技术特征：
1.一种植物成对nlr抗性基因数据库的构建方法，其特征在于包括如下步骤：(1)基础数据的收集：从jgi或ensembl收集目的物种的基因组序列、蛋白序列以及基因注释信息；(2)nlr基因和基因簇的鉴定：首先通过hmmscan和nlr
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parser工具鉴定nlr基因，然后结合nlr基因的基因组注释位置，筛选其中的成簇nlr基因；(3)特殊结构域的鉴定：通过hmmscan和blast工具，分析nlr基因的特殊结构域情况；(4)成对nlr基因的鉴定：首先基于已报道的成对nlr基因，通过blast工具在目的物种的成簇nlr基因中搜索helper同源基因，然后将包含helper同源基因的nlr基因簇筛选出来通过clustalw2工具构建系统发育树并通过mega7.0工具进行人工检视，最终基于成对nlr基因的演化特征筛得目的物种的成对nlr基因；(5)成对nlr基因的再鉴定：基于(4)搜索到的候选成对nlr基因，重复步骤(4)中的分析检索流程，直至没有新得成对nlr基因被检索出来。2.根据权利要求1所述的植物成对nlr抗性基因数据库的构建方法，其特征在于：在步骤(3)中，在通过hmmscan和nlr
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parser检测完nb
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arc结构域以及lrr结构域之后，将同时拥有nb
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arc结构域以及lrr结构域的基因归为主要nlr基因，而只有nb
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arc结构域的基因则归为候选nlr基因。3.根据权利要求1所述的植物成对nlr抗性基因数据库的构建方法，其特征在于：在步骤(4)中，在检索nlr基因簇的过程中，将同一染色体上物理距离200kb以内或基因编号距离两个及以内的nlr基因视为同一基因簇内的基因。4.根据权利要求1所述的植物成对nlr抗性基因数据库的构建方法，其特征在于：在步骤(4)中，通过多种途径挖掘nlr基因的特殊结构域痕迹，包括对目的蛋白进行hmmscan搜索，对目的基因前后蛋白进行hmmscan搜索以及对目的基因前后5k以内核苷酸序列使用tblastn搜索，并以此作为sensor的判定依据之一。5.根据权利要求1所述的植物成对nlr抗性基因数据库的构建方法，其特征在于：在步骤(4)中，将包含helper同源基因的nlr基因簇筛选出来后，使用nb
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arc结构域蛋白序列进行系统发育树的绘制，基于nlr基因的系统发育关系和特殊结构域痕迹确定系统发育树中的helper与sensor枝，候选helper和sensor在进化树上需要与已鉴定序列的helper和sensor聚集于同一枝中，与已鉴定helper聚集于一枝即为helper，其对应的基因即为sensor。6.根据权利要求1所述的植物成对nlr抗性基因数据库的构建方法，其特征在于：在步骤(5)中，所述的成对nlr基因的特征值数据包括染色体上的基因位置、基因编号、链向、特殊结构域、基因类型、pair
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id、tir类型、nbs位置。7.权利要求1至6任一项所述的植物成对nlr抗性基因数据库的构建方法构建的多物种成对nlr基因数据库，其特征在于：以成对nlr基因对应的特征值作为数据项标识建立成对nlr基因数据库：https://figshare.com/articles/dataset/database_of_paired_nlr_genes/15096966。8.根据权利要求7所述的多物种成对nlr基因数据库，其特征在于：多物种为二穗短柄草、大麦、高粱、狗尾草或拟南芥。
技术总结
本发明公开了一种植物成对NLR抗性基因数据库的构建方法及其多物种成对NLR基因数据库。所述方法包括从JGI或Ensembl收集目的物种的基因组数据；通过Hmmscan和NLR
技术研发人员：田大成 秦超 杨四海 张小辉
受保护的技术使用者：南京大学
技术研发日：2021.08.13
技术公布日：2021/11/8