一种LncRNA及其在作为前列腺癌检测标记物或前列腺癌预后复发标记物中的应用
【技术领域】
[0001] 本发明属于生物医药领域，具体涉及一种LncRNA及其在作为前列腺癌检测标记 物或前列腺癌预后复发标记物中的应用。
【背景技术】
[0002] 人体中编码蛋白质的基因大约有2-3万个，仅占人类基因组的2%，其余98%不 编码蛋白质的基因组DNA最初被认为是没有功能的，是生物体中的垃圾，通常被称为"垃圾 DNA"。
[0003] 但目前的研究表明，这些垃圾DNA大多可转录产生非编码RNA (non-coding RNA， ncRNA)。根据成熟转录本大小的不同，ncRNA可分为小分子ncRNA (如siRNA，miRNA，piRNA 等），中等长度 ncRNA(70_200nt)和长 ncRNA(long ncRNA，LncRNA，>200nt) 〇
[0004] 目前，ncRNA领域研究较多的是小分子ncRNA，而对LncRNA的研究还处于起步阶 段。由于序列内部存在过多的终止密码子，LncRNA不能被翻译成蛋白质，他们通常是以RNA 转录本的形式行使其生物学功能，如发育过程中的细胞分化、细胞增殖、细胞凋亡和类固醇 代谢等。
[0005] 最近的研究发现LncRNA与肺癌、非霍杰金淋巴瘤、皮肤T细胞淋巴瘤和慢性淋巴 细胞白血病等肿瘤疾病有关。这表明LncRNA与细胞的癌变有着极为密切的联系，LncRNA在 细胞增殖、分化和癌变中发挥着重要的作用。
[0006] 前列腺癌是男性生殖系最常见的恶性肿瘤，发病率随年龄增大而增长，在欧美地 区发病率较高，在男性中是仅次于肺癌的第二大常见癌症死亡率。我国随着人口老龄化，近 年来前列腺癌发病率有所增加。然而前列腺癌的病理检出率和经验临床上的发病率有很大 差异，目前还没有一种有效的办法来指导前列腺癌的复发。
[0007] 而发现前列腺癌预后复发相关LncRNA可能会对前列腺癌预后复发的诊断及基因 治疗具有重要的临床指导意义。
【发明内容】
[0008] 本发明提供了一种LncRNA，该LncRNA的异常表达与前列腺癌发生相关，能够作为 前列腺癌检测标记物或前列腺癌预后复发标记物。
[0009] -种LncRNA，为以下核酸分子中的至少一种：
[0010] (l)cDNA 序列如 SEQ ID No. 1、SEQ ID No. 2、SEQ ID No. 3、SEQ ID No. 4 或 SEQ ID No. 5 所示的核酸分子（依次为 Linc00657、SNHG15、FTX、MIR17HG、C0LCA1);
[0011] (2)与 cDNA 序列如 SEQ ID No. 1、SEQ ID No. 2、SEQ ID No. 3、SEQ ID No. 4 或 SEQ ID No. 5所示核酸分子具有90%及以上同源性的核酸分子。
[0012] 本发明发现，Linc00657 (其 cDNA 序列如 SEQ ID No. 1)、SNHG15 (其 cDNA 序列如 SEQ ID No.2)、FTX (其 cDNA 序列如 SEQ ID No.3)、MIR17HG (其 cDNA 序列如 SEQ ID Νο·4) 和C0LCA1 (其cDNA序列如SEQ ID No. 5)这五个LncRNA分子在前列腺正常组织或者癌旁 组织中不表达或表达量很低，在前列腺癌组织中的表达量显著提高；因此能够作为前列腺 癌检测标记物，成为检测前列腺癌的辅助检测手段。
[0013] 因此，本发明还提供了所述LncRNA在作为前列腺癌检测标记物中的应用。
[0014] 其次，与预后的前列腺癌组织相比，这五个LncRNA分子在预后复发的前列腺癌组 织中存在显著高表达；因此这五个LncRNA分子也能够作为前列腺癌组织预后复发标记物， 成为诊断前列腺癌预后复发的辅助检测手段。
[0015] 因此，本发明还提供了所述LncRNA在作为前列腺癌预后复发标记物中的应用。
[0016] 同时，这五个LncRNA分子在T1期前列腺癌组织和T2期前列腺癌组织中也存在差 异表达，体现为SNHG15、FTX、MIR17HG、C0LCA1在T2期前列腺癌组织中高表达，而Linc00657 则在T1期前列腺癌组织中高表达；因此这五个LncRNA分子还能够作为前列腺癌临床分期 的指标，成为诊断前列腺癌临床分期的辅助检测手段。
[0017] 因此，本发明还提供了所述LncRNA在作为前列腺癌临床分期指标中的应用。
[0018] RNA的人工合成成本较高，因此本发明还提供了所述LncRNA的编码序列；以及含 有所述编码序列的载体。所述载体可以是表达单元、重组载体或者转化子。
[0019] 进一步地，本发明还提供了所述LncRNA在制备用于检测前列腺癌的制剂、芯片或 试剂盒中的应用；所述LncRNA在制备用于诊断前列腺癌临床分期的制剂、芯片或试剂盒中 的应用；以及所述LncRNA在制备用于诊断前列腺癌预后复发的制剂、试剂盒或芯片中的应 用。
[0020] 利用所述制剂、试剂盒或芯片检测被试样品和对照样品中所述LncRNA的表达水 平，通过对被试样品和对照样品中LncRNA表达水平进行比较分析可以辅助判断是否存在 前列腺癌或辅助判断前列腺癌预后复发的情况：
[0021] 若被试样品的LncRNA表达水平显著提高、超过对照样品中LncRNA表达水平的两 倍以上，且P值显示有显著性差异，则可以初步判断为存在罹患前列腺癌的风险或存在前 列腺癌预后复发的风险，罹患前列腺癌或前列腺癌预后复发可能性大。
