一种与萝卜品种相关的InDel标记引物及其应用的制作方法

本发明涉及生物，具体而言，涉及一种与萝卜品种相关的indel标记引物及其应用。

背景技术：

1、萝卜属十字花科萝卜属二年生或一年生草本植物，直根肉质，富含碳水化合物、维生素及磷、铁等无机盐，是家常蔬菜之一。“圆都4号”作为一种新培育的萝卜杂交品种，具有优质高产和易于栽培管理等特点，深受消费者和农业种植户的喜爱。

2、杂交制种过程中，存在亲本自交或外源花粉污染等问题，从而造成种子纯度降低，进而影响作物的产量和品质。因此，纯度鉴定是保证萝卜杂交品种质量的必要流程，也是实现作物优质高产的坚实保障。目前，我国萝卜纯度鉴定以田间表型鉴定为主，此鉴定方法易受环境因素干扰，存在田间表型不易把握和耗时过长等问题。

技术实现思路

1、本发明所要解决的问题是如何提高萝卜品种鉴定的准确度。

2、为解决上述问题，本发明第一方面提供一种与萝卜品种相关的indel标记引物，所述indel标记引物包括yd-4-7和yd-4-20，yd-4-7包括上游引物seq id no.1和下游引物seqid no.2，其中：

3、seq id no.1：yd-4-7-f：ggtcaactatactcgaccgaa；

4、seq id no.2：yd-4-7-r：cgcctcacatattccaatttgtc；

5、yd-4-20包括上游引物seq id no.3和下游引物seq id no.4，其中：

6、seq id no.3：yd-4-20-f：tctcctagcttggcattgaattc；

7、seq id no.4：yd-4-20-r：catgtgagagaaatgctctcctt。

8、indel是指在近缘种或同一物种不同个体之间基因组同一位点的序列发生不同大小核苷酸片段的插入或缺失(insertion-deletion)，是同源序列比对产生空位(gap)的现象。indel在基因组中分布广泛、密度大、数目众多。indel多态性分子标记是基于插入/缺失位点两侧的序列设计特异引物进行pcr扩增的标记，其本质仍属于长度多态性标记，可利用便捷的电泳平台进行分型。indel标记准确性高、稳定性好，避免了由于特异性和复杂性导致的后续分析模糊。此外，indel标记能扩增混合dna样品和高度降解的微量dna样品，并进行有效分型。本发明所提供的indel标记引物与“圆都4号”、“erd-9”和“erd-10”三个品种相关，其中，“圆都4号”为母本“erd-9”和父本“erd-10”经杂交产生的f1。

9、进一步地，本发明第二方面提供一种前述indel标记引物的应用，所述应用包括以下任意一个或多个方面：

10、a：鉴定或辅助鉴定萝卜品种；

11、b：制备鉴定或辅助鉴定萝卜品种的产品；

12、c：选育或辅助选育萝卜品种；

13、d：制备选育或辅助选育萝卜品种的产品；

14、e：萝卜育种；

15、f：制备萝卜育种的产品。

16、进一步地，本发明第三方面提供一种鉴定或辅助鉴定萝卜品种的方法，包括以下步骤：

17、s1：提取萝卜样品叶片dna；

18、s2：indel标记引物设计；

19、s3：使用indel标记引物对萝卜叶片的dna进行pcr扩增；

20、s4：对扩增结果进行琼脂糖凝胶电泳；

21、s5：根据琼脂糖凝胶电泳结果对萝卜品种进行鉴别。

22、作为优选，所述步骤s3中，所述indel标记引物为yd-4-7或yd-4-20，yd-4-7包括上游引物seq id no.1和下游引物seq id no.2，其中：

