用于产生棒麦角素型生物碱的基因和方法_4

文档序号:8417190阅读:来源:国知局
额外的组成型表达的Scldil 拷贝。
[0202] 图21分析EYS1934 (对照)和EYS2206 (EasC)中环棒麦角素(CCL)和狐茅麦角碱 (MW241)的产量,并且显示因基因 AjEasC的额外拷贝的表达而导致的EYS2206中产量的增 加。
[0203] 图22 :来自EYS2124(来自日本曲霉的EasE)和EYS2125(来自N. Iolii的EasE) 的培养上清液的分析结果,显示这些菌株产生的环棒麦角素和狐茅麦角碱(MW241)的相对 量(曲线下面积)。
[0204] 图23显示来自具有全长环棒麦角素途径的酵母株的培养上清液的分析结果,每 种酵母株各具有DNA密码子使用不同的EasE基因,但是均编码来自日本曲霉的相应酶。不 同的密码子使用导致这些菌株产生不同量(如曲线下面积所示)的环棒麦角素和狐茅麦角 碱(MW241)。
[0205] 图24 !EYS2006分别在无甘油(对照)或存在2. 5%、5%和10%甘油时生长。环 棒麦角素和狐茅麦角碱(MW241)的产量随甘油浓度增加而增加。
[0206] 图25 :与EYS2209(左侧)相比EYS1934中以及与EYS2297相比EYS2209中环棒 麦角素的产量。
[0207] 图26 :补料分批发酵中CCL和FCL的产量。相对于发酵持续时间,显示化合物的 浓度(mg/L)和实测0D600。
[0208] 图27 :遗传背景不同的7个酵母株(酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae))中 CCL和FCL的产量(参见表58)。
[0209] -般定义
[0210] 术语"环棒麦角素"意指式(I)化合物。
[0211]
【主权项】
1. 重组微生物,包含: a) 至少一种EasH活性,或 b) 至少一种EasH和EasD活性,或 c) 至少一种EasH和EasA还原酶活性,或 d) 至少一种EasH、EasD和EasA活性,或 e) 至少一种EasH和EasD、EasA还原酶及EasG活性,或 f) 至少一种 DmaW、EasF、EasE、EasC、EasD、EasH、EasA 和 EasG 活性,或 g) 至少一种EasD、EasA和EasG活性,或 h) 至少一种 DmaW、EasF、EasE、EasC、EasD、EasA 还原酶和 EasG 活性,或 i) 至少一种 DmaW、EasF、EasE、EasC、EasD、EasA 异构酶和 EasG 活性,或 j) 至少一种 DmaW、EasF、EasE 和 EasC 活性,或 k) a)至j)中至少两者的组合, 其中重组微生物不是天然麦角类生物碱生产生物。
2. 重组天然麦角类生物碱生产生物,具有至少一种上调的选自以下活性的活性: DmaW、EasF、EasE、EasC、EasD、EasH、EasA 和 EasG 活性,其中 EasA 活性是 EasA 还原酶、EasA 异构酶、或EasA还原酶和EasA异构酶活性。
3. 根据权利要求2中所述的重组天然麦角类生物碱生产生物,其中至少一种上调的活 性选自以下一个或多个组的活性: a) 至少一种EasH活性,或 b) 至少一种EasH和EasD,或 c) 至少一种EasH和EasA还原酶活性,或 d) 至少一种EasH、EasD和EasA活性,或 e) 至少一种EasH和EasD、EasA还原酶及EasG活性,或 f) 至少一种 DmaW、EasF、EasE、EasC、EasD、EasH、EasA 和 EasG 活性,或 g) 至少一种EasD、EasA和EasG活性,或 h) 至少一种 DmaW、EasF、EasE、EasC、EasD、EasA 还原酶和 EasG 活性,或 i) 至少一种 DmaW、EasF、EasE、EasC、EasD、EasA 异构酶和 EasG 活性,和 j) 至少一种 DmaW、EasF、EasE 和 EasC 活性。
4. 根据权利要求2或3中所述的重组天然麦角类生物碱生产生物,具有至少一种下调 的选自EasD、EasH、EasA还原酶、EasA异构酶和EasG活性的活性。
5. 根据权利要求1至4中任一项所述的重组微生物或重组天然麦角类生物碱生产生 物,包含扩大的DMPP供应量和/或扩大的Me-DMT供应量,优选地包含至少一种下调的 ERG9或ERG20活性、或至少一种上调的HMG-CoA还原酶活性,或包含至少一种下调的ERG9 或ERG20活性和至少一种上调的HMG-CoA还原酶活性。
6. 根据权利要求1至5中任一项所述的重组微生物或重组天然麦角类生物碱生产生 物,包含至少一个重组多核苷酸,所述重组多核苷酸编码: a) 至少一种EasH活性,或 b) 至少一种EasH和EasD活性,或 c) 至少一种EasA还原酶或至少一种EasA异构酶活性,或 d) 至少一种EasD、EasA异构酶和EasG活性,或 e) 至少一种EasD、EasA还原酶和EasG活性,或 f) 至少一种EasH、EasD、EasA还原酶、EasA异构酶和EasG活性,或 g) 至少一种EasH、EasD、EasA还原酶和EasG活性,或 h) 至少一种EasH、EasD、EasA异构酶和EasG活性,或 i) 至少一种 DmaW、EasF、EasE 和 EasC 活性,或 j) a)至i)中至少两者的组合。
