; Δ N。（样本 X)) 其中 其中，
? Xi，I < i < N，代表来自表达谱基因的表达水平的N个变量的体外测量值，和 ? υ i，μ Ya i，和μ N<u，1彡i彡N是用至少一个参照样本校准的固定参数； c) 对角二次方程判别分析（DQDA)
其中，
? Xi，I < i < N，代表来自表达谱基因的表达水平的N个变量的体外测量值，和 ? υγ_，uN<u，yN<u，1彡i彡N是用至少一个参照样本校准的固定参数，和
d)或其任意组合。
9. 根据权利要求8所述的方法，其中用于解释各表达谱的算法是：
〇
10. 根据权利要求9所述的方法，其中使用定量PCR确定所述表达谱，以及PAM，DLDA和 DQDA算法的变量和参数如下： a)对于确定肝样本是否是肝细胞样本： ?使用如下的6个变量X 6:_
? DLDA和DQDA参数相同，其如下：
O
11.根据权利要求3至10任一项所述的方法，其中HCC样本被分类为亚组Gl至G6之 一，使用下面的公式计算所述HCC样本至每个亚组距离，1彡k彡6 :
O
12. -种包含用于测定含有至多65不同基因的表达谱的试剂的试剂盒，其中所述表达 谱选自： ?包含或由以下38个基因组成的表达谱：EPCAM，HNF4A，CYP3A7，FABP1，HAL，AFP，GNMT， TFRC，C8A，CAP2, LCAT，ANGPT2, AURKA，CDC20, DHRS2, LYVEl，ADM，ANGPTL7, GLUL，ANGPTl， HMGB3, GMNN，RAMP3, RHBG，UGT2B7, LGR5, RARRES2, RBM47, GIMAP5, AKR1B10, GLS2, KRT19， ESR1，SDS，MERTK，EPHA1，CCL5和CYP2C9,和任选的一个或多个内部对照基因； ?包含或由以下46个基因组成的表达谱：EPCAM，HNF4A，CYP3A7，FABP1，HAL，AFP，GNMT， TFRC，C8A，CAP2, LCAT，ANGPT2, AURKA，CDC20, DHRS2, LYVEl，ADM，ANGPTL7, GLUL，ANGPTl， HMGB3, GMNN，RAMP3, RHBG，UGT2B7, LGR5, RARRES2, RBM47, GIMAP5, AKR1B10, GLS2, KRT19， ESRl，SDS，MERTK，EPHAl，CCL5, CYP2C9, HAMP，SAA2, NRCAM，REG3A，AMACR，TAF9, LAPTM4B 和 IGF2BP3,和任选的一个或多个内部对照基因； ?包含或由以下49个基因组成的表达谱：EPCAM，HNF4A，CYP3A7，FABP1，HAL，AFP，GNMT， TFRC，C8A，CAP2, LCAT，ANGPT2, AURKA，CDC20, DHRS2, LYVEl，ADM，ANGPTL7, GLUL，ANGPTl， HMGB3, GMNN，RAMP3, RHBG，UGT2B7, LGR5, RARRES2, RBM47, GIMAP5, AKR1B10, GLS2, KRT19， ESRl，SDS，MERTK，EPHAl，CCL5, CYP2C9, RAB1A，REG3A，NRAS，PIR，LAMA3, G0S2, HNl，PAK2， ⑶H2, HAMP和SAE1，和任选的一个或多个内部对照基因；或 ?包含或由以下55个基因组成的表达谱：EPCAM，HNF4A，CYP3A7，FABP1，HAL，AFP，GNMT， TFRC，C8A，CAP2, LCAT，ANGPT2, AURKA，CDC20, DHRS2, LYVEl，ADM，ANGPTL7, GLUL，ANGPTl， HMGB3, GMNN，RAMP3, RHBG，UGT2B7, LGR5, RARRES2, RBM47, GIMAP5, AKR1B10, GLS2, KRT19， ESRl，SDS，MERTK，EPHAl，CCL5, CYP2C9, HAMP，SAA2, NRCAM，REG3A，AMACR，TAF9, LAPTM4B， IGF2BP3, RAB1A，NRAS，PIR，LAMA3, G0S2, HN1，PAK2, CDH2 和 SAE1，和任选的一个或多个内 部对照基因。
13. 根据权利要求12所述的试剂盒，其包括： a) 特异的扩增引物对和/或探针，或 b) 核酸微阵列。 14. IGFRl抑制剂、Akt/mTor抑制剂、蛋白酶体抑制剂和/或wnt抑制剂，用于治疗受试 者中的HCC，所述受试者基于由根据权利要求1至11的任一项的分类方法分类为HCC样本 的肝样本被诊断为患有HCC。
