1.一种生产用于治疗或预防痤疮丙酸杆菌相关感染的疫苗的方法,所述方法包括
2.一种生产用于治疗或预防痤疮丙酸杆菌相关感染的疫苗的方法,所述方法包括
3.根据权利要求1或2所述的方法,其中进行所述opk测定,其中
4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法,其中使用吞噬细胞,优选嗜中性粒细胞、粒细胞、巨噬细胞、单核细胞和/或能够摄取和杀伤痤疮丙酸杆菌细菌的其他细胞,尤其是嗜中性粒细胞或粒细胞进行所述opk测定。
5.一种疫苗,所述疫苗包含痤疮丙酸杆菌的硫酸皮肤素结合粘附素1(dsa1多肽)和/或痤疮丙酸杆菌的硫酸皮肤素结合粘附素2(dsa2多肽)和/或dsa1或dsa2的片段和/或衍生物,其中dsa1和dsa2从n末端到c末端包含n末端转换区(“nsr”)、第一保守子结构域(“csd1”)、第一转换区(“sr1”)、第二保守子结构域(“csd2”)、第二转换区(“sr2”)、第三保守子结构域(“csd3”)、含pro-thr重复的区域(“pt重复区”)、和c末端区(“ctr”),其中所述片段和/或所述衍生物包含csd2片段或至少由其组成,其中所述csd2片段优选是
6.根据权利要求5所述的疫苗,其中所述片段或所述衍生物包含以下或至少由以下组成
7.一种疫苗,所述疫苗包含痤疮丙酸杆菌的推定铁转运蛋白(pitp多肽)和/或pitp的片段和/或衍生物,其中pitp从n末端到c末端包含扩展的新制癌菌素家族结构域(“enfd”)、第一转换区(“sr1”)、血红素结合结构域(“hbd”)、包含c末端lpxt(g)基序的第二转换区(“sr2”)和疏水c末端区(“hlar”),其中所述片段和/或所述衍生物包含pitp表位或至少由其组成,其中所述pitp结构域定义如下:q6a9n1序列中的从a32至r164的enfd、从e165至k237的sr1、从v238至l396的hbd、从s397至t430的sr2(包含c末端lpxt(g)基序(即,包含lpxt,但没有所述g))、和g431至i467的hlar,或包含所有这些结构域的任何其他功能pitp序列,尤其是包含所有这些结构域的图12的pitp序列。
8.根据权利要求7所述的疫苗,其中所述片段和/或衍生物是pitp多肽,其中所述hlar被缺失,被亲水c末端区替代,或被部分缺失,其中所述部分缺失导致丧失hlar,除了hlar的n末端12个氨基酸,优选除了hlar的n末端11个氨基酸,尤其除了hlar的n末端10个氨基酸;或至少包含对应于uniprot数据库中的氨基酸序列q6a9n1中的enfd的脯氨酸34至谷氨酸73或脯氨酸94至苏氨酸143或hbd的缬氨酸238至天冬酰胺393的氨基酸的其片段或其衍生物。
9.根据权利要求7或8所述的疫苗,其中所述pitp片段和/或衍生物是pitp多肽,其中所述hlar被缺失。
10.根据权利要求7至9中任一项所述的疫苗,其中所述pitp衍生物包含在位置y63、h146、h153、f74、l141、f81、p72、k144、t143、y75、w98、d156和r158处的氨基酸交换。
11.根据权利要求7至10中任一项所述的疫苗,其中所述pitp衍生物包含在位置c231和c402处的氨基酸交换。
12.一种疫苗,所述疫苗包含至少两种具有痤疮丙酸杆菌的表面暴露表位的抗原多肽,其中优选地,至少一种表位是痤疮丙酸杆菌的硫酸皮肤素结合粘附素1(dsa1多肽)的表面暴露表位、或痤疮丙酸杆菌的硫酸皮肤素结合粘附素2(dsa1多肽)的表面暴露表位、或痤疮丙酸杆菌的推定铁转运蛋白(pitp多肽)的表面暴露表位,
13.一种疫苗,所述疫苗包含
14.根据权利要求5至13中任一项所述的疫苗,所述疫苗包含多肽,所述多肽
15.根据权利要求5至14中任一项所述的疫苗,其中所述多肽包含,如果所述多肽中存在的话,在dsa1的c53、c319和c321以及dsa2的c97和c363中的一个或多个处的氨基酸交换,优选dsa1的氨基酸交换c53s、c319s和c321p以及dsa2的c97s和c363s中的一个或多个。
16.根据权利要求5至15中任一项所述的疫苗,其中与天然存在的野生型dsa1/dsa2多肽(“天然dsa1/dsa2”)相比,在所述片段或衍生物中缺失至少5个pt重复、优选至少10个pt重复、尤其是至少15个pt重复,并且其中存在优选至少一个、更优选至少两个、更优选至少三个、甚至更优选至少四个、尤其是五个pt重复。
17.根据权利要求5至16中任一项所述的疫苗,其中所述多肽进一步包含pitp多肽或pitp的片段或衍生物,所述pitp多肽或pitp的片段或衍生物含有包含至少一个pitp表位的至少30个氨基酸残基的多肽延伸段,优选其中所述pitp多肽或pitp的片段或衍生物至少包含