7. 重组多核苷酸,编码: a) 至少一种EasH活性,或 b) 至少一种EasH和EasD活性,或 c) 至少一种EasA还原酶或至少一种EasA异构酶活性,或 d) 至少一种EasD、EasA异构酶和EasG活性,或 e) 至少一种EasD、EasA还原酶和EasG活性,或 f) 至少一种EasH、EasD、EasA还原酶、EasA异构酶和EasG活性,或 g) 至少一种EasH、EasD、EasA还原酶和EasG活性,或 h) 至少一种EasH、EasD、EasA异构酶和EasG活性,或 i) 至少一种 DmaW、EasF、EasE 和 EasC 活性,或 j) a)至i)中至少两者的组合。
8. 根据权利要求1至6中任一项所述的重组微生物或重组天然麦角类生物碱生产生 物、或根据权利要求7中所述的重组多核苷酸,其中DmaW活性归因于 a) 包含与SEQ ID NO: 145和146具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的多肽; b) 包含与SEQ ID NO: 147和/或190具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的多肽, 或 c) 包含与SEQ ID勵:1、19、20、179和/或180具有至少40%序列同一性的氨基酸序 列的多肽,或 d) 包含与 SEQ ID N0:l、19、20、21、22、23、24、25、26、27 和 / 或 28 具有至少 90%序列 同一性的氨基酸序列的多肽,或 e) 由与SEQ ID N0:102、122、123具有至少70%序列同一性的多核苷酸编码的多肽,或 f) 由与SEQ ID NO: 129和/或137具有至少70%序列同一性的多核苷酸编码的多肽, 或 g) 由多核苷酸编码的多肽,所述多核苷酸可以通过使用两个PCR引物获得,其中每个 引物包含选自SEQ ID勵:102、122、123、129和/或137所示序列的多核苷酸序列的至少15 个连续核苷酸,或 h) 由在严格条件下与SEQ ID勵:102、122、123、129和/或137杂交的多核苷酸编码的 多肽,或 i) 根据a)至h)中至少两者、优选地根据至少b)和c)的多肽,或 j) 根据a)至i)中至少之一的多肽,所述多肽可从天然麦角类生物碱生产生物获得。
9. 根据权利要求1至6或8中任一项所述的重组微生物或重组天然麦角类生物碱生产 生物、或根据权利要求7中所述的重组多核苷酸,其中EasF活性归因于 a) 包含与SEQ ID NO: 154具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的多肽,或 b) 包含与SEQ ID N0:6、75和/或76具有至少40%序列同一性的氨基酸序列的多肽, 或 c) 包含与 SEQ ID 勵:6、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84和/或85具有至少90%序 列同一性的氨基酸序列的多肽,或 d) 由与SEQ ID NO: 107和/或120具有至少70%序列同一性的多核苷酸编码的多肽, 或 e) 由与SEQ ID NO: 134和/或142具有至少70%序列同一性的多核苷酸编码的多肽, 或 f) 由多核苷酸编码的多肽,所述多核苷酸可以通过使用两个PCR引物获得,其中每个 引物包含选自SEQ ID NO: 107、120、134和/或142所示序列的多核苷酸序列的至少15个 连续核苷酸,或 g) 由在严格条件下与SEQ ID NO: 107、120、134和/或142杂交的多核苷酸编码的多 肽,或 h) 根据a)至g)中至少两者、优选地根据至少a)和b)的多肽,或 i) 根据a)至h)中至少之一的多肽,所述多肽可从天然麦角类生物碱生产生物获得。
10. 根据权利要求1至6或8或9中任一项所述的重组微生物或重组天然麦角类生物 碱生产生物、或根据权利要求7中所述的重组多核苷酸,其中EasE活性归因于 a) 包含氨基酸序列的多肽,所述氨基酸序列与SEQ ID NO: 153、185和/或191具有至 少90%序列同一性,优选地与SEQ ID NO: 191具有至少90%序列同一性, b) 包含与SEQ ID N0:5和/或64具有至少40%序列同一性的氨基酸序列的多肽,或 c) 包含氨基酸序列的多肽,所述氨基酸序列与SEQ ID N0:5、64、65、66、67、68、69、70、 71、72、73 和 / 或 74 具有至少 90%序列同一性,或与 SEQ ID N0:5、64、175、66、67、68、69、 176、71、177、73和/或178具有至少90%序列同一性,或 d) 由与SEQ ID NO: 106具有至少70%序列同一性的多核苷酸编码的多肽,或 e) 由与SEQ ID NO: 133和/或141具有至少70%序列同一性的多核苷酸编码的多肽, 或 f) 由多核苷酸编码的多肽,所述多核苷酸可以通过使用两个PCR引物获得,其中每个 引物包含选自SEQ ID NO: 106、133或141所示序列的多核苷酸序列的至少15个连续核苷 酸,或 g) 由在严格条件下与SEQ ID NO: 106、133或141杂交的多核苷酸编码的多肽,或 h) 根据a)至g)中至少两者、优选地根据至少a)和b)的多肽,或 i) 根据a)至h)中至少之一的多肽,所述多肽可从天然麦角类生物碱生产生物获得。
