本发明涉及在受试者中与晚期结直肠肿瘤(acn),例如结直肠癌(crc)的较高风险相关的鉴定的生物标志物。生物样品中这些生物标志物的检测和测量结果可以用于告知临床医生是否需要进一步的侵入性手术,包含结肠镜检查或乙状结肠镜检查,以提供受试者结直肠癌的明确诊断。
背景技术:
1、结直肠癌(crc),也被称为结肠癌或肠癌,是全球男性癌症的第三大常见病因,也是女性癌症的第二大常见病因。2018年,crc新增病例超过180万例,其中澳大利亚的年龄标准化率约为每100,000人中37人患病,居世界第十一位。不幸的是,30%至50%的患者在出现时有隐性或显性转移,并且一旦肿瘤发生转移,预后非常差,五年存活率低于10%(etzioni等人,(2003)《癌症自然评论(nat rev cancer)》3:243-252)。相比之下,在肿瘤仍处于局部状态时,超过90%的患者在5年后仍能存活,并且可以认为已经治愈。因此,结直肠病变的早期检测将显著降低结肠癌的影响。
2、目前广泛用于诊断结直肠癌的筛查测定是粪便潜血测试(fobt)、柔性乙状结肠镜检查和结肠镜检查(lieberman(2010)《胃肠病学(gastroenterology)》138:2115-2126)。虽然fobt对结直肠癌的特异性相当高(92%至95%),但在结肠镜检查中发现患有结直肠癌的fobt阳性受试者比例较低(约3%至4%)。因此,所有阳性fobt都必须进行结肠镜检查。采样由个体在家中进行,并且需要至少分析两个连续的粪便样品以达到最佳灵敏度。一些版本的fobt也要求在采样前限制饮食。fobt对早期癌性病变也缺乏灵敏度,因为这些病变不像更晚期的癌症那样频繁地在肠道内流血,但治疗最成功的是这些早期病变。
3、虽然fobt筛查确实降低了结直肠癌的死亡率,但其依从率较低(30%至40%),部分原因是测试的不愉快性质限制了其作为筛查工具的实用性。结肠镜检查是目前的金标准,并且具有大于90%的特异性,但其侵入性强且成本高,并发症风险小但有限(每1000次手术2.1次)(levin,(2004)《胃肠病学》127:1841-1844)。开发一种快速、特异性、廉价的基于血液的测定将克服其它筛查测试中常见的依从性问题,并捕获更多具有crc风险的受试者。
技术实现思路
1、本公开基于与受试者中结直肠癌的较高风险相关的基于血液的生物标志物的鉴定。诸位发明人还鉴定了对男性和女性具有性别特异性的生物标志物组合。本发明涉及生物标志物的特异性组合以及用于诊断和检测结直肠癌的方法,并且涉及用于鉴定具有结直肠癌风险的受试者的方法。
2、因此,在第一方面,本公开提供了用于诊断结直肠癌和/或鉴定疑似患有或具有患有结直肠癌的较大风险的受试者的方法,所述方法包括:
3、确定从所述受试者获得的生物样品中的一组生物标志物的测量结果,所述组至少包括脑源性神经营养因子(bdnf)和肿瘤m2-pk;
4、其中所述测量结果包括测量所述组中的所述生物标志物中的每种生物标志物的水平。
5、在根据第一方面的一个实例中,确定测量结果包括通过使所述样品与可检测结合剂接触来检测生物样品中的至少bdnf和m2pk(以及一种或多种其它生物标志物),所述可检测结合剂与所述生物标志物特异性结合。在另外的实例中,所述方法包括使用检测测定检测特异性结合剂与所述生物标志物之间的特异性结合。在一个实例中,所述检测测定是elisa测定。在另外的实例中,确定测量结果包括测量所述生物样品中的生物标志物的浓度。在另外的实例中,确定测量结果包括执行统计分析。在另一个实例中,所述方法包括将所述生物标志物浓度输入本文所述的算法中。
6、在根据本文任何方面的一个实例中,所述方法进一步包括确定一种或多种另外的生物标志物的测量结果,所述一种或多种另外的生物标志物选自由以下组成的组:dkk3、tgfβ1、igfbp2、timp1、il6、il8、tnfα、igfii、脂质运载蛋白、m30、m65、mac2bp、mmp1、mmp7、mip1b和il13。在另一个实例中,所述一种或多种另外的生物标志物选自由以下组成的组:dkk3、tgfβ1、igfbp2、tnfα、timp1、il8、mip1b和mac2bp。
7、在根据第一方面的一个实例中,所述方法包括确定一组至少三种生物标志物的测量结果,其中所述组至少包括bdnf和m2pk。
8、在另外的实例中,所述至少三种生物标志物包括bdnf和m2pk以及另外的选自由以下组成的组的生物标志物:dkk-3、tnfα、il-8、mac2bp和igfbp2。
9、在根据第一方面的一个实例中,所述三个生物标志物组包括以下或由以下组成:
10、i)bdnf、m2pk、dkk-3;ii)bdnf、m2pk、tnfα;iii)bdnf、m2pk、il-8;iv)bdnf、m2pk、mac2bp;或v)bdnf、m2pk、igfbp2。
11、在根据第一方面的另一个实例中,所述方法包括确定一组至少四种生物标志物的测量结果,其中所述组至少包括bdnf和m2pk。在另外的实例中,所述至少四种生物标志物包括bdnf、m2pk以及两种选自由以下组成的组的生物标志物:dkk3、tnfα、igfbp2、timp1、mip1β、mmp7、mmp1、igfii和il-8。
