同时检测两种葡萄溃疡病菌的双重pcr引物及其应用_2

文档序号:8959626阅读:来源:国知局
引物可以在菌量较少的情况下检测到病原菌的存在,实验证明,当待测样品浓 度达IOpg时即可检出,表明上述方法具有较高的灵敏性。并且,二者检测灵敏度相同,均为 10 5 μ g/ μ L,即序列1和序列2组成的引物对葡萄座腔菌(Botryosphaeria dothidea)基因 组DNA的检测灵敏度与序列3和序列4组成的引物对小新壳梭孢(Neofusicoccum parvum) 基因组DNA的检测灵敏度相同,均为10 5 μ g/ μ L。这组引物可以在一个双重PCR反应中也 可以在此浓度(IO5 μ g/μ L)下分别检测到葡萄座腔菌(Botryosphaeria dothidea)和小 新壳梭孢(Neofusicoccum parvum)的存在,这表明该组引物可以快速、准确、灵敏的确定 葡萄苗木以及田间葡萄病样中的葡萄座腔菌(Botryosphaeria dothidea)和小新壳梭孢 (Neofusicoccum parvum),为苗木带菌检测和针对性防治这2种病原菌引起的葡萄溃疡病 提供依据。
[0018] 同时,由于本发明可以减少对葡萄溃疡病病原菌小新壳梭孢(Neofusicoccum parvum)和葡萄座腔菌(Botryosphaeria dothidea)的鉴定时间,从而尽早的在带菌苗木 和发病早期的病组织中检测到病原菌的存在,达到早期针对性防病的目的。
【附图说明】
[0019] 图1为本发明的引物B. d-F/B. d-R特异性检测的结果,图中,泳道M为分子 量Marker (DL2000plus DNA Marker),泳道1-3分别为分离自不同地区的小新壳梭 抱(Neofusicoccum parvum)菌株,4-5 :葡萄溃疡病菌 Lasiodiplodia theobromae ; 6-8 ;葡萄溃疡病菌葡萄座腔菌(Botryosphaeria dothidea) ;9_10 :葡萄溃疡病菌 Diplodia seriata;ll:葡萄糖轴褐枯病菌Alternaria viticola;12:葡萄枝枯病菌 Neopestalotiopsis sp. ; 13 :葡萄炭疽病菌 Colletotrichum viniferum ;14 :葡萄灰霉 病菌Botrytis cinerea;15:葡萄白腐病菌Coniella diplodiella;16:葡萄蔓枯病菌 Diaporthe eres : 17是以ddH20为模板的PCR扩增结果。
[0020] 图2为本发明的引物N. P-F/N. P-R特异性检测的结果,图中,泳道M为分子 量Marker (DL2000plus DNA Marker),泳道1-3分别为分离自不同地区的小新壳梭 抱(Neofusicoccum parvum)菌株,4-5 :葡萄溃疡病菌 Lasiodiplodia theobromae ; 6-8 ;葡萄溃疡病菌葡萄座腔菌(Botryosphaeria dothidea) ;9_10 :葡萄溃疡病菌 Diplodia seriata;ll:葡萄糖轴褐枯病菌Alternaria viticola;12:葡萄枝枯病菌 Neopestalotiopsis sp. ; 13 :葡萄炭疽病菌 Colletotrichum viniferum ;14 :葡萄灰霉 病菌Botrytis cinerea;15:葡萄白腐病菌Coniella diplodiella;16:葡萄蔓枯病菌 Diaporthe eres : 17是以ddH20为模板的PCR扩增结果。
[0021] 图3为本发明的引物B. d-F/B. d-R灵敏性检测的结果,泳道M为分子量 Marker (DL2000 DNA Marker),泳道 1-7 分别是以浓度分别为 1,10 \ 10 2, 10 3, 10 4, 10 5, 10 Vg/μ L葡萄溃疡病菌葡萄座腔菌(Botryosphaeria dothidea)基因组DNA为模板的 PCR扩增产物。
[0022] 图4为本发明的引物N. p-F/N. p-R灵敏性检测的结果,泳道M为分子量 Marker(DL2000DNA Marker),泳道 1-7 分别是以浓度分别为 1,10 \ 10 2, 10 3, 10 4, 10 5, 10 6 μ g/ μ L葡萄溃疡病菌小新壳梭孢(Neofusicoccum parvum)基因组DNA为模板的PCR 扩增产物。
[0023] 图5为本发明引物B. d-F/B. d-R和N. p-F/N. p-R的双重PCR反应验证结果,泳 道M为分子量Marker (DL2000DNA Marker),泳道1为以已知含有葡萄溃疡病菌葡萄座腔菌 (Botryosphaeria dothidea)和小新壳梭抱(Neofusicoccum parvum)基因组DNA为模板的 双重PCR扩增产物。
【具体实施方式】
[0024] 为了更好的理解本发明,下面结合具体实施例对本发明做进一步的说明。
[0025] 以下的实施例便于更好地理解本发明,但并不限定本发明。下述实施例中的试验 方法,如无特殊说明,均为常规方法。下述实施例中所用的材料、试剂,如无特殊说明,均可 从商业途径得到。
[0026] 实施例1、一组同时检测2种葡萄溃疡病菌的双重PCR引物及其检测方法
