一种snp标记及其应用
【专利说明】-种SNP标巧及其应用
[0001] 关联申请的香叉引用
[0002] 本申请要求于2015年8月26日提交的申请号为201510531321.9的中国专利申 请（该申请的发明名称为"一种SNP标记及其应用"）的优先权。该申请的全部内容通过引 用结合于本文中。
技术领域
[0003] 本发明设及一种生物标记，尤其设及一种SNP标记。本发明还设及用于鉴定该SNP 标记的探针及其应用。本发明进一步设及一种猪育种的方法，W及一种用于所述猪育种的 检测方法。
【背景技术】
[0004] 脂肪酸（FA)是细胞的基本组成部分，在机体内对存储能量，信息传递及代谢调 控等方面起着重要的作用。但是高含量的饱和脂肪酸对机体健康十分不利。比如花生酸 (arachidicacid),运是一种含有20个碳的饱和脂肪酸，主要W=酷甘油的形式存在。它 会降低猪肉品质，促使食用该猪肉的人体血液中低密度脂蛋白和总胆固醇含量的升高，弓I 发屯、脑血管疾病，对人体健康极为不利；而不饱和脂肪酸则有助于降低人体血液中低密度 脂蛋白和总胆固醇含量、提高免疫力和降低癌症风险。同时，花生酸会引起细胞内炎症因子 的表达，从而诱发较多疾病，如发热反应、败血症等。因此，本领域亟需优化猪肉中脂肪酸组 成，从而提高猪肉营养水平，从而能够生产出更高品质的猪肉。 阳0化]检测花生酸含量对猪很多疾病有非常重要的意义，但是目前并没有相关仪器进行 活体测量。另外将生猪进行屠宰测定，成本昂贵，且不能实现个体的直接选择，运使得基于 家系和表型测定的传统育种效率低下。通过捜寻发生酸的主效基因及其关键变异位点，并 利用运些位点作为分子标记选择花酸含量较低的优异猪种来生产，不需要详细的系谱记录 和后代表型信息，且可实现早期选种，能极大提高种猪肉质遗传改良的效率。
[0006] 目前花生酸的主效基因的置信区间较大，如2009年，Guo等利用194个微卫星 标记，采用连锁分析模型，将花生酸的主效基因的置信区间定位到40-50CM之间，长达 10. 5cM。2013年，Yang等利用苏太群体中将此区间缩小到4. 84Mb(38. 71 - 43. 53Mb)。但 是在此区间仍然无法确定真正的主效基因及其关键变异位点，仍然难W直接应用于种猪选 育改良。因此，本领域亟需一种能够有效地影响猪肉脂肪酸组分的SNP标记。
【发明内容】
[0007] 为了解决上述现有技术中存在的问题，本发明提供了一种新的影响猪肉脂肪酸组 分的SNP标记。
[000引本发明的一个目的在于，提供一种影响猪肉脂肪酸组分的SNP标记，所述SNP标 记位于猪16号染色体上的超长链脂肪酸延长延伸酶7基因巧L0VL7基因）的核巧酸序列 上，所述SNP标记为SEQIDNO: 1上的第8462位的位点上由G到A的突变，或者为SEQID NO: 1上的第11062位的位点上由C到T的突变。
[0009] 本发明通过现代分子生物学技术检测运两个关键标记位点的基因型，判定携带降 低饱和脂肪酸含量有利等位基因的个体。
[0010] 在本发明的一个优选的实施方式中，所述SNP标记为主效SNP标记。
[0011] 在本发明的一个优选的实施方式中，所述SNP标记的位点为国际猪基因组10. 2版 本参考序列猪16号染色体上g. 42561841核巧酸位点为G与A的突变，对应于SEQIDNO: 1 上的第8462位，或所述SNP标记的位点为国际猪基因组10. 2版本参考序列猪16号染色体 上g. 42564441核巧酸位点为C与T的突变，对应于沈QIDNO: 1上的第11062位。
[0012] 在本发明的一个优选的实施方式中，所述SEQIDNO: 1上的第8462位的位点与 SEQIDNO: 1上的第11062位的位点完全连锁。
[0013] 在本发明的一个优选的实施方式中，所述SEQIDN0:1上的第8462位的位点上由 G到A的突变和/或所述SEQIDNO: 1上的第11062位的位点上由C到T的突变会提高猪的 饱和脂肪酸、优选为花生酸的含量。在本发明的一个优选的实施方式中，所述SEQIDNO: 1 上的第8462位的位点上由G到A的突变和/或所述SEQIDNO: 1上的第11062位的位点 上由C到T的突变会提高猪的饱和脂肪酸、优选为花生酸的含量。
