改进IDA光谱输出用于数据库检索的制作方法

本申请要求2014年10月8日提交的美国临时专利申请第62/061,492号和2015年5月28日提交的美国临时专利申请第62/168,642号的权益；这两个临时专利申请的内容通过引用全文并入本文。

背景技术：

信息依赖性分析(IDA)是一种柔性串联质谱法，其中使用者可以规定色谱操作期间用于产生产物离子光谱的标准。例如，在IDA方法中，进行前驱体或者质谱仪(MS)调查扫描以生成前驱体离子峰值列表。使用者可以选择标准来过滤峰值列表以获得峰值列表中的前驱体离子子集。然后，破碎前驱体离子的子集，并且在色谱操作期间重复获得产物离子光谱。

IDA是一种用于从肽片段中识别蛋白质或肽的有用技术。通常，对蛋白质或肽混合物进行IDA，从而针对所产生的肽片段产生多个产物离子光谱。然后将多个产物离子光谱中的每个光谱与蛋白质或肽数据库进行比较以识别混合物中的蛋白质或肽。

然而，令人遗憾的是，蛋白质或肽的识别可能受混合或卷积产物离子光谱不利影响。换言之，来自IDA方法中的产物离子光谱中的一些光谱可能包括来自多于一个前驱体离子的产物离子。结果，在将混合或卷积产物离子光谱与蛋白质或肽数据库进行比较时，可能找不到匹配物。

已经进行了一些尝试来解决混合或卷积产物离子光谱的这种问题，目的是改进蛋白质识别。在一种尝试中，基于多个前驱体离子的调查扫描证据，IDA方法包括破碎选定的初始前驱体离子2-3μ范围内的任何前驱体离子和收集来自不同前驱体离子的产物离子光谱。在另一种尝试中，使用微分迁移率分离(DMS)装置来分离进入质谱仪的真空之前的气相中的前驱体离子。

然而，令人遗憾的是，这些解决光谱卷积问题的尝试中没有一种被证明是应当被包括在大多数IDA方法中的有用尝试。结果，大多数蛋白质或肽识别方法继续“原样”比较来自IDA方法的产物离子光谱。

技术实现要素：

公开了一种对产物离子光谱中的产物离子与卷积的前驱体离子进行分离的系统，所述产物离子光谱是从信息依赖性分析(IDA)质谱实验中收集。所述系统包括处理器。

所述处理器接收两个或两个以上产物离子光谱，所述产物离子光谱是在随时间分离变化的化合物分离的峰值曲线上中的两个或两个以上时间收集的两个或两个以上产物离子光谱。所述两个或两个以上产物离子光谱是如下通过以下方式产生的：利用分离装置随时间从样品中随时间变化分离化合物，并利用串联质谱仪在所述分离化合物的峰值中的两个或两个以上时间选定和破碎前驱体离子。在所述处理器将所述两个或两个以上产物离子光谱的中，所述处理器将存在于所述两个或两个以上产物离子光谱的每个光谱中的产物离子强度进行比较。所述处理器识别至少两个不同图案，所述不同图案描述了所述两个或两个以上产物离子光谱的产物离子强度变化。所述处理器根据所述至少两个不同图案将存在于所述两个或两个以上产物离子光谱的每个光谱中的产物离子分成至少两个不同组。所述处理器将所述至少两个不同组的每个组中的产物离子的所述两个或两个以上产物离子光谱中的峰值组合，从而针对仅包括每个组的产物离子峰值的至少两个不同组的每个组产生组合的产物离子光谱。

