一种与苏氏圆腹鲶抗病性状相关SNP分子标记及其应用

本发明属于分子标记辅助育种。更具体地，涉及一种与苏氏圆腹鲶抗病性状相关snp分子标记及其应用。

背景技术：

1、苏氏圆腹鲶(pangasianodon hypophthalmus)又名巴沙鱼，为鲶形目、芒鲶属无鳞鱼类，是一种重要的淡水养殖品种，具有生长快、耐低氧、无肌间小刺等特点。近年来，苏氏圆腹鲶的消费需求不断增长，其养殖规模也不断扩大。但随着养殖集约化程度的提高，近亲繁殖导致的经济性状退化，鱼药的滥用以及养殖环境的恶化等，使得病害对苏氏圆腹鲶养殖业的影响越来越大。其中，由嗜水气单胞菌(aeromonas hydrophila)感染引起的细菌性败血症可导致鱼体全身各部位充血、溃疡、肠道出血、肝脏发白、腹腔积水、溃烂等症状，且一旦发病，很难用药物来进行控制和治疗，最终会导致苏氏圆腹鲶大量死亡，造成巨大的经济损失，严重影响苏氏圆腹鲶养殖业的长稳发展。同时，当前缺乏能够有效治疗细菌性败血症的药物。因此，亟需选育抗细菌性败血症的苏氏圆腹鲶品种。

2、单核苷酸多态性(snp)是基因组中普遍存在的一种分子标记，主要是指在基因组水平上由单个核苷酸变异(包括缺失、颠换、插入和转换)所引起的dna序列多态性，为可遗传变异中最常见的一种，在分子标记辅助育种方面被广泛应用。为加快苏氏圆腹鲶抗病品种的选育，研究人员对与苏氏圆腹鲶抗病性状相关的分子标记进行了广泛挖掘。但现已报道的与苏氏圆腹鲶抗细菌性败血症性状相关的分子标记较少，还不足以满足选育抗细菌性败血症的苏氏圆腹鲶品种的需要。而想要从庞大的基因组中获得与苏氏圆腹鲶抗细菌性败血症性状相关的snp分子标记仍十分困难。

技术实现思路

1、本发明针对上述现有技术中存在的不足，提供了一种与苏氏圆腹鲶抗病性状相关snp分子标记及其应用。

2、本发明的第一个目的是提供一种与苏氏圆腹鲶抗病性状相关的snp分子标记。

3、本发明的第二个目的是提供一种用于扩增所述snp分子标记的引物。

4、本发明的第三个目的是提供一种用于检测所述snp分子标记的基因型的试剂。

5、本发明的第四个目的是提供用于扩增所述snp分子标记的引物或用于检测所述snp分子标记的基因型的试剂在鉴定苏氏圆腹鲶对细菌性败血症的抗性性状或在制备用于鉴定苏氏圆腹鲶对细菌性败血症的抗性性状的产品中的应用。

6、本发明的第五个目的是提供用于扩增所述snp分子标记的引物或用于检测所述snp分子标记的基因型的试剂在筛选抗细菌性败血症的苏氏圆腹鲶或在制备用于筛选抗细菌性败血症的苏氏圆腹鲶的产品中的应用。

7、本发明的第六个目的是用于扩增所述snp分子标记的引物或用于检测所述snp分子标记的基因型的试剂在抗细菌性败血症的苏氏圆腹鲶品种的分子标记辅助育种中的应用。

8、本发明的第七个目的是提供一种用于鉴定苏氏圆腹鲶对细菌性败血症的抗性性状或用于筛选抗细菌性败血症的苏氏圆腹鲶的产品。

9、本发明的第八个目的是提供一种鉴定苏氏圆腹鲶对细菌性败血症的抗性性状的方法。

10、本发明的第九个目的是提供一种筛选抗细菌性败血症的苏氏圆腹鲶的方法。

11、本发明上述目的通过以下技术方案实现：

12、本发明在苏氏圆腹鲶il-15基因中发现了一种与其抗细菌性败血症性状相关的snp分子标记，以及具有抗细菌性败血症性状的等位基因。利用本发明所述snp分子标记可筛选抗细菌性败血症的苏氏圆腹鲶个体，或将其用于抗细菌性败血症的苏氏圆腹鲶品种的分子标记辅助育种，加快育种进程。因此，本发明请求保护所述snp分子标记及其相关应用。

13、本发明提供了一种与苏氏圆腹鲶抗病性状相关的snp分子标记，所述snp分子标记的序列如seq id no.1所示，所示序列的第423位为snp位点，多态性为t/g。

14、具体地，所述抗病性状为抗细菌性败血症性状。

15、更具体地，所述细菌性败血症是由嗜水气单胞菌(aeromonas hydrophila)感染引起的。

16、本发明还提供了一种用于扩增所述snp分子标记的引物。

17、具体地，所述引物是以包含本发明所述snp分子标记的序列为靶标设计得到，所述序列包括但不限于seq id no.1所示序列。

18、作为其中的一种实施方式，所述引物为il15-f和il15-r，所述引物il15-f的序列如seq id no.2所示，所述引物il15-r的序列如seq id no.3所示。