[0022] 同时，还可用于辅助判断前列腺癌的临床分期：
[0023] 若被试样品中，SNHG15、FTX、MIR17HG、C0LCA1的表达水平显著提高或/和 Linc00657的表达水平显著降低，则预示患者所患的前列腺癌极有可能发展到了临床原发 性肿瘤T2期。
[0024] 可供检测的样品可以是分离的体液、淋巴结样本或组织样本，其中体液可以是血 清、血浆、组织液、口腔唾液、尿液等。可采用的检测手段包括核酸杂交法（如芯片杂交、 Northern杂交、原位杂交）、PCR扩增法（如荧光实时定量PCR法）。
[0025] 为便于采用核酸杂交法进行检测，本发明还提供了一种用于检测所述LncRNA的 特异性探针。本发明具体提供了一种LNA (locked nucleic acid)探针，该LNA探针为以下 第（VI)类、第（VII)类、第（麗）类、第（K )类和第（X )类中的至少一类：
[0026] 其中，第（VI)类，选自（VI-1) :5' -AACCTTCTTCTCTTCCTTCTCAGGTCT-3'，或 (VI -2) :5' -AAGTTTTCCTACG+A+ATTTCAACACAAA-3'，其中，序列中斜体加粗的碱基是 LNA 碱 基（下同）；用于检测Linc00657或与Linc00657具有90%及以上同源性的核酸分子；
[0027] 第（W)类选自（W-1) :5' -CAGTAAGCTCTTCCACTTTGAGACCGT-3'，或（W _2): 5' -CCCCTCTAGCTCCAGCATCTTGGGATT-3'，用于检测 SNHG15 或与 SNHG15 具有 90%及以上同 源性的核酸分子；
[0028] 第（VDI)类选自（W-1) :5' -AATGTTGCTCTTGACCAATGACAAGTT-3'，或（VID -2): 5' -TGGCTTACACTACACTTTATGCCAAAT-3'，用于检测FTX或与FTX具有90%及以上同源性的 核酸分子；
[0029] 第（IX )类选自（IX -1) :5' -TGAGTTGTTCTCCAGGAAGTTGCAGGC-3'，或（IX -2): 5'-(：1^61'1'(^6640441'1'1'(：7^4046(：1'-3'，用于检测]\01?17邢或与]\01?17邢具有90%及以上 同源性的核酸分子；
[0030] 第（X)类选自（X-l):5' -TGTGTTTCCCTCTGTATTTGACACATT-3'，或（X -2):5'_11^1^1^〇^(^6〇 ：71^71'6^从-3'，用于检测〇^〇^或与〇^〇^具有 90%及以上同 源性的核酸分子。
[0031] 进一步地，本发明还提供了一种用于检测前列腺癌、诊断前列腺癌肿瘤大小或诊 断前列腺癌预后复发的芯片，该芯片中含有所述特异性探针。
[0032] 所述芯片一般包括固相载体，该固相载体上有序地固定有所述特异性探针，该特 异性探针特异性地对应于所述LncRNA的全部或部分序列。
[0033] 为便于采用PCR扩增法进行检测，本发明还提供了一种用于检测所述LncRNA的特 异性引物。
[0034] 所述特异性引物选自以下第（I )类、第（II )类、第（III)类、第（IV )类和第 (V)类中的至少一类：其中，第（I )类用于检测Linc00657或与Linc00657具有90%及 以上同源性的核酸分子，选自以下引物对中的其中一对：
[0035] ( I -1)上游引物：如 SEQ ID No. 6 ;下游引物：如 SEQ ID No. 7 ;
[0036] ( I -2)上游引物：如 SEQ ID No. 8 ;下游引物：如 SEQ ID No. 9 ;
[0037] ( I -3)上游引物：如 SEQ ID No. 10 ;下游引物：如 SEQ ID No. 11 ;
[0038] ( I -4)上游引物：如 SEQ ID No. 12 ;下游引物：如 SEQ ID No. 13 ;
[0039] 第（II )类用于检测SNHG15或与SNHG15具有90%及以上同源性的核酸分子，选 自以下引物对中的其中一对：
[0040] ( II -1)上游引物：如 SEQ ID No. 14 ;下游引物：如 SEQ ID No. 15 ;
[0041] ( Π -2)上游引物：如 SEQ ID No. 16 ;下游引物：如 SEQ ID No. 17 ;
[0042] ( II -3)上游引物：如 SEQ ID No. 18 ;下游引物：如 SEQ ID No. 19 ;
[0043] ( II _4)上游引物：如 SEQ ID No. 20 ;下游引物：如 SEQ ID No. 21 ;
[0044] 第（III)类用于检测FTX或与FTX具有90%及以上同源性的核酸分子，选自以下 引物对中的其中一对：
[0045] (III -1)上游引物：如 SEQ ID No. 22 ;下游引物：如 SEQ ID No. 23 ;
[0046] (III -2)上游引物：如 SEQ ID No. 24 下游引物：如 SEQ ID No. 25 ;
[0047] (III -3)上游引物：如 SEQ ID No. 26 ;下游引物：如 SEQ ID No. 27 ;
[0048] (III _4)上游引物：如 SEQ ID No. 28 ;下游引物：如 SE