23、seq id no.1：yd-4-7-f：ggtcaactatactcgaccgaa；

24、seq id no.2：yd-4-7-r：cgcctcacatattccaatttgtc；

25、yd-4-20包括上游引物seq id no.3和下游引物seq id no.4，其中：

26、seq id no.3：yd-4-20-f：tctcctagcttggcattgaattc；

27、seq id no.4：yd-4-20-r：catgtgagagaaatgctctcctt。

28、作为优选，所述步骤s5中，使用yd-4-7扩增时，若琼脂糖凝胶电泳结果为双带型，则萝卜样品为“圆都4号”品种；若琼脂糖凝胶电泳结果为单带型且条带所示大小为287bp，则萝卜样品为“erd-10”品种；若琼脂糖凝胶电泳结果为单带型且条带所示大小为242bp，则萝卜样品为“erd-9”品种；使用yd-4-20扩增时，若琼脂糖凝胶电泳结果为双带型，则萝卜样品为“圆都4号”品种；若琼脂糖凝胶电泳结果为单带型且条带所示大小为302bp，则萝卜样品为“erd-10”品种；若琼脂糖凝胶电泳结果为单带型且条带所示大小为242bp，则萝卜样品为“erd-9”品种。

29、进一步地，本发明第四方面提供一种萝卜的品种选育方法，包括以下步骤：

30、sa：提取萝卜样品叶片dna；

31、sb：indel标记引物设计；

32、sc：使用indel标记引物对萝卜叶片的dna进行pcr扩增；

33、sd：对扩增结果进行琼脂糖凝胶电泳；

34、se：根据琼脂糖凝胶电泳结果对萝卜品种进行鉴别。

35、作为优选，所述步骤sc中，所述indel标记引物为yd-4-7或yd-4-20，yd-4-7包括上游引物seq id no.1和下游引物seq id no.2，其中：

36、seq id no.1：yd-4-7-f：ggtcaactatactcgaccgaa；

37、seq id no.2：yd-4-7-r：cgcctcacatattccaatttgtc；

38、yd-4-20包括上游引物seq id no.3和下游引物seq id no.4，其中：

39、seq id no.3：yd-4-20-f：tctcctagcttggcattgaattc；

40、seq id no.4：yd-4-20-r：catgtgagagaaatgctctcctt。

41、作为优选，所述步骤se中，使用yd-4-7扩增时，若琼脂糖凝胶电泳结果为双带型，则萝卜样品为“圆都4号”品种；若琼脂糖凝胶电泳结果为单带型且条带所示大小为287bp，则萝卜样品为“erd-10”品种；若琼脂糖凝胶电泳结果为单带型且条带所示大小为242bp，则萝卜样品为“erd-9”品种；使用yd-4-20扩增时，若琼脂糖凝胶电泳结果为双带型，则萝卜样品为“圆都4号”品种；若琼脂糖凝胶电泳结果为单带型且条带所示大小为302bp，则萝卜样品为“erd-10”品种；若琼脂糖凝胶电泳结果为单带型且条带所示大小为242bp，则萝卜样品为“erd-9”品种。

42、进一步地，本发明第五方面提供一种用于检测萝卜品种的试剂盒，所述试剂盒包括indel引物，所述indel标记引物为yd-4-7和/或yd-4-20，yd-4-7包括上游引物seq idno.1和下游引物seq id no.2，其中：

43、seq id no.1：yd-4-7-f：ggtcaactatactcgaccgaa；

44、seq id no.2：yd-4-7-r：cgcctcacatattccaatttgtc；

45、yd-4-20包括上游引物seq id no.3和下游引物seq id no.4，其中：

46、seq id no.3：yd-4-20-f：tctcctagcttggcattgaattc；

47、seq id no.4：yd-4-20-r：catgtgagagaaatgctctcctt。

48、优选地，所述试剂盒还包括进行pcr反应所需的试剂和/或进行琼脂糖凝胶电泳所需的试剂。

49、本发明具备的有益效果：本发明比对了各品种萝卜的全基因组重测序数据，数据经质控和分析后获得父母本间的特异性indel位点，并设计和筛选pcr扩增产物条带呈特异性引物。以筛选引物检测特定萝卜品种纯度并与田间表型鉴定结果相互验证，开发具有实用性的indel分子标记，为以后高通量模式的萝卜杂交种测纯奠定基础。