[0014] 本发明的另一个目的在于，提供一种SNP标记，其特征在于，所述SNP标记与上述 的SNP标记的连锁不平衡程度（r2)大于0. 8,优选大于0. 9,更优选大于0. 95。
[0015] 本发明的再一个目的在于，提供一种用于鉴定根据上述的SNP标记的探针，其特 征在于，所述探针的序列包括如沈QIDNO: 2、沈QIDNO: 3、沈QIDNO:4和沈QIDNO: 5 中的一种或多种、优选两种或多种所示的序列，或者
[0016] 所述探针的序列包括与沈QIDN0:2、SEQIDN0:3、SEQIDN0:4 和沈QIDN0:5 中的一种或多种、优选两种或多种互补的序列。 阳017] 在本发明的一个优选的实施方式中，所述探针的序列由如SEQID N0:2、SEQID N0:3、SEQID N0:4和SEQID N0:5中的一种或多种、优选两种或多种所示的序列构成，或 者 阳0化]所述探针的序列由与沈QIDN0:2、SEQIDN0:3、SEQIDN0:4和沈QIDN0:5中 的一种或多种、优选两种或多种互补的序列构成。
[0019] 其中，SEQIDNO: 2为检测8462位点上未突变型为G的探针，SEQIDNO: 3为检 测8462位点上突变型为A的探针，SEQIDN0:4为检测11062位点上未突变型为C的探针， SEQIDNO:5为检测11062位点上突变型为T的探针。
[0020] 在本发明的一个优选的实施方式中，SNP位点g. 42561841G〉A分型：WF2、苏太群 体、莱宪群体、二花脸群体和杜长大商业群体的基因组DNA为模板，利用ABI7900型实时巧 光定量PCR系统进行基因分型，反应体系如下：DNA模版1y1，前引（GGATGAATGGCATAGATAA AAAGATG) 0. 2y1，后引（GGTAGATCGCAATCCTTCAGTTTC) 0. 2y1，沈QIDNO: 20. 15y1，沈QID N0:3 0. 15yl，l'aqProbeMix5yl，加d地20补足至lOyl;反应条件如下：50°C预变性 2111111;94°(：变性10111111，95°(：153,60°(：153,40次循环。只有￥10巧光表明等位基因型是纯 合子GG;只有FAM巧光表明等位基因型是纯合子AA;VIC和FAM巧光都有表明等位基因型 是杂合子GA。 W21 ] 在本发明的一个优选的实施方式中，SNP位点g. 425644410T分型：WF2、 苏太群体、莱宪群体、二花脸群体和杜长大商业群体的基因组DM为模板，利用ABI7900型实时巧光定量PCR系统进行基因分型，反应体系如下：DM模版liil，前引 (CCACCAGAGTCATTCTTACAAGGA)O. 2yl，后引（ACTGTAGGCAGTCTTTTAAGGCTCTT)O. 2yl，沈Q IDN0:40. 15yl，沈QIDN0:50. 15yl，l'aqProbe Mix5yl，加d地20补足至lOyl;反应 条件如下：50°C预变性2min;94°C变性lOmin，95°C15s，60°C15s，40次循环。只有VIC巧 光表明等位基因型是纯合子CC;只有FAM巧光表明等位基因型是纯合子TT;VIC和FAM巧 光都有表明等位基因型是杂合子CT。
[0022] 本发明的另一个目的在于，提供一种根据上述的SNP标记或者根据上述的探针在 种猪肉质性状遗传改良中的应用；优选的，所述种猪肉质性状遗传改良能够降低饱和脂肪 酸、优选花生酸的含量。
[0023] 在本发明的一个优选的实施方式中，所述种猪选自白色杜洛克X二花脸猪F2资 源群体、苏太猪、莱宪猪、二花脸猪、杜长大商业群体及含有上述猪血统的合成系和配套系 猪种中的一种或多种。
[0024] 在本发明的一个优选的实施方式中，利用所鉴别的主效标记信息开展种猪选育， 利用标记辅助选择（MA巧选择有利基因型个体留种生产，W降低饱和脂肪酸含量，改良猪 肉品质。
[0025]本发明的有一个目的在于，提供一种猪育种方