12、在另外的实例中,所述至少四种生物标志物包括bdnf、m2pk以及两种选自由以下组成的组的生物标志物:dkk3、igfbp2、timp1和il-8。.在另外的实例中,所述至少四种生物标志物包括bdnf、m2pk以及两种选自由以下组成的组的生物标志物:dkk3、igfbp2和timp1。在根据第一方面的一个实例中,所述四种生物标志物包括dkk3、m2pk、igfpb2和bdnf。
13、在根据第一方面的另一个实例中,所述四种生物标志物包括以下或由以下组成:
14、i)bdnf、m2pk、il8、tnfα;ii)bdnf、m2pk、il8、mip1b;iii)bdnf、m2pk、il8、dkk3;iv)bdnf、m2pk、mmp1、dkk3;v)bdnf、m2pk、il8、igfbp2;vi)bdnf、m2pk、il8、timp1;vii)bdnf、m2pk、mmp7、tnfα;viii)bdnf、m2pk、il8、mmp1;ix)bdnf、m2pk、igfbp2、tnfα;或x)bdnf、m2pk、il8、igfii。
15、在根据第一方面的另一个实例中,所述方法包括确定一组至少四种生物标志物的测量结果,其中所述组至少包括bdnf、m2pk、il-8和以及自由以下组成的组的另外的生物标志物:dkk3、tnfα、igfbp2、timp1、mip1β、mmp7、mmp1和igfii。
16、在根据第一方面的另一个实例中,所述方法包括确定一组至少五种生物标志物的测量结果,其中所述组至少包括bdnf和m2pk,以及三种或更多种选自由以下组成的组的生物标志物:dkk3、tnfα、tgfβ1、脂质运载蛋白、igfbp2、mac2bp、mip1β、mmp7和il-8。
17、在一个实例中,所述五个生物标志物组包括以下或由以下组成:
18、i)bdnf;m2pk;il8;tnfα;mip1β;ii)bdnf;m2pk;il8;脂质运载蛋白;dkk3;iii)bdnf;m2pk;il8;tgfβ1;dkk3;iv)bdnf;m2pk;il8;tnfα;tgfβ1;v)bdnf;m2pk;igfbp2;tnfα;dkk3;vi)bdnf;m2pk;il8;mmp7;dkk3;vii)bdnf;m2pk;il8;tnfα;dkk3;viii)bdnf;m2pk;il8;igfbp2;mip1β;ix)bdnf;m2pk;il8;mac2bp;dkk3;或x)bdnf;m2pk;il8;tnfα;mac2bp。
19、在根据第一方面的另一个实例中,所述方法包括确定一组至少五种生物标志物的测量结果,其中所述组至少包括bdnf和m2pk,以及三种或更多种选自由以下组成的组的生物标志物:timp1、dkk3、tnfα、tgfβ1、脂质运载蛋白、igfbp2、mac2bp、mip1β、mmp7和il-8。在一个实例中,所述组至少包括bdnf和m2pk以及三种或更多种选自由以下组成的组的生物标志物:timp1、dkk3、igfbp2、mac2bp、il13和il-8。
20、在一个实例中,所述五个生物标志物组包括pkm2(也称为m2pk)、bdnf、dkk3、igfbp2和timp1。
21、在一个实例中,所述五个生物标志物组包括dkk3、m2pk、mac2bp、igfbp2和bdnf。
22、在根据第一方面的另一个实例中,所述方法包括确定一组至少六种生物标志物的测量结果,其中所述组至少包括bdnf和m2pk,以及四种或更多种选自由以下组成的组的生物标志物:dkk3、tnfα、igfbp2、mip1β、tgfβ1、mmp1、mac2bp、igfii、脂质运载蛋白、il6、m30和il-8。
23、在根据第一方面的一个实例中,所述六个生物标志物组包括以下或由以下组成:
24、i)bdnf;m2pk;mip1β;dkk3;igfbp2;tnfα;ii)bdnf;m2pk;mip1β;dkk3;igfbp2;mmp1;iii)bdnf;m2pk;mac2bp;dkk3;igfbp2;tnfα;iv)bdnf;m2pk;脂质运载蛋白;dkk3;igfbp2;tnfα;v)bdnf;m2pk;il6;dkk3;igfbp2;tnfα;vi)bdnf;m2pk;il8;dkk3;脂质运载蛋白;tgfβ1;vii)bdnf;m2pk;il8;mip1b;tgfβ1;tnfα;viii)bdnf;m2pk;il8;mip1b;igfii;tnfα;ix)bdnf;m2pk;il8;m30;tgfβ1;tnfα;或x)bdnf;m2pk;il8;dkk3;igfii;tnfα。
