一种黄麻炭疽病抗性基因区段的snp分子标记的制作方法
【技术领域】
[0001]本发明属于黄麻的育种技术领域，涉及一种黄麻炭疽病抗性基因区段的SNP分子
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【背景技术】
[0002]单核苷酸多态性(SNP，Single Nucleotide Polymorphisms)是指在基因组上单个核苷酸的变异形成的遗传标记，包括转换、颠换、缺失/插入等。其数量多，多态性丰富。从理论上来看，每一个SNP位点都可以有4种不同的变异形式。SNP在CG序列上出现较为频繁，多是C转换为T，这是因为是CG序列中的胞嘧啶(C)常被甲基化，而后自发地脱氨成为胸腺嘧啶(T)。SNP是第三代遗传标志，作物许多重要农艺性状差异都可能与SNP有关。SNP被广泛应用于遗传图谱构建、基因定位、品种鉴定等领域。如在DNA水平上筛查和检测与奶山羊泌乳性状密切相关的分子遗传标记的专利申请“奶山羊SCD基因的单核苷酸多态性及其检测方法”(公开号CN101705290A)。
[0003]黄麻(CorcAazm1 5Α?.)是继棉花之后最重要的天然纤维作物之一。目前，黄麻{Corchorus spp)广泛在亚热带和热带地区种植，主要分布在印度、孟加拉国、中国、乌兹别克斯坦、尼泊尔、越南、缅甸、津巴布韦、泰国与埃及等。由于黄麻韧皮部纤维具有可生物降解，可再生和天然纤维的特点，被称为黄金纤维。
[0004]众所周知，病虫害会大大降低了黄麻的产量与纤维品质。而炭疽病是影响黄麻生产的主要病害之一。炭疽菌在全国均有发生，尤其在温暖湿润的地区。炭疽菌可以危害到黄麻茎杆等，进而直接影响到黄麻的产量与品质，成为国内外黄麻生产和利用上的一大瓶颈。
[0005]目前，国内外黄麻SNP分子标记的研究仍十分有限，仅少数实验室开始了有关工作，如Biswas等进行黄麻SNP分子标记开发及其遗传连锁图谱构建(Biswas等，2015，Molecular Breeding, 35 (5): 1-10) 0鉴于黄麻SNP分子标记数目多，还有大量的未被发现，且开展黄麻炭疽病SNP标记对于黄麻纤维产量和品质的改良具有重要的应用价值。因此，开展黄麻炭疽病抗性基因区段的SNP分子标记的研究，对于开发具有我国知识产权的SNP标记显得十分迫切和必要。
【发明内容】
[0006]本发明的目的在于提供了黄麻炭疽病抗性基因区段的SNP分子标记及其核苷酸序列，为黄麻炭疽病抗性育种提供了新的分子标记。
[0007]本发明实现的技术方案:
本发明通过黄麻重组自交系群体基因组DNA的提取，BfaI与MseI酶切，产物纯化测序、SNP筛查分析确定基因型，根据测序检测到的基因型利用EXCEL软件进行数据处理，MapQTL 5.0软件用于基因型与炭疽病抗性表型的显著性差异分析，得到26个SNP分子标记。所述黄麻 SNP 分子标记编号为 Markerl0514，Markerl5132，Markerl5713，Marker23360，Markerl9857, Markerl3539, Markerl9482, Markerl6051, Marker27006, Markerl7579,Marker35896, Markerl9650, Marker35678, Marker27385, Marker28811, Marker32863,Marker23852, Marker25102, Marker33314, Marker28047, Marker35589, Marker32497,Marker27955, Marker26827，Marker30248，Marker32758，各编号所对应的黄麻 SNP 分子标记及其核苷酸序列为SEQ ID N0.1-26所示。
[0008]黄麻炭疽病抗性QTL qAR.AlO区段的26个SNP标记序列如下所示。
[0009]Markerl0514:GGTCATATAAACGGTCAATCTCTATGAAATTCTCGCGTTGCATAATCGATTTGGGTCAATTCAGTCCAAAAT
[A/G]TTTTGGATTATTTACATMarker15132:
ACCAATACATTCTTGTATATATACTAAA[T/C]AGTATTTGAAACATCTATTATCCTTTCCTTTCACATAAATGTTGTAATAAATTCTATCCCCMarkerl5713:
ACCCAAATCAACCTTACACCTGAGTTGTTAGCTCAACTGGTAGGTGGGTATATAGAAATTTATTCTGATTGTAATGAGATTTCACAC[A/G]AAMarker23360:
ATTCGAAGTCAAATTGACTAAAACACCAAATAATGAAAACTTTCTCTCGAATAATAAGT[C/T]GAGCTGAATTTGAGTTTCATTATACTCAACMarkerl9857:
CCTGATAATAGGAAAATGAGAAAAAAATGTTTTTCTTAT[A/-]GATGTTATGGAGCTTTCTATAATTCTTTTATCTGCTATTCAAGTGATAGTMarkerl3539:
AAAAAAACTCCAAATTATGCAGGTCTCTGCCAGTGGAATGTGCT[-/T]ACTTACAGGCTTTTTGGTATAAGATGATATATTGTTTTCCACAGAMarkerl9482:
AAAGATTCTAGATGCTTATGTTTGCCTTGTGGTCCTCATTTCTCAAACACAATTTTTTTCA[T/C]ATAGACTTTTGCTTGTTCTCACTCTGTGMarkerl6051:
GGTTGCGT[A/T]TGGTTTCGTGGTATGTAGTGGGAAAGTGTGGTAAGTCCTAGGAAAGTGTTACTTTTTTTTCACTTGTATTTCTCTTGTATTMarker27006:
TTCATTTTCCCCCAAACGCCAGACTTCTCTCCCTTTACTTTC[A/G]AATCGAGTTAGGGTTTCGAAATAATTTGGGGGTTTTGATTTCTGGGTMarkerI7579:
TCAGTATATATTTTTTGTTTTTGGTAAGTATGACTAATGGACATTA[C/G]GTAGAGTTGCCGAAACCCAAAATATCTACCTCCATTTTATTGTMarker35896:
TGTAGATAAATACATAACCCAATTAGTACCAAATTTAGC[C/T]GGTATTTATTGGTATTTTGGGATGCTTATGGTGTGGATTGTTTGTTTATTMarkerl9650:TGCACGTTATCT[G/T]GTACTTCTAGTTATTGGCTCTCTCTTGTTTGTCTATGTTTACAAACACGTGAAATTTTTATTTTTTTTTTATTTCATMarker35678:
AAATTGATATGATATTTTATGTATGTTGAGTAGGGATGGCAATC[C/-]CGGATTTAGAATGGATATCCGCTCCGTATCCGCTAAGAAATTCGTMarker27385:
GAAAATTTTGAAATGAATTGTCAATTTCATTTGGTTCCCATATA[T/C]ACGTTTCTTGATCTAATCTATGGAGAGATTCATTCAGTAAGTACAMarker28811:
TTTGTTTTCATTGAGAAAATAGGTATCGAGAAAGTTTCTCAA[TTG/GAC]TAACTAGAAATTATAATAGGTTGAAAAAAATATTCATCATTTGCGMarker32863:
ATAGTTTGGTCCAGTTATTGCCTTGATCATTATCATTCATCACCCTAAAAAACACCATTTACACATATTGC[T/A]ATCCCATTTAGTAGATCAMarker23852:
TTTGGT