一种姜荷花全基因组SSR分子标记的多态性引物及其应用

本发明涉及生物，特别是一种姜荷花全基因组ssr分子标记的多态性引物及其应用。

背景技术：

1、姜黄属（ curcuma）是姜科中的第三大属，超120个种，广泛分布于热带亚热带。姜黄属植物大多夏天开花，花序大气华丽且花期长。同时，姜黄属很多植物拥有丰富的药用价值，在中医理论中，姜黄具有行气破瘀、通经止痛的功效。既是食物添加剂，也是传统颜料。随着相关产业的迅速发展，姜黄属植物优质种质资源收集引进、鉴评、新品种选育和创新利用等工作。

2、姜黄属植物分类和鉴定难度一直较高。姜黄属植物通常以多倍体的形式出现，各个种间染色体数目差异较大，业界学者普遍认为，在姜黄属植物的栽培过程中，可能发生了较多的人工杂交活动。虽然前人通过形态鉴定、显微镜观测、切片观察、染色体鉴定等技术手段，但这些方法都很难有效区分姜黄属的不同栽培品种和变种。随着分子生物学技术的不断发展，利用分子标记对姜黄属植物进行资源鉴定和遗传进化将会是一个不错的选择。

3、近十几年来，姜黄属植物中开发了大量ssr标记，开展了很多遗传多样性分析、亲缘关系鉴定等研究。但是，这些ssr标记大多从转录组数据开发出来的，est-ssr分子标记的设计是基于已知的基因序列，因此受限于已知基因的覆盖范围，不能对未知序列进行标记，可能导致较低的基因组覆盖率。基因组ssr（g-ssr）来源于全基因组，数量多、分布均匀、稳定性高，在不同个体、种属之间存在较好的多态性，对进行种质资源的分析和鉴定有突出优势，可以对基因组中的遗传变异进行高分辨率的检测，能够精确地揭示群体间的遗传差异。迄今为止，还未有姜黄属植物g-ssr标记开发和应用的相关报道。

技术实现思路

1、为了解决上述技术问题，本发明提供了一种姜荷花全基因组ssr分子标记的多态性引物及其应用。

2、为达到上述目的，本发明是按照以下技术方案实施的：

3、本发明的目的之一是要提供一种姜荷花全基因组ssr分子标记的多态性引物，包括38对多态性引物，其引物的核苷酸序列如下所示：

4、cagssr2的正向引物如seq id no .1所示，反向引物如seq id no .2所示；

5、cagssr4的正向引物如seq id no .3所示，反向引物如seq id no .4所示；

6、cagssr16的正向引物如seq id no .5所示，反向引物如seq id no .6所示；

7、cagssr32的正向引物如seq id no .7所示，反向引物如seq id no .8所示；

8、cagssr41的正向引物如seq id no .9所示，反向引物如seq id no .10所示；

9、cagssr54的正向引物如seq id no .11所示，反向引物如seq id no .12所示；

10、cagssr71的正向引物如seq id no .13所示，反向引物如seq id no .14所示；

11、cagssr72的正向引物如seq id no .15所示，反向引物如seq id no .16所示；

12、cagssr80的正向引物如seq id no .17所示，反向引物如seq id no .18所示；

13、cagssr83的正向引物如seq id no .19所示，反向引物如seq id no .20所示；

14、cagssr84的正向引物如seq id no .21所示，反向引物如seq id no .22所示；

15、cagssr89的正向引物如seq id no .23所示，反向引物如seq id no .24所示；

16、cagssr104的正向引物如seq id no .25所示，反向引物如seq id no .26所示；

17、cagssr105的正向引物如seq id no .27所示，反向引物如seq id no .28所示；

18、cagssr110的正向引物如seq id no .29所示，反向引物如seq id no .30所示；

19、cagssr127的正向引物如seq id no .31所示，反向引物如seq id no .32所示；

20、cagssr128的正向引物如seq id no .33所示，反向引物如seq id no .34所示；

21、cagssr138的正向引物如seq id no .35所示，反向引物如seq id no .36所示；

22、cagssr143的正向引物如seq id no .37所示，反向引物如seq id no .38所示；

23、cagssr147的正向引物如seq id no .39所示，反向引物如seq id no .40所示；

24、cagssr150的正向引物如seq id no .41所示，反向引物如seq id no .42所示；

25、cagssr155的正向引物如seq id no .43所示，反向引物如seq id no .44所示；

26、cagssr161的正向引物如seq id no .45所示，反向引物如seq id no .46所示；

27、cagssr173的正向引物如seq id no .47所示，反向引物如seq id no .48所示；

28、cagssr181的正向引物如seq id no .49所示，反向引物如seq id no .50所示；

29、cagssr191的正向引物如seq id no .51所示，反向引物如seq id no .52所示；

30、cagssr194的正向引物如seq id no .53所示，反向引物如seq id no .54所示；

31、cagssr195的正向引物如seq id no .55所示，反向引物如seq id no .56所示；

32、cagssr207的正向引物如seq id no .57所示，反向引物如seq id no .58所示；

33、cagssr209的正向引物如seq id no .59所示，反向引物如seq id no .60所示；

34、cagssr215的正向引物如seq id no .61所示，反向引物如seq id no .62所示；

35、cagssr228的正向引物如seq id no .63所示，反向引物如seq id no .64所示；

36、cagssr235的正向引物如seq id no .65所示，反向引物如seq id no .66所示；

37、cagssr245的正向引物如seq id no .67所示，反向引物如seq id no .68所示；

38、cagssr246的正向引物如seq id no .69所示，反向引物如seq id no .70所示；

39、cagssr254的正向引物如seq id no .71所示，反向引物如seq id no .72所示；

40、cagssr272的正向引物如seq id no .73所示，反向引物如seq id no .74所示；

41、cagssr285的正向引物如seq id no .75所示，反向引物如seq id no .76所示。

42、进一步地，所述正向引物的5’端连接有荧光基团。

43、优选地，所述荧光基团为fam、hex、rox、trama中的一种。

44、本发明的目的之二是要提供一种姜荷花全基因组ssr分子标记的多态性引物在姜黄属种间遗传多样性分析和/或姜黄属种质亲缘关系聚类分析和/或核心种质条形码生成中的应用，包括以下步骤：

45、s1、提取了178份姜黄属植物材料的基因组dna；

46、s2、利用seq id no .1-seq id no .76所示的引物对基因组dna进行pcr扩增，得到扩增产物；

47、s3、对得到的扩增产物进行测序，对测序数据进行收集和分析计算多个遗传多样性指标，并对178份姜黄属植物材料进行种质亲缘关系聚类分析；得到66个核心种质，根据扩增结果对66个核心种质进行编码，得到66个核心种质条形码。

48、进一步地，所述pcr扩增的体系为：2×  taq pcr master mix 7.5 µl，浓度为10 µm的正向荧光引物 0.6 µl，浓度为10 µm的反向引物 0.6 µl，浓度为20 ng/μl的基因组dna1.5μl和ddh2o 4.8μl。

49、与现有技术相比，本发明基于姜荷花全基因组数据大量开发g-ssr标记，筛选多态性较好的标记检测通用性，并对178份姜黄属种质资源进行扩增，开展遗传多样性和群体结构分析，最后构建姜黄属核心种质库和核心种质条形码；本发明开发的g-ssr数量多、多态性强，在不同姜黄属种间的通用性好，实验结准确可靠，为姜黄属杂交育种、亲缘关系鉴定、物种演化等研究提供了新的工具。