与大豆籽粒异黄酮含量相关的单倍型分子标记及其应用

本发明属于分子生物学，具体涉及一种与大豆籽粒异黄酮含量相关的单倍型分子标记及其应用。

背景技术：

1、野生大豆(glycine soja)是栽培大豆(glycine max)的的近缘野生种，两者间无生殖隔离，是大豆育种的宝贵资源。大豆异黄酮是一类天然存在于大豆等豆类植物中的黄酮类化合物，具有多种生物活性，包括抗氧化、抗炎症、抗癌等作用。研究表明，大豆异黄酮对人体健康具有重要的保健作用，被广泛应用于药物、保健品和食品等领域。

2、目前，大豆异黄酮的含量在不同大豆品种和不同生长环境下存在较大的差异，而大豆异黄酮的含量与其生物活性密切相关。因此，对大豆异黄酮含量进行准确、快速的检测和鉴定具有重要意义。传统的检测方法主要依赖于色谱技术和质谱技术，但这些方法存在操作复杂、耗时长、成本高等问题，限制了大豆异黄酮含量的快速检测和应用。因此，开发一种基于单倍型分子标记的大豆异黄酮含量检测方法具有重要意义。

技术实现思路

1、针对现有技术中的上述不足，本发明提供一种与大豆籽粒异黄酮含量相关的单倍型分子标记及其应用，以解决传统方法存在的问题，提早预期所选育大豆的异黄酮含量，缩短育种期限，降低育种成本，提高选育的的准确性。

2、为实现上述目的，本发明解决其技术问题所采用的技术方案是：

3、一种与大豆籽粒异黄酮含量相关的单倍型分子标记，单倍型分子标记由snp1～10共10个位点中的一个或多个snp位点组成；其中：

4、snp分子标记gs17g044795：-2450的核苷酸序列如seq id no.1，序列自5’端起第46位碱基为第一个snp位点，位于野生大豆基因组的第17号染色体第2752833核苷酸，其碱基为a或g；

5、snp分子标记gs17g044795：-1593的核苷酸序列如seq id no.1所示，序列自5’端起第903位碱基为第二个snp位点，位于野生大豆基因组的第17号染色体第2753690核苷酸，其碱基为c或g；

6、snp分子标记gs17g044795：-1417的核苷酸序列如seq id no.1所示，序列自5’端起第1079位碱基为第三个snp位点，位于野生大豆基因组的第17号染色体第2753866核苷酸，其碱基为a或g；

7、snp分子标记gs17g044795：-1352的核苷酸序列如seq id no.1所示，序列自5’端起第1144位碱基为第四个snp位点，位于野生大豆基因组的第17号染色体第2753931核苷酸，其碱基为a或c；

8、snp分子标记gs17g044795：-1288的核苷酸序列如seq id no.1所示，序列自5’端起第1208位碱基为第五个snp位点，位于野生大豆基因组的第17号染色体第2753995核苷酸，其碱基为g或a；

9、snp分子标记gs17g044795：-1286的核苷酸序列如seq id no.1所示，序列自5’端起第1210位碱基为第六个snp位点，位于野生大豆基因组的第17号染色体第2753997核苷酸，其碱基为a或c；

10、snp分子标记gs17g044795：-1050的核苷酸序列如seq id no.1所示，序列自5’端起第1446位碱基为第七个snp位点，位于野生大豆基因组的第17号染色体第2754233核苷酸，其碱基为g或t；

11、snp分子标记gs17g044795：-1048的核苷酸序列如seq id no.1所示，序列自5’端起第1448位碱基为第八个snp位点，位于野生大豆基因组的第17号染色体第2754235核苷酸，其碱基为a或g；

12、snp分子标记gs17g044795：-1043的核苷酸序列如seq id no.1所示，序列自5’端起第1453位碱基为第九个snp位点，位于野生大豆基因组的第17号染色体第2754240核苷酸，其碱基为a或g；

13、snp分子标记gs17g044795：-154的核苷酸序列如seq id no.1所示，序列自5’端起第2342位碱基为第十个snp位点，位于野生大豆基因组的第17号染色体第2755129核苷酸，其碱基为c或t。

