技术特征：
1.一种方法，其包含：a.将样品与多个不同的颗粒集合接触，i.其中，每个颗粒包含独特的抗原肽、可操作地相关联的条形码和至少一个识别标记,ii.其中所述样品包含t细胞，和iii.其中，所述接触包括提供适合单个t细胞结合至至少一个颗粒集合的独特抗原肽的条件；b.分离与颗粒结合的一个或多个t细胞；c.鉴定与分离的t细胞结合的颗粒的条形码；d.确定每个条形码的比率。2.权利要求1所述的方法，其中所述比率是通过鉴定第一条形码的拷贝数和第二条形码的拷贝数并将第一条形码的拷贝数除以第二条形码的拷贝数来计算的。3.权利要求1
‑
2中任一项所述的方法，其中对于每个不同的颗粒集合，所述独特的抗原肽是相同的。4.权利要求1
‑
3中任一项所述的方法，其中每个不同的颗粒集合包含至少一个或多个条形码，其中每个条形码与所述抗原肽的身份相关联。5.权利要求1
‑
4中任一项所述的方法，其中每个条形码的比率对应于所述分离的t细胞的抗原特异性。6.权利要求1
‑
5中任一项所述的方法，其中如果所述第一条形码的比率高于阈值，则所述分离的t细胞被鉴定为抗原特异性t细胞。7.权利要求6所述的方法，其中所述阈值是至少或大于2,3,4,5,6,7,8,9,10,2
‑
5,3
‑
6,4
‑
7,5
‑
8,5
‑
10,7
‑
10或大于10。8.权利要求1
‑
7中任一项所述的方法，其中鉴定所述条形码包括基于核苷酸的测定。9.权利要求8所述的方法，其中所述基于核苷酸的测定是pcr、rt
‑
pcr、测序或杂交测定。10.权利要求8或9中任一项所述的方法，其中所述基于核苷酸的测定确定(a)每个条形码的序列和/或(b)每个条形码的拷贝数。11.权利要求1
‑
10中任一项所述的方法，其进一步包括获得t细胞受体(tcr)cdr序列。12.上述权利要求中任一项所述的方法，其进一步包括获得tcr基因序列。13.权利要求12所述的方法，其中所述tcr序列是tcrα或tcrβ链序列。14.上述权利要求中任一项所述的方法，其用于鉴定t细胞的抗原特异性。15.权利要求14所述的方法，其中所述t细胞的抗原特异性包括抗原肽的序列和结合的t细胞的tcr序列。16.权利要求1
‑
15中任一项所述的方法，其中所述至少一个识别标记在每个不同的颗粒集合中是相同的。17.权利要求1
‑
16中任一项所述的方法，其包括至少两个不同的识别标记。18.权利要求1
‑
17中任一项所述的方法，其中所述至少一个识别标记是荧光团。19.权利要求18所述的方法，其中所述荧光团选自包括别藻蓝蛋白(apc)和藻红蛋白(pe)的组。20.权利要求17所述的方法，其中所述至少两个不同的识别标记是荧光团，其中所述荧
光团选自包括别藻蓝蛋白(apc)和藻红蛋白(pe)的组。21.权利要求1
‑
20中任一项所述的方法，其中所述抗原肽选自由以下各项组成的组：肿瘤抗原、新抗原、肿瘤新抗原、病毒抗原、细菌抗原、磷酸抗原(phospho
‑
antigen)和微生物抗原。22.权利要求21所述的方法，其中所述新抗原是从受试者的肿瘤测序数据中鉴定的。23.权利要求22所述的方法，其中计算机预测算法用于确定新抗原。24.权利要求23所述的方法，其中所述预测算法进一步包括mhc结合算法以预测新抗原和mhc肽之间的结合。25.权利要求1
‑
24中任一项所述的方法，其中所述样品选自血液样品、骨髓样品、组织样品、肿瘤样品或外周血单核细胞(pbmc)样品。26.权利要求1
‑
25中任一项所述的方法，其中所述t细胞是人t细胞。27.权利要求26所述的方法，其中所述t细胞是cd8+t细胞。28.权利要求1
‑
27中任一项所述的方法，其中所述方法包括不同颗粒集合的文库。29.权利要求28所述的方法，其中所述文库包括2至500个不同的颗粒集合。30.权利要求1
