用于治疗剂或疫苗递送的组合物及方法与流程

背景技术：

1、使用诸如病毒载体的遗传物质递送治疗剂已成为现代医学的基础之一。然而，这样的遗传物质可以导致不期望的促有丝分裂效应。例如，逆转录病毒载体可以整合到细胞的基因组中，从而将这样的细胞转变为癌细胞。这样问题的一种解决方法是使用基于rna的媒介物递送遗传物质。

技术实现思路

1、基于rna的媒介物的使用可以是复杂且费力的。另外，基于rna的媒介物容易降解且可以表现出短半衰期。用于递送治疗剂的其他基于dna的媒介物(例如非病毒dna)面临的挑战包括将媒介物运输和靶向至靶细胞的效率和在对象中诱导免疫应答或毒性。据此，仍然需要用于递送治疗剂的媒介物。

2、在一些方面，本文描述了一种重组逆转录病毒载体，其包含编码突变型整合酶的第一核酸序列和编码至少一个有效载荷的第二核酸序列，当与野生型整合酶相比时，所述突变型整合酶包含在催化核心结构域的mg2+结合基序中的至少一个突变；并且所述至少一个有效载荷包含抗原。在一些实施方案中，突变型整合酶的逆转录病毒整合活性有缺陷。在一些实施方案中，抗原包含病原体多肽或其片段或者癌症多肽或其片段。在一些实施方案中，癌症多肽或其片段与癌细胞或肿瘤微环境相关。在一些实施方案中，病原体多肽或其片段包含病毒多肽或其片段。在一些实施方案中，病原体多肽或其片段包含细菌多肽或其片段。在一些实施方案中，病原体多肽或其片段包含真菌多肽或其片段。在一些实施方案中，病原体多肽或其片段包含原生生物多肽或其片段。在一些实施方案中，病原体多肽或其片段包含原生动物多肽或其片段。在一些实施方案中，病毒多肽或其片段包含冠状病毒多肽或其片段。在一些实施方案中，冠状病毒多肽或其片段包含重症急性呼吸综合征(sars-cov)多肽或其片段、sars-cov-2多肽或其片段或中东呼吸综合征(mers-cov)多肽或其片段。在一些实施方案中，冠状病毒多肽或其片段包含sars-cov-2多肽或其片段。在一些实施方案中，sars-cov-2多肽或其片段包含刺突蛋白或其片段。在一些实施方案中，刺突蛋白或其片段是全长刺突蛋白。在一些实施方案中，刺突蛋白或其片段是截短刺突蛋白。在一些实施方案中，截短刺突蛋白包含刺突蛋白的n端结构域或刺突蛋白的s2结构域。在一些实施方案中，截短刺突蛋白包含刺突蛋白的n端结构域和刺突蛋白的s2结构域。在一些实施方案中，刺突蛋白或其片段是重组刺突蛋白。在一些实施方案中，刺突蛋白或其片段包含至少一个修饰。在一些实施方案中，至少一个修饰包含密码子优化。在一些实施方案中，密码子优化优化或增加至少一个有效载荷在人细胞中的表达。在一些实施方案中，至少一个修饰包含至少一个氨基酸突变。在一些实施方案中，至少一个氨基酸突变消除刺突蛋白中的切割位点。在一些实施方案中，切割位点是弗林蛋白酶切割位点。在一些实施方案中，弗林蛋白酶切割位点包含seq id no:21或seq id no:22中的氨基酸残基682-685、氨基酸残基679-682或氨基酸残基811。在一些实施方案中，切割位点是丝氨酸蛋白酶切割位点。在一些实施方案中，丝氨酸蛋白酶切割位点包含seq id no:21或seq id no:22中的氨基酸残基986和987；或983和984。在一些实施方案中，至少一个氨基酸突变包含seq id no:21或seq idno:22中在氨基酸残基814、889、896、939、682-685、679-682、811、986、987、983、984或其组合处的氨基酸替换。在一些实施方案中，至少一个氨基酸突变包含seq id no:21或seq idno:22中在氨基酸残基814、889、896、和939处的氨基酸替换。在一些实施方案中，刺突蛋白或其片段包含信号肽。在一些实施方案中，信号肽是分泌肽。在一些实施方案中，信号肽包含seq id no:13的氨基酸序列：mdamkrglccvlllcg avfvsasqeiharfrr。在一些实施方案中，分泌肽包含与ige fc受体α至少70％一致的氨基酸序列。在一些实施方案中，病毒多肽或其片段包含流感多肽或其片段。在一些实施方案中，流感多肽或其片段包含a型流感多肽或其片段、b型流感多肽或其片段、c型流感多肽或其片段或d型流感多肽或其片段。在一些实施方案中，流感多肽或其片段是a型流感多肽或其片段。在一些实施方案中，a型流感多肽或其片段包含神经氨酸酶(na)或其片段或者血凝素(ha)或其片段。在一些实施方案中，a型流感多肽或其片段包含血凝素(ha)或其片段。在一些实施方案中，血凝素(ha)或其片段是全长血凝素(ha)。在一些实施方案中，血凝素(ha)或其片段是截短血凝素(ha)。在一些实施方案中，截短血凝素(ha)包含茎结构域。在一些实施方案中，血凝素(ha)或其片段是重组血凝素(ha)。在一些实施方案中，血凝素(ha)或其片段包含至少一个修饰。在一些实施方案中，至少一个修饰包含密码子优化。在一些实施方案中，密码子优化优化或增加至少一个有效载荷在人细胞中的表达。在一些实施方案中，至少一个修饰包含至少一个氨基酸突变。在一些实施方案中，至少一个修饰包含血凝素(ha)或其片段，所述血凝素(ha)或其片段包含a型流感的m2蛋白胞外结构域(m2e)的氨基酸序列：seq id no:14：mslltevetpirnewgcrcndssd。在一些实施方案中，重组逆转录病毒载体编码至少一个包膜蛋白。在一些实施方案中，至少一个包膜蛋白包含至少一个α-病毒包膜蛋白。在一些实施方案中，至少一个α-病毒包膜蛋白包含至少一个辛德比斯病毒(sindbis virus)包膜蛋白。在一些实施方案中，至少一个辛德比斯病毒包膜蛋白包含e3蛋白、e2蛋白、6k蛋白、e1蛋白或其组合。在一些实施方案中，至少一个辛德比斯病毒包膜蛋白包含至少一个突变。在一些实施方案中，至少一个突变增加至少一个辛德比斯病毒包膜蛋白与人细胞之间的结合亲和力。在一些实施方案中，人细胞是树突细胞。在一些实施方案中，至少一个突变是e2蛋白的e160g。在一些实施方案中，在催化核心结构域的mg2+结合基序中的至少一个突变包含d125a、d184a或其组合。在一些实施方案中，重组逆转录病毒载体包含至少一个经修饰的非翻译区域(utr)。在一些实施方案中，至少一个经修饰的utr包含5’-utr。在一些实施方案中，至少一个经修饰的utr包含3’-utr。在一些实施方案中，至少一个经修饰的utr包含5’-utr和3’-utr。