公开了一种对产物离子光谱中的产物离子与卷积的前驱体离子进行分离的方法，所述产物离子光谱是从IDA质谱实验中收集。利用处理器接收两个或两个以上产物离子光谱，所述产物离子光谱是在随时间分离的化合物的峰值曲线中的两个或两个以上时间收集。所述两个或两个以上产物离子光谱如下产生：利用分离装置随时间从样品中分离化合物，并利用串联质谱仪在所述分离化合物的峰值中的两个或两个以上时间破碎前驱体离子。在所述两个或两个以上产物离子光谱中，利用所述处理器比较存在于所述两个或两个以上产物离子光谱的每个光谱中的产物离子强度。利用所述处理器识别至少两个不同图案，所述不同图案描述了所述两个或两个以上产物离子光谱的产物离子强度变化。利用所述处理器根据所述至少两个不同图案将存在于所述两个或两个以上产物离子光谱的每个光谱中的所述产物离子分成至少两个不同组。利用所述处理器所述至少两个不同组的每个组的产物离子的所述两个或两个以上产物离子光谱中的峰值组合，从而针对仅包括所述每个组的产物离子峰值的所述至少两个不同组的每个组产生组合的产物离子光谱。

公开了一种计算机程序产品，其包括非暂时性和有形的计算机可读存储媒体，所述计算机可读存储媒体的内容包括具有指令的程序，所述指令在处理器上被执行以实施对产物离子光谱中的产物离子与卷积的前驱体离子进行分离的方法，所述产物离子光谱是从IDA质谱实验中收集。所述方法包括提供一种系统，其中所述系统包括两个或两个以上不同软件模块，并且其中所述不同软件模块包括输入模块和分析模块。

所述输入模块接收两个或两个以上产物离子光谱，所述产物离子光谱是在随时间分离的化合物的峰值曲线中的两个或两个以上时间收集。所述两个或两个以上产物离子光谱如下产生：利用分离装置随时间从样品中分离所述化合物，并利用串联质谱仪在所述分离化合物的所述峰值中的两个或两个以上时间选择和破碎前驱体离子。在所述两个或两个以上产物离子光谱中，所述分析模块比较存在于所述两个或两个以上产物离子光谱的每个光谱中的产物离子强度。所述分析模块识别至少两个不同图案，所述不同图案描述了所述两个或两个以上产物离子光谱的产物离子强度变化。所述分析模块根据所述至少两个不同图案将存在于所述两个或两个以上产物离子光谱的每个光谱中的所述产物离子分成至少两个不同组。所述分析模块将所述至少两个不同组的每个组的产物离子的所述两个或两个以上产物离子光谱的峰值组合，从而针对仅包括所述每个组的产物离子峰值的所述至少两个不同组的每个组产生组合的产物离子光谱。

本申请人的教导的这些特征和其它特征在本文列出。

附图说明

本领域的普通技术人员将会理解，下文描述的附图仅用于举例说明的目的。不希望附图以任何方式限制本发明教导的范围。

图1是示出计算机系统的框图，在所述计算机系统上可以实施本发明教导的实施方案。

图2是根据多个实施方案的、与由IDA方法产生的两种共洗脱同量异位肽的前驱体质量相关联的提取离子电流(XIC)的示例性图。

图3是根据多个实施方案的、针对图2中示出的点收集的一系列产物离子光谱。

图4是在多个实施方案中、来自图3的产物离子光谱的第一组产物离子的第一图案。

图5是在多个实施方案中、来自图3的产物离子光谱的第二组产物离子的第二图案。

图6是根据多个实施方案的、在图2示出的三个点观察到的几个产物离子的强度比例的示例性图。

图7是根据多个实施方案的、在图2示出的三个点观察到的几个产物离子归一化强度比例的示例性图。

图8是根据多个实施方案的、包括图6和7的产物离子的产物离子光谱的一个示例性系列图。

图9是根据多个实施方案的、基于图8示出的系列图的组合产物离子光谱的一个示例性系列图。

图10是流程图，其显示根据多个实施方案对产物离子光谱中的产物离子与卷积的前驱体离子进行分离的方法，所述产物离子光谱是从IDA质谱实验中收集。

图11是一种系统的示意图，根据多个实施方案，所述系统包括一个或一个以上不同软件模块，所述软件模块执行对产物离子光谱中的产物离子与卷积的前驱体离子进行分离的方法，所述产物离子光谱是从IDA质谱实验收集。