‑
29中任一项所述的方法，其中每个颗粒包含mhc肽。31.权利要求30所述的方法，其中所述mhc肽是人mhc肽。32.权利要求30所述的方法，其中所述mhc肽是i类hla肽。33.权利要求30所述的方法，其中所述hla肽包括hla
‑
a、hla
‑
b或hla
‑
c肽。34.权利要求33所述的方法，其中所述hla肽包含hla
‑
a*01:01,hla
‑
a*02:01,hla
‑
a*03:01,hla
‑
a*24:02,hla
‑
a*30:02,hla
‑
a*31:01,hla
‑
a*32:01,hla
‑
a*33:01,hla
‑
a*68:01,hla
‑
a*11:01,hla
‑
a*23:01,hla
‑
a*30:01,hla
‑
a*33:03,hla
‑
a*25:01,hla
‑
a*26:01,hla
‑
a*29:02,hla
‑
a*68:02,hla
‑
b*07:02,hla
‑
b*14:02,hla
‑
b*18:01,hla
‑
b*27:02,hla
‑
b*39:01,hla
‑
b*40:01,hla
‑
b*44:02,hla
‑
b*46:01,hla
‑
b*50:01,hla
‑
b*57:01,hla
‑
b*58:01,hla
‑
b*08:01,hla
‑
b*15:01,hla
‑
b*15:03,hla
‑
b*35:01,hla
‑
b*40:02,hla
‑
b*42:01,hla
‑
b*44:03,hla
‑
b*51:01,hla
‑
b*53:01,hla
‑
b*13:02,hla
‑
b*15:07,hla
‑
b*27:05,hla
‑
b*35:03,hla
‑
b*37:01,hla
‑
b*38:01,hla
‑
b*41:02,hla
‑
b*44:05,hla
‑
b*49:01,hla
‑
b*52:01,hla
‑
b*55:01,hla
‑
c*02:02,hla
‑
c*03:04,hla
‑
c*05:01,hla
‑
c*07:01,hla
‑
c*01:02,hla
‑
c*04:01,hla
‑
c*06:02,hla
‑
c*07:02,hla
‑
c*16:01,hla
‑
c*03:03,hla
‑
c*07:04,hla
‑
c*08:01,hla
‑
c*08:02,hla
‑
c*12:02,hla
‑
c*12:03,hla
‑
c*14:02,hla
‑
c*15:02或hla
‑
c*17:01。35.权利要求1
‑
34中任一项所述的方法，其中每个颗粒包含hla肽和β2m肽。36.权利要求35所述的方法，其中所述β2m肽是人β2m肽。37.权利要求36所述的方法，其中所述β2m肽包含突变。38.权利要求37所述的方法，其中所述突变是s88c。39.权利要求1
‑
38中任一项所述的方法，其中每个颗粒包含多肽，该多肽在氨基到羧基末端方向上包含(i)抗原肽，(ii)β2m肽，和(iii)mhc肽。40.权利要求1
‑
39中任一项所述的方法，其中所述抗原肽的长度为7
‑
15个氨基酸，7
‑
10,8
‑
9,7,8,9,10,11,12,13,14或15个氨基酸。41.权利要求39或40的方法，其中所述多肽被生物素化。
42.权利要求1
‑
41中任一项所述的方法，其中所述颗粒选自由以下各项组成的组：磁珠、琼脂糖珠、苯乙烯聚合物颗粒和葡聚糖聚合物颗粒。43.权利要求1
‑
42中任一项所述的方法，其中所述颗粒被链霉亲和素包被。44.权利要求1
‑