3、在一些方面，本文描述了一种重组病毒，其包含本文所描述的重组逆转录病毒载体。在一些实施方案中，重组病毒是重组辛德比斯病毒。在一些实施方案中，重组辛德比斯病毒包含e2蛋白的e160g突变。

4、在一些方面，本文描述了一种细胞，其包含本文所描述的重组逆转录病毒载体或本文所描述的重组病毒。在一些实施方案中，细胞表达至少一个有效载荷。在一些实施方案中，细胞分泌至少一个有效载荷。在一些实施方案中，细胞表达且分泌至少一个有效载荷。在一些实施方案中，细胞表达至少一个有效载荷至少一天、至少三天、至少五天或至少九天。在一些实施方案中，细胞分泌至少一个有效载荷至少一天、至少三天、至少五天或至少九天。在一些实施方案中，细胞表达且分泌至少一个有效载荷至少一天、至少三天、至少五天或至少九天。

5、在一些方面，本文描述了一种药物组合物，其包含本文所描述的重组逆转录病毒载体、本文所描述的重组病毒或包含本文所描述的重组逆转录病毒载体或本文所描述的重组病毒的细胞。在一些实施方案中，药物组合物包含至少一种附加活性成分。在一些实施方案中，至少一种附加活性成分包含佐剂。在一些实施方案中，药物组合物包含至少一种药学上可接受的赋形剂。