在详细描述本发明教导的一个或一个以上实施方案之前，本领域的普通技术人员会理解，本发明教导不限于它们对以下具体实施方式中列出的或在附图中示出的结构细节、元件设置和步骤设置的应用。此外，还应理解，本文使用的用语或术语用于描述的目的，而不应当被视为限制。

具体实施方式

计算机实施系统

图1是示出计算机系统100的框图，在所述计算机系统上可以实施本教导的实施方案。计算机系统100包括用于传输信息的总线102或其它通信机构和与总线102耦合的用于处理信息的处理器104。计算机系统100还包括耦合至总线102用于存储待由处理器104执行的指令的存储器106，其可以是随机存取存储器(RAM)或其它动态存储装置。存储器106也可以用于在执行待由处理器104执行的指令期间存储临时变量或其它中间信息。计算机系统100还包括耦合至总线102以用于存储处理器104用静态信息和指令的只读存储器(ROM)108或其它静态存储装置。存储装置110如磁盘或光盘被提供并耦合至总线102以用于存储信息和指令。

计算机系统100可以经由总线102耦合至显示器112，如阴极射线管(CRT)或液晶显示器(LCD)，用于向计算机使用者显示信息。包括文字数字和其它键的输入装置114耦合至总线102以用于将信息和命令选择传输给处理器104。另一类使用者输入装置是用于将方向信息和命令选择传输至处理器104和用于控制显示器112上的光标移动的光标控制器116，例如鼠标、轨迹球或光标方向键。这种输入装置通常具有两个轴即第一轴(即x)和第二轴(即y)上的两个自由度，其允许所述装置在平面上指定位置。

计算机系统100可以实施本教导。与本教导的某些实施方式一致，结果是响应于执行存储器106中存储的一个或一个以上指令的一个或一个以上序列的处理器104通过计算机系统100提供的。所述指令可以从另一计算机可读媒体如存储装置110读入存储器106中。执行存储器106中容纳的指令序列使得处理器104实施本文描述的过程。作为替代方案，可以使用硬连线电路代替软件指令或与软件指令结合来实施本教导。因此，本教导的实施不限于硬件电路和软件的任何特定组合。

在多个实施方案中，计算机系统100可以通过网路连接至与计算机系统100相似的一个或一个以上其它计算机系统以形成网络系统。网络可以包括专用网络或公共网络如互联网。在网络系统中，一个或一个以上计算机系统可以存储和伺服数据给其它计算机系统。存储和伺服数据的所述一个或一个以上计算机系统可以被称为服务器或云技术方案中的云端。所述一个或一个以上计算机系统可以包括例如一个或一个以上网络服务器。向服务器或云端传送数据或从其接收数据的其它计算机系统可以被称为例如客户端装置或云端装置。

本文使用的术语“计算机可读媒体”是指参与向处理器104提供指令以用于执行的任何媒体。所述媒体可以采取多种形式，包括但不限于非挥发性媒体、挥发性媒体和传输媒体。非挥发性媒体包括例如光盘或磁盘，例如存储装置110。挥发性媒体包括动态存储器，例如存储器106。传输媒体包括同轴电缆、铜线和光纤，包括导线，所述导线包括总线102。

计算机可读媒体或计算机程序产品的常见形式包括例如软盘、柔性盘、硬盘、磁带、或任何其它磁性媒体、CD-ROM、数字式视频光盘(DVD)、蓝光光盘、任何其它光学媒体、优盘、存储器卡、RAM、PROM和EPROM、快闪-EPROM、任何其它存储器芯片或盒、或计算机可从其读取的任何其它有形媒体。

