一种液相捕获文库构建方法与流程

文档序号:27946956发布日期:2021-12-11 14:34阅读:来源:国知局

技术特征:
1.一种液相捕获文库构建方法,其特征在于,包括以下步骤:(1)获取进行了5’端接头连接的双链dna片段,双链dna片段的长度为100

300bp;(2)加入探针到步骤(1)的体系中捕获目标区域;(3)捕获到的目标区域dna单链或者cdna,经过5’端磷酸化和3’端羟基化处理,进行3’端辅助连接,延伸成dna双链;(4)对于步骤(3)获得的延伸产物采用通用引物直接进行扩增,得到目标区域文库。2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,对于多个样本在同一个探针体系中进行杂交反应,在5’端加上含标签的接头,包括用来区分不同样本的标签,或者用来区分不同分子的标签,或者两者都含有。3.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,对于长链双链dna分子使用tn5转座酶进行片段化并且在5’端添加接头,或者含标签的接头。4.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,5’端接头的长度范围19

100bp,优选19

90bp,进一步优选19

80bp。5.根据权利要求4所述的方法,其特征在于,使用tn5转座酶进行片段化时,5’端接头必须至少要含有tn5转座酶的识别核心序列,其余序列只能加在该识别核心序列的5’端。6.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,步骤(3)中3’端辅助连接,延伸成dna双链的过程具体如下:体系中使用一种人工合成的核苷酸片段辅助子,以及dntp,且dntp是普通的dntp和热启动dntp的混合物,普通dntp选用四种dntp中的任一种、两种或者三种,热启动的dntp为选用的普通dntp对应剩余的三种、两种或者一种;在较低温度条件下利用所述的普通dntp进行dna片段的加尾反应;然后给体系一个较高的温度,使热启动的dntp进入到激活工作的状态;再给一个相对较低的温度,使辅助子与dna片段3’端加尾序列互补结合,最后由dna聚合酶分别以辅助子和dna片段为模板向前延伸,直至以辅助子为模板延伸出辅助子的互补链,并且以dna片段为模板延伸出dna片段的互补链,辅助子3’端含有与dna片段加尾互补的序列,且3’末端需要进行封闭,以防止体系中的加尾酶对辅助子进行3’加尾,延伸时解除3’末端的封闭。7.根据权利要求6所述的方法,其特征在于,步骤(3)中:辅助子长度15nt

120nt,优选30nt

60nt,辅助子3’端至少第1个碱基采用rna碱基进行封闭;所述的rna碱基为ra、rg、rc或ru。8.根据权利要求6所述的方法,其特征在于,步骤(3)中:dna片段3’端加尾序列长度范围1

20个碱基,优选3

10个碱基,辅助子3’端与dna片段加尾序列互补结合的碱基序列在辅助子3’端rna碱基之后直到第14个碱基中的任意部分。9.根据权利要求8所述的方法,其特征在于,通过限制普通dntp的量和/或增加辅助子的量来控制dna片段3’端加尾碱基数目,随着普通dntp的浓度降低,则dna片段3’端加尾碱基数目会减少;随着辅助子的浓度增加,则dna片段3’端加尾碱基数目会减少。10.根据权利要求9所述的方法,其特征在于,体系中辅助子浓度为10nm

20um之间,优选50nm

10um之间,进一步优选100nm

5um。11.根据权利要求6所述的方法,其特征在于,反应体系中捕获到的目标区域dna单链或者cdna浓度为1fmol

1nmol/50ul。
12.根据权利要求7所述的方法,其特征在于,体系中普通dntp的浓度为2um

2mm,优选10um

1mm之间,进一步优选30um

0.5mm之间;体系中普通dntp浓度是每一种热启动dntp的1倍

3倍。13.根据权利要求6所述的方法,其特征在于,步骤(3)中:首先在20℃

37℃条件下进行dna片段的加尾反应5

30分钟;然后在90℃

95℃反应1

5分钟,使热启动的dntp进入到激活工作的状态,同时使辅助子3’端的rna碱基从辅助子上掉下来,激活辅助子的延伸功能;再在45℃

72℃反应2

30分钟,使辅助子与dna片段3’端加尾序列互补结合,之后由dna聚合酶分别以辅助子和dna片段为模板向前延伸,直至以辅助子为模板延伸出辅助子的互补链,并且以dna片段为模板延伸出dna片段的互补链。14.根据权利要求6所述的方法,其特征在于,体系中对于dna片段加尾实现方式,包括:使用加尾酶,以体系中加入的普通datp、dttp、dgtp和dctp,4种dntp中的任一种、两种或三种为材料进行dna片段的3’端加尾;优选:体系中加尾酶的浓度为0.15u/ul

15u/ul,优选0.4u/ul

5u/ul,进一步优选0.6u/ul

3u/ul。15.根据权利要求6所述的方法,其特征在于,体系中用于聚合的聚合酶包括taq聚合酶中的至少一种,或者高保真聚合酶中的至少一种;taq聚合酶包括:2g robust dna聚合酶、rtaq dna聚合酶、taqb dna聚合酶中的一种或几种,高保真聚合酶包括:kapa hifi热启动高保真聚合酶、pfu dna聚合酶、phusion dna聚合酶中的一种或几种;优选taq dna聚合酶;优选:体系中聚合酶的浓度为0.01u/ul

2u/ul;优选0.05u/ul

1u/ul,进一步优选0.08u/ul

0.5u/ul。

技术总结
本发明属于分子生物学技术领域,具体涉及一种液相捕获文库构建方法。(1)获取进行了5’端接头连接的双链DNA片段,双链DNA片段的长度为100


技术研发人员:王永利 贺田芬 鞠巍 汤链 徐根明 胡桑
受保护的技术使用者:湖南大地同年生物科技有限公司
技术研发日:2021.10.11
技术公布日:2021/12/10
当前第2页1 2 
网友询问留言 已有0条留言
  • 还没有人留言评论。精彩留言会获得点赞!
1