6、在一些方面，本文描述了一种治疗或预防对象中疾病或病况的方法，其包括向对象施用本文所描述的重组逆转录病毒载体、本文所描述的重组病毒、包含本文所描述的重组逆转录病毒载体或本文所描述的重组病毒的细胞、或本文所描述的药物组合物，其中包含抗原的至少一个有效载荷诱导对象中的免疫应答，从而治疗或预防对象中的疾病或病况。在一些实施方案中，免疫应答包含靶向抗原的中和抗体的诱导，从而在对象中产生针对抗原的免疫。在一些实施方案中，免疫应答包含靶向抗原的免疫球蛋白抗体的诱导，从而在对象中产生针对抗原的免疫。在一些实施方案中，免疫球蛋白抗体包含igg抗体、igm抗体、iga抗体、igd抗体、ige抗体或其组合。在一些实施方案中，免疫球蛋白抗体包含igg抗体。在一些实施方案中，至少一个有效载荷在对象中表达至少一天、至少三天、至少五天或至少九天。在一些实施方案中，至少一个有效载荷在对象中分泌至少一天、至少三天、至少五天或至少九天。在一些实施方案中，相比于由表达少于一天、少于三天、少于五天或少于九天的可比的有效载荷诱导的免疫应答的持续时间，由表达至少一天、至少三天、至少五天或至少九天的至少一个有效载荷诱导的免疫应答的持续时间增加至少10％、至少20％、至少50％、至少100％、至少到5倍、至少到10倍或更多。在一些实施方案中，相比于由表达少于一天、少于三天、少于五天或少于九天的可比的有效载荷诱导的免疫应答的持续时间，由分泌至少一天、至少三天、至少五天或至少九天的至少一个有效载荷诱导的免疫应答的持续时间增加至少10％、至少20％、至少50％、至少100％、至少到5倍、至少到10倍或更多。在一些实施方案中，免疫应答在对象中持续至少三个月、至少四个月、至少五个月、至少六个月、至少12个月或更长。

7、在一些方面，本文描述了一种重组逆转录病毒载体，其包含核酸构建体，该核酸构建体包含编码突变型整合酶的多核苷酸序列，其中与野生型整合酶相比，突变型整合酶包含在催化核心结构域的mg2+结合基序中的第一突变。在一些实施方案中，第一突变包含将天冬氨酸(d)或谷氨酸(e)变成具有疏水侧链的氨基酸。在一些实施方案中，氨基酸选自缬氨酸(v)、丙氨酸(a)、亮氨酸(l)、异亮氨酸(i)和苯丙氨酸(f)。在一些实施方案中，氨基酸包含苯丙氨酸(f)。在一些实施方案中，氨基酸包含丙氨酸(a)。在一些实施方案中，第一突变包含将天冬氨酸(d)或谷氨酸(e)变成具有正电荷侧链的氨基酸。在一些实施方案中，氨基酸包含组氨酸(h)。在一些实施方案中，第一突变包含将天冬氨酸(d)或谷氨酸(e)变成具有极性侧链的氨基酸。在一些实施方案中，氨基酸包含丝氨酸(s)。在一些实施方案中，第一突变包含将天冬氨酸(d)或谷氨酸(e)变成半胱氨酸(c)。在一些实施方案中，第一突变包含d125a突变。在一些实施方案中，第一突变包含d184a突变。在一些实施方案中，第一突变包含e220a突变。在一些实施方案中，突变型整合酶进一步包含在催化核心结构域的mg2+结合基序中的第二突变。在一些实施方案中，第二突变包含将天冬氨酸(d)或谷氨酸(e)变成具有疏水侧链的氨基酸。在一些实施方案中，第二突变包含选自缬氨酸(v)、丙氨酸(a)、亮氨酸(l)、异亮氨酸(i)和苯丙氨酸(f)的氨基酸。在一些实施方案中，第二突变包含苯丙氨酸(f)。在一些实施方案中，第二突变包含丙氨酸(a)。在一些实施方案中，第二突变包含将天冬氨酸(d)或谷氨酸(e)变成具有正电荷侧链的氨基酸。在一些实施方案中，第二突变包含组氨酸(h)。在一些实施方案中，第二突变包含将天冬氨酸(d)或谷氨酸(e)变成具有极性电荷侧链的氨基酸。在一些实施方案中，第二突变包含丝氨酸(s)。在一些实施方案中，第二突变包含将天冬氨酸(d)或谷氨酸(e)变成半胱氨酸(c)。在一些实施方案中，第一突变包含d125a突变并且第二突变包含d184突变。在一些实施方案中，第一突变包含d184突变并且第二突变包含e220a突变。在一些实施方案中，第一突变包含d125a突变并且第二突变包含e220a突变。在一些实施方案中，突变型整合酶进一步包含在催化核心结构域的mg2+结合基序中的第三突变。在一些实施方案中，第三突变包含将天冬氨酸(d)或谷氨酸(e)变成具有疏水侧链的氨基酸。在一些实施方案中，第三突变包含选自缬氨酸(v)、丙氨酸(a)、亮氨酸(l)、异亮氨酸(i)和苯丙氨酸(f)的氨基酸。在一些实施方案中，第三突变包含苯丙氨酸(f)。在一些实施方案中，第三突变包含丙氨酸(a)。在一些实施方案中，第三突变包含将天冬氨酸(d)或谷氨酸(e)变成具有正电荷侧链的氨基酸。在一些实施方案中，第三突变包含组氨酸(h)。在一些实施方案中，第三突变包含将天冬氨酸(d)或谷氨酸(e)变成具有极性电荷侧链的氨基酸。在一些实施方案中，第三突变包含丝氨酸(s)。在一些实施方案中，第三突变包含将天冬氨酸(d)或谷氨酸(e)变成半胱氨酸(c)。在一些实施方案中，第一和第二突变每一个包含将天冬氨酸(d)变成具有疏水侧链的氨基酸，并且第三突变包含将谷氨酸(e)变成具有疏水侧链的氨基酸。在一些实施方案中，重组逆转录病毒载体是鼠白血病病毒(mlv)，其中第一突变选自d125a、d184a和e220a。在一些实施方案中，突变型整合酶进一步包含在催化核心结构域的mg2+结合基序中的第二突变，其中第二突变选自d125a、d184a和e220a。在一些实施方案中，突变型整合酶进一步包含在催化核心结构域的mg2+结合基序中的第三突变，其中第一突变包含d125a、第二突变包含e220a并且第三突变包含d184a。在一些实施方案中，突变型整合酶进一步包含在催化核心结构域的mg2+结合基序中的第三突变，其中第一突变包含d125a并且第二突变包含d184a。

