1.一种从环境中分离有益微生物的方法,所述有益微生物为对昆虫有杀虫和/或抑制活性的微生物,所述方法包括如下步骤:
1)将接种有所述昆虫的环境为第一环境,将不接种所述昆虫的环境为第二环境;
2)在所述第一环境中采集第一环境样品,在所述第二环境中采集第二环境样品;
3)对所述第一环境样品进行核酸测序,得到第一核酸数据;对所述第二环境样品进行第一环境样品相应类型的核酸测序,得到第二核酸数据;将第一核酸数据与第二核酸数据进行差异性分析,从而从所述第一核酸数据中筛选出不同于所述第二核酸数据的差异性核酸数据;
4)对所述第一环境样品中的可培养微生物进行分离培养,得到微生物分离株;
5)对所述微生物分离株进行第一环境样品相应类型的核酸测序,得到微生物分离株核酸数据;
6)将所述微生物分离株核酸数据与所述差异性核酸数据进行比对分析,找出所述微生物分离株核酸数据与所述差异性核酸数据一致性在96%以上的数据,并将该一致性在96%以上的数据确定为对所述昆虫具有潜在活性的微生物分离株的核酸数据,根据所述潜在活性的微生物分离株的核酸数据找到具有潜在活性的微生物分离株;
7)测试所述具有潜在活性的微生物分离株对所述昆虫的杀虫和/或抑制活性。
2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述环境为植物根际土壤;优选地,所述环境为花生根际土壤。
3.根据权利要求1或2所述的方法,其特征在于,在所述昆虫接种到所述环境中1天以上时从所述环境中采集环境样品;优选地,在所述昆虫释放到所述环境中1天至7天是从所述环境中采集环境样品。
4.根据权利要求1至3中任意一项所述的方法,其特征在于,所述昆虫为地下昆虫;所述昆虫为金龟子(scarabaeidae)的幼虫;优选地,所述昆虫为鳃金龟(holotrichia)幼虫;优选地,所述昆虫为暗黑鳃金龟(holotrichiaparallela)幼虫。
5.根据权利要求1至4中任意一项所述的方法,其特征在于,所述核酸测序包括宏基因测序、16s核酸测序和18s核酸测序中的至少一种;优选地,所述核酸测序为16s全长核酸测序和/或16sv3+v4区核酸测序。
6.根据权利要求1至5中任意一项所述的方法,其特征在于,当所述第一环境样品为多个时,对所述多个第一环境样品分别进行核酸测序,得到多个第一核酸数据;或对所述多个第一环境样品的核酸分别进行第一样品标记后,混合所述多个第一环境样品标记后的核酸,进行核酸测序,将测序后的数据根据第一样品标记区分开所述多个第一环境样品的核酸数据,得到多个第一核酸数据。
7.根据权利要求1至6中任意一项所述的方法,其特征在于,当所述第二环境样品为多个时,对所述多个第二环境样品分别进行核酸测序,得到多个第二核酸数据;或对所述多个第二环境样品的核酸分别进行第二样品标记后,混合所述多个第二环境样品标记后的核酸,进行核酸测序,将测序后的数据根据第二样品标记区分开所述多个第二环境样品的核酸数据,得到多个第二核酸数据。
8.根据权利要求1至7中任意一项所述的方法,其特征在于,当所述微生物分离株为多个时,对所述多个微生物分离株分别进行核酸测序,得到多个微生物分离株核酸数据;或对所述多个微生物分离株的核酸分别进行微生物分离株样品标记后,混合所述多个微生物分离株标记后的核酸,进行核酸测序,将测序后的数据根据微生物分离株样品标记区分开所述多个微生物分离株的核酸数据,得到多个微生物分离株核酸数据;
优选地,所述微生物分离株品标记包括板标记、行标记和列标记。
9.根据权利要求1至8中任意一项所述的方法,其特征在于,所述第一核酸数据和所述第二核酸数据独立地为相对丰度大于等于0.0005的otus;所述差异性分析为随即森分析,所述差异性核酸数据为差异性otus;优选地,所述差异性核酸数据为位于前5位以内的差异性关键otus;所述比对为本地blast,所述潜在活性分离株的核酸数据为潜在活性分离株的otus;
优选地,所述第一核酸数据、所述第二核酸数据和所述微生物分离株核酸数据为独立地在96%以上的水平下进行聚类的otus。
10.根据权利要求9所述的方法,其特征在于,利用rdp方法和greengene数据库对为otus的所述第一核酸数据、所述第二核酸数据和所述微生物分离株核酸数据独立地在0.8至1的阈值下进行物种注释分析。