多种形式的计算机可读媒体可参与携带一个或一个以上指令的一个或一个以上序列至处理器104以用于执行。例如，指令起初可以被携带在远程计算机的磁盘上。远程计算机可以将指令加载到其动态存储器中并且利用调制解调器经电话线发送指令。计算器系统100本地的调制解调器可以接收电话线上的数据并且利用红外发送器将所述数据转换成红外信号。耦合至总线102的红外检测器可以接收红外信号中携带的数据并且将所述数据置于总线102上。总线102将数据携带至存储器106，处理器104从存储器106取回数据并且执行指令。在由处理器104执行之前或之后，存储器106接收的指令可以任选存储在存储装置110上。

根据多个实施方案，配置由处理器执行来实施方法的指令被存储在计算机可读媒体上。计算机可读媒体可以是存储数字信息的装置。例如，计算机可读媒体包括本领域中已知的用于存储软件的压缩光盘只读存储器(CD-ROM)。计算机可读媒体由适合用于执行配置为执行的指令的处理器读取。

以举例说明和描述的目的提呈了本教导多个实施方案的以下描述。所述描述不是穷举性的，并且不将本教导限制于所描述的具体形式。参照上述教导可以进行修改和变化，或者可以从本教导的实施获得修改或变化。另外，所描述的实施方式包括软件但是本教导可以作为硬件和软件的组合或单独在硬件中实施。本教导可以利用面向对象的或非面对对象的编程系统来实施。

用于提供IDA光谱的系统和方法

如上所述，IDA是用于从肽片段识别蛋白质或肽的有用技术。然而，蛋白质或肽识别可能受混合或卷积产物离子光谱不利影响。已经进行了几种尝试来解决所述问题。然而，令人遗憾的是，解决光谱卷积问题的这些尝试中没有一种被证明是应当被包括在大多数IDA方法中的有用尝试。

在多个实施方案中，使用获取后方法来解决IDA中的光谱卷积问题。在该方法中，从对选自全扫描离子调查扫描的峰值列表的前驱体离子的色谱法峰值曲线实施的两或多种碎片收集产物离子光谱。然后比较所述两个或两个以上时间的产物离子光谱。比较涉及分析在两个或两个以上碎裂时间中的每个时间每个产物离子峰值强度的行为。然后将其峰值强度在两个或两个以上碎片时间以相同图案变化的产物离子分成一组。然后对每个组产生新光谱并且所述新光谱仅包括所述组中的产物离子的峰值。然后使用所述组的新光谱来搜索蛋白质或肽数据库。

基于渡越时间(TOF)的串联质谱系统的主要益处是获取的速度。这种特征被视为ABSciex's 5600系列系统推出时的重要益处，原因是能够在液相色谱(LC)-时间尺度上获取许多产物离子或针对不同前驱体离子的质谱/质谱(MSMS)光谱。在蛋白质识别中，通常将仪器设定为每个周期收集多达50个产物离子光谱。然而，这可能导致动态排除条件下潜在备选物的快速消耗，这进而会在许多情况下频繁导致取样不足(少于50个备选物)。

多个实施方案的系统和方法利用所述仪器的速度，并且在LC洗脱曲线期间至少两至三次强制重复对同一备选物的产物离子数据收集。在获取后，将表现出相同分布曲线的产物离子分成一组，并且存储为新的产物光谱。多个实施方案的一个关键方面在于可以对光谱信息进行结合以在一些情况下改善信噪比(S/N)，并且通过去除卷积信息改善产物离子光谱的选择性。

对包括两种共洗脱同量异位肽的肽混合物实施示例性IDA方法。共洗脱同量异位肽具有相同的质量和充电状态。然而，共洗脱同量异位肽中一者具有大于另一者约两至三倍的强度。图2-9描述了根据各种实施例对依据所述IDA方法收集的数据实施的获取后处理。