25、在根据第一方面的另一个实例中,所述方法包括确定一组至少七种生物标志物的测量结果,其中所述组至少包括bdnf和m2pk,以及五种或更多种选自由以下组成的组的生物标志物:tnfα、dkk3、mip1β、il8、mmp1、igfbp2、脂质运载蛋白、mac2bp、il6、mmp7、igfii、m65、timp1和tgfβ1。在一个实例中,所述方法包括确定一组至少七种生物标志物的测量结果,其中所述组至少包括bdnf、m2pk和tnfα,以及四种或更多种选自由以下组成的组的生物标志物:dkk3、mip1β、il8、mmp1、igfbp2、脂质运载蛋白、mac2bp、il6、mmp7、igfii、m65、timp1和tgfβ1。在一个实例中,所述方法包括确定一组至少七种生物标志物的测量结果,其中所述组至少包括bdnf、m2pk、tnfα和dkk3,以及三种或更多种选自由以下组成的组的生物标志物:mip1β、il8、mmp1、igfbp2、脂质运载蛋白、mac2bp、il6、mmp7、igfii、m65、timp1和tgfβ1。
26、在根据第一方面的另一个实例中,所述方法包括确定一组至少八种生物标志物的测量结果,其中所述组至少包括bdnf和m2pk,以及六种或更多种选自由以下组成的组的生物标志物:dkk3、tnfα、mip1β、il8、mmp1、igfbp2、脂质运载蛋白、mac2bp、il6、mmp7、igfii、m65、timp1、tgfβ1和il13。在一个实例中,所述组包括bdnf、m2pk和dkk3以及五种或更多种选自由以下组成的组的生物标志物:tnfα、mip1β、il8、mmp1、igfbp2、脂质运载蛋白、mac2bp、il6、mmp7、igfii、m65、timp1、tgfβ1和il13。在一个实例中,所述组包括bdnf、m2pk、dkk3和igfbp2以及四种或更多种选自由以下组成的组的生物标志物:tnfα、mip1β、il8、mmp1、脂质运载蛋白、mac2bp、il6、mmp7、igfii、m65、timp1、tgfβ1和il13。
27、在根据第一方面的另一个实例中,所述方法包括确定一组至少四种生物标志物的测量结果,其中所述组至少包括bdnf、dkk3和m2pk,以及一种或多种选自由以下组成的组的生物标志物:tnfα、mip1β、il8、mmp1、igfbp2、脂质运载蛋白、mac2bp、il6、mmp7、igfii、m65、timp1、tgfβ1和il13。
28、在根据第一方面的另一个实例中,所述方法包括确定一组至少五种生物标志物的测量结果,其中所述组至少包括dkk3、igfbp2、bdnf和m2pk,以及一种或多种选自由以下组成的组的生物标志物:tnfα、mip1β、il8、mmp1、脂质运载蛋白、mac2bp、il6、mmp7、igfii、m65、timp1、tgfβ1和il13。
29、在根据第一方面的另一个实例中,所述方法包括确定表7、8、9、10、11、12、13、14或15中呈现的一组生物标志物的测量结果。
30、在一些实例中,本公开的方法还设想将所述受试者的年龄和/或性别作为生物标志物纳入本文所述的生物标志物组中。
31、在一些实例中,本公开的方法还设想将所述受试者的年龄作为生物标志物纳入本文所述的生物标志物组中。在一个实例中,受试者的年龄是以年为单位的年龄。在根据第一方面的另一个实例中,所述方法包括确定表16、17、18、19、20、21、22、23或24中呈现的一组生物标志物的测量结果。
32、在一些实例中,本公开的方法还设想将所述受试者的性别作为生物标志物纳入本文所述的生物标志物组中。通过将样品从男性和女性中分离出来并分别进行分析,可以将性别作为因素纳入所述方法中。可替代地,可以通过为女性赋任意值,并且为男性赋不同的任意值,将性别作为因素纳入逻辑回归算法中。在一个实例中,可以通过为男性和女性赋任意值(例如,女性为1.1,并且男性为1.0)将所述受试者的性别作为因素纳入逻辑回归算法中。
33、本发明人还确定了与男性和女性特别相关的生物标志物组。
34、在第二方面,本公开提供了用于诊断结直肠癌和/或鉴定疑似患有或具有患有结直肠癌的较大风险的受试者的方法,其中所述受试者为女性,所述方法包括:
35、确定从所述受试者获得的生物样品中的一组生物标志物的测量结果,所述组至少包括脑源性神经营养因子(bdnf)和肿瘤m2-pk,
36、其中所述测量结果包括测量所述组中的所述生物标志物中的每种生物标志物的水平。
37、在根据第二方面的一个实例中,所述方法包括确定一组至少三种生物标志物的测量结果,其中所述组至少包括bdnf和m2pk以及另外的选自由以下组成的组的生物标志物:tnfα、igfbp2、timp1、mip1β、mmp7、mmp1、igfii、m65、m30、脂质运载蛋白、il8、il13、mac2bp、tgfβ1和il6,优选地选自由以下组成的组:mip1β、mmp1、脂质运载蛋白、il13、il8、mac2bp和il6。
38、在根据第二方面的另一个实例中,所述三个生物标志物组包括以下或由以下组成:
39、(i)bdnf;m2pk;il8;ii)bdnf;m2pk;mac2bp;iii)bdnf;m2pk;mmp1;iv).bdnf;m2pk;脂质运载蛋白;v)bdnf;m2pk;il13;vi)bdnf;m2pk;mip1β;或vii)bdnf;m2pk;il6。
