一种测序仪监控方法及系统与流程

1.本发明涉及生物基因测序技术领域，特别涉及一种测序仪监控方法及系统。


背景技术：

2.测序仪是生物基因测序时使用的设备，由于测序的工作量非常大，因此测序仪每次工作的时间比较长，可能会持续工作数小时甚至十数小时。
3.然而，测序仪工作中可能会发生异常，一旦发生异常，测序仪就会停止工作，因此需要人员值守以及时处置异常。但是，测序仪上机时间集中在22:00-2:00,每次上机均需要安排人员值守，一般需要协调晚班人员值守延至测序仪簇密度正常出现之后再离开，需要工作时间延长3小时左右，要付出大量的人员和时间。且在夜间工作，易精力不集中，外加延长工作时间导致人员疲惫，值守时无法及时发现测序仪的异常，工作出现失误是非常常见的。


技术实现要素：

4.本发明实施例提供了一种测序仪监控方法及系统，用以解决现有技术中采用人员值守的方式易出现失误的问题。
5.一方面，本发明实施例提供了一种测序仪监控方法，包括：
6.获取测序仪屏幕的显示内容图像；
7.采用ocr技术识别显示内容图像中的字符，获得相应的显示内容文本；
8.分析显示内容文本代表的测序仪的工作状态；
9.根据工作状态向管理人员发送相应的提醒信息。
10.另一方面，本发明实施例提供了一种测序仪监控系统，包括：
11.图像获取模块，用于获取测序仪屏幕的显示内容图像；
12.文本识别模块，用于采用ocr技术识别显示内容图像中的字符，获得相应的显示内容文本；
13.状态分析模块，用于分析显示内容文本代表的测序仪的工作状态；
14.提醒模块，用于根据工作状态向管理人员发送相应的提醒信息。
15.本发明中的一种测序仪监控方法及系统，具有以下优点：
16.采用自动化的监控方法对测序仪进行监控，无需安排人员值守，人员只需在收到异常提醒后到达现场处理即可，大大解放了生产力。
附图说明
17.为了更清楚地说明本发明实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图仅仅是本发明的一些实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图。
18.图1为本发明实施例提供的一种测序仪监控方法的流程图。
具体实施方式
19.下面将结合本发明实施例中的附图，对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例仅仅是本发明一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本发明保护的范围。
20.图1为本发明实施例提供的一种测序仪监控方法的流程图。本发明实施例提供了一种测序仪监控方法，包括：
21.s100，获取测序仪屏幕的显示内容图像。
22.示例性地，可以通过在测序仪上安装客户端的方式实时或定时获取测序仪屏幕上显示的内容，形成显示内容图像。而且，客户端除获取显示内容图像外，还可以获取测序仪的其他数据，例如在离线状态、网络延迟数据、测序错误、警告、簇密度结果、下机与待机状态等。
23.进一步地，由于获取的显示内容图像可能存在噪声，因此需要对其进行去噪处理。
24.上述的测序仪可以为illumina系列测序仪，例如illumina miniseq、illumina nextseq 550dx、illumina nextseq cn550、illumina nextseq 550ar，也可以是贝瑞、安诺优达、赛默飞(thermofisher)、宜曼达(illumina)、珀金埃尔默(perkinelmer)、富鲁达(fluidigm)中的任意一种。
25.s110，采用ocr(optical character recognition，光学字符识别)技术识别显示内容图像中的字符，获得相应的显示内容文本。
26.示例性地，在s110识别显示内容图像中的字符之前，还需要对显示内容图像进行二值化处理。具体地，可以采用opencv对显示内容图像进行二值化处理，并将二值化处理后的图像中的白字黑底区域进行反转。然后，s110基于二值化和反转处理后的图像进行处理。
27.在完成二值化和反转处理后，s110包括：采用tesseract对显示内容图像进行ocr识别，获得显示内容文本。