11. 根据权利要求1至6或8至10中任一项所述的重组微生物或重组天然麦角类生物 碱生产生物、或根据权利要求7中所述的重组多核苷酸,其中EasC活性归因于 a) 包含与SEQ ID NO: 151和/或192具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的多肽, 或 b) 包含与SEQ ID N0:3和/或41具有至少40%序列同一性的氨基酸序列的多肽,或 c) 包含与 SEQ ID 勵:3、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51和/或52具有至少90% 序列同一性的氨基酸序列的多肽,或 d) 由与SEQ ID NO: 104具有至少70%序列同一性的多核苷酸编码的多肽,或 e) 由与SEQ ID NO: 131和/或139具有至少70%序列同一性的多核苷酸编码的多肽, 或, f) 由多核苷酸编码的多肽,所述多核苷酸可以通过使用两个PCR引物获得,其中每个 引物包含选自SEQ ID NO: 104、131和/或139所示序列的多核苷酸序列的至少15个连续 核苷酸,或 g) 由在严格条件下与SEQ ID NO: 104、131和/或139杂交的多核苷酸编码的多肽,或 h) 根据a)至g)中至少两者、优选地根据至少a)和b)的多肽,或 i) 根据a)至h)中至少之一的多肽,所述多肽可从天然麦角类生物碱生产生物获得。
12. 根据权利要求1至6或8至11中任一项所述的重组微生物或重组天然麦角类生物 碱生产生物、或根据权利要求7中所述的重组多核苷酸,其中EasD活性归因于 a) 包含与SEQ ID NO: 152具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的多肽,或 b) 包含与SEQ ID N0:4和/或53具有至少40%序列同一性的氨基酸序列的多肽,或 c) 包含与 SEQ ID 勵:4、53、54、55、56、57、58、59、60、62和/或63具有至少90%序列 同一性的氨基酸序列的多肽,或 d) 由与SEQ ID NO: 105具有至少70%序列同一性的多核苷酸编码的多肽,或 e) 由与SEQ ID NO: 132和/或140具有至少70%序列同一性的多核苷酸编码的多肽, 或 f) 由多核苷酸编码的多肽,所述多核苷酸可以通过使用两个PCR引物获得,其中每个 引物包含选自SEQ ID NO: 105、132和/或140所示序列的多核苷酸序列的至少15个连续 核苷酸,或 g) 由在严格条件下与SEQ ID NO: 105、132和/或140杂交的多核苷酸编码的多肽,或 h) 根据a)至g)中至少两者、优选地根据至少a)和b)的多肽,或 i) 根据a)至h)中至少之一的多肽,所述多肽可从天然麦角类生物碱生产生物获得。
13. 根据权利要求1至6或8至12中任一项所述的重组微生物或重组天然麦角类生物 碱生产生物、或根据权利要求7中所述的重组多核苷酸,其中EasH活性归因于 a) 包含与SEQ ID NO: 156具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的多肽,或 b) 包含氨基酸序列的多肽,所述氨基酸序列与SEQ ID N0:8和/或95具有至少60%序 列同一性,并且与 SEQ ID N0:156 具有至少 90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、 98%、99%或100%序列同一性,或 c) 包含与SEQ ID N0:8和/或95具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的多肽,或 d) 由与SEQ ID NO: 109和/或157具有至少70%序列同一性的多核苷酸编码的多肽, 或 e) 由与SEQ ID N0:109、136或144和/或157具有至少70%序列同一性的多核苷酸 编码的多肽,或 f) 由多核苷酸编码的多肽,所述多核苷酸可以通过使用两个PCR引物获得,其中每个 引物包含选自SEQ ID勵:109、136、144和/或157所示序列的多核苷酸序列的至少15个 连续核苷酸,或 g) 由在严格条件下与SEQ ID NO: 109、136、144和/或157杂交的多核苷酸编码的多 肽,或 h) 根据a)至g)中至少两者、优选地根据至少a)和b)的多肽,或 i) 根据a)至h)中至少之一的多肽,所述多肽可从天然麦角类生物碱生产生物获得。
14. 根据权利要求1至6或8至13中任一项所述的重组微生物或重组天然麦角类生物 碱生产生物、或根据权利要求7中所述的重组多核苷酸,其中EasA还原酶活性归因于 a) 包含氨基酸序列的多肽,所述氨基酸序列与SEQ ID N0:148、149和150具有至少 90%序列同一性并且在SEQ ID NO: 149的氨基酸位置18处具有酪氨酸,或 b) 包含氨基酸序列的多肽,所述氨基酸序列与SEQ ID N0:193、194
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