40、在根据第二方面的另一个实例中,所述方法包括确定一组至少四种生物标志物的测量结果,其中所述组至少包括bdnf和m2pk以及两种选自由以下组成的组的生物标志物:tnfα、igfbp2、timp1、mip1β、mmp7、mmp1、igfii、m65、m30、脂质运载蛋白、il8、il13、mac2bp、tgfβ1和il6,优选地选自由以下组成的组:tnfα、mip1β、mmp1、igfii、脂质运载蛋白、il8、il13、mac2bp、tgfβ1和il6。
41、在根据第二方面的另一个实例中,所述四个生物标志物组包括以下或由以下组成:
42、i)bdnf、m2pk、il8、mmp1;ii)bdnf、m2pk、il8、脂质运载蛋白;iii)bdnf、m2pk、il8、il6;iv)bdnf、m2pk、il8、mip1β;v)bdnf、m2pk、il8、mac2bp;vi)bdnf、m2pk、il8、tgfβ;vii)bdnf、m2pk、il8、il13;viii)bdnf、m2pk、il8、igfii;ix)bdnf、m2pk、il8、tnfα;或x).bdnf、m2pk、tgfβ1、mmp1。
43、在根据第二方面的另一个实例中,所述方法包括确定一组至少五种生物标志物的测量结果,其中所述组至少包括bdnf和m2pk以及三种选自由以下组成的组的生物标志物:tnfα、igfbp2、timp1、mip1β、mmp7、mmp1、igfii、m65、m30、脂质运载蛋白、il13、mac2bp、tgfβ1和il6,优选地选自由以下组成的组:tnfα、mip1β、mmp1、igfii、il8、il13、mac2bp、tgfβ1和il6。
44、在根据第二方面的另一个实例中,所述方法包括确定一组至少五种生物标志物的测量结果,其中所述组至少包括bdnf、m2pk和il-8以及两种选自由以下组成的组的生物标志物:tnfα、igfbp2、timp1、mip1β、mmp7、mmp1、igfii、m65、m30、脂质运载蛋白、il13、mac2bp、tgfβ1和il6,优选地选自由以下组成的组:tnfα、mip1β、mmp1、igfii、脂质运载蛋白、il13、mac2bp、tgfβ1和il6。
45、在根据第二方面的另一个实例中,所述五个生物标志物组包括以下或由以下组成:
46、i)bdnf、m2pk、il8、tgfβ1、tnfα;ii)bdnf、m2pk、il8、tnfα、mmp1;iii).bdnf、m2pk、il8、tgfβ1、mmp1;iv)bdnf、m2pk、il8、tgfβ1、mac2bp;v)bdnf、m2pk、il8、tgfβ;vi)bdnf、m2pk、il8、tgfβ1、il13;vii)bdnf、m2pk、il8、tgfβ1、igfii;viii)bdnf、m2pk、il8、tgfβ1、mip1β;ix)bdnf、m2pk、il8、mmp1、mip1β;或x)bdnf、m2pk、il8、mac2bp、mip1β。
47、在根据第二方面的另一个实例中,所述方法包括确定一组至少六种生物标志物的测量结果,其中所述组至少包括bdnf和m2pk以及四种选自由以下组成的组的生物标志物:tnfα、igfbp2、timp1、mip1β、mmp7、mmp1、igfii、m65、m30、脂质运载蛋白、il13、mac2bp、tgfβ1和il6,优选地选自由以下组成的组:dkk3、tnfα、mip1β、mmp1、m65、m30、il8、il13、mac2bp、tgfβ1和il6。
48、在根据第二方面的另一个实例中,所述六个生物标志物组包括以下或由以下组成:
49、i)bdnf、m2pk、il8、il13、m65、m30;ii)bdnf、m2pk、il8、mmp1、tgfβ1、tnfα;iii)bdnf、m2pk、il8、mac2bp、tgfβ1、tnfα;iv)bdnf、m2pk、il8、il6、tgfβ1、tnfα;v)bdnf、m2pk、il8、mmp1、mac2bp、tnfα;vi)bdnf、m2pk、il8、mmp1、tgfβ1、mac2bp;vii)bdnf、m2pk、il8、mmp1、tgfβ1、dkk3;viii)bdnf、m2pk、il8、il6、tgfβ1、mac2bp;ix).bdnf、m2pk、il8、mmp1、dkk3、mac2bp;或x)bdnf、m2pk、il8、il13、tgfβ1、mip1β。
