物在3. 0%琼脂糖胶，0. 5 X TBE中电泳，检测反应是 否成功，剩余反应产物在_20°C的条件下保存。
[0040] 4、连接酶检测反应（LDR)
[0041] 设计三条LDR探针，然后进行LDR反应；所述三条探针的序列分别如下：
[0042] G190T_modify ：
[0043] P-ATTTCCCAGAATACAGCTGAGAATATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT TTTTTTTTTTTTTT TTTTTTTTTTTTT-FAM(SEQ ID NO :4)
[0044] G190T_G ：
[0045 ] rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp TTGTCATTTATTATTTGCTTTC(SEQ ID NO :5)
[0046] G190T_T ：
[0047] rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp rp TGTTTGTCATTTATTATTTGCTTTA(SEQ ID NO :6)
[0048] 其中，G190T-modify的3'末端带有FAM修饰（蓝色荧光），5'端磷酸化，以便与 其它两条特异性的探针连接；探针G190T-G的3'末端碱基与G对应，探针G190T-T的3'末 端碱基与T对应。
[0049] LDR反应的具体步骤为：
[0050] 1)在PCR扩增产物中加入等体积ddH20稀释，作为连接酶检测反应的模板；
[0051] 2)在 200 μ 1 的 PCR 薄壁管中，加入 4μ 1 模板，1 μ 1 lXBuffer、l μ 1 Probe η?χ(2ρηιο1/μ1)、0·05μ1 Taq DNA 1丨8&86(211/4 1)、4 4 1(1(1!120，充分混勾后短暂离心，最 后加入10 μ 1石蜡油；
[0052] 3)将PCR反应管放入PCR仪进行连接酶检测反应，反应扩增程序为：95 °C变性 2min，40 次循环（94°C 15s，50°C 25s);
[0053] 4)在每个上样孔中加入 10 μ 1 Loading Buffer，0. 25 μ 1 ABI GS-500R0X 荧光标 记分子量标准，最后加入〇. 5 μ 1的LDR产物，充分混匀后上样，运用ABI3730测序仪进行测 序胶毛细管电泳；
[0054] 5)应用GENESCANTM672软件进行数据收集、泳道线校正、迀移片段大小测量和校 正内在分子量标准。
[0055] 5、基因型分析与判定
[0056] 上述LDR反应产物由ABI3730型基因分析仪检测，根据LDR产物的长度与各基因 型通过Genemapper进行关联分析，分型图见附图1，基因型GG的LDR产物长度为170bp，基 因型TT的LDR产物长度为172bp，基因型GT的LDR产物长度为170bp和172bp的混合。
[0057] 6、IGF-1基因的SNP分子标记与70日龄高邮鸭体重及胸腿肌重的关联分析
[0058] 表1 IGF-1基因的SNP分子标记与70日龄高邮鸭体重及胸腿肌重的关联分析
[0060] 注：0内数字表示个体数；同行数据，不同小写字母表示差异显著（P〈〇. 05)，相同 小写字母表示差异不显著。
[0061] 对IGF-1基因的SNP分子标记的不同基因型与70日龄高邮鸭体重、胸肌重和腓肠 肌重进行了关联分析的检测应用，关联分析结果如表1所示，IGF-1基因的SNP分子标记位 点与高邮鸭体重、胸肌重呈极显著相关（P〈〇. 01);与腓肠肌重呈显著相关（P〈〇. 05);其中 基因型GG在70日龄高邮鸭体重、胸肌重和腓肠肌重均显著高于基因型GT和TT，比较GT和 TT，GT在70日龄高邮鸭体重和胸肌重显著高于TT，腓肠肌重差异不显著。这说明GG基因 型对于70日龄高邮鸭的体重、胸腿肌重是有利基因型，可成为提高体重、胸腿肌重育种速 度的分子标记。在育种筛选中，选择GG型，可以在群体中固定该基因型，可有效提高高邮鸭 上市时的体重。
