癌症特异性合成致死基因对预测方法、系统及终端

文档序号:37973904发布日期:2024-05-13 12:25阅读:来源:国知局

技术特征:

1.一种癌症特异性合成致死基因对预测方法,其特征在于,所述方法包括:

2.根据权利要求1中所述的癌症特异性合成致死基因对预测方法,其特征在于,所述对所述primekg知识图谱、tcga癌症基因组图谱以及sload数据集进行处理,获得处理数据包括:

3.根据权利要求2中所述的癌症特异性合成致死基因对预测方法,其特征在于,对所述tcga癌症基因组图谱进行预处理,并获得所述tcga癌症基因组图谱中每个基因对应的癌症特异性基因表达数据包括:

4.根据权利要求1中所述的癌症特异性合成致死基因对预测方法,其特征在于,所述基于所述处理数据构建训练数据以及测试数据包括:

5.根据权利要求1中所述的癌症特异性合成致死基因对预测方法,其特征在于,所述基于元学习,利用训练数据以及测试数据构建采用meta-capsl框架的合成致死基因对预测模型包括:

6.根据权利要求5中所述的癌症特异性合成致死基因对预测方法,其特征在于,所述meta-capsl框架包括:多视图特征融合神经网络;其中,所述多视图特征融合神经网络包括:

7.根据权利要求6中所述的癌症特异性合成致死基因对预测方法,其特征在于,所述mv编码器采用transformer编码器结构,用于将输入的知识图谱表征以及癌症特异性基因表达数据分别投影到它们的潜在特征空间中,并将获得的两个潜向量输入transformer编码器结构进行基于注意力的特征融合,获得融合表征。

8.根据权利要求1中所述的癌症特异性合成致死基因对预测方法,其特征在于,所述基于构建的所述合成致死基因对预测模型,对待预测的两个基因进行预测获得对应的基因对预测结果包括:

9.一种癌症特异性合成致死基因对预测系统,其特征在于,所述系统包括:

10.一种癌症特异性合成致死基因对预测终端,其特征在于,包括:一或多个存储器及一或多个处理器;


技术总结
本发明提供一种癌症特异性合成致死基因对预测方法、系统及终端,通过将每个基因的知识图谱表征以及癌症特异性基因表达数据进行融合,并基于元学习构建采用Meta‑CapSL框架的合成致死基因对预测模型,再通过构建的模型对待预测的两个基因进行预测获得对应的基因对预测结果。本发明用于预测只有少量标记数据的潜在癌症特异性SL基因对,使用了元学习框架来转移不同癌症类型中SL基因对相互作用的元知识,并获得一个能够快速适应新癌症类型的初始化模型。本发明的合成致死基因对预测模型不仅能对基因的知识图谱表征以及癌症特异性基因表达数据进行有效整合提高了预测准确度,还具有良好的性能以及泛化能力。

技术研发人员:郑杰,刘鑫,陶思宇
受保护的技术使用者:上海科技大学
技术研发日:
技术公布日:2024/5/12
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