50、在根据第二方面的另一个实例中,所述方法包括确定一组至少七种生物标志物的测量结果,其中所述组至少包括bdnf和m2pk,以及五种或更多种选自由以下组成的组的生物标志物:il8、m65、mmp1、il13、igfbp2、tnfα、mip1β、脂质运载蛋白、mac2bp、il6、mmp7、igfii、tgfβ1和m30。在一个实例中,所述方法包括确定一组至少七种生物标志物的测量结果,其中所述组至少包括bdnf、m2pk和il8,以及四种或更多种选自由以下组成的组的生物标志物:m65、mmp1、il13、igfbp2、tnfα、mip1β、脂质运载蛋白、mac2bp、il6、mmp7、igfii、tgfβ1和m30。在一个实例中,所述方法包括确定一组至少七种生物标志物的测量结果,其中所述组至少包括bdnf、m2pk、m65和il8,以及三种或更多种选自由以下组成的组的生物标志物:mmp1、il13、igfbp2、tnfα、mip1β、脂质运载蛋白、mac2bp、il6、mmp7、igfii、tgfβ1和m30。在一个实例中,所述方法包括确定一组至少七种生物标志物的测量结果,其中所述组至少包括bdnf、m2pk、m65、mmp1和il8,以及两种或更多种选自由以下组成的组的生物标志物:il13、igfbp2、tnfα、mip1β、脂质运载蛋白、mac2bp、il6、mmp7、igfii、tgfβ1和m30。
51、在根据第二方面的一个实例中,所述方法包括确定表28中呈现的一组生物标志物的测量结果。
52、在根据第二方面的另一个实例中,所述方法包括确定一组至少八种生物标志物的测量结果,其中所述组至少包括bdnf和m2pk,以及六种或更多种选自由以下组成的组的生物标志物:il8、m65、mmp1、tnfα、mip1β、脂质运载蛋白、mac2bp、il6、mmp7、igfii、timp1、tgfβ1、m30和dkk3。在一个实例中,所述方法包括确定一组至少八种生物标志物的测量结果,其中所述组至少包括bdnf、m2pk和il8,以及五种或更多种选自由以下组成的组的生物标志物:m65、mmp1、tnfα、mip1β、脂质运载蛋白、mac2bp、il6、mmp7、igfii、timp1、tgfβ1、m30和dkk3。在一个实例中,所述方法包括确定一组至少八种生物标志物的测量结果,其中所述组至少包括bdnf、m2pk、il8和m65,以及四种或更多种选自由以下组成的组的生物标志物:mmp1、tnfα、mip1β、脂质运载蛋白、mac2bp、il6、mmp7、igfii、timp1、tgfβ1、m30和dkk3。在一个实例中,所述方法包括确定一组至少八种生物标志物的测量结果,其中所述组至少包括bdnf、m2pk、il8、m65和mmp1,以及三种或更多种选自由以下组成的组的生物标志物:tnfα、mip1β、脂质运载蛋白、mac2bp、il6、mmp7、igfii、timp1、tgfβ1、m30和dkk3。
53、在根据第二方面的一个实例中,所述方法包括确定表27、26或25中呈现的一组生物标志物的测量结果。
54、在根据第二方面的另一个实例中,所述方法进一步包括所述受试者年龄作为另外的生物标志物。在一个实例中,所述方法包括确定表34、35、36、37、38、39、40、41或42中呈现的一组生物标志物的测量结果。
55、在第三方面,本公开提供了用于诊断结直肠癌和/或鉴定疑似患有或具有患有结直肠癌的较大风险的受试者的方法,其中所述受试者为男性,所述方法包括:
56、确定从所述受试者获得的生物样品中的一组生物标志物的测量结果,所述组至少包括脑源性神经营养因子(bdnf)和肿瘤m2-pk,
57、其中所述测量结果包括测量所述组中的所述生物标志物中的每种生物标志物的水平。
58、在根据第三方面的一个实例中,所述方法包括确定一组至少三种生物标志物的测量结果,其中所述组至少包括bdnf和m2pk以及另外的选自由以下组成的组的生物标志物:dkk3、tnfα、igfbp2、timp1、mip1β、mmp7、mmp1、igfii、m65、m30、脂质运载蛋白、il8、il13、mac2bp和tgfβ1,优选地选自由以下组成的组:tnfα、igfbp2、timp1、mmp7、igfii、脂质运载蛋白、il8、il13、mac2bp和tgfβ1。
59、在根据第三方面的另一个实例中,所述三个生物标志物组包括以下或由以下组成:
60、i)bdnf、m2pk、tnfα;ii)bdnf、m2pk、timp1;iii)bdnf、m2pk、il8;iv)bdnf、m2pk、tgfβ;v)bdnf、m2pk、mmp7;vi)bdnf、m2pk、il13;vii)bdnf、m2pk、igfii;viii)bdnf、m2pk、igfbp2;ix)bdnf、m2pk、mac2bp;或x)bdnf、m2pk、脂质运载蛋白。
61、在根据第三方面的另一个实例中,所述方法包括确定一组至少四种生物标志物的测量结果,其中所述组至少包括bdnf和m2pk以及两种选自由以下组成的组的生物标志物:dkk3、tnfα、igfbp2、timp1、mip1β、mmp7、mmp1、igfii、m65、m30、脂质运载蛋白、il8、il13、mac2bp和tgfβ1,优选地选自由以下组成的组:tnfα、igfbp2、timp1、mip1b、mmp7、m65和il8。
62、在根据第三方面的另一个实例中,所述四个生物标志物组包括以下或由以下组成:
63、i)bdnf、m2pk、dkk3、timp1;ii)bdnf、m2pk、il8、tnfα;iii)bdnf、m2pk、igfbp2、tnfα;iv)bdnf、m2pk、il8、igfbp2;v)bdnf、m2pk、dkk3、tnfα;vi)bdnf、m2pk、il8、mmp7;vii)bdnf、m2pk、dkk3、m65;viii)bdnf、m2pk、dkk3、il8;ix)bdnf、m2pk、dkk3、igfbp2;或x)bdnf、m2pk、mip1β、timp1。
64、在根据第三方面的另一个实例中,所述方法包括确定一组至少五种生物标志物的测量结果,其中所述组至少包括bdnf和m2pk以及三种选自由以下组成的组的生物标志物:dkk3、tnfα、igfbp2、timp1、mip1β、mmp7、mmp1、igfii、m65、m30、脂质运载蛋白、il8、il13、mac2bp和tgfβ1,优选地选自由以下组成的组:dkk3、tnfα、igfbp2、timp1、mip1β、igfii、m65、脂质运载蛋白、il8和mac2bp。
65、在根据第三方面的另一个实例中,所述五种生物标志物包括以下或由以下组成:
66、i)bdnf;m2pk;dkk3;igfbp2;tnfα;ii)bdnf;m2pk;dkk3;脂质运载蛋白;timp1;iii)bdnf;m2pk;dkk3;m65;tnfα;iv)bdnf;m2pk;dkk3;igfbp2;timp1;v)bdnf;m2pk;dkk3;il8;igfii;vi)bdnf;m2pk;il13;il8;tnfα;vii)bdnf;m2pk;dkk3;mac2bp;timp1;viii)bdnf;m2pk;dkk3;m65;timp1;ix)bdnf;m2pk;dkk3;mip1b;tnfα;或x)bdnf;m2pk;dkk3;mip1b;timp1。
67、在根据第三方面的另一个实例中,所述方法包括确定一组至少五种生物标志物的测量结果,其中所述五种生物标志物包括bdnf、m2pk、dkk-3以及两种选自以下的生物标志物:tnfα、igfbp2、timp1、mip1β、mmp7、mmp1、igfii、m65、m30、脂质运载蛋白、il8、il13、mac2bp或tgfβ1,优选地选自以下:tnfα、igfbp2、timp1、mip1β、igfii、m65、脂质运载蛋白、il8或mac2bp。
68、在根据第三方面的一个实例中,所述五种生物标志物包括以下或由以下组成:
69、i)bdnf;m2pk;dkk3;igfbp2;tnfα;ii)bdnf;m2pk;dkk3;脂质运载蛋白;timp1;iii)bdnf;m2pk;dkk3;m65;tnfα;iv)bdnf;m2pk;dkk3;igfbp2;timp1;v)bdnf;m2pk;dkk3;il8;igfii;vi)bdnf;m2pk;dkk3;mac2bp;timp1;vii)bdnf;m2pk;dkk3;m65;timp1;viii).bdnf;m2pk;dkk3;mip1β;tnfα;或ix)bdnf;m2pk;dkk3;mip1β;timp1。
70、在根据第三方面的另一个实例中,所述方法包括确定一组至少六种生物标志物的测量结果,其中所述六种生物标志物包括bdnf和m2pk以及四种选自由以下组成的组的生物标志物:dkk3、tnfα、igfbp2、timp1、mip1β、mmp7、mmp1、igfii、m65、m30、脂质运载蛋白、il8、il13、mac2bp和tgfβ1,优选地选自由以下组成的组:dkk3、tnfα、igfbp2、timp1、mip1β、mmp7、mmp1、igfii、m65、m30、脂质运载蛋白、il8和il13。
71、在根据第三方面的另一个实例中,所述生物标志物包括bdnf、m2pk、dkk3、tnfα以及两种选自由以下组成的组的生物标志物:igfbp2、timp1、mip1β、mmp7、mmp1、igfii、m65、m30、脂质运载蛋白、il8、il13、mac2bp和tgfβ1,优选地选自由以下组成的组:igfbp2、timp1、mip1β、mmp7、mmp1、igfii、m65、m30、脂质运载蛋白、il8和il13。
72、在根据第三方面的一个实例中,所述六种生物标志物包括以下或由以下组成:
73、i)bdnf、m2pk、dkk3、tnfα、timp1、il8;ii)bdnf、m2pk、dkk3、tnfα、igfbp2、mmp1;iii)bdnf、m2pk、dkk3、tnfα、igfbp2、m30;iv)bdnf、m2pk、dkk3、tnfα、mip1b、m65;v)bdnf、m2pk、dkk3、tnfα、igfbp2、mmp7;vi)bdnf、m2pk、dkk3、tnfα、igfbp2、m65;vii)bdnf、m2pk、dkk3、tnfα、igfbp2、脂质运载蛋白;viii)bdnf、m2pk、dkk3、tnfα、igfii、il8;ix)bdnf、m2pk、dkk3、tnfα、m65、m30;或x)bdnf、m2pk、dkk3、tnfα、igfbp2、il13。