14、进一步地，单倍型分子标记为gg/cc/gg/aa/gg/aa/gg/aa/aa/tt的纯合基因型时，对应大豆为高含量异黄酮品种；其余纯合或杂合基因型的单倍型分子标记为低含量异黄酮品种。

15、进一步地，基因型为aa/cc/aa/aa/gg/aa/gg/aa/aa/cc或aa/gg/aa/cc/aa/cc/tt/gg/gg/tt的大豆为低含量异黄酮品种。

16、一种扩增上述单倍型分子标记的引物，引物序列如下：

17、gs17g044795：-2450-f：5'-ttcaccgcctccattacaata-3'；(seq id no.2)

18、gs17g044795：-2450-r：5'-cgacaaatatctgaaactgtgg-3'；(seq id no.3)

19、gs17g044795：-1593-f：5'-tcattgttcgcaactgaaggat-3'；(seq id no.4)

20、gs17g044795：-1593-r：5'-cgtaaccaccaccgtaactg-3'；(seq id no.5)

21、gs17g044795：-1417-f：5'-cagttacggtggtggttacg-3'；(seq id no.6)

22、gs17g044795：-1417-r：5'-tgattggattggatcagttggt-3'；(seq id no.7)

23、gs17g044795：-1352-f：5'-actgatccaatccaatcaat-3'；(seq id no.8)

24、gs17g044795：-1352-r：5'-aataaaaaattgttgtaata-3'；(seq id no.9)

25、gs17g044795：-1288-f：5'-ggtgtccttgaattgcttgcta-3'；(seq id no.10)

26、gs17g044795：-1288-r：5'-tggtagaaccgacaacgagata-3'；(seq id no.11)

27、gs17g044795：-1286-f：5'-agttaaaaatgatctaatca-3'；(seq id no.12)

28、gs17g044795：-1286-r：5'-tggtagaaccgacaacgagata-3'；(seq id no.13)

29、gs17g044795：-1050、gs17g044795：-1048和gs17g044795：-1043的扩增引物相同，上游引物序列为5'-aaaggaaacaatatacagtc-3'(seq id no.14)，下游引物序列为5'-agagttgcagattgaggtggct-3'(seq id no.15)；

30、gs17g044795：-154-f：5'-aggtccatctcgtcctcacaac-3'；(seq id no.16)

31、gs17g044795：-154-r：5'-ggagcaagaagtagcaacaccc-3'。(seq id no.17)

32、一种试剂盒，包括上述引物。

33、上述单倍型分子标记、引物或试剂盒在下述中的任一用途：

34、a1)培育转基因大豆；

35、a2)大豆种质资源改良；

36、a3)大豆分子遗传育种；

37、a4)大豆籽粒异黄酮含量基因的遗传分析和精细定位；

38、a5)鉴定/筛选高黄酮含量的大豆品种。

39、一种筛选高含量高黄酮大豆品种的方法，以待测基因组dna作为模板，利用上述引物，或试剂盒进行pcr扩增，利用扩增结果进行基因型分型；当为gg/cc/gg/aa/gg/aa/gg/aa/aa/tt纯合基因型时，则为高含量异黄酮品种。

40、本发明的有益效果：

41、本发明获得了与大豆籽粒的异黄酮含量极显著相关的十个分子标记，利用该分子标记对大豆育种材料进行检测，可在种植大豆植株不用等待开花结果的情况下，准确高效的预测其大豆异黄酮含量的高或低，可高效的辅助大豆的育种选择大大提高了大豆育种的选择效率，具有极高的经济价值。

42、本发明构建了用于检测与大豆异黄酮含量相关的单倍型分子标记gs17g044795：-2450，-1593，-1417，-1352，-1288，-1286，-1050，-1048，-1043，-154的引物对，特异性强，能准确扩增得到含有本发明snp分子标记位点的序列，利用该引物对制备试剂盒，可辅助选择育种，高效鉴定出大豆的高异黄酮含量和低异黄酮含量；