图2是根据各种实施例与依据IDA方法产生的两个共洗脱同量异位肽的前驱体质量相关联的提取离子电流(XIC)的示例性曲线图200。前驱体离子质量为例如503.26。曲线图200还包括根据各种实施例沿其中收集产物离子数据的XIC或峰值曲线的三个点201、202和203。三个选定点201、202和203是在获取期间收集的产物离子光谱的三个不同停留时间。

在各种实施例中，收集产物离子光谱的点或时间是在LC峰值曲线上被间隔出的独立碎片事件。这些碎片事件例如不全是被顺序获取的，原因是它可以在分组时提供更好的置信度(尤其是在仅处理2件串联质谱事件时)。

在各种实施例中，对跨越LC峰值的相同前驱体离子确保多个串联质谱、或质谱/质谱(MSMS)事件的获取途径是在比LC峰值短的时间段实施动态排除。合适的起点是例如排除窗口≤LC峰值半高宽度(FWHH)。

在各种替代实施例中，另一种获取途径是自动再获取。例如，对于不到30％的选定前驱体，在至少X循环之后和再次在2*X循环(X>1)之后自动强制进行再获取。循环定义为至少一个调查扫描(通常是前驱体离子扫描)和对应依赖性扫描(串联质谱事件)的一个完整循环。注意，30％的值可以更小，并且对于复杂样品而言应当是合适的。使所述值较大可能对实验的负载循环造成负面影响，并且可能导致许多前驱体质量未被查询，尤其是在复杂样品的情况下如此。

在多个替代实施方案中，另一获取途径是在隔离窗口内自动检测多个前驱体。在隔离窗口内自动检测多个前驱体例如在X循环(X>1)之后在串联质谱模式下强制进行再分析。

图3是根据多个实施方案的、对图2中示出的点收集的产物离子光谱的系列300。系列300包括对图2中的点201收集的产物离子光谱310、对图2中的点202收集的产物离子光谱320、对图2中的点203收集的产物离子光谱330。产物离子光谱310、320和330看起来与具有相同质量的许多光谱非常相似。这是预料中的，原因是共洗脱同量异位肽完全具有相同的质量和电荷状态。

然而，产物离子光谱310、320和330中的产物离子的进一步检查揭示，不是所有的产物离子都以相同的方式在图2的点或时间201、202和203处变化。着重于产物离子光谱310、320和330所共有的离子，基于其观察到的在洗脱时间的三个点处的图案将产物离子进行分组。可以对强度归一化为例如图2的时间201的强度。发现了针对各组的强度图案。

可以以多种方式来确定观察到的图案。在多个实施方案中，基于以下特征来确定图案：所述特征是其中以高于破碎之前前驱体分离的分辨率的分辨率进行检测的情况下从全扫描离子调查扫描提取的。例如，在TOF模式和>25K分辨率下获得调查扫描，并且在单位或更宽的分辨率下实施前驱体分离。换言之，如果可以在对应前驱体离子数据的分离窗口内检测两种前驱体，并且它们具有不同的色谱分析曲线，则这些曲线可以用来确定待提取的特征。

在多个实施方案中，也可以从产物离子特征直接确定图案。例如，亚铵离子包括来自胰蛋白酶肽的K或R的类似物。R亚铵离子具有三角形图案，而K残基具有平行图案。可以使用所关注化合物特有的印迹离子。

在多个实施方案中，在没有特定离子信息的情况下也可以从产物离子光谱确定图案。例如，可以对所有的离子实施主成分分析(PCA)，并且可以使用主成分变量分组(PCVG)来确定图案的前n组。

图4是在多个实施方案中的、来自图3的产物离子光谱的第一组产物离子的第一图案400。图案400例如是图2中示出的洗脱时间的三个点201、202和203的平行图案。例如，图4中的强度410对应于图2的点201处的第一组产物离子的强度。图4中的强度420对应于图2的点202处的第一组产物离子的强度，以及图4中的强度430对应于图2的点203处的第一组产物离子的强度。在图2中示出的洗脱时间的三个点处，图4中的第一组的强度410升高至强度420，然后平行于强度430。