19、本发明还提供了一种用于扩增所述snp分子标记的试剂或试剂盒，其含有本发明所述的用于扩增所述snp分子标记的引物。

20、本发明还提供了一种用于检测所述snp分子标记的基因型的试剂。

21、作为其中的一种实施方式，所述试剂包括snapshot分型引物，所述snapshot分型引物包括扩增引物snp1-p1f和延伸引物snp1-e，所述扩增引物snp1-p1f的序列如seq idno.4所示，所述延伸引物snp1-e如seq id no.5所示。

22、本发明还提供了一种用于检测所述snp分子标记的基因型的试剂盒，其含有本发明所述的用于检测所述snp分子标记的基因型的引物。

23、本发明还请求保护用于扩增所述snp分子标记的引物或用于检测所述snp分子标记的基因型的试剂在鉴定苏氏圆腹鲶对细菌性败血症的抗性性状或在制备用于鉴定苏氏圆腹鲶对细菌性败血症的抗性性状的产品中的应用。

24、相应地，用于扩增所述snp分子标记的试剂盒或用于检测所述snp分子标记的基因型的试剂盒在鉴定苏氏圆腹鲶对细菌性败血症的抗性性状或在制备用于鉴定苏氏圆腹鲶对细菌性败血症的抗性性状的产品中的应用也应在本发明的保护范围之内。

25、本发明所述snp分子标记等位基因为t的苏氏圆腹鲶对细菌性败血症具有抗性的概率显著高于等位基因为g的苏氏圆腹鲶(p<0.05)。因此，若所测苏氏圆腹鲶的snp分子标记的等位基因均为t，则表明其更有可能具有抗细菌性败血症性状。也因此，在筛选抗细菌性败血症的苏氏圆腹鲶时，应选择所述snp分子标记的等位基因均为t的苏氏圆腹鲶。

26、本发明还请求保护用于扩增所述snp分子标记的引物或用于检测所述snp分子标记的基因型的试剂在筛选抗细菌性败血症的苏氏圆腹鲶或在制备用于筛选抗细菌性败血症的苏氏圆腹鲶的产品中的应用。

27、相应地，用于扩增所述snp分子标记的试剂盒或用于检测所述snp分子标记的基因型的试剂盒在筛选抗细菌性败血症的苏氏圆腹鲶或在制备用于筛选抗细菌性败血症的苏氏圆腹鲶的产品中的应用也应在本发明的保护范围之内。

28、本发明还请求保护用于扩增所述snp分子标记的引物或用于检测所述snp分子标记的基因型的试剂在抗细菌性败血症的苏氏圆腹鲶品种的分子标记辅助育种中的应用。

29、本发明还提供了一种用于鉴定苏氏圆腹鲶对细菌性败血症的抗性性状或用于筛选抗细菌性败血症的苏氏圆腹鲶的产品，所述产品中含有用于扩增所述snp分子标记的引物或用于检测所述snp分子标记的基因型的试剂。

30、本发明还提供了一种鉴定苏氏圆腹鲶对细菌性败血症的抗性性状的方法，所述方法为：检测所述snp分子标记在所测苏氏圆腹鲶中的等位基因；若所测苏氏圆腹鲶的snp分子标记的等位基因均为t，则表明其更有可能具有抗细菌性败血症性状。

31、本发明还提供了一种筛选抗细菌性败血症的苏氏圆腹鲶的方法，所述方法为：检测所述snp分子标记在所测苏氏圆腹鲶中的等位基因，选择等位基因均为t的苏氏圆腹鲶。

32、作为其中一种可选的实施方式，检测所述snp分子标记在所测苏氏圆腹鲶中的基因型的方法包括以下步骤：

33、s1.提取待测苏氏圆腹鲶的基因组dna并扩增所述snp分子标记；

34、s2.对s1所得扩增产物进行测序，得到所述snp分子标记的等位基因或基因型。

35、可选地，可利用本发明seq id no.2和3所示引物进行所述snp分子标记的扩增。

36、可选地，可利用本发明seq id no.4和5所示snapshot分型引物结合snapshot测序分析仪得到所述snp分子标记的基因型。

37、本发明具有以下有益效果：

38、本发明基于苏氏圆腹鲶的il-15基因，提供了一种与苏氏圆腹鲶抗细菌性败血症性状相关的snp分子标记，其序列如seq id no.1所示，所示序列的第423位为snp位点，多态性为t/g。鉴于本发明所述snp分子标记与苏氏圆腹鲶抗细菌性败血症性状相关，可将其用于抗细菌性败血症的苏氏圆腹鲶品种的分子标记辅助育种中，加速育种进程。

39、此外，本发明还提供了用于扩增所述snp分子标记的引物。利用本发明所述引物扩增所述snp分子标记并测序，即可得到所述snp分子标记在所测苏氏圆腹鲶样品中的等位基因或基因型，由此可鉴定所测苏氏圆腹鲶样品的抗病性状，或筛选得到抗细菌性败血症的苏氏圆腹鲶个体，有利于抗细菌性败血症的苏氏圆腹鲶品种的选育。