与猪脂肪沉积相关的snp分子标记及其应用
【技术领域】
[0001] 本发明涉及一种基因型检测方法，具体的，涉及一种与猪脂肪沉积相关的SNP分 子标记及其应用。
【背景技术】
[0002] 脂肪是动物肌体的主要成分之一，是维持正常生命活动所必须的物质，也是影响 猪胴体品质和肉质风味的重要因素。中国地方猪种多为高脂肪，称为脂肪型猪；引入猪种的 瘦肉率高，称为瘦肉型猪。猪种胴体脂肪组成的遗传差异涉及基因繁多，基因调控复杂，一 直是遗传育种领域研究的难题之一。人体内脂肪组织过多沉积带来的2型糖尿病、肥胖症、 脂肪性肝病、高血压、血脂紊乱、动脉粥样硬化等代谢性疾病正威胁着人类的健康。因此，月旨 肪代谢调控已成为人类医学的研究新热点。
[0003] 脂肪代谢包括脂肪合成代谢和脂肪分解代谢，二者的平衡决定脂肪沉积。目前在 猪脂肪沉积和肉质性状的遗传机制方面，能够明确的主效基因有氟烷基因（Hal)和酸肉基 因（RN)。人们采用候选基因法筛查了一些与猪胴体性状相关的脂肪代谢过程中的酶基因、 激素及受体基因、细胞因子和结合蛋白基因等，但随着效应显著性检测的基因型和QTLs的 增多，主效基因的实际鉴别、调控途径及其应用愈显复杂，实质性进展甚微。但目前，在猪分 子育种实践中仍然缺少功能明确、效应显著的主效基因和分子标记。
[0004] 近年来发现的一种肌肉因子III型纤连蛋白结构域5(FNDC5)具有诱导白色脂肪组 织向类褐色脂肪发育的功能，增加能量消耗，改善肥胖和胰岛素抗性，是影响脂肪沉积的重 要候选基因。目前，对FNDC5基因的研究仅见人和小鼠，发现其对细胞分化、能量代谢等方 面具有重要的调节作用，可以降低高脂日粮小鼠的肥胖。
[0005] 因此有必要对FNDC5进行深入的研究，获得不同类型猪群体间FNDC5基因差异的 SNP位点，为进一步研究和了解猪脂肪沉积性状提供帮助。
【发明内容】
[0006] 本发明的目的在于提供一种与猪脂肪沉积相关的SNP分子标记及其应用。
[0007] 本发明的另一目的在于提供检测所述SNP分子标记的引物和试剂盒。
[0008] 本发明的第三个目的在于提供鉴定猪脂肪沉积性状的方法。
[0009] 本发明通过对不同类型猪群体基因型进行研究，提供了一种与猪脂肪沉积相关的 SNP分子标记，所述SNP分子标记位于猪FNDC5基因5'侧翼区起始密码子上游第931bp处， 记为A-931G。
[0010] 本发明提供了上述SNP分子标记在鉴定猪脂肪沉积基因型中的应用。
[0011] 其中，当猪FNDC5基因5'侧翼区起始密码子上游第931bp处为GG基因型时，表明 个体具有高脂肪沉积性状；为AG型时具有中等脂肪沉积性状；为AA型时具有低脂肪沉积 性状。
[0012] 进一步的，提供了所述SNP分子标记在猪育种中的应用。
[0013] 本发明提供了用于检测本发明所述SNP分子标记的引物对，所述引物对的核苷酸 序列为：
[0014]正向引物F :5' -ACCTGACCTCCAGCTCTCAAAG-3'
[0015] 反向引物R:5' -GCAGTGATGGGGATGATGG-3'。
[0016] 本发明还提供了含有上述引物对的试剂盒。
[0017] 本发明提供了一种检测所述SNP分子标记的方法，所述方法包括：以猪基因组DNA 为模板利用本发明所述的引物对进行PCR扩增获得PCR产物；对所述PCR产物进行测序。
[0018] 其中，PCR反应体系为：2XPCRMix用量为PCR扩增反应体系体积的一半即10y1， l〇〇ng待检测猪基因组DNA，10ymol/L正向、反向引物量各0. 5y1，最后用ddH20补充至 20 y 1〇
[0019]PCR反应条件为：94-95°C预变性5min;进行如下循环36个：94-95°C预变性 30s, 60°C退火30s，72°C延伸40s;72°C延伸7min,即得到PCR产物。
