一种新生儿常见遗传病基因检测试剂盒及其应用

本发明涉及遗传学领域，更具体地涉及一种新生儿常见遗传病基因检测试剂盒及其应用。

背景技术：

1、针对先天性的出生缺陷早筛查、早发现是最好的防治办法。

2、常见新生儿遗传性疾病如遗传代谢相关新生儿黄疸、新生儿抽搐及新生儿糖尿病等会直接影响到患儿的生存及后期成长质量，甚者导致新生儿死亡。通过各个国家的专家共识及推荐筛查的新生儿遗传病梳理，有1355个基因涉及的2160种疾病因纳入新生儿筛查的范围。随着基因组测序技术已逐渐进入临床，并已成功应用于新生儿筛查，它不仅可以尽快确定诊断一种疾病，而且有助于发现该疾病的新病因，将有助于临床的早期诊断、干预与治疗，降低本区域人口出生缺陷。

3、基因测序技术的快速发展及遗传性疾病的基因筛查和相关临床研究的广泛开展，新生儿疾病基因筛查已为儿童疾病的预防、诊断、治疗、康复展现了良好前景。在常规新生儿筛查中，一项nbseq项目应用基因检测作为二阶筛查，显著降低初筛假阳性率，同时可为真阳性病例提供确诊信息及疾病分型信息，及时、有效的指导临床诊疗策略。但目前报道针对新生儿期可诊断、可干预或者预防的遗传病筛查试剂盒，涵盖的新生遗传病的种类较少，可同时检测多种基因变异的技术少，因此，临床上亟需一种覆盖范围广、操作简便的新生人遗传病快速基因检测方法。

技术实现思路

1、为了弥补现有新生儿遗传病基因检测技术上的上述缺陷，发明人开出了一种新的新生儿基因突变检测试剂盒，该试剂盒基因覆盖度广、灵敏度高、特异性好以及通量大，能够显著降低新生儿遗传缺陷率，将有助于临床的早期诊断、干预与治疗，避免新生儿遭受遗传病困扰。

2、用于解决问题的方案

3、一方面，本发明提供一种用于检测新生儿常见遗传病基因突变的探针集，所述探针集为用于特异性捕获目标基因序列的探针组合物，所述目标基因包括acadm、smpd1、tyr、pah、acads、gjb2、atp7b、ube3a、duox2、hexa、hba2、hba1、mefv、pmm2、krt14、g6pc1、gaa、srd5a2、galm、fancl、suclg1、pjvk、stk4、ncf4、crtap、col7a1、mccc1、il7r、smn2、smn1、nkx2-5、prop1、tubb2b、aldh5a1、cyp21a2、mmut、phip、snx10、gck、psph、slc26a4、cftr、tpk1、fgfr1、eya1、taf2、fancc和fktn中的一种或多种。

4、优选地，所述探针组合物中各探针中gc含量为40％～60％。

5、优选地，所述探针组合物中各探针的退火温度为65℃～75℃。

6、优选地，所述探针组合物的核苷酸序列如seq id no：1至seq id no：581所示。

7、一方面，本发明提供一种检测试剂，所述检测试剂包括上述任一项所述的探针集。

8、一方面，本发明提供一种用于检测新生儿常见遗传病基因突变的试剂盒，所述试剂盒包括目标基因序列捕获组分，所述目标基因序列捕获组分包括上述任一项所述的探针集。

9、优选地，所述目标基因序列捕获组分中，各探针的浓度为0.5～15μm，优选为0.5～10μm。

10、优选地，捕获krt14的探针中，seq id no：148和seq id no：149所示的探针的浓度各自独立的为2～10μm，优选3～8μm，更优选为6μm；

11、优选地，捕获duox2的探针中，seq id no：105和seq id no：107所示的探针的浓度各自独立的为2～10μm，优选为2～5μm，更优选为2～4μm；

12、优选地，捕获phip的探针中，seq id no：423和seq id no：405所示的探针的浓度各自独立的为2～10μm，优选为seq id no：423所示的探针的浓度为5～10μm，更优选为10μm；seq id no：405所示的探针的浓度为2～5μm，更优选为2～3μm；

