用于从无细胞DNA检测瘤形成的改进的方法与流程

文档序号:38722169发布日期:2024-07-19 15:21阅读:来源:国知局

技术特征:

1.一种用于表征来自患有或疑似患有瘤形成的受试者的生物样品中的dna的方法,所述方法包括:

2.如权利要求1所述的方法,其特征在于,所述dna片段长度丰度谱包括至少2的信噪比(snr)和至少0.1的绝对相关系数,并且log2转换的拷贝率与瘤形成相关。

3.一种用于表征来自患有或疑似患有瘤形成的受试者的生物样品中的dna的方法,所述方法包括:

4.如权利要求1-3中任一项所述的方法,其特征在于,所述生物样品包含液体或固体样品。

5.如权利要求4所述的方法,其特征在于,所述生物样品包含体液。

6.如权利要求5所述的方法,其特征在于,所述体液包含腹水、血液、血浆、胸膜液、血清、脑脊液、痰、唾液、尿液、精液、粪便、前列腺液、母乳或泪液。

7.如权利要求4所述的方法,其特征在于,所述固体样品是组织样品。

8.如权利要求7所述的方法,其特征在于,所述组织样品是活检物。

9.如权利要求1-3中任一项所述的方法,其中所述受试者是哺乳动物。

10.如权利要求8所述的方法,其特征在于,所述受试者是人。

11.如权利要求1-3中任一项所述的方法,其特征在于,所述片段长度丰度谱是针对介于约100与约500个碱基对之间的片段长度计算的。

12.如权利要求1-3中任一项所述的方法,其特征在于,所述片段长度丰度谱是针对介于约100与约400个碱基对之间的片段长度计算的。

13.如权利要求1-3中任一项所述的方法,其特征在于,所述片段长度丰度谱是针对介于约200与约400个碱基对之间的片段长度计算的。

14.如权利要求1-3中任一项所述的方法,其特征在于,所述片段长度丰度谱是针对介于约261与约310个碱基对之间的片段长度计算的。

15.如权利要求2或权利要求3中任一项所述的方法,其特征在于,在计算所述片段长度丰度谱的片段长度范围内的连续片段长度箱体内计算所述snr。

16.如权利要求15所述的方法,其特征在于,所述snr被计算为snri,j,其中i是无细胞dna样品,j是片段长度的箱体,并且snri,j是样品i中的那些片段j的分数减去一组健康供体中的平均分数,然后除以所述一组健康供体中的所述分数的标准偏差。

17.如权利要求16所述的方法,其特征在于,所述snr是在计算所述dna片段长度丰度谱的片段长度范围内的箱体中计算的最大snr。

18.如权利要求17所述的方法,其特征在于,所述箱体的大小是5bp、10bp、15bp或20bp。

19.如权利要求2或权利要求3所述的方法,其特征在于,所述snr被计算为其中ftr表示生物样品t中的dna片段长度箱体r,并且表示片段长度箱体r中dna片段的分数在正常健康组内的平均值。

20.如权利要求2或权利要求3所述的方法,其特征在于,所述snr是至少约3或4。

21.如权利要求2或权利要求3所述的方法,其特征在于,所述相关系数是斯皮尔曼相关系数。

22.如权利要求19所述的方法,其特征在于,绝对相关系数是至少约0.2或0.3。

23.如权利要求2或权利要求3所述的方法,其特征在于,所述相关系数是在所述log_2转换的拷贝率与dna片段长度箱体r中的片段的所述分数之间计算的,所述dna片段长度箱体r跨越具有对应于扩增的最高拷贝率的那些基因组区段的前10%和具有对应于缺失的拷贝率的那些基因组区段的后10%。