18.根据权利要求17所述的疫苗,其中所述pitp衍生物包含在位置c231和c402处的氨基酸交换。
19.一种疫苗,所述疫苗包含
20.一种多肽,所述多肽包含至少一个痤疮丙酸杆菌的硫酸皮肤素结合粘附素1(dsa1)的多肽延伸段和至少一个痤疮丙酸杆菌的硫酸皮肤素结合粘附素2(dsa2)的多肽延伸段,所述dsa1和dsa2从n末端到c末端包含n末端区、第一保守子结构域(“csd1”)、第一转换区(“sr1”)、第二保守子结构域(“csd2”)、第二转换区(“sr2”)、第三保守子结构域(“csd3”);以及任选地,含pro-leu重复的区域(“pt重复区”)、和c末端区;
21.一种多肽,所述多肽包含至少一个痤疮丙酸杆菌的硫酸皮肤素结合粘附素1(dsa1)的多肽延伸段和至少一个痤疮丙酸杆菌的硫酸皮肤素结合粘附素2(dsa2)的多肽延伸段,所述dsa1和dsa2从n末端到c末端包含n末端区、第一保守子结构域(“csd1”)、第一转换区(“sr1”)、第二保守子结构域(“csd2”)、第二转换区(“sr2”)、第三保守子结构域(“csd3”);以及任选地,含pro-leu重复的区域(“pt重复区”)、和c末端区;
22.一种用于治疗或预防痤疮丙酸杆菌相关感染的疫苗,所述疫苗包含多肽,所述多肽包含dsa1和/或dsa2和/或pitp的表位,其中所述表位选自dsa1的r32-i41、q38-k51、r32-k51、t43-k51、q38-k51、r87-k90+t43-k51、r87-k90+t117-i132和r87-k90+s234-g250、r87-k90+l246-a260、r87-k90+a256-e270、r87-k90+r266-t277、t117-i132、t117-a127、v128-i132、a144-n157、h146-a160、a148-n157、a156-a170、k166-l180、a176-t190、p186-a198、n181-e191、i216-f224、i216-d225、a226-a240、s234-g250、i251-i263、i251-l267、i264-p271、p236-g250、l246-a260、a256-e270、s234-g250、i251-l267、a268-l280、r266-t277、t285-r286+i216-f224、t285-r286+i264-p271、t285-r286+v289-k296、t285-r286+v289-k296、t285-r286+a144-n157、a310-d313+t285-r286、t285-d290、t285-d290+v291-t300、t285-d290+a301-e307、v291-t300、a301-e307、t285-t300、a301-e307、r286-d290+v291-t300、r286-d290+a301-e307、v289-k296、a310-d313+i216-f224、a310-d313+i264-p271、a310-d313+t285-r286、a310-d313+r286-d290、a310-d313+v289-k296、a310-d313+v289-k296、a310-d313+t285-t300、a310-d313+a144-n157、a310-d313+t285-r286、a310-d313+t285-d290、a310-d313+t293-e307、t285-d290、v291-t300、t293-e307、a301-e307;dsa2的l152-q166、g190-p230、i199-d208、a218-i237、p230-q244、i231-a270、h254-a270、a271-s279、a271-r310、l311-t321、l311-k323、v333-q347、a218-p230、i231-i237、h254-h262、q256-h262、e261-d269、d269-s279、k313-k323;pitp的d79-t90、e73-d85、r43-i50、p68-y75、p86-e92、i39-g45、y84-d89、f81-d89、d79-d89、t37-e44、e73-w98、e73-f81、d79-t90、p72-f81、a129-f138、d120-q134、f111-d120、f132-g147、d152-e165、r115-f123、d120-k128、p131-f138、n181-e191、t143-t159、p116-t124、p131-d137、p131-d137、t175-c231、q198-k203、p179-k185、g200-q210、k174-a188、k174-k185、p201-q209