图5是在多个实施方案中、来自图3的产物离子光谱的第二组产物离子的第二图案500。图案500在图2中显示的洗脱时间的三个点201、202和203处例如为三角形图案。例如，图5中的强度510对应于图2的点201处的第一组产物离子的强度。图5中的强度520对应于图2的点202处的第一组产物离子的强度，以及图5中的强度530对应于图2的点203处的第一组产物离子的强度。在图2中示出的洗脱时间的三个点处，图5中的第一组的强度510升高至强度520，然后再次回落至强度530。

图6是根据多个实施方案的、在图2示出的三个点观察到的几个产物离子的强度比例的示例性图600。在曲线图600中，相对于对应于图2的点或时间201、202和203的点1、2和3绘制了针对通常观察到的产物离子质量610的强度比例。强度比例是通过用点1、2和3处的强度除以点1处的强度(点1处的比例是I1/I1，点2处的比例是I2/I1，点3处的比例是I3/I1)来计算的。曲线图600显示产物离子质量620全都表现出图4的平行图案。其它产物离子质量全都表现出图5的更接近三角形的图案。这在图7中更为清楚地示出。

图7是根据多个实施方案的、在图2示出的三个点观察到的几个产物离子归一化强度比例的示例性图700。在曲线图700中，相对于对应于图2的点或时间201、202和203的点1、2和3绘制了针对通常观察到的产物离子质量710的归一化强度比例。归一化强度比例是通过首先计算强度比例来计算的。强度比例是通过用点1、2和3处的强度除以点1处的强度(点1处的比例是I1/I1，点2处的比例是I2/I1，点3处的比例是I3/I1)来计算的。曲线图700显示产物离子质量720全都表现出图4的平行图案。其它产物离子质量全都表现出图5的更接近三角形的图案。

图8是根据多个实施方案的、包括图6和7的产物离子的产物离子光谱的一个示例性系列曲线图800。曲线图810是在图2的点或时间201收集的针对图6和7的产物离子的产物离子光谱。图8的曲线图820是在图2的点或时间202收集的针对图6和7的产物离子的产物离子光谱。图8的曲线图830是在图2的点或时间203收集的针对图6和7的产物离子的产物离子光谱。

图9是根据多个实施方案的、基于图8示出的系列曲线图800的组合产物离子光谱的一个示例性系列曲线图900。曲线图950是在图800的图810、820和830中的全部产物离子峰值的组合产物离子光谱。图9的曲线图960是针对表现出图4的平行图案的图800的图810、820和830中的产物离子峰值组的组合产物离子光谱。例如，对产物离子峰值组求和。然而，可以使用组合峰值的任何方法。图9的曲线图970是针对表现出图5的三角形图案的图800的图810、820和830中的产物离子峰值组的组合产物离子光谱。例如，也对所述产物离子峰值组求和。然而，可以使用组合峰值的任何方法。

图9的曲线图960和970可以用于肽或蛋白质识别。由于曲线图960和970不再包括了来自多个前驱体的片段，所以与蛋白质和肽数据库相比这些曲线图更有可能提供更好的结果。

用于分离产物离子的系统

多个实施方案包括用于从由IDA质谱实验中收集的产物离子光谱中的卷积前驱体离子分离产物离子的系统。所述系统包括配置为在获取后处理串联质谱数据的处理器。所述处理器可以为、但是不限于计算机、微处理器、图1的计算机系统或能够处理数据和发送并接收数据的任何装置。