24.如权利要求1-3中任一项所述的方法,其特征在于,所述cfdna中的所述肿瘤分数是使用贝叶斯模型计算的。

25.如权利要求24所述的方法,其特征在于,所述贝叶斯模型是可解释的贝叶斯图形模型。

26.如权利要求1-3中任一项所述的方法,其特征在于,所述肿瘤分数小于约0.03。

27.如权利要求1-3中任一项所述的方法,其特征在于,所述肿瘤分数是约1e-4至约0.03。

28.如权利要求1-3中任一项所述的方法,其特征在于,所述肿瘤分数是约5e-3至约0.15。

29.如权利要求1-3中任一项所述的方法,其特征在于,所述肿瘤分数介于约1e-5与约0.1之间。

30.如权利要求1-3中任一项所述的方法,所述方法还包括将所述拷贝数谱和所述片段长度丰度谱与匹配的正常样品进行比较。

31.如权利要求30所述的方法,其特征在于,所述匹配的正常样品来自健康受试者。

32.如权利要求31所述的方法,其特征在于,所述健康受试者是从其收集所述生物样品的同一受试者。

33.如权利要求1-3中任一项所述的方法,其特征在于,所述瘤形成选自由以下组成的组:胆管癌、膀胱癌、乳腺癌、结肠癌、头颈癌、肝癌、肺癌、肝内胆管癌、前列腺癌、卵巢癌、皮肤癌、胃癌、甲状腺癌和慢性淋巴细胞白血病(richter转化)。

34.如权利要求1-3中任一项所述的方法,其特征在于,所述测序覆盖度小于约5x。

35.如权利要求1-3中任一项所述的方法,其特征在于,所述测序覆盖度是约0.1x或0.2x。

36.如权利要求1-3中任一项所述的方法,其特征在于,确定所述肿瘤分数,平均绝对误差为约0%至约20%。

37.如权利要求1-3中任一项所述的方法,其特征在于,确定所述肿瘤分数,平均绝对误差为约4.5%至约11%。

38.如权利要求1-3中任一项所述的方法,其特征在于,所述测序是下一代测序。

39.如权利要求1-3中任一项所述的方法,其特征在于,所述测序是超低通全基因组测序。

40.如权利要求1-3中任一项所述的方法,其特征在于,所述计算是在计算机系统上进行的。

41.一种用于鉴定来自患有或疑似患有瘤形成的受试者的生物样品中瘤形成的存在的方法,所述方法包括:

42.一种用于检测正针对瘤形成进行治疗的受试者中对疗法的耐药性的方法,所述方法包括:

43.如权利要求42所述的方法,其特征在于,所述阈值是至少约5%。

44.如权利要求42所述的方法,其特征在于,所述阈值是至少约10%。

45.如权利要求42所述的方法,其特征在于,所述增加是至少1%增加。

46.如权利要求42所述的方法,其特征在于,所述增加是至少2倍增加。

47.一种用于监测正针对瘤形成进行治疗的受试者中的疗法的方法,所述方法包括:

48.如权利要求41-47中任一项所述的方法,所述方法还包括约每天、每3天、每1周、每2周、每3周或每月一次从所述受试者收集生物样品,并确定每个生物样品的所述cfdna中的肿瘤分数。

49.如权利要求41-47中任一项所述的方法,所述方法还包括约每1年一次从所述受试者收集生物样品,并确定每个生物样品的所述cfdna中的肿瘤分数。

50.如权利要求42-47中任一项所述的方法,其特征在于,所述疗法是化学疗法、放射或免疫疗法。

51.如权利要求41-47中任一项所述的方法,其特征在于,所述生物样品包含液体或固体样品。

52.如权利要求51所述的方法,其特征在于,所述生物样品包含体液。

53.如权利要求52所述的方法,其特征在于,所述体液包含腹水、血液、血浆、胸膜液、血清、脑脊液、痰、唾液、尿液、精液、粪便、前列腺液、母乳或泪液。

54.如权利要求51所述的方法,其特征在于,所述固体样品是组织样品。

55.如权利要求54所述的方法,其特征在于,所述组织样品是活检物。

56.如权利要求41-47中任一项所述的方法,其特征在于,所述片段长度丰度谱是针对介于约100与约500个碱基对之间的片段长度计算的。

57.如权利要求41-47中任一项所述的方法,其特征在于,所述片段长度丰度谱是针对介于约100与约400个碱基对之间的片段长度计算的。

58.如权利要求41-47中任一项所述的方法,其特征在于,所述片段长度丰度谱是针对介于约200与约400个碱基对之间的片段长度计算的。

59.如权利要求41-47中任一项所述的方法,其特征在于,所述片段长度丰度谱是针对介于约261与约310个碱基对之间的片段长度计算的。

60.如权利要求41-47中任一项所述的方法,其特征在于,所述片段长度丰度谱包括至少2的信噪比(snr)和至少0.1的绝对相关系数,并且log2转换的拷贝率与瘤形成相关。