、p183-p201、p183-k191、k185-p195、r164-s180、e165-s180、k185-s190、v193-n202、v193-g200、k203-p208、r216-t225、r216-r224、p173-k191、k197-k203、p168-t175、k185-k203、r164-k174、t175-v193、s250-n261、d287-s300、k340-v347、d338-f352、d338-d348、s285-p288+g305-l314、s285-p288+h306-l314、s285-p288+t342-t351、s285-p288+d338-d348、d287-s300、t342-t351、d338-d348、h306-l314、g305-l314、g364-k375、r382-e399、v367-g373、a383-l390、t342-t351、m387-t395、e385-t392、v401-v410、n404-a409、g416-l427、l396-v410、t406-i415、d417-g424、v407-d418、v407-v414、k421-v429、s419-t430、d408-i415、t406-v414,优选地其中所述表位在所述dsa1、dsa2或pitp序列的n或c末端包含至少一个另外的氨基酸残基,尤其是其中所述表位在所述dsa1、dsa2或pitp序列的n或c末端包含至少两个另外的氨基酸残基;其中所述多肽优选共价连接至载体分子或嵌入支架分子,尤其是载体多肽,
23.根据权利要求22所述的用于所述用途的疫苗,其中所述表位选自dsa1的r32-i41、q38-k51、t43-k51、q38-k51、r87-k90+s234-g250、r87-k90+l246-a260、r87-k90+a256-e270、r87-k90+r266-t277、t117-i132、t117-a127、a144-n157、h146-a160、a148-n157、a156-a170、k166-l180、a176-t190、p186-a198、n181-e191、i216-f224、a226-a240、s234-g250、i251-i267、i264-p271、p236-g250、l246-a260、a256-e270、s234-g250、i251-l267、a268-l280、r266-t277、t285-d290、t285-d290+v291-t300、t285-d290+a301-e307、v291-t300、a301-e307、t285-t300、r286-d290+v291-t300、r286-d290+a301-e307、r286-t300、v289-k296、a310-d313+v289-k296、a310-d313+v289-k296、a310-d313+t285-t300、a310-d313+a144-n157、a310-d313+t285-r286、a310-d313+t285-d290、a310-d313+t293-e307,t285-d290、v291-t300、t293-e307、a301-e307;dsa2的l152-q166、g190-p230、i199-d208、p230-q244、l311-t321、l311-k323、h254-h262、q256-h262、e261-d269、d269-s279、k313-k323;pitp的d79-t90、e73-d85、p86-e92、f81-d89、e73-w98、e73-f81、p72-f81、a129-f138、d120-q134、p116-t124、p131-d137、q198-k203、k174-a188、k174-k185、p183-p201、p183-k191、k185-p195、r216-t225、k197-k203、p168-t175、r164-k174、s285-p288+g305-l314、s285-p288+h306-l314、s285-p288+t342-t351、s285-p288+d338-d348、d287-s300、t342-t351、d338-d348、h306-l314、t406-i415,优选地其中所述表位在所述dsa1、dsa2或pitp序列的n或c末端包含至少一个另外的氨基酸残基,尤其是其中所述表位在所述dsa1、dsa2或pitp序列的n或c末端包含至少两个另外的氨基酸残基;其中所述多肽优选共价连接至载体或支架分子、尤其是载体多肽。
24.根据权利要求5至23中任一项所述的dsa1和/或dsa2和/或pitp和/或dsa1和/或dsa2和/或pitp的片段和/或衍生物,其任选地包含在疫苗或药物配制品中,其包含n末端甲硫氨酸氨基酸残基。
