长斯托克斯位移色烯并喹啉染料及其在测序应用中的用途的制作方法

文档序号:33749151发布日期:2023-04-06 13:50阅读:来源:国知局

技术特征:

1.一种式(i)的化合物、其盐或内消旋形式:

2.根据权利要求1所述的化合物,其中r2是h,并且r3是c1-c6烷基或经取代的c1-c6烷基。

3.根据权利要求1所述的化合物,其中r2和r3中的每一者独立地是c1-c6烷基。

4.根据权利要求1所述的化合物,其中所述式(i)的化合物也由式(ia)、其盐或内消旋形式表示:

5.根据权利要求4所述的化合物,其中由实线和虚线表示的键是双键。

6.根据权利要求5所述的化合物,其中r14a是h或c1-c6烷基。

7.根据权利要求6所述的化合物,其中r14a是甲基。

8.根据权利要求4所述的化合物,其中由实线和虚线表示的键是单键。

9.根据权利要求8所述的化合物,其中r14a是h,并且r14b是c1-c6烷基。

10.根据权利要求8所述的化合物,其中r14a和r14b中的每一者是h。

11.根据权利要求4至10中任一项所述的化合物,其中r13a和r13b中的每一者是h。

12.根据权利要求4至10中任一项所述的化合物,其中r13a和r13b中的每一者是c1-c6烷基。

13.根据权利要求12所述的化合物,其中r13a和r13b中的每一者是甲基。

14.根据权利要求4至13中任一项所述的化合物,其中r2是c1-c6烷基或经取代的c1-c6烷基。

15.根据权利要求14所述的化合物,其中r2是被选自由以下项组成的组的一个或多个取代基取代的c1-c6烷基:羧基(–c(o)oh)、羧酸根(–c(o)o-)、磺基(–so3h)、磺酸根(–so3-)、–c(o)or15和–c(o)nr16r17,其中r15是任选地取代的c1-c6烷基、任选地取代的c6-c10芳基、任选地取代的5元至10元杂芳基或任选地取代的c3-c7环烷基,并且其中r16和r17中的每一者独立地是h、任选地取代的c1-c6烷基、任选地取代的c6-c10芳基、任选地取代的5元至10元杂芳基或任选地取代的c3-c7环烷基。

16.根据权利要求15所述的化合物,其中r2是被羧基或–c(o)nr16r17取代的c1-c6烷基,并且其中每个r16和r17独立地是被羧基、羧酸根、–c(o)or15、磺基或磺酸根取代的c1-c6烷基。

17.根据权利要求1至16中任一项所述的化合物,其中r1是h。

18.根据权利要求1和4至13中任一项所述的化合物,其中r1和r2与它们所附接的原子连接在一起以形成任选地取代的6元杂环基。

19.根据权利要求18所述的化合物,其中所述6元杂环基被一个或多个c1-c6烷基取代。

20.根据权利要求1至19中任一项所述的化合物,其中每个r5和r11是h。

21.根据权利要求1至20中任一项所述的化合物,其中r6是c1-c6烷基。

22.根据权利要求1至20中任一项所述的化合物,其中r6是被羧基或–c(o)nr16r17取代的c1-c6烷基,并且其中每个r16和r17独立地是被羧基、羧酸根、–c(o)or15、磺基或磺酸根取代的c1-c6烷基。

23.根据权利要求1至22中任一项所述的化合物,其中r7、r8、r9和r10中的至少一者独立地是c1-c6烷基或c1-c6烷氧基。

24.根据权利要求1至22中任一项所述的化合物,其中r7、r8、r9和r10中的至少一者是c1-c6烷基取代的羧基、羧酸根、磺基、磺酸根、-c(o)or15或–c(o)nr16r17,并且其中每个r16和r17独立地是h或被羧基、羧酸根、–c(o)or15、磺基或磺酸根取代的c1-c6烷基。

25.根据权利要求1至22中任一项所述的化合物,其中r8和r9连同它们所附接的原子一起形成任选地取代的5元或6元杂环基。

26.根据权利要求25所述的化合物,其中所述任选地取代的5元或6元杂环基是

27.根据权利要求1至26中任一项所述的化合物,其中r12a和r12b中的每一者是h。

28.根据权利要求1所述的化合物,所述化合物选自由以下项组成的组:

29.一种核苷酸或寡核苷酸,所述核苷酸或寡核苷酸用根据权利要求1至28中任一项所述的化合物标记。

30.根据权利要求29所述的标记的核苷酸或寡核苷酸,其中所述化合物经由式(i)的r2或r6的羧基基团附接到所述核苷酸或寡核苷酸。

31.根据权利要求29所述的标记的核苷酸或寡核苷酸,其中所述化合物经由式(i)的r7、r8、r9和r10中的一者的羧基基团附接到所述核苷酸或寡核苷酸。

32.根据权利要求29至31中任一项所述的标记的核苷酸或寡核苷酸,其中所述化合物通过连接基部分附接到嘧啶碱基的c5位置或7-脱氮嘌呤碱基的c7位置。

33.根据权利要求29至32中任一项所述的标记的核苷酸或寡核苷酸,所述标记的核苷酸或寡核苷酸还包括共价附接到所述核苷酸的核糖或脱氧核糖的3'oh封端基团。

34.根据权利要求29至33中的任一项所述的核苷酸或寡核苷酸,其中所述核苷酸或寡核苷酸是与靶多核苷酸的至少一部分杂交的寡核苷酸。

35.根据权利要求34所述的寡核苷酸,其中所述靶多核苷酸被固定在固体载体上。

36.根据权利要求35所述的寡核苷酸,其中所述固体载体包含多个固定的靶多核苷酸的阵列。

37.一种试剂盒,所述试剂盒包括用根据权利要求29至33中任一项的第一化合物标记的第一核苷酸。

38.根据权利要求37所述的试剂盒,所述试剂盒还包括第二核苷酸,其中所述第二核苷酸用第二化合物标记,所述第二化合物不同于所述第一标记的核苷酸的所述第一化合物。

39.根据权利要求38所述的试剂盒,其中所述第一标记的核苷酸和所述第二标记的核苷酸能够使用第一光源波长激发。

40.根据权利要求38或39所述的试剂盒,所述试剂盒还包括第三核苷酸,其中所述第三核苷酸用不同于所述第一化合物和所述第二化合物的第三化合物标记,并且其中所述第一标记的核苷酸和所述第三标记的核苷酸能够使用第二光源波长激发。

41.根据权利要求40所述的试剂盒,所述试剂盒还包括第四核苷酸,并且其中所述第四核苷酸未标记(暗色)。

42.根据权利要求37至41中任一项所述的试剂盒,所述第一标记的核苷酸、所述第二标记的核苷酸和所述第三标记的核苷酸中的每种标记的核苷酸具有能够在单个检测通道中检测的发射光谱。

43.根据权利要求37至42中任一项所述的试剂盒,所述试剂盒还包括dna聚合酶和一种或多种缓冲液组合物。

44.一种确定靶多核苷酸的序列的方法,所述方法包括:

45.根据权利要求44所述的方法,其中所述引物多核苷酸/靶多核苷酸复合物通过使所述靶多核苷酸和与所述靶多核苷酸的至少一部分互补的引物多核苷酸接触来形成。

46.根据权利要求44或45所述的方法,所述方法还包括(d)从掺入到所述引物多核苷酸中的所述核苷酸中去除所述标记和所述3'封端基团。

47.根据权利要求45所述的方法,所述方法还包括(e)将所述去除的标记和所述3'封端基团从所述引物多核苷酸上洗掉。

48.根据权利要求47所述的方法,所述方法还包括重复步骤(a)至步骤(e),直至确定所述模板多核苷酸链的至少一部分的序列。

49.根据权利要求48所述的方法,其中重复所述步骤(a)至步骤(e)至少50次。

50.根据权利要求44至49中任一项所述的方法,其中在单一化学反应中去除来自掺入到所述引物多核苷酸中的所述核苷酸的所述标记和所述3'封端基团。

51.根据权利要求44至50中任一项所述的方法,其中所述方法在自动化测序仪器上执行,并且其中所述自动化测序仪器包含在不同波长下操作的两个光源。


技术总结
本申请涉及长斯托克斯位移色烯并喹啉染料及其作为荧光标记的用途。例如,这些染料可以用于标记核苷酸以用于核酸测序应用。这些色烯并喹啉染料具有式(I)。

技术研发人员:E·克雷西娜,A·弗朗卡斯,刘小海
受保护的技术使用者:伊鲁米纳剑桥有限公司
技术研发日:
技术公布日:2024/1/12
当前第2页1 2 
网友询问留言 已有0条留言
  • 还没有人留言评论。精彩留言会获得点赞!
1