处理器接收在随时间变化的化合物分离的峰值曲线上两个或两个以上时间收集的两个或两个以上产物离子光谱。所述两个或两个以上产物离子光谱是通过以下方式产生的：利用分离装置从样品中随时间分离所述化合物，并利用串联质谱仪在所述分离化合物的所述峰值上两个或两个以上时间选择和破碎前驱体离子。所述分离装置可以实施以下分离技术：所述分离技术包括但不限于液相色谱、气象色谱、毛细管电泳或离子迁移。所述串联质谱仪可以包括实施两个或两个以上质量分析的一个或一个以上物理质量分析仪。串联质谱仪的质量分析仪可以包括但不限于TOF、四极质谱、离子阱、线性离子阱、轨道离子阱或傅里叶变换质量分析仪。

所述处理器比较所述两个或两个以上产物离子光谱的存在于所述两个或两个以上产物离子光谱的每个光谱中的产物离子强度。所述处理器识别描述所述两个或两个以上产物离子光谱的产物离子强度变化的至少两个不同图案。所述处理器根据所述至少两个不同图案将存在于所述两个或两个以上产物离子光谱的每个光谱中的所述产物离子划分成至少两个不同组。最后，所述处理器组合来自所述至少两个不同组的每个组的产物离子的所述两个或两个以上产物离子光谱。这对仅包括来自所述每个组的产物离子峰值的所述至少两个不同组的每个组产生组合产物离子光谱。

所述处理器可以以多种不同的方式识别所述至少两种不同图案。在多个实施方案中，在所述峰值的所述两个或两个以上时间选定和破碎前驱体离子之前所述串联质谱仪还实施全扫描离子调查扫描。然后所述处理器还接收来自所述全扫描离子调查扫描的信息并且基于由来自所述全扫描离子调查扫描的所述信息提取的特征识别至少两个不同图案。由来自所述全扫描离子调查扫描的所述信息提取的特征包括例如特定前驱体离子信息，例如在所述前驱体离子隔离窗口内的两或多种前驱体离子。

在多个实施方案中，所述处理器基于所述两个或两个以上产物离子光谱的特征识别至少两个不同图案。所述两个或两个以上产物离子光谱的特征包括例如特定产物离子信息，例如所述特定离子的已知残基。

在多个实施方案中，所述处理器基于所述两个或两个以上产物离子光谱和在没有任何特定产物离子信息的情况下识别至少两个不同图案。例如，所述前驱体可以对所有的产物离子实施PCA分析，并且使用PVCG来确定所述组。

在多个实施方案中，所述处理器通过对产物离子的所述峰值求和来组合来自每个组的产物离子的所述峰值。在多个替代实施方案中，来自每个组的产物离子的所述峰值可以通过计算平均值、中位值或组合数据点组的任何其他数学方法来组合。

在多个实施方案中，所述处理器还将针对每个组的所述组合产物离子光谱与化合物数据库进行比较来识别所述化合物。所述化合物可以包括例如蛋白质或肽，并且所述化合物数据库可以是蛋白质或肽数据库。

在多个实施方案中，在化合物峰值曲线上两个或两个以上时间收集的所述两获得多个产物离子光谱在所述化合物的所述峰值曲线上被隔开。串联质谱仪可以以多种方式来提供这种间隔。在多个实施方式中，所述串联质谱仪还通过包括其宽度小于所述峰值曲线的宽度的排除窗口来将所述峰值曲线上的所述两个或两个以上时间隔开。

在多个实施方案中，所述串联质谱仪还通过在特定数目的循环之后和再次在两倍所述特定数目的循环之后自动强制再获取选定前驱体离子的百分比来将所述峰值曲线上的所述两个或两个以上时间隔开。例如循环包括全扫描离子调查扫描和之后多个前驱体离子选择和片段扫描的完整循环。

在多个实施方案中，所述串联质谱仪还通过在隔离窗口内自动检测两个或两个以上前驱体离子和在特定数目的循环之后以所述隔离窗口强制进行多个前驱体离子选择和片段扫描来将所述峰值曲线上的所述两个或两个以上时间隔开。