74、在根据第三方面的另一个实例中,所述方法包括确定一组至少七种生物标志物的测量结果,其中所述组至少包括bdnf、m2pk,以及五种或更多种选自由以下组成的组的生物标志物:dkk3、tnfα、mip1β、mmp1、igfbp2、脂质运载蛋白、timp1、m30、igii、il8、mmp7和m65。在一个实例中,所述方法包括确定一组至少七种生物标志物的测量结果,其中所述组至少包括bdnf、m2pk、dkk3,以及四种或更多种选自由以下组成的组的生物标志物:tnfα、mip1β、mmp1、igfbp2、脂质运载蛋白、timp1、m30、igii、il8、mmp7和m65。在一个实例中,所述方法包括确定一组至少七种生物标志物的测量结果,其中所述组至少包括bdnf、m2pk、dkk3、tnfα,以及三种或更多种选自由以下组成的组的生物标志物:mip1β、mmp1、igfbp2、脂质运载蛋白、timp1、m30、igii、il8、mmp7和m65。在一个实例中,所述方法包括确定一组至少七种生物标志物的测量结果,其中所述组至少包括bdnf、m2pk、dkk3、tnfα、igfbp2,以及两种或更多种选自由以下组成的组的生物标志物:mip1β、mmp1、脂质运载蛋白、timp1、m30、igii、il8、mmp7和m65。
75、在根据第三方面的另一个实例中,所述方法包括确定表46中呈现的一组生物标志物的测量结果。
76、在根据第三方面的另一个实例中,所述方法包括确定一组至少八种生物标志物的测量结果,其中所述组至少包括bdnf、m2pk,以及六种或更多种选自由以下组成的组的生物标志物:dkk3、tnfα、mip1β、mmp1、igfbp2、脂质运载蛋白、timp1、tgfβ1、m30、il13、igii、il8、mmp7和il13。在一个实例中,所述方法包括确定一组至少八种生物标志物的测量结果,其中所述组至少包括bdnf、m2pk、dkk3,以及五种或更多种选自由以下组成的组的生物标志物:tnfα、mip1β、mmp1、igfbp2、脂质运载蛋白、timp1、tgfβ1、m30、il13、igii、il8、mmp7和il13。在一个实例中,所述方法包括确定一组至少八种生物标志物的测量结果,其中所述组至少包括bdnf、m2pk、dkk3、tnfα,以及四种或更多种选自由以下组成的组的生物标志物:mip1β、mmp1、igfbp2、脂质运载蛋白、timp1、tgfβ1、m30、il13、igii、il8、mmp7和il13。在一个实例中,所述方法包括确定一组至少八种生物标志物的测量结果,其中所述组至少包括bdnf、m2pk、dkk3、tnfα、mmp7,以及三种或更多种选自由以下组成的组的生物标志物:mip1β、mmp1、igfbp2、脂质运载蛋白、timp1、tgfβ1、m30、il13、igii、il8和il13。
77、在根据第三方面的另一个实例中,所述方法包括确定表45中呈现的一组生物标志物的测量结果。
78、在根据第三方面的另一个实例中,所述方法包括确定至少九种或至少十种生物标志物的测量结果,其中所述生物标志物至少包括bdnf和m2pk。在一个实例中,所述方法包括确定表44或43中呈现的一组生物标志物的测量结果。
79、在另外的实例中,所述生物标志物包括pkm2(也称为m2pk)、bdnf、dkk3、igfbp2和timp1。
80、在根据第三方面的另一个实例中,所述方法进一步包括所述受试者年龄作为另外的生物标志物。在一个实例中,所述方法包括确定表52、53、54、55、56、57、58、59或60中呈现的一组生物标志物的测量结果。
81、在另外的实例中,本文所述的方法可以使用表7至15、表16至24、表25至33、表34至42、表43至51、表52至60或表61至66中提供的一种或多种或全部生物标志物组合。
82、在第四方面,提供了表7至15、表16至24、表25至33、表34至42、表43至51、表52至60或表61至66中任一项中所示的生物标志物组合。
83、应当理解,本公开涵盖本文未具体描述的另外已知的结直肠癌生物标志物。这些另外的生物标志物的实例包含以下中的一种或多种:igf-i、双调蛋白、vegfa、vegfd、mmp2、mmp3、mmp9、timp2、ena-78、mcp-1、ifn-γ、il10、il-1β、il4、opn、ceacam6、vegfα和vegfpan。
84、应当理解,除了年龄和/或性别之外,本公开涵盖本文未具体描述的另外的人口统计学或形态测量学术语。这些其它人口统计学或形态测量学术语的实例包含但不限于吸烟史、身体质量指数(bmi)和臀腰比。