8、在一些方面，本文描述了一种重组逆转录病毒载体，其包含核酸构建体，该核酸构建体包含编码突变型整合酶的多核苷酸序列，其中与野生型整合酶相比，突变型整合酶由在催化核心结构域的mg2+结合基序中的单突变组成。在一些实施方案中，单突变由将天冬氨酸(d)或谷氨酸(e)变成具有疏水侧链的氨基酸组成。在一些实施方案中，单突变包含选自缬氨酸(v)、丙氨酸(a)、亮氨酸(l)、异亮氨酸(i)和苯丙氨酸(f)的氨基酸。在一些实施方案中，单突变包含苯丙氨酸(f)。在一些实施方案中，单突变包含丙氨酸(a)。在一些实施方案中，单突变包含将天冬氨酸(d)或谷氨酸(e)变成具有正电荷侧链的氨基酸。在一些实施方案中，单突变包含组氨酸(h)。在一些实施方案中，单突变包含将天冬氨酸(d)或谷氨酸(e)变成具有极性电荷侧链的氨基酸。在一些实施方案中，单突变包含丝氨酸(s)。在一些实施方案中，单突变包含将天冬氨酸(d)或谷氨酸(e)变成半胱氨酸(c)。在一些实施方案中，突变型整合酶包含与seq id no:1至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少99％或更加一致的肽序列。在一些实施方案中，单突变包含d125a突变。在一些实施方案中，突变型整合酶包含与seq id no:2至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少99％或更加一致的肽序列。在一些实施方案中，单突变包含d184a突变。在一些实施方案中，突变型整合酶包含与seq id no:3至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少99％或更加一致的肽序列。在一些实施方案中，单突变包含e220a突变。在一些实施方案中，突变型整合酶包含与seq idno:4至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少99％或更加一致的肽序列。