13、优选地，捕获smn2的探针中，seq id no：337所示的探针的浓度为2～10μm，优选为5～10μm，更优选为6～10μm；

14、优选地，捕获tubb2b的探针中，seq id no：356和seq id no：355所示的探针的浓度各自独立的为2～10μm，优选为seq id no：356所示的探针的浓度为2～6μm，更优选为3～5μm；seq id no：355所示的探针的浓度为2～5μm，更优选为2～3μm；

15、优选地，捕获tpk1的探针中，seq id no：493所示的探针的浓度为2～10μm，优选为2～5μm，更优选为2～3μm；

16、优选地，捕获taf2的探针中，seq id no：544所示的探针的浓度为2～10μm，优选为2～6μm，更优选为2.5～3μm；

17、优选地，其他探针的浓度为0.5～5μm，优选为0.5～2μm，更优选为0.5～1.5μm，最优选为1μm。

18、优选地，所述试剂盒还包括核酸纯化组分、文库构建及质控组分。

19、一方面，本发明提供一种dna文库构建方法，所述方法包括以下步骤：

20、(1)基因组dna打断并修复，获得dna片段；

21、(2)接头连接，获得连接产物；

22、(3)第一轮pcr扩增；

23、(4)杂交洗脱，利用上述所述的探针集或上述所述的检测试剂或上述任一项所述的试剂盒对步骤(3)的扩增产物进行筛选；

24、(5)第二轮pcr扩增，制备得到所述文库。

25、优选地，步骤(2)、步骤(3)和步骤(5)之后还包括纯化的步骤，优选为磁珠纯化。

26、一方面，本发明提供一种dna文库，所述dna文库通过上述所述的方法构建。

27、一方面，本发明提供上述所述的探针集或上述所述的检测试剂或上述任一项所述的试剂盒在制备用于新生儿遗传病突变筛查或检测的产品中的应用。

28、优选地，所述遗传病包括：半乳糖血症iv型、苯丙酮尿症、短链酰基辅酶a脱氢酶缺乏症、琥珀酸半醛脱氢酶缺乏症、甲基丙二酸尿症mut(0)型、尼曼匹克病b型、糖原贮积病ii型、先天性糖基化障碍ia型、中链酰基辅酶a脱氢酶缺乏症、成骨不全症vii型、先天性双侧输精管缺如、常染色体隐性慢性肉芽肿病3型、家族性常染色体显性地中海热、重症联合免疫缺陷104型、wilson病、hartsfield综合征、网状色素性皮病、眼前段异常伴或不伴白内障、扩张型心肌病1x型、永久性新生儿糖尿病1型、chung-jansen综合征、常染色体隐性耳聋59型、脊髓性肌肉萎缩症、磷酸丝氨酸磷酸酶缺陷症、眼皮肤白化病ib型、线粒体dna耗竭综合征9型(脑肌病型伴甲基丙二酸尿症)、常染色体隐性耳聋4型伴前庭导水管增大、范可尼贫血互补群c型、范可尼贫血互补组l型、gm2-神经节苷脂贮积症、tay-sachs病、非经典型21-羟化酶缺乏型高雄激素血症、先天性21-羟化酶缺乏型肾上腺增生、常染色体显性营养不良型大疱性表皮松解症、孤立型趾甲营养不良症、胫前营养不良型大疱性表皮松解症、新生儿短暂性大疱性表皮松解症、vohwinkel综合征、常染色体隐性耳聋1a型、掌跖角化症伴耳聋、3甲基巴豆酰辅酶a羧化酶1缺乏症、假阴道会阴阴囊型尿道下裂、联合垂体激素缺乏症2型、糖原贮积病ia型、永存动脉干畸形、地中海贫血、脊髓性肌肉萎缩症、甲状腺激素合成障碍6型、硫氨素代谢功能紊乱综合征5型(发作性脑病型)、复杂性脑皮质发育不良伴其他脑部畸形7型、天使综合征、常染色体隐性骨硬化病8型、t-细胞免疫缺陷、复发性感染、自身免疫和心脏畸形、常染色体隐性精神发育迟滞40型。

29、发明的效果

30、本发明基于高通量测序技术，对与新生儿遗传性疾病相关致病基因进行甄选，基因捕获探针进行优化设计，得到新生儿遗传性疾病致病基因panel，以此panel为基础对新生儿进行筛查，可提供一个高效、便捷、快速且成本较低的覆盖度广的检测，用于提示新生儿遗传病风险，辅助临床诊断。