[0062] 7、IGF-1基因的SNP分子标记与70日龄高邮鸭胸肌肌纤维特性的关联分析
[0063] 表2 IGF-1基因的SNP分子标记与70日龄高邮鸭胸肌肌纤维特性的关联分析
[0065] 注：0内数字表示个体数；同行数据，不同小写字母表示差异显著（P〈0. 05)，相同 小写字母表示差异不显著。
[0066] 对IGF-1基因的SNP分子标记的不同基因型与70日龄高邮鸭胸肌肌纤维特性进 行了关联分析的检测应用，关联分析结果如表2所示，IGF-1基因的SNP分子标记位点与70 日龄高邮鸭胸肌肌纤维面积、肌纤维平均直径显著相关（P〈〇. 01);其中基因型GG在70日 龄高邮鸭肌纤维面积和肌纤维直径均显著高于基因型GT和TT，肌纤维面积显著低于基因 型GT和TT ;比较GT和TT，肌纤维面积、肌纤维直径和肌纤维密度间差异均不显著。这表明 该位点与70日龄高邮鸭肌纤维性状存在着显著的相关性，有望成为对70日龄高邮鸭肌纤 维性状进行选择的分子标记。
[0067] 本发明的较佳实施例而已，并不用以限制本发明，凡在本发明实质内容上所作的 任何修改、等同替换和简单改进等，均应包含在本发明的保护范围之内。
[0068]
【主权项】
1. 一种与高邮鸭体重、胸腿肌重和胸肌肌纤维性状相关的分子标记，其特征在于，所述 分子标记位于SEQIDNO: 1所示核苷酸的第190位，该位点的核苷酸为G或T。2. -种获取权利要求1所述的与高邮鸭体重、胸腿肌重和胸肌肌纤维性状相关的分子 标记的方法，其特征在于，PCR扩增高邮鸭基因组DNA，扩增产物经连接酶检测反应后测序， 通过序列分析获取与高邮鸭体重、胸腿肌重和胸肌肌纤维性状相关的分子标记。3. 根据权利要求2所述的获取与高邮鸭体重、胸腿肌重和胸肌肌纤维性状相关的分子 标记的方法，其特征在于，PCR扩增所用引物对序列如SEQIDNO: 2和SEQIDNO: 3所示。4. 根据权利要求2所述的获取与高邮鸭体重、胸腿肌重和胸肌肌纤维性状相关的分子 标记的方法，其特征在于，连接酶检测反应所用探针序列如SEQIDN0:4、SEQIDN0:5和 SEQIDNO:6 所示。5. 根据权利要求2所述的获取与高邮鸭体重、胸腿肌重和胸肌肌纤维性状相关的分子 标记的方法，其特征在于，连接酶检测反应产物长度170bp的为基因型GG，连接酶检测反应 产物长度172bp的为基因型TT，连接酶检测反应产物长度170bp和172bp的为基因型GT。6. 权利要求1所述的与高邮鸭体重、胸腿肌重和胸肌肌纤维性状相关的分子标记在筛 选高邮鸭体重、胸腿肌重及胸肌肌纤维性状中的应用。
【专利摘要】本发明公开了一种与高邮鸭体重、胸腿肌重和胸肌肌纤维性状相关的分子标记及其获取方法和应用，所述分子标记位于SEQ？ID？NO:1所示核苷酸的第190位，该位点的核苷酸为G或T。PCR扩增高邮鸭基因组DNA，扩增产物经连接酶检测反应后测序，通过序列分析获取与高邮鸭体重、胸腿肌重和胸肌肌纤维性状相关的分子标记。该分子标记在筛选高邮鸭体重、胸腿肌重及胸肌肌纤维性状中应用，可以用于家系选育中的早期选择，在选配中提供分子依据，以提高高邮鸭上市时的体重，增加经济效益。
【IPC分类】C12N15/10, C12N15/11, C12Q1/68
【公开号】CN105316424
【申请号】CN201510881698
【发明人】朱春红, 陶志云, 宋卫涛, 徐文娟, 李慧芳, 刘宏祥, 章双杰, 姬改革, 王晓峰
【申请人】江苏省家禽科学研究所
【公开日】2016年2月10日
【申请日】2015年12月3日