一种与母鸡生长性状相关的SNP分子标记及应用

本发明涉及生物，尤其涉及一种与母鸡生长性状相关的snp分子标记及应用。

背景技术：

1、生长性状是鸡最重要的经济性状之一，在鸡育种过程中，通过对生长性状的测定和分析，可以了解个体的生长和发育状况，评估其生产性能和遗传潜力。动物的生长过程一般具有非线性的特点，在动物生长发育过程中，使用非线性模型可更好地使研究人员描述和理解动物的生长发育过程。鸡生长曲线的分析与拟合是研究鸡只个体在生长发育过程中某部分或整体规律性的主要方法之一，对生长发育指标通过非线性模型进行拟合，不但可以预测鸡只的生长趋势和生长发育规律，有助于养殖户掌握鸡群生长发育动态，对鸡的日常饲养管理进行精细管理指导，及时调整饲养管理方案，而且生长曲线特征作为重要的经济指标，使用数学模型预测家禽的生长模式是育种的常用方式，通过对鸡进行生长曲线拟合及分析可以降低育种成本同时，还可以帮助了解鸡的生理和生化机制，为进一步优化育种方案和提高育种效率提供依据，以此提高选育效果。gompertz模型常被用到鸡的育种和生产中，通过模型的参数可以计算并预测鸡不同生长时期的生产数据，以探究不同生长环境或不同品种间鸡的生长发育规律，也可以研究营养、温度等环境因素对生长的影响，从而对鸡的饲养管理和育种工作进行指导。

2、snp是指在基因组dna水平上发生的单个核苷酸变异所引起的dna序列多态性，具有位点丰富、分布广泛、遗传稳定性高、具有代表性、检测便捷快速等特点。鉴于生长曲线参数对于改善鸡的生产管理和生产效率至关重要，科研和生产中均急需开发与生长曲线显著相关的snp标记，应用于鸡的饲养管理和品种选育工作。

技术实现思路

1、本发明提供了一种与母鸡生长性状相关的snp分子标记及应用，发现两个主要snp(4:76022389，4:76070237)与生长曲线显著相关，其中4:76022389位点的aa基因型和4:76070237位点的tt基因型与0-18周龄的高体重有关，可以作为地方鸡种生长性状的分子标记，解决了现有技术中存在的问题。

2、本发明所采用的技术方案之一是：

3、提供了一种与母鸡生长性状相关的snp分子标记，所述snp分子标记位于鸡4号染色体的第76022389位、第76070237位，基因型分别为a/t、t/c。

4、表1汶上芦花鸡生长性状相关snp位点

5、

6、进一步地，第76022389位、第76070237位snp分子标记的基因型分别为aa、tt。

7、进一步地，所述snp分子标记位于如下seq id no1、seq id no2所示核苷酸序列中；其中，4：76022389位突变位于seq id no1所示的序列；4：76070237位突变位于seq idno2所示的序列；

8、seq id no1：

9、atttacagggctaattagaaagtggtttctttgatgtctttcttggataactgtctctaatat ctgctcctgacaaggctcatgggagacgtaatgattc[t/a]gagaatgactcagcagaggatttct tacttttttctagcctgaaatagatacttgattagtgacagtacacccagacctcatttttaggaag aaaagggt；

10、seq id no2：

11、cgggaaagtgaaactgaatatgaaaaacacttggctaagtgccaagttctttctccagggtcg tgccttttatagctaaacttaatgtagaattatttca[c/t]ggatgctgggaagaagaatctttca acttgctgaacagcagcaacattattctttacttgtaacctcaagtgcctgccgaggctctgcagga ggtaacaa。

12、本发明所采用的技术方案之二是：

13、提供了一种母鸡生长性状选择用的snp引物组，所述引物组为用于检测前述的snp分子标记的组合的引物组，引物组序列为：

14、4：76022389的反向引物如seq id no3、seq id no4所示，正向引物如seq id no5所示：

15、seq id no3 r1：gaaggtgaccaagttcatgctaaatcctctgctgagtcattctca；

16、seq id no4 r2：gaaggtcggagtcaacggattaaatcctctgctgagtcattctct；

17、seq id no5 f1：tgatgtctttcttggataactgtctc；

18、4：76070237的反向引物如seq id no6、seq id no7所示，正向引物如seq id no8所示：

19、seq id no6 r1：gaaggtgaccaagttcatgctattcttcttcccagcatccg；

20、seq id no7 r2：gaaggtcggagtcaacggattgattcttcttcccagcatcca；

21、seq id no8 f1：cagggtcgtgccttttatagc。

22、本发明所采用的技术方案之三是：

23、一种用于检测前述snp分子标记的试剂盒，所述试剂盒包含如上引物组。

24、进一步地，所述试剂盒还包括以下pcr扩增体系：2×parms master mix5μl，allele x primer(10μm)、allele y primer(10μm)各0.15μl，common primer(10μm)0.4μl，dna模板10-100ng，补充ddh2o至10μl。

25、进一步地，pcr扩增反应条件如下：94℃，20min，1个循环；94℃，20s，10个循环，65-57℃，1min，10个循环；94℃，20s，32个循环，57℃；1min，32个循环。

26、本发明还提供了以下技术方案之四：

27、如前所述的snp分子标记在母鸡生长性状选择育种中的应用。

28、进一步地，利用检测与母鸡生长性状相关的snp分子标记的基因型，选择鸡4号染色体上第76022389位、第76070237位基因型分别为a/t、t/c的个体作为鸡种，其生长性状佳。

29、进一步地，所述生长性状为育雏育成阶段体重；优选0-18周龄高体重。

30、进一步地，所述的应用包括如下步骤：

31、(1)提取样品基因组dna；

32、(2)采用前述引物组对待测样品dna进行等位基因测序；

33、(3)获取待测样本的snp对应位点基因型；

34、(4)选择4:76022389位点的aa基因型或4:76070237位点的tt基因型个体留种。

35、进一步地，步骤(1)样品为鸡翅静脉血。

36、本发明的有益效果：

37、1、本发明首次提出了与母鸡生长曲线相关的snp位点。

38、2、本发明使用的snp分子标记来源于全基因组snp数据集，不同于以往的只用生长曲线模拟鸡只生长的情况，对样品生长性状的鉴定更加精准。

39、3、本发明通过362只汶上芦花鸡母鸡的全基因组关联分析确定的2个snp位点可用于母鸡育雏育成期任一时间段的体重选择，不同于以往的snp只能应用于单个时间段的体重选择，采用本发明提供的这2个snp位点更加高效，效果更加准确。

40、4、利用本发明鉴定的2个snp位点即可实现鸡群育雏育成期的体重选择，方法简便快捷，解决了以往需要全群称重模拟生长曲线的问题，节省大量人力、物力，显著降低生产成本。

41、5、本发明为今后母鸡生长性状的选择以及遗传育种提供了有力的技术支持。