1.一种形成有电容器的半导体器件的制造方法，包括：
获取半导体衬底，所述半导体衬底上形成有第一多晶硅层，所述第一多晶硅层包括多晶硅栅和电容下极板；
在所述电容下极板上形成介质层；
在所述介质层上形成第二多晶硅层；
通过第一掺杂光刻版进行图形转移，在所述半导体衬底和第二多晶硅层上形成开设有掺杂窗口的掺杂阻挡层；及
在所述掺杂阻挡层的阻挡下掺杂第一导电类型的离子，在所述掺杂窗口下方的半导体衬底中形成第一导电类型离子掺杂区、所述掺杂窗口下方的第二多晶硅层形成第一掺杂多晶硅，所述第一导电类型离子掺杂区包括源极掺杂区；所述第一掺杂多晶硅上方的掺杂窗口的宽度小于相应位置处第二多晶硅层的宽度，从而使得该位置处的介质层被所述掺杂阻挡层覆盖。
2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述第一掺杂多晶硅上方的掺杂窗口的边缘与相应位置处的第二多晶硅层的边缘的水平距离小于1微米。
3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述介质层的材质为硅氧化物。
4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述介质层为三层结构，依次为硅氧化层、硅氮化层、硅氧化层。
5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述通过第一掺杂光刻版进行图形转移的步骤之前还包括对所述第二多晶硅层掺杂第一剂量的第一导电类型离子的步骤，所述第一剂量小于所述在所述掺杂阻挡层的阻挡下掺杂第一导电类型的离子的步骤的掺杂剂量。
6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，所述第一剂量为5e14～2e15/cm2。
7.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述半导体器件包括互补金属氧化物半导体场效应管，所述第一导电类型离子掺杂区还包括漏极掺杂区，所述在所述电容下极板上形成介质层的步骤之前，还包括对所述半导体衬底进行轻掺杂漏极注入的步骤和在多晶硅栅的侧面形成侧墙的步骤。
8.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述在所述介质层上形成第二多晶硅层的步骤包括：
在所述介质层上淀积多晶硅；
光刻并刻蚀淀积的多晶硅和所述介质层，形成作为电容上极板的第二多晶硅层。
9.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述第一导电类型为n型。
10.一种形成有电容器的半导体器件，其特征在于，使用权利要求1-9中任一项所述的方法进行制造。