43中任一项所述的方法，其用于监测受试者中的免疫组库。45.权利要求44所述的方法，其进一步包括监测受试者中抗原特异性t细胞的变化。46.权利要求44或45所述的方法，其包括对所述受试者施用免疫疗法。47.权利要求46所述的方法，其中所述免疫疗法是过继细胞转移或检查点抑制剂。48.权利要求1
‑
47中任一项所述的方法，其用于鉴定至少一个tcr序列。49.权利要求48所述的方法，其中所述至少一个tcr序列是tcrα序列、tcrβ序列或其组合。50.权利要求48或49所述的方法，其进一步包括制造可溶性tcr多肽。51.包含至少两个颗粒集合的文库，每个颗粒集合包含抗原肽、与抗原肽的身份可操作地相关联的条形码和至少一个识别标记。52.权利要求51所述的文库，其中所述至少一个识别标记在每个颗粒集合中是相同的。53.权利要求51或52所述的文库，其在每个不同的颗粒集合中包含至少两个不同的识别标记。54.权利要求51
‑
53中任一项所述的文库，其中所述至少一个识别标记是荧光团。55.权利要求54所述的文库，其中所述荧光团选自包括别藻蓝蛋白(apc)和藻红蛋白(pe)的组。56.权利要求53所述的文库，其中所述至少两个不同的识别标记是荧光团，其中所述荧光团选自包括别藻蓝蛋白(apc)和藻红蛋白(pe)的组。57.一种颗粒，其包含至少一个多肽、条形码和识别标记，其中所述多肽包含抗原肽、β2m肽和mhc肽，并且其中所述条形码与所述抗原肽的身份可操作地相关联。58.权利要求59所述的颗粒，其选自由以下各项组成的组：磁珠、琼脂糖珠、苯乙烯聚合物颗粒和葡聚糖聚合物颗粒。59.权利要求57或58所述的颗粒，其中所述识别标记是荧光团。60.权利要求57
‑
59中任一项所述的颗粒，其被链霉亲和素包被。61.权利要求57
‑
60中任一项所述的颗粒，其中所述多肽被标记。62.治疗受试者癌症的方法，包括：a.制备多个颗粒，每个颗粒包含多个标记的多肽，其中所述多肽包含抗原肽、β2m序列、hla序列和可检测的标记；b.在适合于t细胞与所述颗粒的抗原特异性结合的条件下，使所述多个颗粒与来自受试者的多个t细胞接触；c.分离与所述颗粒结合的t细胞并鉴定所述分离的t细胞的tcr基因序列；d.制备包含同源臂和至少一个tcr基因序列的多核苷酸，其中所述tcr基因序列位于所述同源臂之间；e.将所述多核苷酸重组到所述受试者t细胞的内源基因座中；f.培养所述修饰的t细胞以产生t细胞群；和g.向所述受试者施用治疗有效数量的修饰的t细胞从而治疗癌症。
63.修饰细胞的方法，包括：a.将同源重组(hr)模板核酸序列引入所述细胞，所述同源重组(hr)模板核酸序列包含：i.与所述细胞的第一和第二内源序列同源的第一和第二同源臂；ii.通过权利要求1
‑
50中任一项所述的方法获得的t细胞受体(tcr)基因序列，其中所述tcr基因序列位于所述第一和第二hr臂之间；和iii.位于所述tcr基因序列上游的第一2a编码序列和位于所述tcr基因序列下游的第二2a编码序列，其中所述第一和第二2a编码序列编码密码子彼此分歧的相同氨基酸序列；b.将所述hr模板核酸重组到细胞的内源基因座中，其中所述细胞包含与hr模板核酸的第一和第二同源臂同源的第一和第二内源序列。64.包含修饰的细胞的组合物，其中所述修饰的细胞包含整合到内源基因座中的外源核酸序列，所述外源核酸序列包含：a.通过根据权利要求1
‑
50中任一项所述的方法鉴定的tcr基因序列，和b.位于所述tcr基因序列上游的第一2a编码序列和位于所述tcr基因序列下游的第二2a编码序列，其中所述第一和第二2a编码序列编码彼此密码子分歧的相同氨基酸序列。
技术总结
本文公开了抗原肽
技术研发人员：彭松明 博伊
受保护的技术使用者：派克特制药公司
技术研发日：2020.02.12
技术公布日：2021/12/10