技术特征：
1.一种用于从样品制备dna分子的方法，其包括：(a)使来自样品的具有稳定空间相互作用的空间邻近的dna分子与两种或更多种限制性核酸内切酶接触，从而消化所述dna分子，并生成dna分子的空间邻近的消化末端；以及(b)使dna分子的所述空间邻近的消化末端与连接酶接触，从而生成包括连接接点的邻位连接dna分子，其中所述连接接点是未标记的。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述空间邻近的dna分子包括交联的dna分子。3.根据权利要求1或2所述的方法，其中样品的所述空间邻近的dna分子在细胞/细胞核内，并且所述接触步骤在原位进行。4.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述空间邻近的dna分子包括基因组或其部分。5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中存在两种限制性核酸内切酶。6.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中存在至少三种限制性核酸内切酶。7.根据权利要求6所述的方法，其中存在三种限制性核酸内切酶。8.根据权利要求1至7中任一项所述的方法，其中所述限制性核酸内切酶中的一种是nlaiii。9.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述限制性核酸内切酶中的一种是nlaiii，并且另一种限制性核酸内切酶是mboi或msei。10.根据权利要求1至7中任一项所述的方法，其中所述限制性核酸内切酶中的一种是nlaiii，并且另一种限制性核酸内切酶是mboi或msei。11.根据权利要求6或7所述的方法，其中所述限制性核酸内切酶是：nlaiii、mboi和msei。12.根据权利要求1至7中任一项所述的方法，其中所述限制性核酸内切酶产生相同的突出序列。13.根据权利要求1至11中任一项所述的方法，其中所述限制性核酸内切酶产生不同的突出序列。14.根据权利要求1至13中任一项所述的方法，其中与所有限制性核酸内切酶的接触和消化是同时的。15.根据权利要求1至13中任一项所述的方法，其中与每种限制性核酸内切酶的接触和消化是按顺序的。16.根据权利要求15所述的方法，其中用先前的一种或多种核酸内切酶进行的消化已基本上完成。17.根据权利要求15所述的方法，其中用先前的一种或多种核酸内切酶进行的消化还未完成。18.根据权利要求6至13中任一项所述的方法，其中与限制性核酸内切酶的接触和消化是按顺序的，并且至少一次接触和消化用至少两种限制性核酸内切酶进行。19.根据权利要求15至18中任一项所述的方法，其中按顺序的接触和消化对于所述限制性核酸内切酶来说具有确定的顺序。20.根据权利要求14所述的方法，其中与连接酶的接触在完成所述限制性核酸内切酶进行的所述消化之后。21.根据权利要求15至19中任一项所述的方法，其中与连接酶的接触在完成与所有所
述限制性核酸内切酶的所述按顺序的接触和消化之后。22.根据权利要求15至19中任一项所述的方法，其中在每次与一种或多种限制性核酸内切酶接触和消化之后，与连接酶接触。23.根据权利要求1至22中任一项所述的方法，其中从选自细胞核、细胞、组织、福尔马林固定的石蜡包埋(ffpe)样品、深度福尔马林固定的样品或无细胞dna的样品中获得所述dna分子。24.根据权利要求23所述的方法，其中所述样品在水溶液中或附着到固体表面。25.根据权利要求1至24中任一项所述的方法，其中从单个细胞中获得所述dna分子。26.根据权利要求1至24中任一项所述的方法，其中从两个或更多个细胞中获得所述dna分子。27.根据权利要求1至26中任一项所述的方法，其中样品的所述dna分子包括两个或更多个基因组或其部分。28.根据权利要求1至27中任一项所述的方法，其中所述方法包括一个或多个针对4c、5c、capture-c、3c-chip或methyl-3c方法的步骤。29.根据权利要求1至27中任一项所述的方法，其中所述包括连接接点的邻位连接dna分子来源于基本上代表整个基因组的序列。30.根据权利要求1至29中任一项所述的方法，其中纯化所述包括连接接点的邻位连接dna分子。31.根据权利要求2至30中任一项所述的方法，其中使包括连接接点的交联的邻位连接dna分子与逆转交联的试剂接触。32.根据权利要求1至31中任一项所述的方法，其中使包括连接接点的邻位连接dna分子富集具有连接接点的dna分子。33.根据权利要求32所述的方法，其中通过大小选择来富集具有连接接点的dna分子。34.根据权利要求33所述的方法，其中大小选择包括使用珠粒。35.根据权利要求33所述的方法，其中大小选择包括凝胶提取或大小选择性dna沉淀。36.根据权利要求1至35中任一项所述的方法，其中由所述邻位连接dna分子制备用于dna测序的模板分子文库。37.根据权利要求36所述的方法，其中在构建所述文库时在扩增步骤之前或之后进行大小选择以富集具有连接接点的dna分子。38.根据权利要求36或37所述的方法，其中对所述模板分子文库进行测序以生成包括序列信息的序列读段。39.根据权利要求38所述的方法，其中所述测序是短读测序。40.根据权利要求1至39中任一项所述的方法，其中至少30％的所述核酸模板是远程顺式分子。41.根据权利要求1至39中任一项所述的方法，其中至少40％的所述核酸模板是远程顺式分子。42.根据权利要求1至39中任一项所述的方法，其中至少50％的所述核酸模板是远程顺式分子。43.根据权利要求1至39中任一项所述的方法，其中至少60％的所述核酸模板是远程顺
