr12_3449810、chr12_65190218、chr12_65190261和chr16_23260177)，该8个snp与水牛乳蛋白含量(p<0.05)显著相关。将该8个snp分子标记应用于对水牛乳蛋白含量的相关基因的基因型分析中，为水牛高/低乳蛋白含量的分子标记辅助选择提供了新的分子标记资源，以加快选育良种水牛。通过检测水牛基因组dna的8个snp分子标记位点的优势等位基因或优势基因型，直接在基因组水平上选育个体，不依赖表型信息，可显著提高选择效率，加快育种进程，节省中间饲养费用，提高了育种效率，降低了育种成本，具有广泛的应用前景。