85、在根据本文所述的任何方面的一个实例中,确定测量结果包括测量生物样品中的生物标志物的浓度。在根据任何方面的一个实例中,确定测量结果包括通过使所述样品与可检测结合剂接触来检测生物样品中的生物标志物,所述可检测结合剂与所述生物标志物特异性结合。在根据任何方面的另外的实例中,所述方法包括使用检测测定检测特异性结合剂与所述生物标志物之间的特异性结合。在根据任何方面的另外的实例中,确定测量结果包括执行统计分析。
86、在根据本文所述的任何方面的一个实例中,所述方法包括捕获抗体。在一个实例中,所述捕获抗体被固定,例如在板上。在一个实例中,所述板是elisa板。在根据任何方面的一个实例中,所述方法包括用于检测所述生物标志物与所述捕获抗体的结合的标记的抗体。
87、在根据任何方面的一个实例中,生物标志物组中的至少一种生物标志物的水平相对于参考组中的相同生物标志物水平增加或减少。更具体地,生物标志物的测量结果相对于通过在病例和对照样品上训练的算法在crc和/或对照样品的已知病例中确定的该生物标志物的参考浓度。
88、在根据任何方面的一个实例中,本公开的方法包括:
89、(i)对本文所述的生物标志物组中的每种生物标志物的浓度进行测量,以导出统计值;
90、(ii)将步骤(i)中获得的值与从对应生物标志物参考组中的相同生物标志物的浓度获得的统计值进行比较;以及
91、(iii)将步骤(ii)中获得的值进行关联,以导出对受试者的结直肠癌风险具有决定性的值。
92、在一些实例中,所述生物标志物是蛋白质生物标志物。在一个实例中,所述生物标志物是多核苷酸生物标志物。
93、在一些实例中,本公开的方法包括使生物样品与与生物标志物蛋白特异性结合的抗体接触。优选地,存在至少一种抗体,所述抗体与在生物样品中寻求检测的每种生物标志物单独结合。优选地,所述抗体与给定生物标志物特异性结合。在一些实例中,多于一种抗体可以与单个生物标志物结合,例如以“夹心”形式。
94、在一些实例中,所述测量形式是免疫测定。在另一个实例中,所述免疫测定是elisa,通常会有结合到elisa板表面的捕获抗体和检测生物标志物与捕获抗体结合的检测抗体。在一个实例中,所述抗体可以被可检测地标记。在一个实例中,捕获抗体可以是与检测抗体相同的抗体或不同的抗体。标记抗体的方法在本领域中是已知的。
95、在一些实例中,如果生物标志物是多核苷酸,则分析方法可以包括测量与个体生物标志物相对应的基因转录物。此类方法是本领域技术人员熟悉的。
96、执行模型构建和统计分析的方法将是本领域技术人员已知的。在一些实例中,执行线性或非线性回归。所述方法还可以利用贝氏概率算法。
97、在一些实例中,生物标志物组的分析可以用于确定受试者的治疗方案。例如,从生物标志物的测量结果中获得的统计值可以用于通知通过结肠镜检查或乙状结肠镜检查进行进一步治疗,以提供对结直肠癌的明确诊断。
98、在第五方面,提供了一种治疗疑似患有结直肠癌的受试者的方法,所述方法包括:
99、(i)根据本文所述的方法,确定从所述受试者获得的生物样品中的一组生物标志物的测量结果;以及
100、(ii)通过结肠镜检查或乙状结肠镜检查来治疗所述受试者。
101、在根据任何方面的另一个实例中,所述方法进一步描述了从受试者获得生物样品。在另外的实例中,所述生物样品为血液样品。在另一个实例中,所述样品为血清或血浆样品。获得生物样品的方法是本领域技术人员已知的。例如,对于血液样品的提取,优选进行静脉抽取。
102、在第六方面,提供了一种组合物,所述组合物包括与本文所述的生物标志物组中的生物标志物特异性结合的标记的抗体。
103、在第七方面,提供了一种试剂盒,所述试剂盒包括:
104、(i)与本文所述的生物标志物组中的生物标志物结合的标记的抗体;以及
105、(ii)用于对所述生物标志物组中的所述生物标志物进行检测的说明书。
106、在一些实例中,所述试剂盒还包括表面,其上固定有捕获抗体,所述捕获抗体与生物标志物组中的每种生物标志物结合。在一些实例中,所述试剂盒还包括elisa板,其上固定有捕获抗体,所述捕获抗体与生物标志物组中的每种生物标志物结合。在一些实例中,所述试剂盒还包括珠粒(例如微珠或磁性珠粒),其上固定有捕获抗体,所述捕获抗体与生物标志物组中的每种生物标志物结合。在一些实例中,所述试剂盒还提供了用于通过计算机生成的算法分析检测到的生物标志物的说明书。在另外的实例中,生成临床报告。
107、在第八方面,提供了如本文所述的试剂盒以及软件包,所述软件包包括用于基于本文所述的生物标志物组中的生物标志物的测量结果来生成统计值的算法。
108、在第九方面,提供了一种用于确定疑似患有结直肠癌或具有结直肠癌的较大风险的受试者的系统,包括:
109、(i)在从受试者获得的生物样品中确定如本文所述的生物标志物组的测量结果,其中所述测量结果是所述组中每种生物标志物的浓度;
110、(ii)将所述组中的每种生物标志物的浓度输入到包括输入装置的计算机中,所述输入装置可操作地连接到所述计算机以接收所述组中的每种生物标志物的浓度;
111、(iii)连接到所述计算机以向用户提供信息的输出设备;以及
112、(iv)由所述计算机执行的算法,其中所述算法是基于由所述输入装置接收的所述数据来执行的,并且其中所述算法计算风险评分。