15. 用于分类肝样本的系统1，其包括： a)判定模块2,其配置成接收肝样本和确定关于以下的表达水平信息： ?包含或由以下38个基因组成的表达谱：EPCAM, HNF4A, CYP3A7, FABPl, HAL, AFP, GNMT, TFRC, C8A, CAP2, LCAT, ANGPT2, AURKA, CDC20, DHRS2, LYVEl, ADM, ANGPTL7, GLUL, ANGPTl, HMG B3, GMNN, RAMP3, RHBG, UGT2B7, LGR5, RARRES2, RBM47, GIMAP5, AKR1B10, GLS2, KRT19, ESRl, S DS, MERTK, EPHAl, CCL5和CYP2C9,和任选的一个或多个内部对照基因； ?包含或由以下46个基因组成的表达谱：EPCAM, HNF4A, CYP3A7, FABPl, HAL, AFP, GNM T, TFRC, C8A, CAP2, LCAT, ANGPT2, AURKA, CDC20, DHRS2, LYVEl, ADM, ANGPTL7, GLUL, ANGPTl ,HMGB3, GMNN, RAMP3, RHBG, UGT2B7, LGR5, RARRES2, RBM47, GIMAP5, AKR1B10, GLS2, KRT19, ESRl,SDS,MERTK,EPHAl,CCL5, CYP2C9, HAMP, SAA2, NRCAM, REG3A, AMACR, TAF9, LAPTM4B 和 IGF2BP3,和任选的一个或多个内部对照基因； ?包含或由以下49个基因组成的表达谱：EPCAM, HNF4A, CYP3A7, FABPl, HAL, AFP, GNMT, TFRC, C8A, CAP2, LCAT, ANGPT2, AURKA, CDC20, DHRS2, LYVEl, ADM, ANGPTL7, GLUL, ANGPTl, HMG B3, GMNN, RAMP3, RHBG, UGT2B7, LGR5, RARRES2, RBM47, GIMAP5, AKR1B10, GLS2, KRT19, ESRl, S DS, MERTK, EPHAl, CCL5, CYP2C9, RAB1A, REG3A, NRAS, PIR, LAMA3, G0S2, HNl, PAK2, CDH2, HAMP 和SAE1，和任选的一个或多个内部对照基因；或 ?包含或由以下55个基因组成的表达谱：EPCAM, HNF4A, CYP3A7, FABPl, HAL, AFP, GNMT, TFRC, C8A, CAP2, LCAT, ANGPT2, AURKA, CDC20, DHRS2, LYVEl, ADM, ANGPTL7, GLUL, ANGPTl, HMG B3, GMNN, RAMP3, RHBG, UGT2B7, LGR5, RARRES2, RBM47, GIMAP5, AKR1B10, GLS2, KRT19, ESRl, S DS, MERTK, EPHAl, CCL5, CYP2C9, HAMP, SAA2, NRCAM, REG3A, AMACR, TAF9, LAPTM4B, IGF2BP3, R ABlA, NRAS, PIR, LAMA3, G0S2, HNl, PAK2, CDH2和SAEl,和任选的一个或多个内部对照基因； b) 存储装置3,其配置成存储来自判定模块的表达水平信息； c) 比较模块4,用于比较存储在存储装置上的表达水平信息和参照数据，并提供比较 结果，其中所述比较结果指示肝样本类型；和 d) 显示模块5,用于为用户显示部分基于分类结果的内容6,其中所述内容是肝样本类 型的信号指示。
16. -种计算机可读介质7,其具有记录在其上的计算机可读指令，来定义在计算机上 执行根据权利要求1至11任一项的预后方法的步骤的软件模块，所述预后方法的步骤涉及 解释表达谱数据。
【专利摘要】本发明涉及肝疾病、其分类和诊断的技术领域。本发明提供了一种新方法，该方法使用用参照样本校准的算法、根据体外基因表达谱的确定和表达谱的分析，用于分类非肝细胞样本间的肝样本；进一步分类为亚组G1至G6之一的肝细胞癌(HCC)样本；局灶性结节不典型增生(FNH)样本；进一步分类为HNF1A突变的HCA、炎性HCA、β连环蛋白突变的HCA或其它HCA样本的肝细胞腺瘤(HCA)样本；和其它良性肝样本。本发明还提供了用于分类肝样本的试剂盒，以及根据对受试者肝样本的初步分类治疗所述受试者中肝疾病的方法。
【IPC分类】C12Q1-68
【公开号】CN104755627
【申请号】CN201380048859
【发明人】A·德雷尼斯, P·洛朗-普伊赫, J·楚克曼-罗西, J-C·诺
【申请人】英特盖根公司, 国家健康科学研究所, 巴黎笛卡尔大学
【公开日】2015年7月1日
【申请日】2013年9月23日
【公告号】CA2884455A1, EP2898092A1, WO2014044853A1, WO2014044853A8