一种用于检测非小细胞肺癌MRD的探针组及其应用

本发明属于核酸测序领域，具体地，本公开涉及一种用于检测非小细胞肺癌mrd的探针组及其应用。

背景技术：

1、微小残留病灶(minimal residue disease，mrd)是指肿瘤患者接受根治性治疗后疾病达到影像学完全缓解，但体内仍存在影像学方法无法检出的残留肿瘤细胞或者微小病灶，属于肿瘤进展的隐匿阶段。残留的肿瘤细胞数量可能很少，暂时不会引起任何的体征或症状，但可能导致未来肿瘤的进展或复发转移。循环肿瘤dna(ctdna)测序可以发现这种分子异常，用于预后评估、复发监测、疗效评价和辅助治疗决策，可以为临床治疗决策提供重要参考。

2、基于ctdna检测的mrd状态与非小细胞肺癌的复发风险密切相关。对于接受根治性手术的早期肺癌患者，ctdna阳性可比传统影像学提前预测复发。mrd阳性的非小细胞肺癌患者复发风险更高，并且mrd阳性的患者可从辅助治疗中获益。近年来，一些国内外的癌症诊疗指南和专家共识也逐步将ctdna作为预后的生物标志物。我国《非小细胞肺癌分子残留病灶专家共识》推荐“早期非小细胞肺癌患者根治性切除术后，mrd阳性提示复发风险高，需进行密切随访管理，建议每3～6个月进行一次mrd检测”。

3、现有技术中的个性化定制mrd探针对于药物治疗引起的选择压力及其他因素导致的肿瘤克隆进化而出现的新发耐药突变并不能实现有效监测，如何对克隆进化导致的新发耐药突变实现有效监测，是mrd检测所面临的挑战。

技术实现思路

1、为了解决以上至少一个问题，本公开提供了一种用于检测非小细胞肺癌微小残留病灶的基因标志物、探针组、筛选方法、检测方法及其应用。本公开所提供的探针组捕获效率和深度系数优异，探针均一性良好。使用本公开所提供的探针组，能够用于检测微小残留病灶中肿瘤进化以及克隆进化导致的新发耐药突变，还可提高捕获效率，稳定实验体系。

2、根据本公开的一个方面，提供了一种用于检测非小细胞肺癌微小残留病灶的基因标志物，所述标志物包括以下基因中的任意一个或多个：egfr、kras、erbb2、braf、met、alk、tp53、pik3ca、ctnnb1、smad4、cdkn2a或nfe2l2。

3、在一些实施方式中，所述基因标志物包括以下区域中的任意一个或多个：egfr的外显子18、19、20、21、kras的外显子2、3、4、erbb2的外显子20、braf的外显子11、15、met的内含子13、外显子14、alk的外显子23、tp53的外显子4-10、pik3ca的外显子10、21、ctnnb1的外显子3、smad4的外显子9、cdkn2a的外显子1、2和nfe2l2的外显子2。

4、在一些实施方式中，所述探针组用于检测本公开所述基因标志物。

5、在一些实施方式中，所述探针组具有如seq id no:1～57任一项或多项所示的核苷酸序列，或与其具有至少85％序列同一性的核苷酸序列。

6、在一些实施方式中，所述探针组包括以下中的任意一个或多个的组合：

7、用于检测alk基因的探针：具有如seq id no:1和/或2所示的核苷酸序列，或与其具有至少85％序列同一性的核苷酸序列；和/或

8、用于检测nfe2l2基因的探针：具有如seq id no:3～5任一项或多项所示的核苷酸序列，或与其具有至少85％序列同一性的核苷酸序列；和/或

9、用于检测ctnnb1基因的探针：具有如seq id no:6和/或7所示的核苷酸序列，或与其具有至少85％序列同一性的核苷酸序列；和/或

10、用于检测pik3ca基因的探针：具有如seq id no:8～12任一项或多项所示的核苷酸序列，或与其具有至少85％序列同一性的核苷酸序列；和/或

11、用于检测egfr基因的探针：具有如seq id no:13～20任一项或多项所示的核苷酸序列，或与其具有至少85％序列同一性的核苷酸序列；和/或

12、用于检测met基因的探针：具有如seq id no:21～23任一项或多项所示的核苷酸序列，或与其具有至少85％序列同一性的核苷酸序列；和/或

13、用于检测braf基因的探针：具有如seq id no:24～27任一项或多项所示的核苷酸序列，或与其具有至少85％序列同一性的核苷酸序列；和/或

14、用于检测cdkn2a基因的探针：具有如seq id no:28～32任一项或多项所示的核苷酸序列，或与其具有至少85％序列同一性的核苷酸序列；和/或

15、用于检测kras基因的探针：具有如seq id no:33～38任一项或多项所示的核苷酸序列，或与其具有至少85％序列同一性的核苷酸序列；和/或

16、用于检测tp53基因的探针：具有如seq id no:39～53任一项或多项所示的核苷酸序列，或与其具有至少85％序列同一性的核苷酸序列；和/或

17、用于检测erbb2基因的探针：具有如seq id no:54和/或55所示的核苷酸序列，或与其具有至少85％序列同一性的核苷酸序列；和/或

18、用于检测smad4基因的探针：具有如seq id no:56和/或57所示的核苷酸序列，或与其具有至少85％序列同一性的核苷酸序列。

19、根据本公开的又一方面，提供了一种用于检测非小细胞肺癌微小残留病灶的试剂盒，所述试剂盒包括所述探针组。

20、根据本公开的又一方面，提供了本公开所述探针组和/或所述试剂盒检测非小细胞肺癌微小残留病灶的方法，所述方法包括使用所述探针组和/或所述试剂盒检测非小细胞肺癌微小残留病灶。

21、根据本公开的又一方面，提供了本公开所述基因标志物、和/或所述探针组在制备检测非小细胞肺癌微小残留病灶的试剂盒中的应用。

22、在一些实施方式中，所述试剂盒用于细胞、组织或体液样本的检测。

23、在一些实施方式中，所述细胞样本包括肺癌细胞悬液样本。

24、在一些实施方式中，所述体液样本包括：唾液、全血液、血清、血浆、乳液、尿液、腰椎或脑室csf、胆汁、淋巴液、前列腺液、精液、痰液、粪便、泪液、肿瘤细胞、肺泡灌洗液、痰液、脓液、鼻咽拭子、口腔拭子、脑脊液、胸腹水、羊膜液、腹膜液、房水、玻璃体液、阴道排出物和它们的处理物。

25、在一些实施方式中，所述组织样本包括肺癌组织、石蜡切片和它们的处理物。

26、有益效果：

27、本公开所提供探针组纳入了非小细胞肺癌高证据等级的用药突变以及高频突变，可以单独使用，或和其他探针组叠加使用，用于非小细胞肺癌mrd监测，具有良好的灵敏性和特异性。本公开所述非小细胞肺癌癌种特异探针组能够起到监测肿瘤进化和新发耐药突变的作用，可在一定程度上克服肿瘤的时空异质性，同时还可提高捕获效率，稳定实验体系。

28、经临床样本验证，本发明的探针组捕获效率和深度系数优异，探针均一性良好，能够满足临床检测要求。