[0020] 本发明提供了一种鉴定猪脂肪沉积性状的方法，包括以下步骤：
[0021] 步骤一：以猪基因组DNA为模板利用权利要求5所述的引物对进行PCR扩增获得 PCR产物；
[0022] 步骤二：对PCR产物进行测序，当所述PCR产物606bp处为GG基因型时，为高脂肪 沉积性状；为AG基因型时为中等脂肪沉积性状；为AA基因型时为低脂肪沉积性状。
[0023] 其中，PCR反应体系为：2XPCRMix用量为PCR扩增反应体系体积的一半即10y1， l〇〇ng待检测猪基因组DNA，10ymol/L正向、反向引物量各0. 5y1，最后用ddH20补充至 20 y 1〇
[0024] PCR反应条件为：94-95°C预变性5min;进行如下循环36个：94-95°C预变性30s， 60°C退火30s，72°C延伸40s;72°C延伸7min,即得到PCR产物。
[0025] 所述PCR产物具有如SEQIDNo. 1所示的核苷酸序列，所述PCR产物的606bp处 为猪FNDC5基因5'侧翼区起始密码子上游第931bp处。
[0026] 本发明将FNDC5基因作为影响猪脂肪沉积性状的候选基因，采用PCR测序技术获 得不同类型猪群体间差异的SNP位点，建立了快速检测方法，在品种间和品种内鉴定SNP位 点与猪脂肪沉积能力的相关性，获得了影响猪脂肪沉积性状的SNP位点及基因型。
【附图说明】
[0027] 图1为猪FNDC5基因5'侧翼区A-931G位点的测序峰图。
[0028] 图2为猪FNDC5基因5'侧翼区A-931G位点扩增结果；琼脂糖胶浓度为1. 2%;图 中Marker为DM2000;图中各泳道片段大小均为732bp。
[0029] 图3为猪FNDC5基因A-931G位点个体测序图。图中A为AA型，B为AG型，C为 GG型。
【具体实施方式】
[0030] 下面将通过【具体实施方式】对本发明进行详细说明。需要理解的是以下实施例的给 出是为了起到说明的目的，并不是用于对本发明的范围进行限制。本领域的技术人员在不 背离本发明的宗旨和精神的情况下，可以对本分发明进行各种修改和替换。
[0031] 以下实施例中：
[0032] 若未特别指明，实施例中所使用的技术手段为本领域技术人员所熟知的常规手 段。
[0033] 试剂：PCR Mix购自北京京汇欣公司；引物由北京六合华大公司合成。
[0034] 实施例1
[0035] 选择中国地方品种"滇南小耳猪"（采自云南省西双版纳州滇南小耳猪资源保护 场）和引进品种"大约克猪"（采自安徽科鑫养猪育种有限公司）的耳组织样，采用苯酚/ 氯仿法提取组织基因组DNA。
[0036] 设计以下引物（如序列表SEQIDN0. 2和SEQIDN0. 3所示）：
[0037]正向引物F:5' -ACCTGACCTCCAGCTCTCAAAG-3'
[0038]反向引物R:5' -GCAGTGATGGGGATGATGG-3'
[0039] 用上述引物在滇南小耳猪、大约克基因组DNA进行PCR扩增，PCR扩增使用20y1 反应体系：2XPCRMix用量为PCR扩增反应体系体积的一半即10yl，100ng所述待检测 猪基因组DNA，10ymol/L正向、反向引物量各0. 5y1，最后用ddH20补充至20y1，混匀，即 得PCR扩增反应体系。将PCR扩增反应体系在94-95°C预变性5min;进行如下循环36个： 94-95°C预变性30s，60°C退火30s，72°C延伸40s;72°C延伸7min，即得到PCR产物。
[0040] 对上述4个猪种的PCR产物经GelExtractionKit试剂盒（购自上海生物工程 技术有限公司，按照试剂盒说明书操作）纯化。每个猪种分别选10个个