[0027] 一、葡萄溃疡病菌 Neofusicoccum parvum 和 Botryosphaeria dothidea 双重 PCR 引物的获得
[0028] 提取GeneBank中我国已报道的引起葡萄溃疡病菌的4个种(Botryosphaeria dothidea、Lasiodiplodia theobromae、Neofusicoccum parvum 和 Diplodia seriata) 的EF延伸因子和β -tubul in序列(登录号分别为:JX462265 ;⑶294727 ;KJ146834 ; KJ146833 JX462263;JX462272 ;JX462280 ;HQ288289 JX462291 ;GU294713 ;KJ146836 ; KJ146835 JX462289 JX462299 JX462306 ;HQ288254 JX521848)进行同源性比较。根 据Botryosphaeria dothidea与其他3个种EF延伸因子序列上的差异位点设计出 Botryosphaeria dothidea的特异性引物B. d-F/B. d_R,序列分别为上游正向引物B. d_F 序列:5' -GTCTGCATCATTCTCAGCGTGGG-3'(序列表中序列1);下游反向引物B. d-R序列: 5'-TTACCCTCAGTGTAGTGACCCTTG-3'(序列表中序列 2)。根据 Neofusicoccum parvum 与其 他3个种β-tubul in序列上的差异位点,设计得到Neofusicoccum parvum的特异性引物 N. p-F/N. p-R,序列分别为:上游正向引物N. p-F序列:5' -CTCGGCGGCTTCCTGGGAT-3'(序列 表中序列3);下游反向引物N. p-R序列:5'-CGCACTCAATTTGCCTTATCGCTTC-3'(序列表中序 列4)。
[0029] 二、本发明的用于葡萄溃疡病菌 Neofusicoccum parvum 和 Botryosphaeria dothidea双重PCR引物的效果验证
[0030] 1、引物合成
[0031] B. d-F/B. d-R引物:上游正向引物B. d-F序列:
[0032] 5' -GTCTGCATCATTCTCAGCGTGGG-3'(序列表中序列 1);下游反向引物 B. d-R 序列: 5'-TTACCCTCAGTGTAGTGACCCTTG-3'(序列表中序列 2);
[0033] N. p-F/N. p-R引物:上游正向引物N. p-F序列:
[0034] 5' -CTCGGCGGCTTCCTGGGAT-3' ;下游反向引物 N. p-R 序列:
[0035] 5' -CGCACTCAATTTGCCTTATCGCTTC-3',委托上海生工生物技术有限公司合成。
[0036] 2、特异性引物B. d-F/B. d-R和N. p-F/N. p-R的准确性验证
[0037] 2. 1菌株的采集和鉴定
[0038] 研究中所用菌株均采用常规组织分离法(方中达.植病研究方法[M].第三版.北 京:中国农业出版社.1998 :122-137.)分离自我国不同地区的葡萄病样上,获得了菌株的 纯培养,并通过接种实验完成了柯赫氏法则的验证。菌株信息如下:
[0039] 葡萄溃疡病菌分别为:3 株 Neofusicoccum parvum,3 株 Lasiodiplodia theobromae;2 株葡萄溃疡病菌 Botryosphaeria dothidea,2 株 Diplodia seriata。其 他菌株信息如下:2株葡萄穗轴褐枯病菌Alternaria viticola ;2株葡萄枝枯病菌 Neopestalotiopsis sp. ;2 株葡萄炭疽病菌 Colletotrichum viniferum;2 株葡萄灰霉病 菌 Botrytis cinerea;2 株葡萄蔓枯病菌 Diaporthe eres。
[0040] 2. 2菌株的鉴定采用形态学鉴定和分子生物学鉴定
[0041] 对上述菌株的鉴定采用形态学鉴定和分子生物学鉴定2种方法。首先观察28°C黑 暗培养箱中培养3-7d的菌落形态,并在显微镜下观察产孢结构特征以及分生孢子形态和 颜色等,对菌株种类进行初步确定。进一步采用PCR技术对菌株种类进行分子生物学鉴定, 具体方法如下:
[0042] 采用CTAB法提取菌株DNA,PCR扩增其rDNA-ITS区段用于菌株种类鉴定。PCR反 应体系为:了39 0嫩聚合酶(51]/^1^)0.25 4 1^,10\缓冲液(含100臟〇1/11^8-!1(:1?!18.3, 500mmol/L KCl,15mmol/L Mg2+)2. 5yL,dNTP (各 2. 5臟〇171)2以1^,1(^111〇1/1引物1丁51(序 列为:5' -TCCGTAGGTGAACCTGCGG-3')和 ITS4(序列为:5' -TCCTCCGCTATGAATGC-3')各 〇. 5 μ L,模板5-20ng,用双蒸水将反应体系补充至25 μ L。PCR反应条件:94°C预变性4min ; 94°C 30s,59°C 30s,72°C 30s,35 个循环;72°C延伸 5min。PCR 产物的检测:取 5 μ L PCR 扩 增产物于〇. 8 %的琼脂糖凝胶上电
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