一种用于高通量表征生物分子种类和数量的方法及其应用

文档序号:33621614发布日期:2023-03-25 12:13阅读:来源:国知局

技术特征:
1.一种基于核酸适体的高通量表征的探针,其特征在于,所述探针具有如下通式序列结构:5
’‑
定位/识别靶标的核酸适体序列-(n)
x-被测序系统识别的捕获序列-3’;其中,每个n独立地选自a、t、c、g四种脱氧核糖核苷酸中的任意一种,x表示n的数量,x选自0-20任一自然数。2.根据权利要求1所述的探针,其特征在于,x选自0时,所述探针具有如下序列结构:5
’‑
定位/识别靶标的核酸适体序列-被测序系统识别的捕获序列-3’。3.根据权利要求1-2任一项中所述的探针,其特征在于,定位/识别靶标的核酸适体序列为定位/识别生物分子的核酸适体序列,优选为定位/识别膜蛋白的核酸适体序列,更优选为序列seq id no.70-138任一所示的核酸适体序列。4.根据权利要求1-3任一项中所述的探针,其特征在于,被测序系统识别的捕获序列独立地选自以下捕获序列1-3中的任意一种:捕获序列1:5
’‑
aaaaaaaaaaaaaaa(a)
y-3’,捕获序列2:5
’‑
gctcacctattagcggctaagg-3’,捕获序列3:5
’‑
gctttaaggccggtcctagcaa-3’,其中,y代表a的数量,y选自0-16任一自然数;优选地,被测序系统识别的捕获序列选自捕获序列1:捕获序列1:5
’‑
aaaaaaaaaaaaaaa(a)
y-3’,其中,y代表a的数量,y选自0-16任一自然数。5.根据权利要求1-4任一项中所述的探针,其特征在于,所述探针的序列选自seq no.1-no.69所示的任一序列。6.根据权利要求1-5任一项中所述的探针,其特征在于,所述探针用于生物样本中生物分子的高通量表征。7.根据权利要求6所述的探针,其特征在于,所述生物分子包括膜蛋白、脂质、糖基化分子、细胞分泌物和代谢物;优选地,所述生物分子是膜蛋白;和/或,所述生物样本选自细胞系样本、新鲜组织样本;优选地,所述生物样本是人三阴型乳腺癌sum149细胞或人三阴型乳腺癌组织样本。8.一种试剂盒,其特征在于,所述试剂盒中包括权利要求1-7任一项中所述的基于核酸适体的高通量表征的探针。9.权利要求1-7任一项中所述的基于核酸适体的高通量表征探针或权利要求8所述的试剂盒进行高通量表征的方法,其特征在于,包括以下步骤:(1)探针预处理:将溶解在超纯水或磷酸缓冲液pbs中的不同种探针储存液按照等摩尔比混合,然后在pcr仪中进行变复性;(2)样本预处理:将生物样本解离成单细胞悬液,用pbs清洗2-3次后,重悬于结合缓冲液中;(3)样本孵育:向上述单细胞悬液中加入预处理后的探针溶液,使体系中每种探针的终浓度为50-500nmol/l,然后置于4摄氏度摇床上孵育15-60分钟;
(4)样本清洗:将上述经过探针孵育后的细胞进行离心,弃掉上清液,用pbs清洗细胞3-5次,并重悬于pbs中;(5)样本上机:检测样本中细胞的存活率及结团率,达到存活率大于80%结团率小于30%的要求后,采用商业化单细胞捕获平台及测序平台进行分析。10.根据权利要求9所述的方法,其特征在于,步骤(1)中,不同种探针储存液的浓度为10μmol/l-100μmol/l;和/或,步骤(1)中,变复性的参数为:95℃处理10分钟,4℃处理5分钟,25℃处理3分钟;和/或,步骤(2)中,生物样本选自细胞系样本、新鲜组织样本;优选地,生物样本是人三阴型乳腺癌sum149细胞或人三阴型乳腺癌组织样本;和/或,步骤(2)中,结合缓冲液是含有0.1mg/ml牛血清白蛋白、0.1mg/ml鲱鱼精dna和5mmol/l氯化镁的pbs溶液。11.权利要求1-7任一项中所述的基于核酸适体的高通量表征探针或权利要求8所述的试剂盒在体外高通量表征中的应用。12.根据权利要求11所述的应用,其特征在于,所述探针或试剂盒用于生物样本中生物分子的高通量表征。13.根据权利要求12所述的应用,其特征在于,所述生物分子包括膜蛋白、脂质、糖基化分子、细胞分泌物和代谢物;优选地,所述生物分子是膜蛋白;和/或,所述生物样本选自细胞系样本、新鲜组织样本;优选地,所述生物样本是人三阴型乳腺癌sum149细胞或人三阴型乳腺癌组织样本。14.权利要求1-7任一项中所述的基于核酸适体的高通量表征探针或权利要求8所述的试剂盒在制备乳腺癌分子分型、预后检测或者指导用药产品中的应用。15.根据权利要求14所述的应用,其特征在于,所述乳腺癌为三阴型乳腺癌。

技术总结
本发明公开了一种用于高通量表征样本中生物分子(包括膜蛋白、脂质、糖基化分子和分泌物等)种类和数量的方法及其应用。其原理是利用DNA核酸适体良好的靶标特异性、碱基序列的独特性以及可被直接测序检测的特点,通过对其偶联适配商业化单细胞建库平台的捕获序列,从而构建为一种区别于目前抗体-寡核苷酸偶联物的、可用于生物分子定量表征的新型核酸探针。该探针具有设计简单、合成便捷、成本低廉等优点,能用于细胞系和新鲜组织样本中生物分子的图谱化定量表征,具有良好的应用前景。具有良好的应用前景。具有良好的应用前景。


技术研发人员:谭蔚泓 吴芩 贾浩然 费立言 张克兢 陈敏 符婷 甘绍举
受保护的技术使用者:中国科学院基础医学与肿瘤研究所(筹)
技术研发日:2022.11.09
技术公布日:2023/3/24
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