稻米胶稠度控制基因pul分子标记及应用
【技术领域】
[0001] 本发明属于农业生物技术工程领域，特别设及与稻米胶稠度控制基因 PUL有关的 分子标记及其应用。
【背景技术】
[0002] 高产、优质一直是水稻育种长期追求的目标。经过长期的努力，尤其是杂交稻技术 的利用，我国在水稻生产上取得了举世公认的成就。但是由于过去一直把如何解决人们的 溫饱问题放在第一位，故而水稻育种工作的重点大部分集中于水稻高产新品种的培育，从 而导致优质稻米的育种严重滞后，特别是一些高产的杂交稻品质普遍偏差。
[0003] 导致稻米品质改良进展较慢的另一个主要原因是稻米品质遗传的复杂性和传统 育种手段的局限性。稻米的品质性状包括外观品质、加工品质、蒸煮品质、营养品质和食味 品质等诸多方面，而稻米蒸煮品质是评价稻米品质的最重要指标。蒸煮品质是指稻米在蒸 煮过程中所表现出来的特性，主要由直链淀粉含量(Amylose Content，AC)、胶稠度(Gel Consistency，GC)、糊化溫度（Gelatinization Temperature ,GT)S个理化指标来评价。不 同稻米品种的稻米品质变化范围很大，即使在同一杂交组合后代中不同个体也有较大的差 异，运说明稻米品质不仅仅受到单个基因的控制，可能受到多个基因的共同控制。GC是影响 稻米品质重要的理化指标，早期的研究表明稻米GC是由主效基因和若干微效基因的调控 [1，2]。随后的研究发现稻米GC的遗传还受细胞质效应、胚乳基因型及互作效应的共同控制 [3LGC是一个比较复杂的品质性状，各品种的差异较大，遗传基础比较复杂，所W研究进展 一直较慢，并且各实验室对GC的QTL分析结果差异比较大。Tan等[4巧日Tian等[5]都认为第6 染色体Wx或与其紧密连锁的1个基因对胶稠度起主要控制作用。然而，He等[6]和Li等[7]均 认为胶稠度主要由第2和7染色体上的QTL共同控制。另外，黄祖六等[引对控制稻米胶稠度 的数量性状位点进行了研究，发现其主要受位于第3染色体的2个连锁位点控制。
[0004] 传统育种手段的局限性是导致稻米品质改良进展较慢的另一个主要原因。传统育 种方法主要是对有利目标性状进行定向选择和固定，培育出优良新品种，运具有很大的盲 目性和不可预测性[9]。并且，个体选择的方法是对符合育种目标的农艺性状进行直接选 择，即选择的是个体表现型而不是基因型。由于基因间存在一因多效、多因一效、调控基因 W及修饰基因等的作用，个体的表现型与基因型往往存在较大差异，因而通过田间表型性 状进行个体选择的准确性较差。分子标记辅助选择(Marker-assisted Selection,MAS)技 术给水稻育种提供了新的途径，与传统育种技术相结合可大大提高育种效率，缩短育种周 期。MAS的核屯、是把常规育种中的表型选择转化为基因型选择，它直接反映了 DNA的序列差 异，不受基因表达的影响，结果可靠性强，并且不受植物的生长发育阶段及环境条件的影响
[10]。
[0005] 上文中设及的参考文献如下：
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[0016] 另，专利号2010102312071的发明《水稻稻米胶稠度调控基因分子标记及其应用》 告知了水稻中控制胶稠度的基因调控网络是由1个主效基因(Wx)和3个微效基因(AGPiso、 SBE3和ISA)组成的，能利用WxMl引物、WxM巧I物辅助鉴别具有不同稻米胶稠度的水稻。运些 标记能用于龙特普B，桂潮2号，9308,明恢63等15个品种及其后代的检测。
【发明内容】
[0017] 本发明要解决的技术问题是提供一种与稻米胶稠度控制基因 PUL有关的分子标记 及其用途，本发明所得的分子标记PUL-m为稻米胶稠度控制基因 PUL的基因标记，能用于水 稻不同稻米胶稠度的鉴别和/或其后代辅助选择育种。
[0018] 为了解决上述技术问题，本发明提供一种稻米胶稠度控制基因 PUL的分子标记 P化-m，W水稻作为物种，所述分子标记引物选自下列引物对，其中的核巧酸序列为5/^3/，
[0019] PUL-m 正向：ATCTGATTGAGGCTAGTTTCTGA
[0020] 反向:ATCAACGATCACCAAACATCA。
[0021] 备注说明：
[0022] 引物PU^m PCR扩增所得的分子标记PU^m在日本晴中的序列为： ATCTGATTGAGGCTAGTTTCTGAAATTCACATTGAGCTTCCCTTTTATTCAATCAAGTGTTTGACTGGAGATAAAAC TTGGTGTTTGTTAAGTTCTACCTAGTTGTTAATAGTTAGTCCCTAGTTTTGCTTTTGTGGGTGTCCCTTTAAACTGT TCACTTCCTGGTCCTGCCACATAATTGCCTAGATGTGGATATGAAGGTGTCTTTTGGTAGTCTAGTTATCCTGTTAT CTAGTGATGTTTGGTGATCGTTGAT；
[0023] 引物PUL-m PCR扩增所得的分子标记PUL-m在特青中的序列为： ATCTGATTGAGGCTAGTTTCTGAAATTCACATTGAGCTTCCCTTTTAAGTTCTACCTAGTTGTTAATAGTTAGTCCC TAGTTTTGCTTTTGTGGGTGTCCCTTTAAACTGCTCACTTCCTGGTCCTGCCACAGAACTGCCTAGATATGGATATG AAGGTGTCTTTTGGTAGTCTAGTTATCCTGTTACCTAGTGATGTTTGGTGATCGTTGATo
[0024] 本发明还同时提供了上述分子标记PUL-m的用途：用于水稻不同稻米胶稠度的鉴 别和/或其后代辅助选择育种。
[0025] 作为本发明的分子标记PUL-m的用途的改进:当为日本晴和特青的后代时，选择后 代中带