用于分离产物离子的方法

图10是根据多个实施方案的、显示用于从由IDA质谱实验收集的产物离子光谱中的卷积前驱体离子中分离产物离子的方法1000的流程图。

在方法1000的步骤1010中，利用处理器接收在随时间变化的化合物分离峰值曲线上两个或两个以上时间收集的两个或两个以上产物离子光谱。所述两个或两个以上产物离子光谱是通过以下方式产生的：利用分离装置从样品中随时间变化分离所述化合物，并利用串联质谱仪在所述分离化合物的所述峰值中的两个或两个以上时间破碎前驱体离子。

在步骤1020中，利用所述处理器将所述两个或两个以上产物离子光谱的存在于所述两个或两个以上产物离子光谱的每个光谱中的产物离子强度进行比较。

在步骤1030中，利用所述处理器识别描述所述两个或两个以上产物离子光谱的产物离子强度变化的至少两个不同图案。

在步骤1040中，利用所述处理器根据所述至少两个不同图案将存在于所述两个或两个以上产物离子光谱的每个光谱中的所述产物离子划分成至少两个不同组。

在步骤1050中，利用所述处理器组合来自所述至少两个不同组的每个组的产物离子的所述两个或两个以上产物离子光谱。此步骤对仅包括来自所述每个组的产物离子峰值的所述至少两个不同组的每个组产生组合产物离子光谱。

用于分离产物离子的计算机程序产品

在多个实施方案中，计算机程序产品包括非暂时性和有形的计算机可读存储媒体，所述计算机可读存储媒体的内容包括具有在处理器上被执行以实施以下方法的指令的程序：所述方法用于从来自IDA质谱实验收集的产物离子光谱中的卷积前驱体离子中分离产物离子。所述方法通过包括一个或一个以上不同软件模块的系统来实施。

图11是根据多个实施方案、包括执行以下方法的一个或一个以上不同软件模块的系统1100的示意图：所述方法用于从由IDA质谱实验收集的产物离子光谱中的卷积前驱体离子中分离产物离子。系统1100包括输入模块1110和分析模块1120。

输入模块1110接收在两个或两个以上时间跨越随时间分离的化合物的峰值曲线收集的两个或两个以上产物离子光谱。所述两个或两个以上产物离子光谱通过以下方式产生：利用分离装置随时间从样品中分离出所述化合物，并利用串联质谱仪在两个或两个以上时间跨越所述分离化合物的所述峰值选择和碎片化前驱体离子。

分析模块1120比较跨越所述两个或两个以上产物离子光谱存在于所述两个或两个以上产物离子光谱的每个光谱中的产物离子的强度。分析模块1120识别描述跨越所述两个或两个以上产物离子光谱的产物离子强度的变化的至少两个不同图案。分析模块1120利用分析模块根据所述至少两个不同图案将存在于所述两个或两个以上产物离子光谱的每个光谱中的所述产物离子分成至少两个不同组。最后，分析模块1120组合来自所述至少两个不同组的每个组的产物离子的所述两个或两个以上产物离子光谱的峰值。这针对所述至少两个不同组的每个组产生仅包括来自所述每个组的产物离子的峰值的经组合产物离子光谱。

虽然结合各种实施例描述了本教示，但是无意于将本教示限制于此些实施例。相反，本教示涵盖各种替代方案、修改方案和等同方案，如本领域的普通技术人员会理解的。

进一步地，在描述各种实施例时，说明书可能已将方法和/或工艺呈现为特定步骤序列。然而，就方法或工艺不依赖于本文列举的特定步骤次序而言，所述方法和工艺不应被限制于所描述的特定步骤序列。本领域的普通技术人员会理解，其它步骤序列也是可以的。因此，在说明书中列举的特定步骤次序不应被视为对权利要求书的限制。另外，涉及方法和/或工艺的权利要求不应被限制于以所书写的次序实施其步骤，且本领域的普通技术人员会容易地理解，系列可以变化，但是仍然落在各种实施例的精神和范围内。