式分子。44.根据权利要求39所述的方法，其中在制备文库之前，将所述邻位连接dna分子片段化以生成邻位连接dna分子的片段，所述邻位连接dna分子的片段包括跨越所述连接接点的片段。45.根据权利要求38所述的方法，其中所述测序是长读测序。46.根据权利要求38至45中任一项所述的方法，其中所述序列信息用于检测所述基因组或其部分的成对3d基因组相互作用。47.根据权利要求46所述的方法，其中所述3d基因组相互作用在启动子、增强子、基因调控元件、gwas基因座、染色质环和拓扑结构域锚、重复元件、多梳区、基因体、外显子或整合的病毒序列之间。48.根据权利要求38至45中任一项所述的方法，其中所述序列信息用于所述基因组或其部分的蛋白质因子定位分析和3d构象分析。49.根据权利要求48所述的方法，其中所述蛋白质因子定位分析和3d构象分析包括3c-chip。50.根据权利要求38至45中任一项所述的方法，其中所述序列信息用于所述基因组或其部分的基因组重排分析。51.根据权利要求50所述的方法，其中所述基因组重排分析包括断点的鉴别。52.根据权利要求51所述的方法，其中给定序列读段的序列信息位于所述断点的上游和下游。53.根据权利要求38至45中任一项所述的方法，其中所述序列信息用于所述基因组或其部分的重叠群的聚类和排序。54.根据权利要求53所述的方法，其中序列信息包括被聚类和排序的每个重叠群的序列信息。55.根据权利要求38至45中任一项所述的方法，其中所述序列信息用于确定所述基因组或其部分的重叠群定向。56.根据权利要求38至45中任一项所述的方法，其中所述序列信息用于对所述基因组或其部分的重叠群进行聚类、排序和定向。57.根据权利要求38至45中任一项所述的方法，其中所述序列信息用于所述基因组或其部分的单倍型定相。58.根据权利要求38至45中任一项所述的方法，其中所述序列信息用于所述基因组或其部分的dna甲基化分析。59.根据权利要求38至45中任一项所述的方法，其中所述序列信息用于所述基因组或其部分的单核苷酸变体(snv)发现。60.根据权利要求38至45中任一项所述的方法，其中所述序列信息用于所述基因组或其部分的远程测序信息的碱基校正。61.根据权利要求38至45中任一项所述的方法，其中所述序列信息用于所述基因组或其部分的高灵敏拷贝数变异(cnv)分析。62.根据权利要求61所述的方法，其中所述拷贝数变异(cnv)是扩增。63.根据权利要求61所述的方法，其中所述拷贝数变异(cnv)是杂合或纯合缺失。
64.根据权利要求38至45中任一项所述的方法，其中所述序列信息用于所述基因组或其部分的变体发现、单倍型定相和基因组组装。65.根据权利要求38至45中任一项所述的方法，其中所述序列信息用于在包括父本基因组的第一样品和包括母本基因组的第二样品中的变体发现和单倍型定相，并且所述父本基因组和所述母本基因组的定相变体用于分析从母体的cfdna中获得的胎儿基因组的序列数据。66.根据权利要求38至45中任一项所述的方法，其中所述序列信息用于所述基因组或其部分的单倍型定相和基因组组装。67.根据权利要求38至45中任一项所述的方法，其中所述序列信息用于所述基因组或其部分的基因组组装和3d构象分析。68.根据权利要求38至45中任一项所述的方法，其中所述序列信息用于所述基因组或其部分的dna甲基化分析和3d基因组相互作用的检测。69.根据权利要求38至45中任一项所述的方法，其中所述序列信息用于所述基因组或其部分的基因组组装和3d基因组相互作用的检测。70.根据权利要求1至69中任一项所述的方法，其中邻位连接dna分子的分子邻接性被保持在条形码中。71.根据权利要求70所述的方法，其中通过在文库制备之前使邻位连接dna与条形码化转座体连接的珠粒接触，将条形码引入到所述邻位连接dna分子中。72.根据权利要求70或71所述的方法，其中通过利用所保持的邻位连接dna分子的分子邻接性，将所述序列信息用于检测基因组或其部分的更高级3d基因组相互作用。73.根据权利要求70至72中任一项所述的方法，其中通过利用所保持的邻位连接dna分子的分子邻接性，将所述序列信息用于检测所述基因组或其部分的三种或更多种并存的3d基因组相互作用。74.根据权利要求70至73中任一项所述的方法，其中通过利用所保持的邻位连接dna分子的分子邻接性，将所述序列信息用于检测虚拟的成对3d基因组相互作用。75.根据权利要求74所述的方法，其中虚拟的成对3d基因组相互作用在所述基因组或其部分的给定邻位连接dna分子内彼此不直接连接的限制性片段之间。76.根据权利要求70至75中任一项所述的方法，其中通过利用所保持的邻位连接dna分子的分子邻接性获得的所述成对相互作用、虚拟的成对相互作用、和/或更高级相互作用被用于所述基因组或其部分的3d基因组相互作用、所述基因组或其部分的基因组重排分析、所述基因组或其部分的重叠群的聚类和排序、确定所述基因组或其部分的重叠群定向、所述基因组或其部分的单倍型定相、所述基因组或其部分的dna甲基化分析、所述基因组或其部分的单核苷酸变体(snv)发现、所述基因组或其部分的远程测序信息的碱基校正、所述基因组或其部分的高灵敏拷贝数变异(cnv)分析或其组合。
技术总结
本文提供用于制备测序模板的方法和组合物，所述测序模板提供均匀的基因组覆盖并保持空间邻近的邻接性信息。空间邻近的邻接性信息。
技术研发人员：A
受保护的技术使用者：阿瑞玛基因组学公司
技术研发日：2020.05.19
技术公布日：2022/2/6