9、在一些方面，本文描述了一种重组逆转录病毒载体，其包含核酸构建体，该核酸构建体包含编码突变型整合酶的多核苷酸序列，其中与野生型整合酶相比，突变型整合酶由在催化核心结构域的mg2+结合基序中的两个突变组成。在一些实施方案中，两个突变中的至少一个由将天冬氨酸(d)或谷氨酸(e)变成具有疏水侧链的氨基酸组成。在一些实施方案中，两个突变中的至少一个包含选自缬氨酸(v)、丙氨酸(a)、亮氨酸(l)、异亮氨酸(i)和苯丙氨酸(f)的氨基酸。在一些实施方案中，两个突变中的至少一个包含苯丙氨酸(f)。在一些实施方案中，两个突变中的至少一个包含丙氨酸(a)。在一些实施方案中，两个突变中的至少一个包含将天冬氨酸(d)或谷氨酸(e)变成具有正电荷侧链的氨基酸。在一些实施方案中，两个突变中的至少一个包含组氨酸(h)。在一些实施方案中，两个突变中的至少一个包括将天冬氨酸(d)或谷氨酸(e)变成具有极性电荷侧链的氨基酸。在一些实施方案中，两个突变中的至少一个包含丝氨酸(s)。在一些实施方案中，两个突变中的至少一个包括将天冬氨酸(d)或谷氨酸(e)变成半胱氨酸(c)。在一些实施方案中，突变型整合酶包含与seq idno:1至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少99％或更加一致的肽序列。在一些实施方案中，两个突变中的至少一个包含d125a突变、d184a突变或e220a突变。在一些实施方案中，两个突变由d125a突变和d184a突变组成。在一些实施方案中，突变型整合酶包含与seqid no:5至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少99％或更加一致的肽序列。在一些实施方案中，两个突变由d125a突变和e220a突变组成。在一些实施方案中，突变型整合酶包含与seq id no:6至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少99％或更加一致的肽序列。在一些实施方案中，两个突变包含d184a突变和e220a突变。在一些实施方案中，突变型整合酶包含与seq id no:7至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少99％或更加一致的肽序列。

10、在一些方面，本文描述了一种重组逆转录病毒载体，其包含核酸构建体，该核酸构建体包含编码突变型整合酶的多核苷酸序列，其中与野生型整合酶相比，突变型整合酶由在催化核心结构域的mg2+结合基序中的三个突变组成。在一些实施方案中，三个突变中的至少一个由将天冬氨酸(d)或谷氨酸(e)变成具有疏水侧链的氨基酸组成。在一些实施方案中，三个突变中的至少一个包含选自缬氨酸(v)、丙氨酸(a)、亮氨酸(l)、异亮氨酸(i)和苯丙氨酸(f)的氨基酸。在一些实施方案中，三个突变中的至少一个包含苯丙氨酸(f)。在一些实施方案中，三个突变中的至少一个包含丙氨酸(a)。在一些实施方案中，三个突变中的至少一个包含将天冬氨酸(d)或谷氨酸(e)变成具有正电荷侧链的氨基酸。在一些实施方案中，三个突变中的至少一个包含组氨酸(h)。在一些实施方案中，三个突变中的至少一个包含将天冬氨酸(d)或谷氨酸(e)变成具有极性电荷侧链的氨基酸。在一些实施方案中，三个突变中的至少一个包含丝氨酸(s)。在一些实施方案中，三个突变中的至少一个包含将天冬氨酸(d)或谷氨酸(e)变成半胱氨酸(c)。在一些实施方案中，突变型整合酶包含与seq idno:1至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少99％或更加一致的肽序列。在一些实施方案中，三个突变中的至少一个包含d125a突变、d184a突变或e220a突变。在一些实施方案中，三个突变包含d125a突变、d184a突变或e220a突变。在一些实施方案中，三个突变包含d125a突变、d184a突变和e220a突变。在一些实施方案中，突变型整合酶包含与seq id no:8至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少99％或更加一致的肽序列。在一些实施方案中，核酸构建体进一步编码有效载荷。在一些实施方案中，有效载荷包含细胞因子。在一些实施方案中，细胞因子包含白细胞介素-7。在一些实施方案中，细胞因子包含白细胞介素-12。在一些实施方案中，细胞因子包含干扰素。在一些实施方案中，干扰素包含ifn-α。在一些实施方案中，有效载荷包含胸苷激酶。在一些实施方案中，胸苷激酶包含突变型胸苷激酶。在一些实施方案中，有效载荷包含抗原。在一些实施方案中，抗原包含病毒蛋白。在一些实施方案中，病毒蛋白包含sars-cov-2蛋白。在一些实施方案中，病毒蛋白包含流感蛋白。在一些实施方案中，抗原包含病原体蛋白。

11、在一些方面，本文描述了一种治疗对象中疾病或病况的方法，其包括向对象施用治疗有效量的包含本文所描述的重组逆转录病毒载体的药物组合物。

12、在一些方面，本文描述了一种给对象接种疫苗的方法，包括向对象施用包含本文所描述的重组逆转录病毒载体的药物组合物。