61.如权利要求60所述的方法,其特征在于,在计算所述片段长度丰度谱的片段长度范围内的连续片段长度箱体内计算所述snr。

62.如权利要求61所述的方法,其特征在于,所述snr被计算为snri,j,其中i是无细胞dna样品,j是片段长度的箱体,并且snri,j是样品i中的那些片段j的分数减去一组健康供体中的平均分数,然后除以所述一组健康供体中的所述分数的标准偏差。

63.如权利要求62所述的方法,其特征在于,所述snr是在计算所述dna片段长度丰度谱的片段长度范围内的箱体中计算的最大snr。

64.如权利要求63所述的方法,其特征在于,所述箱体的大小是5bp、10bp、15bp或20bp。

65.如权利要求60所述的方法,其特征在于,所述snr被计算为其中ftr表示生物样品t中的dna片段长度箱体r,并且表示片段长度箱体r中dna片段的分数在正常健康组内的平均值。

66.如权利要求60所述的方法,其特征在于,所述snr是至少约3或4。

67.如权利要求41-47中任一项所述的方法,其特征在于,所述cfdna中的所述肿瘤分数是使用贝叶斯模型计算的。

68.如权利要求67所述的方法,其特征在于,所述贝叶斯模型是可解释的贝叶斯图形模型。

69.如权利要求41-47中任一项所述的方法,其特征在于,所述肿瘤分数小于约0.03。

70.如权利要求41-47中任一项所述的方法,其特征在于,所述肿瘤分数是约1e-4至约0.03。

71.如权利要求41-47中任一项所述的方法,其特征在于,所述肿瘤分数是约5e-3至约0.15。

72.如权利要求41-47中任一项所述的方法,其特征在于,所述肿瘤分数介于约1e-5与约0.1之间。

73.如权利要求41-47中任一项所述的方法,其特征在于,所述肿瘤分数小于0.01。

74.如权利要求41-47中任一项所述的方法,所述方法还包括将所述拷贝数谱和所述片段长度丰度谱与匹配的正常样品进行比较。

75.如权利要求74所述的方法,其特征在于,所述匹配的正常样品是健康受试者。

76.如权利要求75所述的方法,其特征在于,所述健康受试者是从其收集所述生物样品的所述受试者。

77.如权利要求41-47中任一项所述的方法,其特征在于,所述瘤形成选自由以下组成的组:胆管癌、膀胱癌、乳腺癌、结肠癌、头颈癌、肝癌、肺癌、肝内胆管癌、前列腺癌、卵巢癌、皮肤癌、胃癌、甲状腺癌和慢性淋巴细胞白血病(richter转化)。

78.如权利要求41-47中任一项所述的方法,其特征在于,所述测序覆盖度小于约5x。

79.如权利要求41-47中任一项所述的方法,其特征在于,所述测序覆盖度是约0.1x或0.2x。

80.如权利要求41-47中任一项所述的方法,其特征在于,确定所述肿瘤分数,平均绝对误差为约0%至约20%。

81.如权利要求41-47中任一项所述的方法,其特征在于,确定所述肿瘤分数,平均绝对误差为约4.5%至约11%。

82.如权利要求41-47中任一项所述的方法,其特征在于,所述测序是下一代测序。

83.如权利要求41-47中任一项所述的方法,其特征在于,所述测序是超低通全基因组测序。

84.如权利要求41-47中任一项所述的方法,其特征在于,所述计算是在计算机系统上进行的。

85.一种用于表征受试者的疾病状态的方法,所述方法包括:

86.如权利要求85所述的方法,其特征在于,所述概率模型是贝叶斯模型。

87.如权利要求1-86中任一项所述的方法,其特征在于,所述拷贝数谱和/或所述dna片段长度丰度谱是在所述序列信息中表示的1、2、3、4、5个或所有基因组基因座内计算的。


技术总结
本发明的特征是可用于确定无细胞DNA(cfDNA)中肿瘤来源的DNA的分数(肿瘤分数;TF)的组合物和方法。所述方法涉及使用拷贝数改变数据和片段长度分布数据的组合计算cfDNA中肿瘤来源的DNA的分数。

技术研发人员:林子奥
受保护的技术使用者:奥明星程(深圳)生物科技有限公司
技术研发日:
技术公布日:2024/7/18
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