25.根据权利要求5至24中任一项所述的dsa1和/或dsa2和/或pitp和/或dsa1和/或dsa2和/或pitp的片段和/或衍生物,其用于治疗性治疗,优选用于治疗或预防痤疮丙酸杆菌相关感染,尤其选自寻常痤疮、角膜炎、滑膜炎痤疮脓疱病骨质增生骨炎(sapho)综合征、心内膜炎、假体关节感染、手术伤口感染、血管移植物感染、厌氧性关节炎、心血管装置相关感染、诸如人工瓣膜心内膜炎;眼部植入物感染、乳房植入物病患、坐骨神经痛、结膜炎、分流器相关和/或脊柱硬件中枢神经系统感染、分流器相关中枢神经系统感染、结节病、眼内炎骨髓炎、过敏性肺泡炎、类风湿性关节炎、感染性关节炎、慢性幼年性关节炎、慢性破坏性寡关节炎、退行性椎间盘疾病、牙齿感染、溃疡性结肠炎高热、脑脓肿、硬膜下积脓、腹膜炎、牙周炎、牙髓感染、眼内炎、角膜炎、慢性鼻窦炎、毛囊炎、角膜炎、角膜溃疡、眼内炎、前列腺炎、慢性前列腺炎、原发性胆汁性肝硬化、化脓性汗腺炎、肺脉管炎、反常性痤疮、进行性黄斑色素减少症、聚合性痤疮、动脉粥样硬化、前列腺癌、以及由痤疮丙酸杆菌引起的医疗植入物生物膜感染。
26.根据权利要求5至24中任一项所述的dsa1和/或dsa2和/或pitp和/或dsa1和/或dsa2和/或pitp的片段和/或衍生物,其用于治疗或预防患有痤疮丙酸杆菌相关感染以及与i、ii或iii型痤疮丙酸杆菌中的任一种或者i、ii和iii型中的至少两种种系型或至少两种痤疮丙酸杆菌核糖体分型的组合相关的病理病症的人类患者的痤疮丙酸杆菌相关感染,优选用作针对痤疮丙酸杆菌的交叉反应性疫苗、尤其是交叉型反应性疫苗,尤其用于治疗或预防患有痤疮丙酸杆菌相关感染以及与ib和iii型痤疮丙酸杆菌相关的病理病症的人类患者的感染。
27.根据权利要求5至26中任一项所述的疫苗或多肽,其中所述dsa1和/或dsa2和/或pitp和/或dsa1或dsa2或pitp的片段或衍生物被提供为编码抗原或其含表位片段或衍生物的dna或rna,优选为mrna疫苗,尤其是用阳离子聚合物配制的mrna疫苗,其中mrna分子具有以下结构:5’utr-信号肽-编码抗原或表位-3’utr;或被提供为基于载体的疫苗,所述基于载体的疫苗尤其具有腺病毒载体、腺相关病毒载体、水疱性口炎病毒载体、新城疫病毒载体、甲病毒载体、杆状病毒载体或逆转录病毒载体;和/或其中所述编码序列在dna水平上具有初始编码dna序列atggtg;尤其是其中所述mrna包含如从seq id no:67至76转录的序列。
28.一种药物配制品,所述药物配制品包含根据权利要求5至27中任一项所述的疫苗或多肽,所述疫苗或多肽包含如这些权利要求中任一项所定义的多肽,即根据权利要求1至27中任一项所述的dsa1和/或dsa2和/或pitp和/或dsa1和/或dsa2和/或pitp的片段和/或衍生物或其混合物;以及药学上可接受的赋形剂或载体。
29.一种方法,所述方法治疗或预防患有痤疮丙酸杆菌相关感染以及与i、ii或iii型痤疮丙酸杆菌中的任一种或者i、ii和iii型中的至少两种种系型或至少两种痤疮丙酸杆菌核糖体分型的组合相关的病理病症的人类患者的痤疮丙酸杆菌相关感染,优选用作针对痤疮丙酸杆菌的交叉反应性疫苗、尤其是交叉型反应性疫苗,尤其用于治疗或预防患有痤疮丙酸杆菌相关感染以及与ib和iii型痤疮丙酸杆菌相关的病理病症的人类患者的感染,所述方法包括以对有需要的患者有效的量施用有效量的根据权利要求5至27中任一项所述的dsa1和/或dsa2和/或pitp和/或dsa1和/或dsa2和/或pitp的片段和/或衍生物或其混合物。
30.根据权利要求29所述的方法,其中通过皮内、皮下(s.c.)、肠胃外、肌内(i.m.)、粘膜、透皮或外用施用,优选通过皮内或肌内施用,尤其是通过注射筒或通过微针装置进行施用。
31.一种生产根据权利要求5至28中任一项所述的多肽、疫苗和配制品的方法,其中使如这些权利要求中定义的包含至少一种痤疮丙酸杆菌表位的多肽在宿主细胞中表达,从这些宿主细胞中提取和纯化,以及任选地,配制和最终制成药物配制品,尤其是用于治疗或预防人类患者的痤疮丙酸杆菌相关感染的疫苗。
32.根据权利要求5至27中任一项所述的dsa1和/或dsa2和/或pitp和/或dsa1和/或dsa2和/或pitp的片段和/或衍生物或其混合物用于制造治疗或预防患有痤疮丙酸杆菌相关感染以及与i、ii或iii型痤疮丙酸杆菌中的任一种或者i、ii和iii型中的至少两种种系型或至少两种痤疮丙酸杆菌核糖体分型的组合相关的病理病症的人类患者的痤疮丙酸杆菌相关感染的药剂,优选用作针对痤疮丙酸杆菌的交叉反应性疫苗、尤其是交叉型反应性疫苗,尤其用于治疗或预防患有痤疮丙酸杆菌相关感染以及与ib和iii型痤疮丙酸杆菌相关的病理病症的人类患者的感染的用途。