28.在实际处理中，tesseract需要首先对显示内容图像进行分割，包括段分割、行分割和字符分割，分割得到的单个字符输入ocr识别模型即可得到与单个字符的图像对应的文字，多个文字按照显示内容图像上的顺序组成显示内容文本。
29.除了使用上述谷歌开源的ocr识别引擎tesseract之外，ocr识别模型还可以采用其他工具，例如rpn(region proposal network，区域推荐网络)、ctpn(connectionist text proposal network，连接文本推荐网络)、nms(non-maximum suppression，非极大值抑制)、ctc(connectionist temporal classification，连接时序分类)、east(efficient and accurate scene text detector，高效且准确的场景文本检测器)等。
30.在识别过程中，显示内容图像中可能会存在ocr识别模型无法识别或识别准确率过低的字符，对于这种字符，管理人员可以收集起来，经过人工识别可以确定其对应的识别结果，然后将字符图像以及相应的识别结果输入ocr识别模型中，对ocr识别模型进行训练，形成新的识别模型，并将新的识别模型更新至tesseract中，以提高识别的准确率。
31.s120，分析显示内容文本代表的测序仪的工作状态。
32.示例性地，s120具体包括：获取显示内容文本中的文字；采用关键词识别技术确定获取的文字中的关键词；根据关键词确定测序仪的工作状态。
33.上述关键词可以由管理人员根据在日常工作中收集的测序仪在不同工作状态下呈现的信息确定，例如，当测序仪连接的网络存在异常时，将会在屏幕上弹出对话框，对话框中会显示包含“网络连接异常”的信息，此时可以将“网络连接异常”作为网络连接发生异常时的关键词。如果经过关键词识别技术确定显示内容文本中存在“网络连接异常”，则可以认为测序仪当前发生了网络连接异常的故障。
34.在完成对工作状态的分析后，还可以对不同的工作状态设置相应的标识代码。例如，设置的标识代码可以包括error、warnings、completion on和sequencing complete，其中error表示设备异常，warnings表示警告，completion on表示生成了簇密度，sequencing complete表示测序完成。
35.s130，根据工作状态向管理人员发送相应的提醒信息。
36.示例性地，在向管理人员发送提醒信息时，可以将上述标识代码作为提醒信息的一部分。s130具体可以包括：获取与工作状态相应的提醒内容；将提醒内容通过文字信息和/或电话的形式发送给管理人员使用的电子设备。
37.上述提醒内容为管理人员提前设置的与测序仪不同工作状态对应的文字内容，将提醒内容与其他信息，例如标识代码组合后即可形成提醒信息。向管理人员发送提醒信息时，可以由客户端向预先设置的管理人员的企业微信或其他社交软件发送文字信息或语音信息，也可以向管理人员主动发起语音通话，并将文字信息转换为语音后向管理人员播放，达到使管理人员快速了解测序仪工作状态的目的。
38.在本发明的实施例中，在向管理人员发送提醒信息后，还可以通过互联网将工作状态发送至服务器端进行存储。进一步地，客户端还可以将获取的测序仪的其他信息，例如在离线状态、网络延迟数据、测序错误、警告、簇密度结果、下机与待机状态等一并发送给服务器进行保存。
39.本发明实施例还提供了一种测序仪监控系统，该系统包括：
40.图像获取模块，用于获取测序仪屏幕的显示内容图像；
41.文本识别模块，用于采用ocr技术识别显示内容图像中的字符，获得相应的显示内容文本；
42.状态分析模块，用于分析显示内容文本代表的测序仪的工作状态；
43.提醒模块，用于根据工作状态向管理人员发送相应的提醒信息。
44.尽管已描述了本发明的优选实施例，但本领域内的技术人员一旦得知了基本创造性概念，则可对这些实施例做出另外的变更和修改。所以，所附权利要求意欲解释为包括优选实施例以及落入本发明范围的所有变更和修改。
45.显然，本领域的技术人员可以对本发明进行各种改动和变型而不脱离本发明的精神和范围。这样，倘若本发明的这些修改和变型属于本发明权利要求及其等同技术的范围之内，则本发明也意图包含这些改动和变型在内。